明初洪武年间，北界大致维持在阴山、大青山和西拉木伦河一线。永乐初年弃西拉木伦河以南的北平行都司诸卫所于兀良哈，又内移捍卫河套地区的东胜卫，宣德初又弃守建立于元上都故址的开平卫；至嘉靖中叶；遂尽弃河套，形成以长城（时称边墙）一线为限的北界。
东北方面；明初疆域到达了黑龙江口和库页岛。1409年（永乐七年）在黑龙江口的特林地方设置了奴儿干都司；下设130多羁縻卫所。1413年（永乐十一年）、1433年（宣德八年）中央两次派大员至该地巡视，并建永宁寺碑。两碑至今尚存。至万历年间（16世纪下半叶）增至384个卫。以后控制日衰，16世纪末到17世纪初；居于今浑河、苏子河流域的建州女真酋长努尔哈赤崛起，统一女真诸部，原建立于诸部的羁縻卫所遂归消亡。1616年努尔哈赤称帝，以赫图阿拉（今辽宁新宾县西老城）为根据地，建国号为金（史称后金）。未几即攻破辽东边墙，占领了辽东都司的大部分土地。
西北方面在洪武、永乐年间，明朝势力最远到达了新疆东部的哈密和青海柴达木盆地，在该地设置了哈密等7个羁縻卫。15世纪下半叶开始；由于瓦□和吐鲁番的侵扰，1529年（嘉靖八年）明朝放弃了这些地区，退守嘉峪关。
明朝在今藏、 青、 川西置乌斯藏都司和朵甘都司，并分封阐教、阐化、辅教、赞善、护教五王；在今阿里和拉达克设有俄力思军民元帅府，封建古格等三王。明朝前期滇省辖境很大，在今国境外的有缅甸、木邦、孟养、大古刺、底马撒等宣慰司在今缅甸境内，有老挝宣慰司在今老挝境内，有八百大甸宣慰司在今泰国境内。但明朝对这些地区的控制力比较薄弱，不同于内地土司。万历以后基本上都脱离了与明朝的羁縻关系。此外；1407年（永乐五年）又将宋元以来安南地（今越南北、中部）收入版图，设置府州县200多个；统以交趾布政使司，推行与内地完全相同的统治。当地于1427年（宣德二年）撤兵弃守。明统治越南北、中部前后凡20年。
明在澎湖设置的巡检司置罢不常。嘉靖以后台湾岛上先后已有汉人林道乾、林凤、颜思齐、郑芝龙等建立过政权。17世纪20年代为荷兰人、西班牙人所据。1661年郑成功收复台湾后，设置了府州县，沿海漳、泉、惠、潮等地人民大量移入，对台湾的开发影响很大。
清代疆域的形成是秦汉以来中华各兄弟民族长期交往、融洽的结果。清代的统一不仅是依靠军事力量的强大，主要是各地区经济发展中相互依赖，需要建立一个统一的帝国，这是历史发展的必然。
清代的疆域是由3大部分组成的：以狩猎为主的女真区、以畜牧为主的蒙古区和以农业为主的明朝区。
清代先世是活动在明朝边墙以东的建州女真部落之一。16世纪下半叶开始逐渐扩张，统一了建州女真，又并吞了海西、东海诸部。1616年建国号为金，旋即起兵反明，占领了辽东都司的大部分土地。1636年改国号曰清。1644年明亡于李自成农民军，清军在击败农民军后乘机入据北京城，建立了继承明代的中原王朝。此后在大陆上的南明势力，经历了20年相继被扑灭。又20年至1683年，统治了台湾岛22年奉明正朔的郑氏政权亦被攻破投降，设1府3县于岛上，隶属福建省。于是统一了明朝全部疆土。
清朝合并蒙古诸部及其统治下的回部、西藏、青海等地，历时达130余年之久。17世纪20～30年代；漠南蒙古诸部先后归附后金。17世纪下半叶，活动在天山北路的准噶尔强大，1688年袭击漠北的喀尔喀蒙古。喀尔喀部众降清，移牧漠南。1690年准噶尔又进扰漠南，清兵开始反击，准噶尔败退。1696年破准噶尔于漠北，次年喀尔喀蒙古还牧漠北，漠北遂入版图。套西、青海和硕特蒙古于1688、1698年先后降清。1717年准噶尔夺和硕特部所据西藏，1720年清军护送达赖入藏；准部败退；西藏入清。 1755年平定天山北路准噶尔本部， 未几又叛，1757年再次平定。1759年又平定本在准噶尔统治下乘准部覆灭、图谋独立的天山南路的回部（维吾尔）。于是天山南北路全入版图。至是，17世纪以前的明朝、女真诸部和东西蒙古组成了一个统一的帝国。
18世纪中叶至19世纪中叶，即乾隆中叶至道光初期是清朝疆域极盛时期。道光以后，外来帝国主义势力的入侵，一系列不平等条约的订立，遂使疆土日蹙，这是近代中国疆域变迁的一大特点。
在清太宗时代（1627～1643），自贝加尔湖以东、外兴安岭以南整个黑龙江流域东至库页岛本已收入清朝版图。17世纪40年代清兵主力入关经略汉地，俄罗斯势力乘机侵入这一地区，在石勒喀河北岸原蒙古族茂明安部牧地建尼布楚城（今涅尔琴斯基），在黑龙江北岸原索伦部达斡尔族地建雅克萨城（今阿巴金），甚至到额尔古纳河东岸立寨，作为侵略的据点。清廷在平定台湾、三藩之后才用兵抗击俄军的侵略，1685年攻下了雅克萨。但其时准噶尔势力正在向东扩张，清廷只得放弃尼布楚和石勒喀河流域，于1689年在尼布楚与俄罗斯订约划定中俄东段边界：西面沿额尔古纳河、石勒喀河和格尔必齐河为界，北岸以外兴安岭为界，东面乌第河以南、外兴安岭以北为待议地区。以后俄国人向东发展，待议地区为其所占。19世纪前期（清嘉庆、道光时），俄人侵入外兴安岭。第二次鸦片战争时，俄人强迫清政府订立瑷珲条约（1858），将黑龙江以北、外兴安岭以南的60万平方公里土地割让给俄国（仅瑗珲对岸江东64屯中国仍保留居住权，义和团运动后，亦为其侵占），乌苏里江以东至海的土地改为中俄共管。1860年中俄北京条约又将乌苏里江以东40万平方公里土地也割让给帝俄。唯库页岛自18世纪中叶俄日已分自南北擅自输送囚犯或移民其地，清廷置之不问。但19世纪前期土人仍向三姓副都统（驻今黑龙江依兰）纳贡，自北京条约割弃乌苏里江东岸后，始断绝关系。1875年日俄协议，俄以千岛群岛换日占库页岛南部，遂占有全岛。1905年日俄之战，俄国战败。又割让北纬50°以南于日；1945年二次世界大战日本战败，全岛又归苏联（今俄罗斯）。
17世纪20～30年代，漠南蒙古归附后金。1696年清军大战准噶尔于漠北昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南图拉河上游南岸），准噶尔撤退。次年，先后附清的喀尔喀蒙古还牧漠北。此后中俄间遂存在一条蒙古高原与西伯利亚间的边界，但未经划定。1727年中俄订立布连斯奇条约和恰克图条约，规定中俄中段边界东起额尔古纳河、海拉尔河口对岸的阿巴该图界碑，西经恰克图循色楞格河北分水岭和萨彦岭，至沙宾达巴哈山口止。此后遂相沿为清一代北界。辛亥革命后，喀尔喀蒙古独立，唐努乌梁海为沙俄所占领，此线中段、东段至今成为俄蒙边界，西段成为俄罗斯图瓦自治州的北界。
18世纪中叶清廷平定准部、回部时，俄国势力还未到达中亚。当时葱岭（帕米尔）以西诸游牧部族和一些封建小国相继降清，成为藩属。清廷设伊犁将军统辖天山南北准、回2部旧地， 以巴尔喀什湖北岸、楚河中游、塔拉斯河下游与藩部左右哈萨克为界，西南以葱岭、喀□昆仑山与藩部布鲁特、藩属浩罕、拔达克山、博格尔相接。19世纪沙俄侵入中亚，清朝的藩部属国先后被占，遂即发生了中俄之间的西北边界问题。1864年沙俄乘新疆内部战乱，要挟清廷签订了“塔城条约”。1871年又乘乱强占伊犁，至1881年归还伊犁时，又签订了“改订伊犁条约”。以引二约为根据，又陆续签订了许多分段具体界约，陆续都被割去若干领土。最后于1884年订立“喀什噶尔界约”，中俄西北边界才划定。但此约所定边界南止于乌孜别里山口，自此以南的帕米尔高原并未具体划定；条约只说自下中国界向南；俄国向西南。此后俄国又擅自占领了乌孜别里山口以南包括东南方面的大片帕米尔；英国也从阿富□向北侵占了部分帕米尔。1895年英俄在伦敦订约私分帕米尔，中国政府始终未予承认。
中印边界上的重大变迁分东西二段。西段喜马拉雅山以北的拉达克地区，原是西藏的一部分，首府在列城。1842年西藏地方政府和克什米尔订约，将拉达克地区让与克什米尔。清政府未予承认。19世纪70年代英国取得克什米尔，拉达克地区即随同被占。东段原以喜马拉雅山的南麓为界， 门隅、洛瑜、 察隅三区皆在西藏界内。终清一代沿袭不变。至民国初年，1913～1914年英国和西藏地方代表在印度西姆拉会议上搞了一个基本上以喜马拉雅山脊为界的麦克马洪线，未敢公开。1940年英国乘中国抗日战争之际；侵占了传统边界以北部分地区；当时中国政府曾提出抗议。1951年印度政府乘中国人民解放军进入西藏时侵占了所有麦克马洪线以南的地区，包括长期以来西藏地方政府设官征税、以达旺为首府的门隅地区。
中缅和中越边界在19世纪后期也有过变迁，那是英法帝国主义在吞并了缅甸、越南后，图谋继续扩张所造成的。英国在1885年灭缅甸后不久即吞并了一些本来并不属于缅甸介于滇缅之间的木邦、孟养等土司，进一步又占了中国腾越厅、永昌府、顺宁府一些边境，经1894年中英伦敦条约、1897年续议缅甸条约两次订约，1898、1899年勘界，才划定了北段自尖高山向南至南定河、南段自南卡江至澜沧江的两段边界；自尖高山以北为北段无约未定界，自南定河至南卡河为南段有约未定界。但1900年后又继续占领中国茨竹、片马、班洪等地，抗日战争时强迫中国接受。1941年换文确定。因未正式树立界碑，故仍称未定界。1948年缅甸独立，1950年与中国建交，1960年中缅签订友好条约，同年签订了互谅互让的边界条约；缅方归还了中国片马、古浪、岗房三地；中方对1897年约定由中国保留主权而由缅方永租的猛卯三角地放弃主权，移交缅甸，解决了历史上遗留下来的问题。法国在1884年占越南后；至1895年与中国划界；又将原属云南临安府南境的勐蚌、勐赖、勐梭和衙门坡，普洱府属车里宣慰司的勐乌、乌得等地划归越南。
海疆方面，英国于1842年通过江宁条约强占香港。1860年通过北京条约强占九龙老界。1887年又在英帝主持下，迫使清廷将澳门永租给葡萄牙。日本于1895年通过马关条约强占台湾、澎湖（见台湾省）。1898年德国强租山东胶州湾；俄国强租奉天旅顺、大连；法国强租广东广州湾，英国强租九龙半岛及其附近岛屿称为新界，又强租山东威海卫。1905年日俄战争后旅大、1914年第一次世界大战后胶州湾相继皆为日本所占。胶州湾于1922年收回，威海卫于1930年收回。台湾、澎湖、旅大及广州湾皆于1945年收回。1984年中英议定，香港、九龙定于1997年收回。1987年中葡议定，澳门定于1999年收回。
南海诸岛本为中国广东海南岛渔民远海捕捞栖息之所。清季以后，日、法等国企图侵占，未能遂愿，至二次世界大战中乃为日本海军所占，1945年日本投降后由当时中国政府派舰巡逻，测绘、定名，重申主权。
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