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在这个严格控制的国家安全委员会会议上，总统宣布，是自卫的时候了。美国要惩罚的不仅是发动袭击的人，还包括那些庇护他们的人。鲍威尔说，美国必须让巴基斯坦、阿富汗和阿拉伯世界明白，现在是行动的时候。他说，我们需要构建一个政治联盟。总统注意到，袭击提供了一个与俄罗斯和中国结盟的巨大的机会。拉姆斯菲尔德敦促总统及其他主要官员广泛地思考谁可能会庇护袭击者，包括伊拉克、阿富汗、利比亚、苏丹和伊朗。他非常想知道，为对付这些国家，美国究竟需要多少证据。他指出，发动一次大型攻击可能需要60天。
布什总统在9月12日主持召开了不止两次的国家安全委员会会议。在第一次会上，他强调，美国正处于战争状态，而我们的敌人却属新的“另类”。总统要求部长们突破他们在“9·11”袭击之前的工作，制定一项消灭恐怖分子并惩罚他们的支持者的战略。在确立未来战争的目的和目标时，他们研究了一份文件，该文件突破仅限于“基地”组织的范围，提出“消灭威胁我们生活方式的恐怖主义”的目标，包括追查中东地区的其他国际恐怖分子组织。
9月13日，赖斯在形势办公室主持召开了一个部长委员会会议，研究如何与“基地”组织开战。部长们同意，总的思路是，所有“基地”组织的支持者都应受到可能的惩罚。美国需要整合外交、金融措施、情报和军事行动，从而形成一个战略合力。部长们还集中讨论了巴基斯坦及其在影响塔利班转向与“基地”组织对抗的过程中可以做哪些工作的问题。他们的结论是，如果巴基斯坦决定不帮助美国，它则也是在冒险。
同一天，副国务卿理查德·阿米蒂奇在会见巴基斯坦驻美大使迈里哈·劳德以及来访的巴基斯坦军事情报局局长穆罕穆德·阿哈迈德时说，美国希望巴基斯坦采取以下措施：
●终止“基地”组织成员在其边界的活动并且结束所有对本·拉丹的后勤支持；
●给予美国所有必要的军事和情报活动提供方便，包括飞越和着陆权；
●允许美军及其盟军军事情报和其他人员为打击“基地”组织的活动进入其领土；
●为美国提供情报信息；
●继续公开谴责恐怖行为；
●切断塔利班的能源运输，阻止招募的新兵前往阿富汗；以及
●如果证据显示本·拉丹、“基地”组织及塔利班继续庇护他们，则断绝与塔利班政府的关系。
巴基斯坦很快就作出了决定。那天下午，国务卿鲍威尔在国家安全委员会会议一开始就宣布，巴基斯坦总统穆沙拉夫同意了美国提出的支持反恐战争的各项请求。次日，驻伊斯兰堡的美国使馆确认穆沙拉夫及其高级军事指挥官已同意了美国提出的所有七项请求。大使馆指出，“巴基斯坦在与我们合作时，将需要美国的充分支持”。“穆沙拉夫说，巴基斯坦政府在允许（美国）使用本国领土方面作出了实质性让步，他将付出国内的代价，他在巴基斯坦的地位必然会受到损害。为了平衡，他需要证明巴基斯坦从他的决定中得到了好处。”
在9月13日国家安全委员会的会议上，当国务卿鲍威尔报告巴基斯坦的答复时，布什总统主持了一个“关于向塔利班发出适当的最后通牒”的讨论。他还命令拉姆斯菲尔德部长制定一项对付塔利班的军事计划。总统希望美国先去攻击塔利班，然后回来，再看看他们是否理解这种信息；如果没有，则更严厉地打击他们。他清楚地表明，军事打击应集中于那些能影响塔利班行为的目标。
布什总统还给国务院布置了任务，要求第二天向白宫提交一份报告，题目是“对巴基斯坦及阿富汗政治军事战略的游戏计划”。这篇报告假设本·拉丹仍继续对抗美国，甚至是在塔利班的控制下。为此，它详列了美国对塔利班的具体要求：交出本·拉丹及其主要助手，包括阿伊曼·艾尔·扎瓦西里；告诉美国塔利班知道的有关“基地”组织及其运作的所有事情；关闭所有恐怖分子营地；释放所有被关押的外国人；并遵守联合国安理会的所有决议。
国务院提议向塔利班发出最后通牒：交出本·拉丹及其副手，在24~48小时内关闭“基地”组织营地。否则，美国将使用一切必要手段去摧毁恐怖分子的设施。国务院并没期望塔利班遵照执行。因此，国务院和国防部计划建立一个进入阿富汗的国际政治联盟。两部门将会与北约及其他盟国商量，请求从这些国家根据其能力和资源提供情报、基地和其他支持。最后，该计划详细阐明了美国的公开态度：美国将竭尽其能消除恐怖主义威胁，惩罚那些“9·11”袭击的责任者，制裁那些为恐怖分子提供庇护所的国家和人员，与联盟国家一道消除恐怖分子集团和网络，并避免敌视任何民族、宗教及文化。
布什总统回忆，他当时很快意识到政府将不得不派地面部队进入阿富汗。但是早期拿给总统及国防部长拉姆斯菲尔德的军事方案简报令人失望。汤米·弗兰克斯——中央司令部总司令——告诉我们，布什总统很不满意。弗克兰斯说，美国军方并没有一个可以消灭在阿富汗境内的“基地”组织威胁的“复活计划”。已存在的“无限解决方案”在他看来尚满足不了这种计划的要求。
9月15~16日的那个周末，总统召集他的战争委员会成员来到戴维营，重新审查所有的外交和军事计划。出席会议的有切尼副总统、赖斯、哈德利、鲍威尔、阿米蒂奇、拉姆斯菲尔德、阿斯克罗夫特、穆勒、特尼特、副国防部部长保罗·沃尔夫威茨和中央情报局的反恐中心主任科弗·布莱克。
特尼特报告了一项收集情报和实施秘密行动的计划。他提议将中央情报局的工作队安插到阿富汗，同那些加入反“基地”组织战斗的阿富汗军阀一起工作。这些中央情报局工作队将与军方特别行动部门联合行动。布什总统后来表扬了这项提议，说这一提议已经成为了他思路的转折点。
谢尔顿将军向部长们简要介绍了与军方共同制定的针对阿富汗的初步计划。该计划吸收了五角大楼早在2000年11月开始研究的“无限解决方案”中的“阶段性战役”计划，将其作为自1998年以来一直被不断完善的打击方案的补充。但是，谢尔顿将军增加了新的内容——有可能重点部署地面部队——而据报道，这正是布什总统关注的焦点。
在听完高级顾问的发言后，布什总统与赖斯讨论了他拟将签署的、使所有计划付诸行动的总统指令的内容。赖斯准备了一份文件，布什总统与部长们在9月17日周一上午对其进行了讨论。他回忆说：“这次会议的目的是布置任务，发起对恐怖主义的第一轮战争。战争从今天开始。”
在那天上午的会议中，对一系列的书面指示作了轻微改动，其中布什总统要求阿斯克罗夫特、穆勒、特尼特制定一份国土防御计划。布什总统指示国务卿鲍威尔根据国务院最初的提议向塔利班下达最后通牒；要求国务院负责制定一项计划，确保巴基斯坦稳定，并准备在出现不友好的迹象时通知俄罗斯和其他邻近阿富汗的国家。
另外，布什和他的顾问讨论了对在阿富汗的秘密行动给予新的法律授权，包括政府第一份有关本·拉丹的通告备忘录。随后不久，布什总统授予中央情报局新的、更广泛的权力。
布什总统指示拉姆斯菲尔德和谢尔顿进一步完善戴维营军事计划，以便在塔利班和“基地”组织拒绝最后通牒时发动袭击。总统还要求拉姆斯菲尔德确保那些旨在保护反恐怖袭击的美军力量的强硬措施可以在全球实施。最后，他指示财政部长保罗·奥尼尔起草一个切断“基地”组织资金和扣押其资产的计划。从9月18日起，国家安全委员会工作人员已开始开会研究恐怖分子的资金筹措问题。
到9月18日，鲍威尔已与58个国家的外长联系，一些国家答应提供一般性援助、搜救设备和人员和医疗援助队。同一天，穆罕默德·阿哈迈德打电话给副国务卿阿米蒂奇，通报了他对阿富汗两天访问的情况。期间，巴基斯坦情报局局长会见了毛拉·奥马尔，并转达了美方的要求。奥马尔的回应“并非在所有方面都是消极的”。但是，政府知道塔利班不可能摧毁本·拉丹。
“9·11”袭击之前有关“基地”组织的总统指令草案演化成一项新的指令；即第9号国家安全总统指令，现在的名称是“打败恐怖分子对美国的威胁”。该指令现在已延伸为全球的反恐战争，而不仅仅是针对“基地”组织。其内容还包括了总统对恐怖分子及其庇护者不做区分的决定，及一项为结束“基地”组织在阿富汗受庇护状况，必要时可以动用军事力量的决定。这项新指令于10月25日正式签署，那时与阿富汗的战争已经开始。新指令中增加了一些新的内容，其附件内容逐一讨论了每个恐怖组织目标。原有的关于“基地”组织的指令草案事实上成了附件一。美国将努力铲除所有的恐怖分子网络，摧毁其财政支持，防止他们获得大规模杀伤性武器。目标是“消除威胁我们生活方式的恐怖主义”。
第十章 战时“第二阶段战役”和伊拉克问题（1）
布什总统在袭击后曾立即怀疑是否萨达姆政府参与了此事。伊拉克是美国11年的敌人，并且是世界上惟一一个美国一直在进行打击的国家。作为一个前任飞行员，总统为（撞机中）明显的复杂操作和飞行技术，特别是哈居尔高速冲向五角大楼的行为所震惊。他告诉我们，他知道伊拉克也支持过巴基斯坦自杀式恐怖分子。在猜测其他可能介入（“9·11”袭击）的国家时，总统告诉我们他还想到了伊朗。
克拉克曾写到，在9月2日晚上，布什总统要求他和他的一些工作人员去查找伊拉克与“9·11”事件可能的联系。“看是不是萨达姆做的”，克拉克回忆总统这样告诉他们，“查看是否他与此有任何联系”。布什总统承认，他曾认为克拉克报告中的细节不正确，他也曾向克拉克讲过这些，并曾问过他有关伊拉克的情况。
对于总统布置的任务，克拉克办公室于9月18日向赖斯提交了一份备忘录，题目是“任何有关伊拉克参与‘9·11’袭击的情报信息调查”。赖斯的负责阿富汗事务的工作人员扎勒迈·哈里兹也同意其结论，即对于伊拉克与“基地”组织的联系仅有一些轶事性质的证据。备忘录中没有发现“令人信服的实例”说明伊拉克计划或参与了这次袭击。该备忘录与几份外国情报报告一并得到通过。这些外国情报报告包括一份捷克报告，称2001年4月阿塔和一位伊拉克情报官员曾在布拉格见面（详见第七章讨论）；一份波兰报告，称“9·11”袭击之前伊拉克巴格达的情报总部人员曾上街对群众就某个未指明的事件的反映作出评估。备忘录提出，证明伊拉克与“基地”组织有联系的事例是很勉强的，而本·拉丹对萨达姆政府的原教旨主义也是很憎恨的。最后，备忘录说，并不存在经过确认的关于萨达姆与本·拉丹在非传统武器方面存在合作的报告。
根据当时的文件记录，在9月11日下午，拉姆斯菲尔德曾指示迈尔斯将军尽快取得尽可能多的信息。文件显示，他还告诉迈尔斯他不仅仅对打击空无一人的训练地点感兴趣。他认为，美国（对袭击）的反应应考虑更广泛的方案和可能性。部长说他的直觉是——同时打击萨达姆，而不仅仅是本·拉丹。国务卿鲍威尔后来解释，在那时，他正在考虑应该是这两者之一，或者是其他的什么人应对袭击负责。
据赖斯说，对伊拉克要做些什么——如果有的话——是由戴维营决定的。有关伊拉克的简报与其他很多简报一样，只是向与会人员提供了简单的情况。赖斯告诉我们，政府担心伊拉克可能会利用“9·11”袭击。她回忆说，在总统主持的第一次戴维营会议上，拉姆斯菲尔德问过政府应对伊拉克做些什么。副部长沃尔夫威茨提议，在“这轮”对恐怖主义的战争中打击伊拉克。
在戴维营关于恐怖主义战争战略性概念的简报书中，国防部为其提供的一个文件具体指出了首次行动的三个首要目标：“基地”组织、塔利班、伊拉克。该文件认为，在这三者中，“基地”组织和伊拉克对美国有战略性的威胁。还提到伊拉克长期参与恐怖主义并研制大规模杀伤性武器。
鲍威尔回忆，并非拉姆斯菲尔德，而是沃尔夫威茨认为伊拉克是恐怖分子问题的最终根源，因而应当打击。鲍威尔说，沃尔夫威茨并不能证明其有关伊拉克在背后支持“9·11”袭击的看法。“沃尔夫威茨一直认为伊拉克是一个需要解决的问题”，鲍威尔告诉我们，“他也看出可利用此事来解决伊拉克问题是一种好办法”。鲍威尔说，布什总统并没有“很看重”沃尔夫威茨的主张。尽管在此后的一周仍然关注伊拉克问题，鲍威尔说，（但是）布什总统还是认为阿富汗才是首要的打击对象。
布什总统告诉鲍伯·伍德华德，不打击伊拉克的决定是在9月15日上午的会议中作出的。甚至9月15日下午的会议也没将伊拉克问题提到桌面上讨论，当时处理的只是阿富汗问题。69赖斯说，当总统在周日即9月16日打电话给她时说，核心问题是阿富汗，当然他仍然需要打击伊拉克的计划，以备在国家需要采取行动或政府最终断定伊拉克曾卷入“9·11”袭击时使用。
在9月17日国家安全委员会会议上，进一步讨论了打击恐怖主义战争的“第二阶段战役”。布什�