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《四库全书存目丛书》是由《四库全书》派生出来的一部大型丛书。清乾隆时期编纂的《四库全书》是中国历史上最大的一部丛书，共收录历代典籍3761种（据文渊阁《四库全书》），号称中国文化的渊薮。但是《四库全书》并不全，不仅所收书中有不少内容经过抽毁和篡改，而且还有大量典籍被摒弃在外，或予以禁毁，或列为存目。其中仅列为存目的就有6793种。
所谓存目，根据乾隆帝三十八年五月十七日的上谕，就是“止存书名，汇为总目”，而不收其书。存目书之所以列为存目书，其原因大致有以下四端：
第一，“有悖谬之言”，即含有批评清王朝统治内容者；
第二，“非圣无法”，即含有反礼教，反传统或宣传异端倾向者；
第三，著作时代切近者；
第四，“寻常”、“琐屑”之作；
由上可知，《四库全书》之所以把一部分书“止存书名”，而不收其书，其主要原因是由于这些书不符合清王朝的统治需要和价值标准，同时也与清王朝要控制《四库全书》的规模，加快速度有关。
四库存目书内容异常丰富。首先，四库存目书中有许多著作对研究中国古代的哲学思想和政治思想很有价值。其次，四库存目书中史类著述最为可观，对研究史学及文艺学均有裨益。再次，文学类有价值的书不胜枚举，如明郎瑛《七修类稿》、胡应麟《诗薮》、胡震亨《唐音癸签》，清沈雄《古今词话》、叶變《原诗》等都属此类。其他如地理类、文字学类、医学类、天文算法类、农家类、刑法类、杂家类、释家类，都有许多值得注意的珍贵典籍。
编纂工作以“尊重历史，保存文献”为总方针。首先是普遍调查，尽数收集，对全世界二百余家图书馆、博物馆、大专院校所藏四库存目进行大规模查访，在此基础上编定工作目录。发现了不少极为稀见，甚至早为有关专家宣布失传的古籍。
《四库全书存目丛书》共收录历代典籍四千余种，六万余卷，分为经、史、子、集四部及目录、索引，共一千二百册，每册八百页。所收书八成为宋、元、明、清各级善本，三成为孤本。经过三年多的努力，《四库全书存目丛书》现已全部出齐，并受到海内外学术界的热烈欢迎和广泛利用。
9、主编《传世藏书》
《传世藏书》是一座系统完整的中国古籍书库，是国家“八五”重点出版规划项目。该书由季羡林任总编，北京大学、复旦大学、中国社会科学院等二十六家高等院校和科研单位，二千七百多名专家学者共同参与选目和点校。该书精选先秦至清末文化典籍一千种、三万卷，三亿余字，编为一百二十三巨册，分经、史、子、集四库，每库又分若干部类，包括了《四库全书》以及其他所有大型古籍中的一流经典和重要著作。
《传世藏书》于1991年开始启动，1996年完工，历时六载。该书是全国协作、集体智慧的结晶，其编纂出版完成，可谓是在中国现代文化史上树立了一座丰碑。
纵浪大化中
从l991年到2001年的十年，是季羡林一生中最辉煌的时期，功成名就，誉满天下；但是，这十年也是季羡林个人及家庭遭遇不测风云，最不幸的十年。这十年里，他的家庭连遭大难，自己身体又屡患疾病，再加上成名之累，令他饱经忧患，身心交瘁，苦不堪言。在公开场合，人们看见的季羡林，仍然是一位和蔼可亲，兴致勃勃，谈笑风生，乐观幽默的长者，可又有谁知道，在他内心深处，却隐埋着那么的难言之苦，难言之痛。这些痛苦，季羡林是不会当面对人说出来的。只有细心的读者才能从他的散文或者某年《述怀》、《抒怀》之类的文章里寻到一些蛛丝马迹，窥见到季羡林内心深处的伤口，触摸到他那真实的心灵轨迹来。
季羡林八十岁时尚有一个十分美满和睦的家庭。老祖和妻子操持家务，把家里收拾得干干净净，井井有条。三位老人，你尊我敬，日子过得平静而快乐。每到吃饭时间，妻子来到书房，招呼季羡林过去吃饭。季羡林放下手中的笔，暂时忘记那些繁杂的学术问题，让自己的脑筋休息一下，来到餐桌前，饱餐一顿老祖做的可口饭菜。在饭桌上，三位老人边吃边聊，新闻旧事，家长里短，天南海北地说上一通。季羡林吃完饭，放下筷子，又回到书房继续看书写作，家务事半点也不用他操心，一切由老祖和妻子安排得妥妥贴贴。每逢周末，女儿婉如，儿子延宗，带着外孙和孙子回来团聚，祖孙四代齐聚一堂，家里更是欢声笑语盈耳，洋洋喜气四溢，热闹非凡。季羡林坐在椅子上，看着这合家欢乐的景象，一边微笑，一边沉醉在这天伦之乐的氛围之中，感到无比的幸福。
1990年代初，老祖突然去世。老祖辞世时已年届九旬，早已超过了“古稀”的年龄，是在中国人希望的年龄之上过世的，季羡林虽然十分悲痛，但仍能保持理智。他在《我的婶母》一文中悼念老祖时，用了比较平和的语言表示了自己的祈愿，他写道：“老祖以九十岁的高龄离开人世。我想，她是含笑离开的。”
然而，过了没多久，还不到六十岁的爱女婉如，又因病故去。婉如的死，犹如晴天霹雳，一下子震撼得季羡林几天都说不出话来。他痛哭失声，老泪纵横。这一次的打击对季羡林来说实在太沉重了，可又无可挽回。他只能拭干了泪水，把悲痛深深地埋在心底。
1994年，妻子彭德华又走了。这位陪伴他度过了六十年坎坷岁月的妻子去世时，季羡林的眼泪已经流干了。他无法接受这样残酷的事实，也不愿回到那空空荡荡的家里去，只能整日价只身独坐在图书馆里，埋首故纸堆中，以图忘记一切。一年后，季羡林写了《我的妻子》一文以示悼念。他写道：“去年德华走了。她也活到了米寿，她可以瞑目了。德华永远活在我心里。”
季羡林对人生的寿夭穷通并不是没有思考过，早在家庭悲剧发生之前，他已经有所醒悟，有过心理准备。他写道：“我活了八十岁，参透了人生的真谛。人生无常，无法抗御。我在极端的欢乐中，往往心头闪过一丝暗影；天下无不散的筵席。我们家这出美满的戏，早晚有煞戏的时候。”但是，他万万没有料到，他家的这出戏，“煞”得如此之迅疾。在短短的三四年时间内，亲人们一个个悄然离去，一个本来充满欢乐和温馨的家庭，转眼之间，便“人去楼空”，只剩下他一个孤家寡人，茕茕孑立，形影相吊。
尽管季羡林曾标榜过自己是陶渊明的信徒，什么“应尽便须尽，无复独多虑”，但是亲人的生离死别乃人生至痛，焉能无动于衷？此时任何的理智与信念都统统无济于事。他终日怀念亲人，“肠一日而九回”，痛定思痛，痛何如哉。季羡林无处排遣满腔的悲痛与惆怅，只能拿起笔来，宣泄于笔端。1993年，他在那篇著名的散文《二月兰》中怆然叹道：
曾几何时，到了今天，老祖和婉如已经永远地离开了我们。老祖和婉如的走，把我的心都带走了。如今，天地虽宽，阳光虽照样普照，我却感到无边的寂寥与凄凉。回忆这些往事，如云如烟，原来是近在眼前，如今却如蓬莱灵山，可望而不可即了。
三位亲人的相继辞世，使他悲痛到了极点，再加上其他的一些原因，他甚至“心里总想成为一个悲剧性的人物”。他在1995年2月1日提笔写下了《1995年元旦抒怀──求而仁得仁，又何怨！》。在这篇重要的抒情散文中，季羡林袒露心扉，倾泻出了几年来郁结于胸中的悲戚之情，这是他当时心灵的真实写照。他写道：
我幻想成为一个悲剧性的人物，是不是与此有些关联呢？恐怕是有的。在我灵魂深处，我对母亲之死抱终天之恨，没有任何仙丹妙药能使它消泯。今生今世，我必须背着这个十字架，我决不再有什么任何形式的幸福生活，我不是一个悲剧性的人物又是什么呢？
然而我最近梦寐以求的悲剧性，又决非如此简单，我心目中的悲剧，决不是人世中的小恩小怨，小仇小恨。这些能够激起人们的同情与怜恤、慨叹与忧思的悲剧，不是我所想象的那种悲剧。我期望的究竟是什么样的悲剧呢？我好像一时也说不清楚。我大概期望的是类似能“净化”（hashasois）人们灵魂的古希腊悲剧。相隔上万里，相距上千里，得到它又谈何容易啊！
然而我却于最近无意中得之，岂不快哉！岂不快哉！这里面当然也有遗弃之类的问题。但并不是自己被遗弃，而是自己遗弃了别人。自己怎么会遗弃别人呢？不说也罢。总之，在我家庭中，老祖走了，德华走了，我的女儿婉如也走了。现在就剩下我一个孤家寡人，赤条条来去无牵挂了。我成为一个悲剧性的人物，条件都已具备。只待东风了。
孔子曰：求仁而得仁，又何怨！
这篇文章传递了季羡林当时内心悲愤之情的信息。在平静的语调背后，涌动着滔天的巨浪。在模糊的词语中，有着深邃的内涵。
季羡林一生饱经忧患，到了望九之年，家庭又连遭不幸（1996年，他的女婿又离开人世），一个本来美满幸福的家庭得而复失，最后只剩下了他一个“孤家寡人”，其心情之悲痛、凄凉，概可想见。但是，季羡林是坚强的。他没有被厄运击倒，从此心灰意懒，一蹶不振。相反，他艰难地，步履蹒跚地，在捱过了两三年痛苦的日子以后，到了1998年，终于走出了孤独、悲伤的阴影，重新恢复了生活的信念，开始了新的生活。他这种心情的转变，可以从他在1998年写的《虎年抒怀》中看出来。他写道：
我现在的心情是一方面感觉自己还年轻，在北大教授的年龄排名榜上，我离开状元、榜眼，还有一大截。我至多排在十五名以后。而且，我还说过到八宝山去的路上，我决不“加塞”。然而，在另一方面，我真觉得自己活得太久了，太累了。几十年的老友不时有人突然离开人间，这种“后死者”的滋味是极难受的。
两种心情矛盾的结果，往往是后者占了上风。在这篇《抒怀》的最后，他写道：
在中国“古代诗人”中，苏东坡是我最喜欢者之一。记得十几岁做诗谜时，我采用的就是苏东坡全集。虽然不全懂，但糊里糊涂地翻了一遍。最近一两年来，又特爱苏东坡的词，我能够背诵不少首。我独爱其中一首“浣溪沙”。题目是“游蕲水清泉寺，寺临兰溪，溪水西流”。原文是：
山下兰芽短浸溪，松间沙路净无泥。潇潇暮雨子规啼。谁道人生无再少？门前流水尚能西。休将白发唱黄鸡。
东坡问：“谁道人生无再少？”我答曰：“我道人生有再少。”我现在就有“再少”的感觉。这是我的现身说法。但是，我的“再少”在我内心中似乎还是有条件的：吃饭为了活着，但活着不是为了吃饭，而是工作。如果活着只是为了吃饭，还不如不活为佳。
季羡林从八十岁开始，自命为陶渊明的信徒，并且把陶诗“纵浪大化中，不喜亦不惧。应尽便须尽，无复独多虑。“作为自己的座右铭。这首陶诗旷达倒是旷达，但总给人一种对命运的无为、无奈的感觉，稍嫌有点消极。季羡林到了八十七时，用东坡词替换了陶诗，作为自己新的座右铭。东坡词的境界之博大，气势之雄健，不甘于受命运摆布积极的人生态度，显然比陶渊明更能激励季羡林，况且，季羡林“我道人生有再少”，斩钉截铁，铿锵有力，掷地可作金石声，分明表现出季羡林在走过一段暗路后崭新的精神面貌和昂扬振奋的心情。这是季羡林在望九之年精神状态的一次重大的自我超越。
到了2000年12月30日，季羡林在写《九十述怀》时，已经完全摆脱了几年来压在他心头的重负，恢复了昔日乐观的心情，并且表现出“烈士暮年，壮心不已”的雄心壮志。他写道：
在一般人心目中，家是停泊休息的最好港湾。我的家怎样呢？直白地说，我的家就我一个孤家寡人，我就是家，我一个人吃饱了，全家不害饿。这样一来，我应该感觉很孤独了吧。然而并不。我家庭“成员”实际上并不止我一个“人”。我还有四只极为活泼可爱的，一转眼就偷吃东西，从我家乡山东临清带来的白色波斯猫，眼睛一黄一蓝。我的家庭“成员”还不止这样多，我还养了两只山大小校友张衡送我的乌龟。我还饲养了五只大甲鱼。最让我高兴的是，我还结交了不少新朋友。他们都是著名的书法家、画家、诗人、作家、教授。我们彼此除了真挚的友情和友谊之外，决无所求于对方。对我来说，他们不是亲属，胜似亲属。有人说：“人生得一知己足矣。”我得到的却不止一个知己，而是一群知己。有人说我活得非常滋润，此情此景岂是“滋润”二字可以概括！
文章末尾，季羡林充满信心地写道：
不管怎样，反正我是非走上前去不行的，不管是坟墓，还是野百合花，都不能阻挡我的步伐。冯友兰先生的“何止于米”，我已经越过了米的阶段。下一步就是“相期以茶”了。我觉得，我目前的选择只有眼前这一条路，这一条路并不遥远。等到我十年后再写《百岁述怀》的时候，那就离茶不远了。
季羡林在完成这次精神上的超越以后，完全回复了往日平和乐观的心态。大家又看到他那发自内心的笑容，又听到他宛如孩子般清纯的笑声了。
季羡林虽不锻炼身体，到八十岁时，他身体的状况却比同龄人还算略胜一筹，除了偶尔患心律不齐的毛病，就是每年秋冬之际，哮喘病时有发作。这两种小病并不影响他的正常工作和生活，他也就不太在意。八十岁以后，季羡林步入老境，身心两个方面，都感到有些力不从心了。眼睛首先出了问题，看东西模糊起来，逐渐连红绿颜色都分不清楚了。