俊臣精心策划了一场大阴谋，准备让手下党羽先诬告武氏诸王和太平公主及张易之，再诬告皇嗣李旦和庐陵王李显联同禁军谋反。第一步棋还没能下得了，就被一个打退堂鼓的手下将消息报到了太平公主那里。诸武和太平公主对来俊臣的厉害早已领教，恐惧之下立刻提前动手，收集了来俊臣的罪证向女皇控告。神功元年（697）六月，武则天颁布《暴来俊臣罪状制》，终于使杀人无数的来俊臣也被处以极刑。来俊臣被处刑后，尸体眨眼间就被仇家手撕口咬，丝毫不剩。则天时代酷吏历史宣告结束。
除了“酷吏”，武则天所用的“循吏”其实更多，而且众多酷吏几乎只充当打手，很少有谁能掌握行政大权，武周王朝的宰相群人数众多，却只有两个酷吏：傅游艺与吉顼。
傅游艺只当一年多宰相就被下狱死；
吉顼虽是酷吏，但敢与诸武当面争吵，主张杀来俊臣，劝立李显为太子，为人更象汉时陈汤一类。最著名的三大酷吏为索元礼、周兴、来俊臣。索元礼官止游击将军（从五品上）；周兴官止尚书左丞（正四品上）；来俊臣官止司仆少卿（从四品上），都只能掌握刑狱，无法染指国政方针。这也是武则天时代虽然酷吏众多、又经历了改朝换代，国家却仍然正常运行的重要原因。只是世人知酷吏者多，知循吏者少，也算是好事不出门，坏事传千里。
看着姑母登基称帝，武承嗣眼前仿佛也看到了自己的未来。他费尽心机等的就是这天，现在他要开始下一步：让姑母废皇嗣李旦，立自己为继承人。这当然也是诸武共同的愿望。
天授二年（公元691），武承嗣党徒凤阁舍人张嘉福派王庆之等数百人联名上表，请武则天改立武承嗣为皇太子。表章递上，立即引来了宰相们一轮又一轮的猛烈抨击，也没能得到武则天的同意。诸武当然怒火中烧，便勾结来俊臣编织冤狱，将右相岑长倩、同平章事格辅元及其它相关数十人都杀害了。
这一场冤狱，其实也从另一个侧面反映武则天心中的左右摇摆。人的天性使她更偏向亲生的儿女，何况李旦一直以来都表现得温驯听话。但帝王的天性却使她清醒地意识到儿女毕竟都是李唐王朝的后人，不可能将她劳心费力开创的武周王朝继续下去。假如李唐王朝重振，自己的身后名声很可能狼籍，假如武周王朝继续，这种情形则不太可能出现。
犹豫不决的武则天随后召见了王庆之，一见面就问他：“皇嗣李旦是我的亲生儿子，为什么要废掉他？”王庆之回答：“‘神不歆非类，民不祀非族。’如今已是武家天下，怎么能让姓李的继承皇位！”武则天犹豫良久不能抉择，遂命王庆之退下。王庆之好容易才当面见到了武周女皇，又奉了诸武之命，一心想当个“保国功臣”，哪肯就这样走掉，趴在地上又哭又喊誓死不休。武则天便将一张盖上御印的纸递给他，说：“往后你要见我也不难，凭这个就能通过侍卫了。”
得到这张纸的王庆之及诸武如获至宝，越发认为武则天如今的心思还有可乘之机。此后王庆之便频频求见，喋喋不休地向武则天请求废李旦立武承嗣。终于惹恼了武则天，当王庆之再一次大摇大摆走到她面前的时候，她下令身边的凤阁侍郎李昭德将王庆之拖出去痛打。
李昭德将王庆之拉出光政门，对聚在那里的朝臣大声宣布：“此贼欲废我皇嗣，立武承嗣！”不用说，顿时引起群情激愤，王庆之的这顿板子也就格外实在，最后被打得耳目出血、活活打死。
趁着武则天被王庆惹恼、更偏向李旦的机会，李昭德向武则天进谏：“天皇（即高宗）是陛下的丈夫；皇嗣是陛下的亲生儿子。您既然得了天下，当然应该传给自己的子孙后代，怎么可以放弃亲生儿子立侄儿！自古以来，都没有听说过侄儿当了天子而为姑姑立庙的事情，当然更谈不上姑父。如果您将天下给了武承嗣，天皇在天之灵只怕再也得不到血食了。”
武昭德的话终于从根本上打动了武则天。也使武承嗣正位东宫的计划遭到重大的挫败。
武周王朝的政事逐步走上正轨。
长寿元年（公元692）的一月初一，武则天召见存抚使推荐的所有士人，无论贤愚都加以提拔。一时间官儿泛滥，世人皆笑云：“补阙连车载，拾遗平斗量；欋推侍御史，碗脱校书郎。”事实上，这是武则天一条非常管用的帝王之术，在广洒官帽之后，她再对众人严加查考，不称职的再加以罢黜甚至刑罚。而眼看女皇施爵大方，天下有才之人又非常动心，即使有些人嘴里说得响当当，不愿为女主所用，却由不得心中羡慕，那身子也就不由己地走过来了。（一千年后的清王朝也照抄了这条方子）
告密之风，是武则天做太后时为铲除异己而施的一条非常之计，前后被诛杀的宗室贵族就有数百人，够得上大臣级别的也有几百家，至于刺史以下的官员就更是数不胜数。以至于宫婢将所有的新任官员都预先当死鬼看待。世间的宵小之徒则以为如今太后成了女皇，自己还能继续靠出卖良心升官发财。岂知女皇心里非常清楚，如今改朝换代的大业已成，天下已是武周天下，不能再任由其混乱下去。
五月发生的一件事成为遏止告密风的开始。
武则天迷信佛教，一度下令禁天下屠杀捕猎。右拾遗张德想要给儿子办三朝，爱子心切地偷偷杀羊宴请同事。补阙杜肃吃了还要拿，偷藏席上肉块，连同告密信一起送到了女皇案上。
第二天上朝的时候，女皇向张德道贺：“听说爱卿生了儿子，我也很是欢喜。”张德不知是哪里的帐，受宠若惊，连连拜谢。接下来女皇的话却惊得他魂飞天下：“不知爱卿宴席上的肉是哪里来的？”张德一跤跌倒，只好认罪。谁知女皇还有下文：“朕禁屠宰，并不以此断人赏罚。只是爱卿以后还想请客的话，还须选择合适的对象。”说着便将杜肃的告状信丢给了张德。满朝哗然，都唾弃杜肃的为人。
到八月，女皇下令监察御史严善思清理旧案，先后平反冤狱八百五十多人。至此，罗织告密之风一蹶不振。（严善思随后虽然被罗织党陷害流放，却很快又被心知肚明的女皇召为浑仪监丞。）
这一年的武周王朝喜事不断。做为女皇，做为一个天生丽质的女人，武则天对自己的外貌十分看重，她也积累了很多妆饰的心得，经过妆扮之后，即使是她的随身左右侍从，也感觉不到自己面前的是一个已经七旬的老人。到秋天的时候，女皇竟然齿落重生，更是精神焕发。
安西四镇从前被吐蕃占据，朝臣甚至上表请求女皇放弃收复的念头。武则天坚持一定要收回。本年十月，战事终于也传来了好消息：武威军总管王孝杰击败吐蕃军，收复了龟兹、于阗、疏勒、碎叶四镇，重置安西都护府于龟兹。
女皇虽然坚持不肯立武承嗣为太子，但对这个侄儿仍然宠爱备至。与此同时，她也开始犯所有皇帝共同的毛病：对自己的法定继承人满腹疑心。她也不再给太子李旦出头露面的机会，长寿二年的正月，明堂大典上承担亚献、终献之职的，居然不是太子李旦和皇孙李成器，而是武承嗣与武三思。尚方监裴匪躬、左卫大将军阿史那元庆、白涧府果毅薛大信、监门卫大将军范云仙私自前去拜见李旦，武则天也认为事情可疑，将几人都一古脑儿杀了。吓得朝臣再也没有谁敢私下去见那位皇嗣。
这使诸武又感到易储有望了，对李旦的攻击变得疯狂起来。
武则天的侍婢团儿想勾引李旦，却被害怕上当的李旦敬谢不敏。碰了一鼻子灰的团儿恼羞成怒，在武三思的指使下诬陷李旦嫡妃刘氏、德妃窦氏私行厌胜术诅咒女皇。刘氏窦氏某天去嘉豫殿朝见女皇，就再也没有回来，而且连尸骨都再没被找回来。李旦眨眼间失去了一双妻妾，却只能忍气吞气，在母亲面前装做什么事都没发生的样子。除掉了情敌的团儿见李旦还是不理睬自己，干脆打算继续对李旦下刀。幸亏侍女中有知情者举报，女皇诛杀了团儿，李旦才逃过一劫。
但是事情还没有完。女皇知道错杀了儿媳，对儿子更有戒心。为防刘氏窦氏的儿子们，她又将李旦的几个儿子统统降封为郡王。
这一系列的事情使某些人又蠢蠢欲动起来。很快就有人告发说太子意欲谋反。
这案子被交到了来俊臣的手里，一通大刑之后，东宫侍者都忍受不住屈打成招了。正当李旦一家将要死于非命的时候，东宫中一个寻常的仆人安金藏却慷慨陈辞：“愿剖心证明皇嗣不反！”说完就狠狠地剖开自己的胸口，顿时五脏迸出、鲜血四溅。
由于事涉自己最后一个儿子，武则天暗中派人在审讯地附近打听消息。听说此事后为之色变，立即命人为安金藏医治。经过一夜，苏醒过来的安金藏看见女皇，立即又为李旦鸣冤。武则天也不禁为安金藏的忠心所打动，自责道：“吾有子不能自明，不如汝之忠也。”
对于安金藏的救命之恩，李旦一直念念不忘。唐玄宗即位后，升安金藏为右骁卫将军、代国公。死后追赠兵部尚书，其子封庐州长史。
除此之外，武周王朝的内外政务在这段时间看起来还是颇如人愿的。公元695年，王孝杰击败吐蕃及突厥，韩思忠击败泥熟俟斤。突厥默啜在表面上也态度谦恭，主动请降后甚至求做女皇义子，又为女儿请婚，归还了从前的河西降户，并帅部讨伐叛乱的契丹松漠都督李尽忠、归诚州刺史孙万荣（两人反后，女皇将他们改名为李尽灭孙万斩才派人出征，看起来实在有点象老太太在闹脾气）。这一次，是默啜除掉了李尽忠，并因此得到了重赏。
然而顺利是短暂的。默啜绝非忠良，他不久就开始变着法儿骚扰边境，成为武周王朝的大患。由于后来王孝忠不幸身亡，很多将领又不能令女皇放心，于是朝中几无可用之将。武则天开始起用诸武领兵。而这个结果是明摆着的，诸武多数是平庸之辈，搞搞鬼花样可以，论真本事却实在见不得人，甚至连薛怀义都比他们强些。自此以后，武周王朝的边境也难就得太平了，甚至闹出了武延秀和亲被退货的事儿来。
就在这时，一件令女皇气恼之极的事情发生：明堂遭焚。制造这起纵火案的，正是薛怀义。
薛怀义并不仅仅是一个男宠，他同时也是武则天称帝的功臣。
在武则天代唐称帝前夕，薛怀义和法朗等僧人伪造《大云经》，声称武则天乃是弥勒降世，乃是真正的世间之主，唐室当衰。随后以此经为由头，又在天下各州皆造大云寺，专为此度僧宣讲，为武周王朝大造舆论。所以在武周王朝建立后，薛怀义等人都被封为县公，算在开国功臣里头。此后武则天也大规模崇佛，甚至下令“释教开革命之阶，升于道教之上”。又废除了老子的玄元皇帝称号、罢除了贡举试中《老子》的内容。如此一来，假和尚薛怀义就更为所欲为，甚至公然强逼道观主剃度为僧。
随着时间的推移，薛怀义已经浑然忘却了自己与武则天之间的从属关系，对女皇的指令常置若罔闻，还在民间挑选强壮有力的男子剃度为僧，数量超过千人，引起了武则天的疑心，不但找了新欢沈南璆，还将所有的武僧都流放偏远地区去了。对薛怀义的恩遇也一天不如一天。嫉恨交加的薛怀义为了发泄，便在天册万岁元年（公元695）正月十六日夜晚纵火焚烧了刚刚落成才六年的明堂、天堂。于是“火照城中如昼”，等到十七日清晨的时候，两座巍峨的建筑已经化为灰烬。
对于这场火的真实起因，女皇和大臣们都很清楚，但为了面子，仍然声称是工人不慎失火，火灾后仍然任命薛怀义主持重建工作。
既是重建总管，薛怀义又开始频频出入宫廷。而就在同一个时候，女皇与自己最信任的女儿太平公主商议定了除掉薛怀义的计划。据史书记载，二月初四这天，太平公主在宫中挑选了几十个身强力大的壮妇，又让小叔子武攸宁率领了一批壮士埋伏，等薛怀义应召入宫时，壮妇们在太平公主乳母张夫人的统率下一拥而上，将薛怀义捆成了个粽子。
薛怀义当然是死定了，不过死法有待商榷。《旧唐书》说他是被张夫人派侍卫缢死的。上文所述则是《新唐书》的记载。关于尸体的处理也有不同解释。在以辇车送回白马寺后便被“焚之以造塔”了。应该是烧化后照规矩给造了座僧塔。
天册万岁元年（公元696）三月，明堂重建完成，更名通天宫。重建后的明堂规模比从前更大，里面还增加了以五十六万七百余斤铜铸造的九座巨鼎。这座宫宇也没能存在很久。六十六年后，明堂毁于唐代宗宝应元年（公元762）十一月，原因仍然是被焚。
除了薛怀义，女皇最著名的男宠莫过于张易之、张昌宗兄弟。张昌宗是太平公主推荐进宫的。张昌宗出身士族，是太宗高宗两朝宰相张行成的族孙，不但白晳秀美，而且精通音律。张昌宗入宫得宠后又以“器用过臣，兼工合炼（… …#）”为由向武则天推荐了自己的哥哥尚乘奉御张易之，从此兄弟俩在女皇所有的男宠中位列前茅。张易之官至麟台监、恆国公，张昌宗官至司仆卿，春官侍郎，封鄴国公，他们死去的父追封襄州刺史，母亲韦氏、臧氏为太夫人。臧氏寡居寂寞，看上了凤阁侍郎李迥秀（初唐名将凉州都督李大亮族孙），女皇也为之牵线，命李迥秀兼职做臧氏的情夫。李迥秀这人做丈夫很差劲，他老婆崔氏管教妾婢，原本是很正常的事情，但是李迥秀那个多心的老娘却听不得，因为她就是个婢女出身。（奇了怪了，难道要崔氏把奴婢们当成长辈来供养么？别说那年头，就是现在也没几个人有这样的思想觉悟）。李迥秀为讨老娘欢心，立马就跟老婆离婚。别人都看不过眼劝他不要这样，他也不管。赶走了儿媳的老太太现在该高兴了吧！
在兄弟中，�