郑清和谈破裂，郑芝龙的日子就所剩无多了。很快就有清廷御史龚鼎孳弹劾他：“子于海上用兵，父在京城高枕无忧……将为肘腋之患。”这位龚爷，是李自成入京后投降的前明大臣。当时，有人问他为什么不自杀殉国，他说，“我想死，但小妾不肯让我死”。他的小妾也很有名，当时的风头不输章子怡，乃名妓顾横波。
多名汉人降官争先恐后献计上疏，要顺治皇帝对郑芝龙一家灭族处理。
拖到顺治十四年，家人尹大器告发郑芝龙密谋不法。清朝廷议，决定要把郑芝龙和他在京的四个儿子与其弟郑芝豹一并杀掉。
顺治帝“开恩”，批旨表示要“从宽”处理，于是清廷把郑氏一家流放于宁古塔。
但是，顺治帝不放心，下旨指明规定，要地方军队对郑芝龙等人“加铁链三条，手足杻镣”，严加看管，以免被郑成功派人救走。
郑芝龙在臭哄哄冷冰冰的宁古塔地牢的屎尿堆中熬了四年多，忽然北京传来消息，顺治帝驾崩，康熙继位。
清廷密议，决定诛除郑芝龙及其四子，以免后患。不仅如此，郑氏家族所有在清朝统治区的三族之亲，皆遭斩首，家产全部抄没。
冰雪聪明的老海盗郑芝龙折腾了一辈子，落得如此下场，真让后人叹息。
“背恩事仇，教子以贰”，这八个字，可为郑芝龙“盖棺定论”。可悲的是，老倒霉蛋哪里有棺，死后抛尸荒野喂狗。
清郑和谈失败，从郑成功本人讲，确实赢得了一定的时间，增强了一些实力。
永历八年（1654年，顺治十一年），清军漳州守将投降，郑成功趁机攻占泉州。
清军感到很震惊，即刻发大兵前来予以打击。由于陆战非郑成功所长，他下令士兵摧毁漳、泉二州以及所暑县城的城墙。所有大砖巨石，皆搬运一空，全部用于厦门、金门等地的工事修造。
由于派饷毁城，郑军在当地居民的印象中非常不好，百姓们皆目之为“海寇”。确实讲，郑军内部不少军将海盗出身，劫掠习气十分严重。
从漳、泉一带陆地回撤后，由于郑成功擅长水战，他派舟师北进，与张名振等人在苏浙扩张，重新占领了舟山群岛。
由于南明大臣张名振本人是军将出身（游击），郑成功对他十分忌讳，在派自己心腹将领陈六御“监师”后不久，遣人毒死了张名振。
张名振乃抗清名将，他为复明奔波多年，背刻“赤心报国”四大字，可称是明朝纯臣。此前舟山为清军攻陷，他的母、妻、子均投火自杀殉国。缟素入城后，寻尸不得，不久，他自己即遭郑成功落毒。弥留之际，张名振握着前来探视的张煌言之手，说：“我君恩、母恩均未报答，如果我母亲尸体找不着，也不必葬我尸骸！”言毕，他以手击床，含恨而死。
如此以后，苏浙一带原鲁监国一系的明军，皆对郑成功满怀怨毒。
“国姓爷”的私心（5）
为求自己割据称大，毒杀张名振，可见出郑成功为人之阴暗面。
想当初舟山初次失陷，张名振率水军退往厦门见郑成功。郑成功对他非常看不上眼，横眼而问：“汝为定西侯，数年间所作何事？”
张名振：“中兴大业！”
郑成功轻蔑一笑。“中兴大业？安在？”
张名振：“有成，则征之实绩；无成，则在于忠心！”
郑成功：“忠心？何可得见？”
张名振即解释衣服，露出背上深入肌肤的四个大字“赤心报国”，陷肉逾寸，让郑成功和在场所有人皆一时愕然。
此情此景，使得郑成功不得不道歉致意。可能也正因为此次接触，张名振勃勃之气，引发了郑成功的杀心。
张名振一家，嫡母、庶母、妻子、兄弟阖家死国，忠烈满门。
想他三入长江之时，遥祭孝陵，三军恸哭，作“十年横海一孤臣”之句，何其悲壮！
广东方面，由苏茂等人率领的郑军一度进展顺利，于1655年攻下揭阳、普宁、澄海三个县城。不久清军反攻，郑军不敌败走，临行装运走不少粮食和金银，所以此行海战应该算是小有收获。
郑成功性严，小题大做，下令斩杀了揭阳战役中负有军事责任的将军苏茂。苏茂被杀，也是因为先前他私自放走了郑成功到处通缉的施琅。郑成功本性险刻，当时隐忍不发，如今找到借口。
这一举动的后遗症十分严重，镇守海澄坚城的苏茂族弟苏明，不久即带领二千多士兵以城池降清，这使得郑成功顿失一大屏障。
海澄，乃郑成功大陆上面的一块绝对重要的踏脚石。
屋漏偏遭连夜雨，清军舟师又大举进攻舟山群岛。
郑军大败，不得不从此撤出，再丧失一大块根据地。
虽然军事势力仅限于金门、厦门、南澳以及沿海城府和岛屿，郑成功的力量也一直在发展和壮大。随着海上贸易的发展，他手下军队的人数和质量，其实反而呈越来越强的势头。
究其原因，主要在于他有一只极其强大的水上力量，可以四处游走，忽东忽西，忽南忽北，往来无踪。郑军海上经验极其丰富，而水军恰恰是清朝的弱项。所以，清廷很长时间内，都不能有效解决郑成功这个最令人头痛的“问题”。
船行迅速，来去无踪，郑军水上纵横，一会打舟山，一会攻福州。清军在福建等地沿海尤为紧张，四处“救火”。
永历十一年（1657年），人在云南的永历帝封郑成功为延平王。
有了王封，虽然是“二字王”，在明朝也是显爵。这位“国姓爷”腰板更硬，且死心踏地奉永历为正朔，高举明帜，刻意经营他自己的势力范围。
最接近胜利的进军——郑成功南京之围
永历十二年（1658年，顺治十五年）春，吴三桂等人率清军大举进攻云贵，致使东南空虚，郑成功迎来他人生中最大的机会。
初夏时分，他着手准备军事行动，集粮调兵，并在八月间在大洋山一带聚集（位于现在的杭州湾口处崎岖群岛，属嵊泗县）。
八月初十日，郑成功正在召集军事将领开会，飓风忽起，水天相连，波涛似山。
大风灾下，不仅楼船撞毁，士兵遭溺毙成千上万，连郑成功本人的六个“王妃”与三个年岁还在孩提的儿子郑浚、郑浴、郑温，也因船只倾覆而淹死在江中（这三个孩子的名字皆水字边，又死于水，良可怪也）。千余艘战船，约三分之一损毁，八千多将士溺毙。为此，郑成功只得暂搁置行军计划。
甚为奇怪的是，中国历史上，在关键的转折点时刻，飓风总是帮倒忙。南宋厓山之役后，张世杰本想拥军再起，飓风一至，舟船尽倾；元军二次征倭，五龙山停泊，连夜哮风，十来万人葬身鱼腹，攻败垂成。
郑成功甫出兵即遇不利，在他心中留下了不少阴影。无奈，长江之役只能往后推迟。清朝历史学者计六奇以为，郑成功听说其父郑芝龙被杀而出兵抵浙，根本不确切。长江之役于1659年开始，郑芝龙当时还被关押在宁古塔，两年多后顺治帝死后他才被杀掉。所以，郑成功舟师出海，绝不是“为父报仇”而来。
修整半年多，补船添兵。转年四月，郑成功与张煌言一起率千余艘战船，扬帆而来。
郑成功舰队首战告捷，一举攻克定海。然后，郑军水遇乘船，遮天蔽江北上。
郑成功率领大小船只三千多艘，精兵十万余人，直扑江阴而来，因其城小，弃之不攻，直接溯北而上。
六月初八，郑成功大军至丹徒。六月十三，众船集于巫山祭天，仪式庄严肃穆。诸舟环集，旗盖袍服俱用红，望之如火。十四日，祭地及山河江海诸神，色俱用黑，望之如墨。十五日，先以吉服祭明太祖，次以缟服祭崇祯帝，色俱用白，望之如银。
“祭毕，郑成功大呼高皇帝者三，将士及诸军皆泣下。”可谓六军感奋，誓师壮威。
清朝在南京一带驻军薄弱。当时，大多数军队，不是留驻北京，就是赴西南去消灭永历帝。惶急之下，镇江至瓜洲的十里江面，清朝守军只能以巨木筑坝方式拦截郑成功的水军。
这项工程很不好做，长坝宽三丈，外抹泥，内用木撑，左右两端建立木栅，其中有射击孔，可以里面驻派军人向坝上放射箭弩铳炮。同时，为了使得拦截更坚固，清军往坝两边加放无数根直径逾尺的大木柱，用以堵截郑军海舟的冲撞。“炮石盘铳，星列江心。”
“国姓爷”的私心（6）
天不作美，江水涌泡，木泥结构立刻被冲垮。清朝南京守臣郎廷佐也使出祭江那套把戏，终于使拦截坝暂时修成。其实，祭江只是“心理战”，大坝坍塌一次后，巨木沉江，形成稳固基础，再筑自然能成。清朝仅仅这些临时拦截坝的费用，就高达百万两白银。
除郎廷佐主持南京防务外，两个在旗汉将蒋国柱和管效忠负责直接指挥，抵抗郑成功的大军。
十五日这一天，两千多郑成功军船齐泊焦山，准备大举进攻。
郑成功先派出四只海船，外以厚厚白色棉被包裹，里面遍途乌泥，箭矢炮石皆不能伤。每船仅载几个人，从容扬帆而上。
清兵观望，如临大敌，大发火炮，声若雷鸣。
郑军操船手不慌不忙，倏忽往来，一会近坝，一会离坝，诱引清军不断放炮轰击。
当时清军的红夷大炮威力虽大，只能对攻城或者密集进攻的陆军有杀伤力。郑军水上游动目标小，清军大炮没有现在的瞄准装置，所以只能空空浪费弹药而已。
清军发炮五百枚，连一条船也打不着。
郑军船只里面的士兵每次接近水坝，就会跳下水去，踏水抡斧，死命砍折水坝下支撑的大木。
郑军水军循环数次，清军拦截坝已经呈现松垮势头。
六月十六日，判定清军大炮弹药将用尽，郑成功指挥水师大军一举驶过镇江，浩荡而来，冲破清军防线。
十七日，郑成功军队已经攻上瓜洲。清军连忙在高岸上列马队，还未及冲锋，郑军陆兵从两旁水田中忽然冲出，抡刀猛砍清军战马的马腿。猝不及防之际，清军非死即伤，余众溃逃。
最倒霉的要属清朝江苏巡抚朱衣助。他十三日才到瓜洲，十七号郑军就已经攻到他的府署。
听到郑军已近，朱衣助忙发令旗，让手下人急去漕运总督亢得时那里求援兵。（这位亢得时很好玩，日后清廷严命他率军赴援南京，由于他对郑成功大军极其畏惧，行军半途，他竟然从船上跳水自杀。如果不死，其实他也能位列侍护南京的清朝“功臣”之列。）派去的人刚出门，忽然猝头往回跑，高喊：“老爷，不好了，海贼杀到了！”
朱衣助刚刚从椅子上站起来，跑入叫唤的清兵已被砍倒在地。忽然之间，窜上两个彪形大汉，把他拎起，飞趋至郑成功面前报功。
郑军一员猛将乘胜，挥兵入瓜洲城内大杀，并把清军沿江布置的大炮炮口掉转，向谈家洲上的清军阵地猛轰，炸得洲上清军血肉横飞。
哭爹喊娘之时，郑军又有二十位善泅水兵自水下冒出，冲上谈家洲，挥舞长刀，见人就砍，如砍瓜切菜一般。
趁乱，郑军舟师靠泊，下来一千多士兵，登洲大开杀戒。很快，二千清军被突袭郑军杀得一干二净，流血盈地。
然后，郑军移炮，猛轰镇江。
清朝江苏巡抚朱衣助倒霉之中命还算好，郑成功没有立即杀他。由于看守不严，日后被他趁乱逃出。
镇江一座孤城，在郑军强大攻势下，清朝守将连连向南京告急。
原洪承畴手下有一名军将罗托，得令率千余精骑来援镇江。这位清将临行大言：“这些海贼，真不够我杀！”
骑在高头大马上，他向士兵训话说，此番进击，定要把海贼杀得片甲不留。
清军苏常四郡的援兵，一直畏葸不前，听说有京营兵打头阵，他们暗自高兴，慢慢跟随其后行军，准备胜利时进击，败则可以提前逃走。
清军几支部队合集，共凑有一万五千余人，其中一半是骑兵。除了“罗将军”打前锋外，其余几部援军抽签，按“运气”决定前后队。
罗托所率的清朝京营军骄躁，着急找郑军交战。但是，郑军大船忽上忽下，在江上往来游移。见清军在南，他们就开船向北；见清军过北，他们又掉头向西，似乎是畏惧接战，实则诱敌使疲。
如此以来，随走随赶三天三夜，清军一直未得喘息，个个累得虚脱。
当时正值酷暑时分，连日多雨，热后多雨，雨过复热，桑拿天气，把披重甲来回奔忙的清军马军步军累得呼喘吁吁，几不能忍。
大暑天气，清兵聚立如林，渴无水饮，只好喝马尿。人渴了有马尿喝，战马更受罪，无草无水，奔驰既久，俱张口喘息，四腿发抖。
镇江城清军派居民送饭给来援的清军，由于大暑奇热，士兵们根本咽不下去。
不久，城内又送炒米劳军，清军援兵皆苦笑：“饭食尚吃不下，炒米怎能入口？”估计清朝士兵们渴望的是绿豆汤，但只能想想而以。
清军队内，有不少老兵是先前的农民军士兵，悄悄对新兵说：“我们从前作战时，军粮是用小牛肉干磨成的细粉，随身携带，临阵吃几撮，就不会饥饿。现在的军将不懂不这些，让我们冒雨热来回奔忙，两日不食，还打个屁仗！”
清军被折腾得疲惫欲死之际，郑成功的军队开始下船布阵。
郑军最头阵是手持长枪的士兵，后面跟着手拿团牌的士兵，第三层是倭铳队，高举倭铳。郑军阵法也奇特，分成若干小队，一队五十人，每队都有五色旗一面的队首。
郑军各小队配有“滚被手”二人，他们双人持拎着一张二寸厚的大棉被状物品，所以称为“滚被手”。士兵持被的手并非没有武器，同时握刀。
“国姓爷”的私心（7）
每逢清军射箭，“滚被手”便扬起被子阻挡箭雨。进攻之时，他们即持刀滚进，专砍马腿。
郑军军队除使用五色旗外，又有蜈蚣旗