摩根索于1944年夏天开始介入德国战后规划事务。他的传记作者约翰·莫顿·布鲁姆在谈及此事时，轻描淡写地将它称为财长职业生涯中“最富争议、最痛苦的一段插曲”。而在这段插曲中，怀特所发挥的作用至少也是同样得富有争议。布鲁姆指出，在布雷顿森林会议结束前，摩根索“对德国的问题思考甚少。但是，从一战时起，他就对德国人心怀戒备，认为是德国人的侵略引发了一战；而且他永远不会忘记他亲眼在土耳其前线目睹的残忍景象。……德国人，摩根索相信，即使战败了也仍然会滋生统治世界的梦想”。31
1944年8月6日，摩根索飞赴伦敦审查租借援助以及英国的美元储备情况。在此期间，怀特向财长提交了一份国务院关于战后对德政策的备忘录，主要执笔人是帕斯沃尔斯基和艾奇逊。备忘录提出，在短期内德国应以实物进行战争赔偿，并消除德国对欧洲经济的控制，但是对于长期，备忘录设想让一个繁荣、工业化的德国完全融入全球经济之中，设想要“坚定地推进和平与和解”。
摩根索对此非常抵触。他认为这个方案软弱无力、不顾后果而且天真无知。摩根索认为，这样的政策将使德国有能力再度实施灾难性的武装侵略行动，因为对于一个崇尚暴力、不断制造麻烦的国家而言，这是一种无法抵抗的诱惑。怀特赞成这一观点。在伦敦的一次广播访谈中，财长对英国听众说道：“仅仅说‘我们将解除德国和日本的武装并希望他们学会像正直的人民一样管好自己’，这样是不够的。”他主张德国需要被分割为两个独立的、去工业化的国家。德国经济的重建应当围绕极小的农业州进行。而且，萨尔、鲁尔以及上西里西亚地区应当被国际托管，其他地区则被分给邻国。他激进的观点导致他与来自英国和美国政府的对话者产生了分歧。
摩根索对国务院感到相当恼火，认为它执行的政策违反了摩根索认为罗斯福、丘吉尔以及斯大林1943年11月在德黑兰会议上达成的分割德国的共识。于是他在从欧洲返回后，立即请求总统介入。罗斯福也认为国务院没有按照计划行事。“我们或者不得不阉割了德国人，”根据摩根索的记录，总统说道，“或者必须以这样一种方式处理他们，使他们无法继续繁殖那些希望重复其过去做法的人。”32财长认为这句话是暗示他启动财政部自己的分析，这个分析的框架将由他来设定，而和以往一样，怀特将提供大部分的实质内容。
怀特声称，在分割德国的问题上“凯恩斯似乎完全站在我们这边”。33这显示出他渴望获得凯恩斯的认可和支持。但这充其量是在夸大其词，因为凯恩斯仅仅同意临时分割德国，并完全反对使德国去工业化的想法。34对于摩根索而言，他并不在乎凯恩斯的想法，而是集中精力去争取史汀生、赫尔以及美国当局其他重要人物的支持。
在这件事进行过程中，摩根索的所作所为像极了凯恩斯，依靠粗糙的直觉和情绪而非事实与推理，有时甚至陷入荒唐的境地。“难道你不认为我们应当效仿希特勒的做法，”他对史汀生问道，“彻底将德国人的孩子与他们的父母分开，使这些孩子由国家监护，让前美国军官、英国军官以及苏联军官来掌管这些学校，让这些孩子学些真正的民主精神？……我还对史汀生讲述了关于铲除德国的全部工业，使德国人沦为由小地主组成的农业人口的想法。”史汀生表示反对，称这将使数以百万计的人离开这个国家。“可是，与将他们送进毒气室相比，这个结果不算差了。”财长指出。史汀生称摩根索主张“我们以愚蠢的经济举措……进行大规模的报复”，其结果是“将在德国引发非常危险的反应，并很可能引起一场新的战争”。35但是摩根索的意见非常坚定，并相信他获得了总统的支持。
财政部的报告于1944年9月4日完成，题为《预防德国发起第三次世界大战的计划》，很快它就被称为摩根索计划。怀南特大使的经济顾问E。F。彭罗斯挖苦地恭维怀特，称他“几乎就给摩根索糟糕的命题披上了一件思想上可圈可点的外衣”。36后来偶尔也有评论家提出，摩根索计划实际上是“怀特的计划”。在某种意义上，这个说法是准确的，确实是怀特执笔起草了该计划，并且他也相信其中的大部分内容，例如他提出和平要求将德国降格为“第五等国家”。37但是这种说法也带有误导性，因为是摩根索发起了这项工作，也是他迫使怀特将这个计划写得更加极端，超出了怀特自己希望的范畴。美国前国防情报机构官员约翰迪特里奇援引摩根索之子的话，大意是“所谓的摩根索计划，似乎是在哈里德克斯特怀特的脑海里诞生的”。38但是其子继续说道：“摩根索的反馈大大超出了怀特本人的预期。很快摩根索就如同疯狂驾驶一样继续前进，甚至令他最为热情和忠实的支持者都困惑不已。”39
怀南特的政治顾问菲利普莫斯利指出，该计划将使德国对欧洲大陆的霸权被苏联的霸权所取代。毫无疑问，怀特也意识到了这种转变并予以支持。40但是怀特仍然反对摩根索关于莱茵河流域去工业化的想法，认为这将使1500万人陷入极度贫困之中。“我不打算让步，”摩根索仍然坚持道，“总统可以推翻我的想法，但是其他任何人都不行。”41怀特顺从了。
9月12日，摩根索被罗斯福紧急召往魁北克参加与英国人举行的八角形会议，这也是财长第一次受邀参加英美领导人会议。虽然罗斯福并没有说明召唤他的目的，但是摩根索猜测是因为“罗斯福试着将我的对德计划告诉了丘吉尔但是并未成功”。这基本上是对的，虽然丘吉尔还请求罗斯福召摩根索前来讨论第二阶段租借的问题。现在这两个问题危险地纠缠在了一起。
在9月13日晚的国宴上，总统要求摩根索向首相简要介绍他的对德计划。当财长说完了之后，丘吉尔“冲我激烈地发泄了他满腔的抗议、讽刺和愤怒”，摩根索记录道：“他看着财政部的计划，说道，他将把自己和一具德国死尸绑在一起。”这些想法肯定“不符合基督教的精神”，丘吉尔坚持认为。总统一言不发，而是“让首相猛烈地抨击我直到他精疲力尽”。42
摩根索一夜未眠，但是第二天关于德国问题的谈判突然转了一个大弯。丘吉尔的立场发生了不可思议的变化。他解释道：“起初我激烈地反对摩根索的想法。但是总统和摩根索先生态度极为坚持，而我们对他们又多有所求，所以最终我们同意考虑这个想法。”43但是他所谓的“多有所求”又是什么意思呢？
9月14日中午，罗斯福与丘吉尔举行会谈，摩根索、彻维尔、外交大臣安东尼·艾登以及外交部常务副大臣亚历山大·贾德干爵士参加了会谈。第一个议题是第二阶段对英国的租借援助。65亿美元利益攸关。总统对待首相显得很漫不经心，打着岔不愿草签备忘录。“你想让我做什么，”丘吉尔一度大声嚷道，“像法拉一样站起来乞求？”（法拉是罗斯福爱犬的名字）根据怀特所述，罗斯福于是要求首相口头同意摩根索计划。这看起来似乎是一个交换条件。
9月14日，丘吉尔要求，或者更确切地说是乞求，获得第二阶段租借援助。罗斯福故意拖延，目的是先从丘吉尔那里得到关于德国问题的承诺。丘吉尔显然作出了承诺，但是当时并未留下任何记录。于是在9月15日与罗斯福、摩根索、艾登和彻维尔的午间会议上，丘吉尔以在德国问题上没有留下正式的书面谅解为由，口授了一段他自己起草的谅解案文。此前彻维尔已经说服丘吉尔相信摩根索计划中蕴含了对英国非常宝贵的出口机会，因此丘吉尔将计划内容缩短为6句话，重点是必须关闭鲁尔与萨尔地区的“冶炼、化学以及电力工业”，并允许“受损害的国家……搬走其需要的机械，作为对其遭受的损失的赔偿”。德国将变成“一个以农牧业为主的国家”。
艾登大发雷霆，并于会后与丘吉尔发生了激烈的争论。如果德国没有了制造业，艾登坚持道，她将如何支付进口产品？丘吉尔警告艾登在战时内阁面前不要反对该计划。“利益攸关我的人民的未来，”他缓慢严肃地说道，“如果要我在我的人民和德国人民之间作出选择，我将会选择我的人民。”44
当首相提及“利益攸关”他的人民的未来时，他脑海里想的主要是租借援助，而非将德国农牧化。彻维尔本人也对英国财政部驻华盛顿代表罗伯特·布兰德说道：“如果他说服温斯顿签署了这份文件，英国获得贷款的可能性会大很多。”45实际上，彻维尔和丘吉尔是在利用一份糟糕的对德计划来谋求英国的最大利益。罗斯福草签了丘吉尔口授的文字，随后又草签了美国对第二阶段租借的承诺。和在布雷顿森林一样，英国人为了换取亟需的美元，再次加入了一个略微缩水后的美国人的地缘政治计划。
摩根索想让全世界相信，丘吉尔最终支持他的对德计划完全是因为计划自身的价值。他称怀特的记忆有误，没有什么交换条件。9月20日，德国问题内阁委员会在华盛顿召开会议，史汀生追问摩根索对德协议和租借援助协议之间究竟有什么联系。摩根索指向怀特所作的魁北克会议记录，记录支持了财长不甚坦诚的说法，即“在最终起草”租借援助备忘录之前，丘吉尔“已经同意了对德的政策”。46赫尔连一个字也不相信。甚至连财长忠诚的副手怀特实际上也将他称作是个骗子。“你特别强调他们于何时签署了这份文件，”怀特说道，“但是如果允许我提醒你，丘吉尔在试图使总统同意租借文件时说过……‘你想让我做什么，像法拉一样站起来乞求？’关于租借的文件确实是在之后签署的，但是实际上之前有一个口头承诺。……但是，无论如何，在我脑海中更重要的一点是你曾经将两个问题绑在一起。”47
内阁内部的分歧现在已经不可弥合了。摩根索称：“在魁北克议定的事项……是我整个政府职业生涯的顶点。我从这四十八个小时中获得的个人满足超过了此前任何与我有关的事情。”48另一方面，赫尔认为该计划是一场“盲目的复仇”，可能会消灭德国40％的人口，他写道“魁北克的整个事件经过……是我担任国务卿一职期间感到最愤怒的事件之一。如果摩根索计划泄露出去，它一定会泄露出去（并且就将在不久之后），它很可能意味着德国会战斗到底、殊死抵抗，这将导致数千名美国人失去生命。”49
尽管内阁存在分歧，但是摩根索的处理方法得到了总统的支持，并得以最终胜出。9月22日，尽管其成员感到强烈不满，德国问题内阁委员会还是批准了后来臭名昭著的参谋长联席会议关于战后占领德国的第1067号指令的第一稿草案。在这份秘密文件的各项严厉的条款中，有一条指示盟军最高指挥官德怀特·艾森豪威尔“不要采取任何旨在恢复或加强德国经济的措施”。他只需要寻求获得外部物资来满足德国人口“必不可少的需要，以防止出现饥荒、疾病蔓延或者可能危及占领部队的民众动乱”。
正如赫尔所预料的，摩根索计划的细节以及由此导致内阁激烈争吵的情况开始被《华盛顿邮报》、《纽约时报》、《华尔街日报》以及全球多家媒体曝光。在德国，纳粹政权充分利用这一事件来加强德军的抵抗。纳粹德国宣传部部长约瑟夫·戈培尔公开宣称它证明了盎格鲁…撒克逊人和布尔什维克一样，决心要“消灭3000万～4000万德国人。”装备和战争生产部部长阿尔伯特·施佩尔后来回忆道：“摩根索计划在某种程度上是为希特勒及其政党量身定做的，因为他们可以以此为证，称战败将使所有德国人在劫难逃。”50希特勒本人声称该计划将导致“1500万～2000万德国人流离失所，使我们剩下的人民被运到海外、遭受奴役，毁掉德国的青年一代，并且最关键的是，令我们的广大民众挨饿致死”。51
计划的披露自然而言地在美国引起了一场政治风暴。共和党总统候选人托马斯·德维称有关该计划的消息“相当于10个师的德国生力军”。罗斯福的女婿、约翰·伯蒂格中校估计它“顶的上30个师的德国部队”。马歇尔·纳潘中校在战后写道：“从战场回来的筋疲力尽的人报告说，在摩根索政策宣布后，德国人在战斗中的斗志是之前的两倍。”奥马尔·布拉德利将军回忆道：“在9月初，大多数盟军高级指挥官都认为德军战败在即。然而10月德军奇迹般地重整旗鼓，令人感到震惊，并驱散了一些乐观的情绪。”艾森豪威尔自己报告称，德军士兵中有一种“明显的疯狂之情”。“德国人坚信他们是在为自己的生存而战。”52摩根索计划显然加强了纳粹战争宣传的效力，并很可能导致了战争的延长以及盟军伤亡的增加。
赫尔此前曾经警告罗斯福，他与该计划之间的联系将对他造成政治上的损害。现在总统开始寻找庇护。9月26日，他解散了德国问题内阁委员会。10月3日，他不可思议地对史汀生说道，“他不知道他怎么会草签”由丘吉尔口授的魁北克备忘录。“坦白地说”，备忘录的内容让他感到“大吃一惊”。他在一场新闻发布会上说道：“所有关于内阁分歧的故事在基本事实上根本都是错误的。”在伦敦，丘吉尔也是掉头就跑，他提出的六句话版本的摩根索计划甚至还没有正式提交内阁就已经胎死腹中。战争结束后过了很久，在1949年7月，这位前首相甚至还对备忘录作出了道歉：“毫无疑问它提出的德国处理方案是一个非常苟刻的方案。……我很抱歉我草签了它。”53
参谋长联席会议第1067号指令最终将被更加开明、惩罚色彩淡化许多的第1779号指令取代。但是这要一直等到1947年7月，也就是欧洲的战争结束两年以后。在此期间，其思想的先驱摩根索计划，不仅仅成为了纳粹战时宣传的宝贵工具，而且也成了�