8月4日，康生、江青等再次来到北大参加大会，代表中央文革小组对北大“校文革筹委会”的成立表示祝贺。在会上，康生说：“聂元梓的大字报是20世纪60年代北京公社宣言书。”
8月13日，工作组全部撤出了北大，到市委党校集训。
8月15日，聂元梓的“校文革筹委员”在工人体育场召开十万人大会，批斗陆平、彭珮云，张学书、谢道渊、王学珍等学校领导干部被揪上台陪斗，被斗和陪斗的人一律挂黑牌、坐喷气式。
8月17日，毛泽东题“新北大”三个字。
8月18日，毛泽东在天安门城楼上第一次检阅红卫兵，并接见北大师生代表。
8月19日，聂元梓召集发起成立北大“红卫兵”组织大会。各系、各单位相继成立校红卫兵联络站。
8月24日，《人民日报》发表题为《欢呼“新北大”在斗争中诞生》的社论，社论说：“不把旧北大的那些资产阶级反动势力打倒，打碎，新北大就不可能建立起来。”
9月11日，“北京大学文化革命委员会”正式成立，聂元梓任委员会主任。
至此，北大的文化大革命运动进入了一个新的阶段。
季羡林当时对上面发生的这些事情当然是不清楚的。他只感到，自己此时仍然是个自由人，还没有人来揪他，但是这更让他感到惴惴不安。就好像天上飞的鸟儿，看起来是自由的，但是猎人随时都可能扣动扳机，把它打下来，终日胆战心惊那样的感觉。
季羡林知道自己现在是座泥菩萨，随时都有可能被揪出来，所以最好还是少出头露面，把尾巴夹紧点，老老实实呆在家里为妙。6月18日38楼发生大规模乱揪乱斗事件时，他就没敢去看，自己独坐家中，只听到南边人声鼎沸，口号震天，心里紧张万分。至于后来发生的轰工作组，万人“辩论大会”，聂元梓上台，十万人批斗陆平、彭珮云大会等重大事件，他都没敢亲临现场，只是道听途说，或者从大字报上看到而已。
他虽然暂时逍遥，颇为惬意，但是在家里呆着，心里总不踏实，脑子里整日胡思乱想。有一件事一直萦绕他的心中，挥之不去，这便是：自己头上究竟应该戴一顶什么帽子？他清楚地知道自己头上也是应该戴一顶帽子的。自己在东语系当了二十年的系主任，难道就能这样蒙混过关吗？
他苦苦思索，自己该戴什么帽子呢？在当时帽子满天飞的情况下，他觉得有两顶帽子，对自己是现成的：一个是走资派；一个是资产阶级反动学术权威。他认为这两顶帽子对他非常合适，不大不小，恰如其分。
他是一系之主，虽然只是个芝麻官，但毕竟是个官，那就是当权派无疑了。至于走没走资本主义道路，他自己也说不清楚。但是他想，既然全国几乎所有当权派都是走资本主义道路的，难道他不走吗？因此，他认为这顶帽子对自己蛮合适。
他是一级教授、中国科学院学部委员，“权威”二字当然推辞不掉。至于是不是资产阶级呢？他想，资产阶级的核心是个人主义，自己有个人考虑，而且不少，这当然就是资产阶级了。资产阶级就反动，再加上学术权威，自己不是资产阶级反动学术权威又是什么呢？
季羡林一想通了不过如此而己，反倒心里踏实多了。季羡林毕竟是书生，他哪里知道，欲加之罪何患无词，当他真的被揪出来的时候，岂止是这两顶普普通通的帽子，那是他万万想不到的，足以致他死命的帽子扣在了他的头上。
但是，问题还不止于此。他最关心的是“走资本主义的当权派”和“资产阶级反动学术权威”究竟是什么性质的矛盾？自从50年代学习两类不同性质的矛盾以后，他就知道，矛盾有两种：一种是人民内部矛盾；一种是敌我矛盾。还有一种所谓“敌我矛盾按人民内部矛盾处理”。虽然这种理论高深莫测，玄而又玄，缺少明确的法律界定和定量分析，但是，季羡林当时仍然对这个理论佩服得五体投地。在无数次学习会上，谈学习体会，眉飞色舞，大放厥词。然而现在问题发生在自己身上了，才知道，这是十分重要的问题。他曾经看到那些被戴上敌我矛盾帽子的人，毕恭毕敬，如履薄冰，如坐针毡，夹起尾巴做人，还会随时招来横祸。过去他对这些人的内心感受，从来没有关心过，也从来没有想过。现在才明白，这实在是痛苦万分的事。他左思右想，前瞻后顾，想知道“走资派”和“反动学术权威”究竟是什么性质的矛盾？但是苦思冥想，也没有得到答案，又不能去问别人，估计别人也说不清楚。这又使他陷入困感之中。他说，他当时的处境是：“身处敌我之间，心悬两类之外，形迹自由，内心矛盾，过着有忧有虑的日子。”
有一天，他正在家里看书，忽然传来一阵激烈的敲门声，接着闯进几个学生，声称是来“破四旧”的。什么叫“四旧”？季羡林也说不清，只好由这群红卫兵裁决。他的桌上，墙上，床上摆着挂着许多小摆设，这些就成了他们破的对象。红卫兵说什么是“四旧”，季羡林就立刻拿掉或者砸掉，心里连半点反抗的意思都没有。半个小时内，季羡林自己“破”了不少心爱的东西。其中有一个是他从无锡带回来的惠山泥人大阿福，是个胖胖的满面含笑的孩子，非常逗人喜欢，也摔得粉碎。小将们不知道怎么灵机一动，发现挂在墙上的领袖像上一点灰尘也没有，便说：“这是不是你刚挂上去的？”季羡林连忙答道：“不是。因为我天天撢土，所以才没有灰尘。”事实上，确实是季羡林刚挂上的。革命小将的虔诚和细心，令季羡林吃惊之余，由衷地佩服。但是，这次行动，使虔诚达到顶峰的季羡林心里也产生了一点叛逆想法：“要想破四旧，地球上最旧的东西无疑是地球本身，被破的对象地球应当首当其冲。顺理成章地讲，为什么不先把地球破掉呢？”
还有一次，季羡林到外文楼去，在布告栏里贴着一张告示：“勒令季羡林交出人民币三千元！”季羡林看完，发现在自己姓名前面没有任何修饰语，既无“走资派”，也没有“资产阶纵反动学术权威”，使他失望之余，又感到惊喜。他暗想：“这至少说明，在革命群众中，还没有给我扣上一顶什么帽子。”但是，小将们既有成命，他当然要诚惶诚恐加以执行。于是立刻取出三千元存款，送到学生宿舍指定的房间。季羡林满脸堆笑，把钱呈上。几个学生脸上都有点怪物相，不动不笑，令季羡林毛骨悚然。完全出乎他的意料，他们拒绝接受，说：“你拿回去吧！”季羡林敬谨遵命，退了出来。这究竟耍的是什么把戏，至今季羡林也不明白。
革命群众并没有把季羡林忘掉，时不时地把他叫去开批判会。请注意，是“批判会”，而不是“批斗会”，一字之差，差以万里。批判会主要批他的智育第一，业务至上，学生们管这叫“修正主义”。这种批判对季羡林来讲，早已是老生常谈，习以为常的事了。他在《牛棚杂忆》中写道：
如果这就是修正主义的话，我乐意接受修正主义这顶颇为吓人的帽子。解放后历届政治运动，只要我自己检查或者代表东语系检查能够检查这一点，检查到自己智育第一，业务至上的修正主义思想，必然能顺利过关。“文化大革命”也不例外。但是我是一个“死不改悔”者，检查完了，关一过，我仍然照旧搞我的修正主义。到了今天，回首前尘，我恍然有所悟。如果我在过去四十年中没有搞点修正主义的话，我今天恐怕是一事无成，那七八百万字的著译也决不会出现。我真要感谢自己那一种死不改悔的牛劲了。
不管怎样，这段时间里，给季羡林头上戴的，不过是与资产阶级反动学术权威有点联系的智育第一，业务至上的帽子，而且又当作人民内部矛盾处理，他心里真是感到十分满意。虽然他也意识到，自己的处境并非完全美妙，说不定什么时候，什么原因，会被革命小将揪出来批斗，但毕竟现在还是自由的，就不再去想那么许多，自己乐得先快活一阵再说吧。
《三国演义》里开宗明义第一句话便是：“夫天下大事，分久必合，合久必分。”这是一条颠扑不破的真理，放之四海而皆准。不论是久远的中国历史，还是短命的北大校文革历史，都脱不出这条规律。“聂记校文革”成立不久，全校“大一统”局面尚未形成，便“烽烟四起”，“渔阳鼙鼓动地来”，出现了分裂。从8月份开始，北大出现了众多的造反派组织。它们各自为政，独立行动，不受任何人领导，人自为战，队自为战，派自为战，于是北大校园里便再现了“五胡十六国”的局面。当时成立造反组织不需要登记，不需要经过任何人批准，没有人来挑剔法律程序，只要自己贴一张大字报宣布自己叫什么战斗队，写上几句“东风吹，战鼓擂，现在谁也不怕谁”，再喊几声“万岁！”就可以了。当然，起名字也是颇有讲究的，譬如：“新北大”、“红旗飘”、“井冈山”、“东方红”、“东风”等，以见其革命性；取自毛泽东诗词的也成为时髦，如“缚苍龙”、“九天揽月”、“跃上葱笼”“从头越”等；也有颇为吓人的，如“铁锤”、“清道夫”；还有一目了然，干脆明快的，如“干到底”、“揭老底”之类的，五花八门。至于战斗队的人数，则极为参差不齐，大的几十人、几百人；小的十几人，四五人；据说还有一个人的战斗队。据不完全统计：从8月18日至10月15日，不到两个月的时间里，全校出现的各类红卫兵组织、战斗队、战斗组约九十二个，参加者三千余人。以后又陆续增加了许多。这些造反组织首先在校内外进行了大量的“横扫四旧”，抄家，没收家产、文物、书籍等活动。据不完全统计，校内被抄家的有536户（教授53％、中层干部80％以上均被抄家，甚至有的外籍专家也被抄家）。红卫兵还以反“四旧”的名义，将临湖轩改名为“解放院”；燕南园改名为“反修园”；南阁改名为“五二五楼（因聂元梓等的大字报写于5月25日）”；俄语系也一度改名为“反修系”。聂记校文革宣布：将6月l日定为北大校庆日。
造反派在“横扫”之后，便开始打内仗。到了l0月中旬，原来和聂元梓在一起的“老左派”内部也发生了分裂。各派虽然表面上慷慨陈辞，革命不离口，实质上目的都在争夺北大的领导权。当时聂元梓是“老佛爷”，校文革就是朝廷，因此争论的焦点便是聂元梓和她的校文革是否执行了正确路线。反对派说：“聂元梓上台以后执行了一条隐蔽的资产阶级反动路线”；拥聂派则说：“聂元梓执行的是毛主席革命路线”。各说各的理，互不相让，此时还未开始“文攻武卫”，主要还是以笔杆子为武器，用大字报进行战斗。经过了一段时间的磨擦，争斗，兼并，重组，众多的造反派组织逐渐形成了两大派：一派是新北大公社，是支持聂元梓和校文革的；一派是井冈山兵团，是反对聂元梓和校文革的。到了1967年“一月夺权风暴”后，北京大专院校的红卫兵也分裂为“天”派和“地”派两大派。各校的红卫兵组织，出于种种原因，分别归属于两派麾下。
聂元梓和校文革除了与反对派打内战以外，还奉中央文革小组之命，杀向社会：到上海去支持王洪文的造反派夺上海市委的权；批斗北京市委、中宣部、文化部的“走资派”；参加“刘少奇罪行调查团”、“揪叛徒调查团”；批判朱德、邓小平、贺龙等党和军队领导人的“罪行”等，忙得不亦乐乎。聂元梓和校文革穷于应付内外两条战线的战斗任务，已经显得力不从心，更无暇关注批斗校内的“走资派”和“资产阶级反动学术权威”，再加上从1966年8月份开始的大串联，早已风行全国，北大师生大部分也都离校外出串联去了，一时间，喧闹的北大校园忽然冷清起来。
季羡林在“文革”初期，想象自己头上应该戴的两顶帽子，结果半年过去了，一顶也没给他戴上。从1966年下半年到1967年上半年，差不多半年多的时间里，季羡林完全成了一个自由民。这时，没有人来“勒令”他拿出钱来，也没有人再到他家去扫“四旧”，相反，他还参加了一些社会工作和集体劳动，这使他喜出望外。他说：“在第一次革命浪潮中，我没有被划为走资派，而今仍然浪迹革命之内，滥竽人民之中，这真是天大的幸福，我应该感到满足了。”
在这段日子里，他首先参加了接待来北大串联的“革命小将”的工作。
全国大串联开始后，各地、各类人物，都打着“革命”的旗号，到处串联。几千万人，在全国各地漫游，四处造反。中央文革命令各单位要好好接待这些“革命小将”。小将们坐车乘船都不花钱，吃、住费用全由接待单位负责，整个儿一个免费大旅游，全世界都找不到这样的好事。串联的造反派，不需要任何身份证明，也没有单位的介绍信，就凭一身旧军装，再加一副造反派的派头就足够了。这副“尊容”，人见人怕，列车员不会向你要票，连警察也惧你三分。到北大来串联的外地人比6月初来看大字报的人还多。据统计：自7月29日至8月28日，一个月中，到北大来串联的外地人员共约2l2。4万多人次。小小的燕园又挤得水泄不通。
季羡林在《牛棚杂忆》中回忆道：
我自己既然被恩准呆在临界线这一边，为了感恩图报，表示自己的忠诚，更加振奋精神，昼夜值班。“客人”没有棉被，我同系里的其他人，从家里抱去棉被。每天推着水车，为“客人”打开水。我看到“客人”缺少脸盆，便自己掏腰包，一买就是二十个。看着崭新的脸盆，自己心里乐开了花。
但是，正如俗话所说，天下不如意事常八九。我快活得太早了，太过分了。革命小将，当然也有一些中将，好像并不领情。新被子，只要他们盖上几夜，总被弄得面目全非，棉花绽了出来，被面被撕破。回头再看脸盆，更让�