合并计划的第一步是购置土地，扩充校舍。全部工程由美国芝加哥一家公司设计承包。建筑材料除屋顶的琉璃瓦和基本土木外，都从国外进口。新校舍从一九一○年开始设计、动工，至一九一五年秋，长达五年始部分落成。建成后的金陵大学校舍，中西合璧，美轮美奂，十分宏伟，基地面积达二千多亩，与鼓楼巍然并峙，为当时南京最大之建筑。
基督化教育
金大的办校宗旨是培养学生的“基督化人格”，亦即培养“基督牺牲与服务精神”，以“造就健全国民，发展博爱精神，养成职业知能的根本”，实际上就是推行基督化教育。因此，宗教气息十分浓厚，宗教仪式十分严格，宗教课为必修课。每逢礼拜，师生必须参加。后来，除本校师生外，不少校外教徒也加入了礼拜行列。基督教义为许多人所接受。
合并前，学校最高行政管理权操于美国传教士和美国差会干事之手，合并后，中国籍的教职员工人数虽有增加，但行政领导、各科主任、系主任及主要教职员仍为美国人。原来的文理科有所扩充，增加了几个系，医科停办。一九一四年成立农林科，后又增设农业专修科。
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陈裕光：回忆金陵大学（2）
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金陵大学的经费，开始时多仰赖美国教会拨给，学生不仅免收学费，甚至还另给津贴，但学生还是寥寥无几，因为当时社会上对“洋鬼子”办的洋学堂，心存疑虑，多不愿送子弟入学。后来，西风东渐，家长们开始改变看法，把子女送入教会学校求学的逐渐多起来，学校开始对部分学生收取学费，我就是在开始收费后进去的。
教会学校重视英语，这对教师、学生都一样。一年级新生入学考试，仅英文一项，就要过五道关：听力、读力、作文、语法、字量（常见字的字义及用法）。在课本方面，除去国文、中国经史等课程不能不用中文外，其他课程，包括文娱活动，全部采用英文，连助教指导实验、运动场上运动员的口语、学生助威的啦啦队，也无例外。我是学化学的，必须读英国文学史、英文修辞学、英国古典文学。由于一系列的强制措施，金大学生的英语水平一般都比较高。三十年代华东四大学（金大、圣约翰、东吴等校）一年一度的英语辩论会，金大常占优胜。除英语外，学生对其他学科也能勤奋学习。写到这里，使我想起辩论会上的特殊现象：其他学校师生都是西装革履，而平时既穿西装、也穿中装的金大学生，在辩论会上一律长袍马褂，满口流利英语，一般学究打扮，直到现在，我还印象很深。我这个校长，在金大二十多年，从未穿过西装，作为民族文化的表率和民族精神的体现，金大很多教授也穿中式服装。
金大教学用的教材、图书杂志、仪器设备乃至有些生活设施，有一时期也从美国运来。一句话，从行政到教学，很少与中国政府发生关系。这一现象至一九二八年向中国政府立案后才开始改变。教授当时皆为美国传教士，只有教中文和在人员不足的情况下，才聘请华籍人员。中美教职员的待遇有很大差别，等级高低也很明显。华籍教师中出过国的比未出过国的高。
金大有“钟山之英”的美称。对学生要求不论学习上还是品德上一向从严。三十年代初，各省兴办大学，师资咸感不足，金大毕业生多为征聘对象。高等学府是这样，政府机关、金融界、实业界、科学机构，也有金大校友跻身其间。当今积极工作，以期为人类社会贡献力量的金大学生，国内、国外都不乏其人。
金大同时在美国纽约州教育局立案，毕业生可同时接受纽约大学的文凭与学位。并可直接升入纽约大学或任何美国大学的研究院而不受限制，与欧美大学享受同等待遇。
金大第一任校长为美国人包文（A。J。Bowen），教务主任兼社会学教授是美国人夏伟斯（G。W。Sarivis）。夏伟斯在金大推行一种美国式的计分制，即五等制，如一班十个学生，必须按照一等一人，二等二人，三等四人，四等二人，五等一人的比例计算成绩，并硬性规定五等生开除。结果很多学生不来了，教授们意见纷纭，有的公开进行抵制。后来被迫取消。如华籍哲学和中国文学教授刘伯明，对此即表反对。这位刘教授是一九○九年金大文科毕业生，是中国学生中最早获得美国哲学博士学位的一位爱国学者。他在金大担任国文系主任，热爱祖国古典文学，试图把中国古代哲学思想和西方哲学思想结合起来研究，但未能实现。他的教育思想与某些美国传教士格格不入，又对外籍教师的一些生硬作风不以为然，遂愤而辞职，受聘去国立东南大学担任副校长。刘伯明不仅在国内，在国外也为人所熟知。此外，还有许多不知名的同学，他们来到金大，不仅为了学习外语、科技和书本知识，他们有抱负，有爱国主义思想，关心学校前途。所有这些都是随后由中国人当校长的精神准备。
由于当时金大的经济命脉掌握在美国教会手里，校长和主管财务人员，都直接由美国教会指派。主管财务人员初称司库，立案后改称会计主任。坐这把交椅的是美国女教士毕律斯。她来华时才二十岁左右，解放初离开南京时，已年逾花甲，是位有献身精神、精明能干的老小姐。一九二七年我当金大校长后，她是配备给我的英文秘书。
动乱中接任校长
一九二七年，我国人民的反帝如火如荼，大革命风暴席卷全国，北伐军势如破竹，摧毁了北洋军阀吴佩孚、孙传芳的统治。“打倒列强”、“除军阀”的呼声震天动地，一向被称作“睡狮”的中国人民觉醒了。北伐军气壮山河，一举攻克南京，南京城内新旧交替，一时显得纷纷扰扰。市上盛传国共合作政府即将在南京成立，这使外国传教士心惊胆战，纷纷作离去的打算。校长美国人包文看到中国政局动荡，形势逼人，也产生了辞职返美的念头。那时，原文理科长美国人夏伟斯已回美国，我正暂时代理文理科长职务。包文耳闻目睹，感到外国人当中国大学的校长已不合时宜，认为校长一职，还是中国人出任为好。为此，他曾多次找我谈话。他认为我出身金大，留学美国，与金大源渊较深，对教会情况比较了解，而且在北京师范大学又有过行政领导的经验。我对行政领导素无兴趣，不善于应付人事，以前所以离开北师大来宁，就是因为怕挑行政领导的担子。因此，我婉言回绝了包文的邀请。后来，局势进一步变化，包文再次对我提起此事，我的态度一如既往，不久，金大所有的美国传教士全部撤离南京，包文正式辞职。七月，国民党在南京成立政府，规定教会大学必须由中国人担任校长，始准立案。于是，先由中国籍教授、职员组成临时校务委员会维持校务。至此，金大开始在名义上由中国人领导。校务会初设委员五人，由农林科长过探先，文理科长陈裕光，教授刘靖夫、刘国钧、李德毅担任，公推过探先为召集人。后来出于需要，委员名额增加到十一人。同年十一月，金大理事会在上海开会，突然作出决议，推选我为校长。电报发来，局面已成，难以推辞。就这样，我当上了金陵大学的第一任中国校长，直到新中国成立，高等院校全面调整，金大完成历史使命时为止，前后共二十四年。
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陈裕光：回忆金陵大学（3）
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在我还未正式担任校长之前，我曾主动向即将成立的大学院（国民党仿照法国的大学院制，实属教育部）联系有关学校前途与立案等问题。担任校长后，我第一件事就是向政府呈请立案（当时具体立案条例尚未产生）。我认为在我国办校，理应尊重我国主权，立案是刻不容缓的事情。大多数中国教职员工及学生赞成我的看法，鼓励我的行动。次年即一九二八年获批准，是当时国内最先立案的第一所教会大学。继金大立案之后，其他教会学校先后呈请，其中最晚的是上海圣约翰大学，该校因圣公会主教、美国传教士持怀疑态度，一直拖到一九四七年涂羽卿担任校长后，始向中国教育部注册立案。名义上中国人当了校长，实权，尤其是经济大权，依然掌握在美国教会手中。我这位中国校长，几乎很少过问。
立案后，我本着革新的精神对学校的行政管理及教学，进行了—些调整与改革，以适合我国国情。主要是贯彻科学精神，实行教学、研究、推广的“三一制”（即三结合）。重视发扬“共和”精神，如成立校务会常务委员会，十多位常委几乎每周有一两次集会，讨论、研究校务，并对各项重大措施制定决策。这种共和精神，体现在学校的各个方面，包括学生有自己选课方便的学分制，它是金大师生长年累月积聚起来的一种精神力量，是推动金大不断前进的主要因素。概而言之，即爱国主义思想、学术自由思想。
立案后，理事会改为校董会，增加了中国籍校董的比例，使中国人占总数的三分之二，美国人占三分之一，又将各院院长、系主任及各级领导逐步改由中国人担任。教职员工中，中国人的比例也大大增加。实行这种措施，曾遇到不少困难，但在全校师生支持下还是完成了这一改革。这在当时的教会学校中，可以说是开了风气之先。
文、理、农三个学院
金大原设文理、农林两科，立案后扩充成为文学院、理学院和农学院，以符合国家大学至少三院的规定。文学院设立历史、政治、经济、国文、英语、哲学、社会及社会福利行政等八个系，初以研究为主，后重应用及推广。如社会服务深入社会基层，为妇女、儿童服务，同时还关注南京人力车夫的福利；经济系以合作经济为主。到了抗日战争时期，在国际友好人士、新西兰人路易·艾黎领导下，文学院许多师生参加了“工合”工作，到各地协助开展“工合”并开办“工合训练班”，我本人在成都时，也曾担任“工合”国际委员会副主席（名誉主席是宋庆龄）。一九四四年我去美国考察时，曾在华盛顿做过有关“工合”的报告，呼吁国际友人给“工合”以更多资助，以支援中国的抗日战争。
文学院成立了历史研究所，与中国文化研究所合作招收研究生。
理学院除原有课目外，加强了课程设备及师资力量，增设化学工程与电机工程课，后来又增设化学研究所。抗战期间，理学院鉴于公路交通之重要，汽车技术人才缺乏，又添设汽车专修科，前后举办七年，直至抗战胜利复员返回南京始告停止。
理学院推行电化教育时间早、历史长。从一九二二年开始，一直间歇地延续到解放后院系调整。抗日战争时期，为适应客观需要，还办过二年制的电化教育专修科、三次电化教育人员训练班。电化教育内容包括教育电影的翻译、制作和幻灯片的制作、发行。电化教育摄制人员的足迹遍及上海、北京、江苏、安徽、河南、江西、山东、河北、绥远、福建、广东、湖南等省市，拍摄各种有关地理、工业、农业、手工业等方面的教育电影，到全国一百多个点巡回放映。有一年日全蚀，理学院院长曾偕同中国天文学家组成的观测队，前往西伯利亚、伯力和日本北海道，拍摄日全蚀电影，后又制成《日蚀》教学片一部，对群众进行科学普及教育。一九四三年到一九四五年，金大内迁成都时期，每周一次露天放映教学电影，经常有许多人观看。
除文、理学院外，原来的金陵神学院与金大脱钩，本着信仰自由的精神，宗教课由必修改为选修，宗教集会改为自愿参加。在此时期，教学方针强调学以致用、学用一致，亦即“研究高深学术，养成专门人才，适应社会需要”。我个人提倡学生思想自由，并鼓励学生组织各种团契、讨论会、读书会（有宗教的，也有非宗教的），旨在了解社会实际，接受进步思想，因此，学术空气十分活跃，呈现出一派欣欣向荣的新面貌。
金大农学院历史悠久，初创于一九一四年，开国内四年制农科先河。它的主要特点也是教学、研究、推广“三一制”，重在联系中国农业实际，不尚空谈。其中对推广一项尤为重视，师生足迹遍及全国十多个省的农村，受到各地农民的欢迎。其他如教学、研究也卓有成效。金大校誉鹊起，闻名国内外，农科是一主要因素。
一九一二年，农科斐义理教授向在南京的临时大总统孙中山及黄兴、黎元洪等三十人，吁请赞助规模颇大的农义会，这是使遭受水灾的农民开植荒地、以工代赈、自谋生计的办法，深受孙中山先生等人之赞许。随后又请求提倡造林，经临时政府批准，并规定清明日为植树节（后改为三月十二日）。金大的林科就是在此基础上开始成立的。当时，北京农商部设立的林业学校已解散，青岛大学林科因第一次世界大战影响也告停办，国内大专院校设农林科者只有金大。
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陈裕光：回忆金陵大学（4）
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农林科成立后，在南京、安徽等地购买土地，开辟农场，并在学校附近开办农事实验园，培育新品种，同时接受各省保送的官费生前来就学。山西阎锡山、南通张謇等都曾选送学生前来学农，金大也曾派人前往指导植棉。一九二二年，上海各纱厂为建立棉花原料的可靠来源，曾联合要求并资助金大农学院推广植棉。为此，金大开办了农业专修科、农业推广部，并在各地设立试验农场。二十年代初，美国教会曾派一位教授来金大，专教棉花育种试验，后培育成第一号优良棉种，称为“百万棉”，在江苏、安徽等农村推广。继棉花之后，农科又培育成稻、麦新品种，从事推广，收效不小。
金大农林科立案后改为农学院，下设八个系和一个部：农业经济系、农艺学系、植物学系、动物学系、森林系、蚕桑系、园艺系、乡村教育及农业推广部。另辟农场及试验场多处，其中农艺学系共有总场一所、分场四所、合作场八场、区域合作试验场五所、种子中心�