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在台北帝大时代，学生大都是富家子弟，全部走读，学校不设宿舍。傅斯年执掌台大后，本着“决不让任何学生因经济拮据而丧失他的学业”的办学宗旨，不论学生出身贫富，一律按招考标准予以录取，从而使贫苦人家的孩子得有入学就读的机会。
经此嬗变，出身贫穷且远离家乡的学生不断增多，台大的师资力量更显得异常奇缺。尽管从大陆败退时，朱家骅、傅斯年对这一问题有前瞻性考虑和准备，无奈被“抢救”到台湾的学人实在太少，著名的教授只有沈刚伯、钱思亮、毛子水、郑通和、余又荪、台静农、姚从吾、王国华、方东美、夏德义、李宗侗、英千里、杨树人、潘贯、萨孟武、杜聪明、彭九生、陈振铎等三十几人，显然无法填补大多数学科一流坐椅的空白。
坐上台大校长交椅的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打硬冲，“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造，不论是通过谁的条子和门路，后台有多硬，凡不合学术水平、滥竽充数的教授，全部被驱逐出校门。
校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样“稀里喀嚓”，三两下就将七十余名不合格教授与职工切掉，赶出校园。
自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立者，在回忆这段往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象和不可能的。
据陈雪屏回忆，傅斯年赴台时健康状况已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水平的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。也正由于世事纷乱与劳累过度，傅斯年英年早逝。有人说傅斯年坐上台大校长这把交椅，等于是坐在火山口上了，危险万分，不但不会飞黄腾达，反而注定了他将死在任上。
傅斯年在台大的改革使一部分人为之叫好的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令那些人极为不快和恼怒。
1950年新生入学考试，中文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生精神层面上的心灵寄托。
这年1月，风浪再起，校外校内传言傅斯年“将去台，将辞职”。针对传言，傅氏在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
正是这种内外交困局面与本人刚烈不屈的性格，导致傅斯年血压骤然增高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法做到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’”
朱怀着后悔的心情说道：“当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
孟真先生与陈诚先生闲谈中，不是涉及对台湾政府的建议，便是谈到百事待整的台湾大学，他也曾屡次向陈诚先生说：“我为台大，已心力俱瘁，连我这条命也要赔进去了。”当时是一句戏言，竟不幸而言中！他去世后，陈诚先生为他主持丧礼，并为其儿子傅仁轨筹教育经费，后来傅仁轨才得以在美国完成学业。
再回到台大与省议会的关系，催命符为何找上傅斯年？他这次为何不敌外面的攻击呢？原来随着国民党撤往台湾，为安抚当地的领导人，同时也受当地政客要挟，国民党高层决定从“二二八事件”中选出几个著名人士为省参议员，以达到平衡与和稀泥的效果。
台独分子郭国基被关押了一百二十多天后，随着国民党新政策的到来，顺利出了监狱。不久，又成为具有正义化身的台湾省参议会的议员和立法委员。坐上台湾当局大员专用木头皮椅的郭国基，喜欢直抒胸臆地发一些火药味甚浓的长篇宏论，江湖上人送外号“郭大炮”。
想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个人物在议会大厅遭遇了。
当时的台湾大学属台湾省政府拨款，具体通过省教育厅长，也就是当年在西南联大为平息学潮出力甚多、于“抢救学人”中在南京出谋划策的陈雪屏具体操作。故“郭大炮”便以台湾土著议员的身份，以替本省籍学生争取福利的姿态向“傅大炮”傅斯年开起火来。
据在场者事后透露，郭的发难主要是国民党教育部从祖国大陆抢运来台，并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，但又十分敏感、复杂、棘手。
如台大招生，尺度已尽量放宽，招生人数已达最高限度，但各界仍不满意，特别是郭国基等人认为台大亏待了当地生源，便宜了国民党官僚的后代，并以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅氏极其恼火和愤怒。
当日郭氏质询，当然需由傅斯年亲自答复，于是傅不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台籍教授，多取台湾土著学生，否则便是与台籍人民作对等。
针对郭的提议，傅斯年予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想，又说台大考试，对台籍学生已尽量照顾，考虑到台籍学生的汉语水平较差，光复未久，在录取时专门规定中文科分数比祖国大陆的学生降低10分录取等。
讲着讲着，傅氏情绪激动起来，说道：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”又说：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”言毕，大约是下午6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲坛。
就在他即将回归座位时，突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。较近的议员刘传来疾步向前，把傅斯年扶到列席人员的坐席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包做了枕头。从此，傅斯年进入昏迷状态。
大约下午6时30分，台大附属医院院长魏火曜、台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑溢血，当即采取急救措施。此时，台湾的陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界著名人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳干等纷纷赶来探视病情。
蒋介石闻讯，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜任何代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半小时打一次电话报告傅斯年的病情。
陈诚得令，竭尽全力组织台湾一流医务人员进行抢救。病床上的傅斯年仍处于昏迷中，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后地紧张忙碌。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，神态凝重地观望着来自病室的风吹草动。
晚上9时30分左右，傅斯年的血压渐降至180左右，体温亦降至38℃，情况稍有好转。至晚上11时23分，仰躺着的傅斯年突然睁开了眼睛，床前的医护人员惊喜交加，以为傅氏终于醒了过来。医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了眼皮，一声不吭地退后低下了头。
这时众人才顿悟——傅斯年走了。门外的夫人俞大彩会意，疾步进来抱着傅斯年号啕大哭：“孟真呵，孟真……”陈诚等人闻讯，冲出会议室呼呼隆隆地向病房奔来。傅斯年就此与大家永别了。
第二天，台湾省议会副议长李万居召开新闻记者招待会，宣布台大傅斯年校长于20日夜“弃世”。李万居乃台湾人，汉语水平极差，有位来自祖国大陆的记者误把“弃世”听成“气死”。于是马上传出消息，说傅斯年参加省议会，被参议员郭国基活活气死。当天台湾报界刊发消息，称“郭大炮”与“傅大炮”两门大炮不幸交火，“大炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅氏绝命身亡”云云。
12月21日，台湾大学宣布停课一天，悼念校长并下半旗致哀，由各院系学生代表联合会组织学生排队前往极乐殡仪馆致唁。当学生们听说傅斯年是被郭国基活活气死的消息后，心中的悲痛立即转为愤怒，纷纷冲出灵堂，打着“失我良师”的白色横幅，向省议会厅拥去。
学生们聚集在省议会厅门口，强烈要求气死傅斯年的郭国基出来述说昨日会场中的质询经过。郭国基隔着门缝一看学生们包围了议会厅，并高声怒吼：“郭国基有种你出来，你出来……”冲在前方的学生喊叫着与阻拦的议会人员扭打在一起。躲在门后的郭国基见状，立即意识到事情严重，怕遭到对方的群殴，张狂之气顿消，乃悄悄溜出后门，像老鼠一样逃窜了。副议长李万居一看郭氏溜之大吉，万般无奈中，只得硬着头皮出面向学生解释，说郭国基昨天提出的质询没有伤害傅校长处，言辞也不过分，等等，学生们置之不理。
陈雪屏又出面加以解释说：“昨天的质询，总共有六项，我本人回答了四项，傅校长回答了两项，那些问题都不是什么难题……”但学生坚持要郭国基出来答话。人越聚越多，有人喊出了“杀郭国基为傅校长报仇雪恨”等口号，并开始冲击议会大厅，局面异常紧张，台北市警察局长亲临现场指挥大批警察维持秩序。
此时阴风顿起，大雨骤降，风雨交织中现场更加混乱。愤怒的学生终不肯离去，继续冲击议会大厅，并与警察发生肢体冲突。
直至下午1时20分，台湾大学训导长傅启学冒雨赶来，向群情激愤的学生高声喊话：“我跟傅校长一块在北大时，即是好朋友，我到台大也是由于傅校长让我来的，这次出事我十分愤慨。不过现在大家只有百多人，我们回去聚集全校师生开会讨伐他。而且现在是戒严时期。”傅氏转头看了一下全副武装的宪警，又说：“郭国基在议会里讲话，可以不负责任，他所问的问题，都是些没有常识的问题。傅校长是学术界第一流的人物，拿他和一个毫无常识的参议员是不能相比的。今天大家到这里来，是出于对傅校长的敬爱，假如他在世的话，一定不愿大家这样做。如果今天同学出了事，叫我如何对得起地下的傅校长。”言毕，傅启学已是泪流满面。学生们见状，悲从中来，同声哭泣，泪水和着雨水在整个议会大厦前弥漫流淌。
眼看已是黄昏时分，傅启学含泪表示将同学们提出的问题交省参议会，由参议员作书面答复，尚未吃中午饭的学生们已是饥肠辘辘，听说郭国基已从后门逃跑，一时难以抓住，只好拉队返校。
12月22日，傅斯年遗体大殓。自早晨7时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者，名流，国民党军政大员，傅斯年的亲友、同事及台湾大学的学生。
国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台、与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。
10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“‘国’失师表”挽幛，国民党高级官员、名人学者的挽幛、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学全体师生的挽联：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；
忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党元老于右任挽联：
是子路，是颜回�