冈村宁次为了稳定战局，先命令第一○六师团退守金官桥一线，并迂回攻击德安，同时让最强悍的第六师团进攻长江上的田家镇要塞。中国守军在第九战区第一兵团司令薛岳的指挥下，固守阵地，顽强抗击。日军伤亡惨重，士气低落，第一○一师团伊东政喜师团长还被中国守军击伤。
在历时四个多月的武汉会战中，南浔线作战是日军打得最艰苦、所受挫折最大的一次作战。
但是，中国军队在局部战场上的胜利，并没有改变整个武汉防御圈的不利态势，也没有遏制住冈村宁次誓夺武汉的嚣张气焰，他手下最强悍的第六师团于9月底攻占了武汉以东的最后一扇大门——田家镇要塞。
随着田家镇要塞的陷落，武汉已无险可守，蒋介石和国民党军委会便彻底放弃了死守武汉的计划。
10月25日凌晨，蒋介石恋恋不舍地离开了武汉。当日深夜，汉口完全沦陷。26日凌晨5时，武昌被占。27日午后，汉阳失守。至此，武汉三镇全被日军占领。作为主攻部队的指挥官，冈村宁次自然是立了“头功”一件，荣极一时。但事实上，日军攻占武汉的大会战中，没有吃掉中国守军100多个师中的任何一个，几个月的伤亡惨重，才到手一座“人去楼空”的空城而已。因而，冈村宁次虽立了“头功”，但像他在日记中写的那样——“并不特别感到高兴”。
日军占领武汉城占领武汉后，为了收买人心，冈村宁次打出了“讨蒋不扰民”的旗号。冈村宁次在东京时，就耳闻了日军攻占南京的残暴行为，作为一个有“谋略”的将领，冈村宁次觉得此举不妥。
首先，战略上应该维持必要的军风军纪；其次，太过的暴行会激怒中国民众，也不利于最终鲸吞中国的实现。因而，在武汉会战中，冈村宁次就发布了“讨蒋不扰民”的训令，而且还将随军慰安妇提前编列入第十一军，但奸淫恶行并没有得到丝毫的遏制。凶残成性的日军士兵，哪管什么“讨蒋爱民”的战略意图，而且也没有任何惩戒，所以他们照旧烧杀抢虏、强奸妇女，无恶不作，“讨蒋爱民”不过是阴谋未得逞的一场骗局而已。
占领武汉后，冈村宁次的下一个目标就是南昌。南昌乃江西省省会，位于鄱阳湖以西、修水以南，地处南浔铁路的最南端，扼水陆交通之要道。当时，中国第九战区基本兵力集中在长沙地区，该战区是冈村在武汉会战时的老敌薛岳的部队，日军若占领南昌，就可使长沙正面和侧翼完全暴露，以便他再战薛岳。再者，南昌是中国空军主要基地。武汉会战时，空袭日本海、陆军的飞机，多是从这里起飞，蒋介石决定撤守武汉后，武汉机场的中国飞机也多转移到了南昌基地。占领了它，无异于打断了原本就可怜的中国空军的一只翅膀。前次，第一○一、一○六师团吃了败仗，为了挽回颜面，也为了让这两支部队打个翻身仗，冈村宁次下令让它们作为这次的主攻部队。
3月20日，第一○一、一○六两个师团，在日军炮群猛烈炮火的配合下，倾巢出动，突破中国守军的首道防线。
27日晨，日军在冈村宁次“追击”的命令下从北、西、南三面会攻南昌城，守城部队约两个团的兵力在狭窄的街道上与日军展开巷战，直至深夜才撤离南昌。
日军在南昌作战得手后，冈村宁次自然洋洋得意，而蒋介石则震怒于30余个师的人马竟挡不住日军3个多师团的进攻，而把南昌城给丢了，于是下令4月22日实施全面反攻。但是，半个月后，中国军队虽损伤严重也未能夺回南昌城。
攻占南昌，稳住武汉的东南屏障后，冈村宁次于1939年4月中旬，开始部署进击襄河东岸的计划，以稳定武汉北部。冈村宁次当时手上只有不足4个师团的兵力，而襄河东岸中国第五战区中国军队有6个集团军近20个军。
如何进击十倍于己的中国军队？冈村宁次这回用了“重点使用兵力”的战术，即实行“分进合击、锥形突破”的策略。4月末，冈村宁次向江北各师团下达了正式攻击命令。冈村宁次的策略见了效果，日军3个师团虽与正面的汤恩伯部陷入苦战，进展速度比较迟缓，但却重创了汤恩伯部右侧的张自忠部，基本突破张自忠麾下各军的防线，暂缓了江北的后顾之忧。
随后，冈村宁次为了击败第九战区的粤汉沿线中国军队主力，进一步挫伤其战斗意志，同时确保占领地区的安定，因而拟订了赣湘会战计划，即“第一次长沙会战”。此战，日军共4个师团及两个支队参战，总兵力约10万人。中国方面由第九战区代司令长官薛岳组织了20万兵力实施抗击。
9月14日，日军发起进攻。作战之初，日军主力非常顺利地越过了中国军队的防线，并占领了湘北广大地区。但是，赣北、鄂南的两路日军助攻部队与主攻部队始终未能连接上，从而导致主力部队的后勤补给线发生困难。狡猾的冈村宁次通过情报判断，中国军队步步南退长沙是有意设下圈套让日军钻。
“战争天才”冈村宁次（6）
狡猾的狐狸没有钻进猎人的圈套。10月5日，冈村宁次赶紧下令，让出现被围歼势头的前线部队全线撤退。10月7日，没有捞到什么便宜的日军纷纷返回会战前的驻地。随后的11月，中国军队发起冬季反攻，冈村宁次被迫组织应战。在中国军队的顽强反攻下，日军一度苦战支撑。1940年3月，中国军队基本结束反攻。
刚刚应对完中国军队的反攻，冈村宁次于3月9日奉调回国转任军事参议官。临别之时，冈村宁次的鳄鱼之泪竟然潸然而下，这不是为了杀戮中国人民的残暴，而是因为“没有能够摧毁敌人的抗战意志却将众多的官兵留在战场，魂丢异乡”，其实就是他自己的侵略目标还没有完全实现，所以才不想马上离开。
1940年3月20日，冈村宁次回到离别近两年的东京。这一年他已经56岁了，军事参议官是个位尊而权微的闲差。按惯例，一般是安置劳苦功高而又将退役的高级将领的，这样看来，他似乎是不可能再离开这个位置了。可是，过那种半退役的生活挨到完全退休，领兵一方、统领出征的冈村宁次当然不能甘心！
1940年7月，东条英机出任陆相。当时，德国正在欧洲战场取得不断的胜利，以东条英机为首的日本法西斯军阀积极鼓吹“南进”。
东条英机与冈村宁次同是陆军士官学校毕业，但东条英机比冈村低一期，年龄也略小。同时，冈村宁次并不太支持东条英机鼓吹的“南进”主张。但冈村宁次为获得重新“出山”的机会，转而不顾这些而对东条英机表现出相当的支持。
东条英机当然也“投桃报李”了。1941年4月，冈村宁次被授予大将军衔。不久之后，冈村宁次顺理成章地拜受华北方面军司令官，接任因八路军“百团大战”而备受大本营责难的多田骏。
此次赴中国，东条英机对冈村宁次面授机宜——首先，清剿共军，维持治安；其次，劝降阎锡山。肩负这两项任务，冈村宁次很快奔赴华北。
话说华北沦陷区的人民为了保家卫国，在共产党的领导下，同日寇展开了殊死的斗争。对付共产党领导敌后军民开展的种种神出鬼没的抗日游击战，冈村宁次真可谓绞尽了脑汁。为了剿灭这场千千万万中国民众支持和参与的人民战争，冈村宁次认为关键是割断抗日军民之间的鱼水联系。结合以前在北满“整顿治安”的经验，诡计多端的冈村宁次推动了一套残酷的整治办法，他称之为“治安肃正”运动，即把华北沦陷区划为三种类型：一是“治安区”（即敌占区），二是“准治安区”（即敌我争夺的游击区），三是“非治安区”（即建立敌后政权的解放区）。日军对这三类地区实行不同的残暴政策。
在“治安区”内，冈村宁次以“清乡”为主，强化保甲制度，用圈村的办法实行大编乡，推行连坐法，并建立“治安军”、“保安队”、“警备队”等伪军组织，来禁绝抗日活动。同时，冈村宁次还实行“怀柔”政策，加强汉奸特务的活动，欺骗、奴化人民，以巩固其对占领区的统治。
日本侵略者推行“三光”政策纵火烧毁村庄日军一方面宣扬所谓的“皇军只打八路军，不杀老百姓”，“中日亲善”、“大东亚共荣”等；另一方面，为了侵略的需要，在其统治中心，建立了所谓大日本皇军的“爱护村”。宣称对“爱护村”的百姓“不扰、不抢、不杀”。然而事实上，他们却任意奴役折磨“爱护村”的百姓。在“爱护村”里抓劳工、毁民房；对抓去的劳工，残酷折磨、酷刑拷打；最使人不能容忍的是日军向“爱护村”强行摊派索要“花姑娘”，供他们玩弄发泄兽欲。这就是日军宣扬的“爱民”，他们就是这样的“爱”中国人民的。看看他们在所谓的“爱民村”犯下的种种罪行，其所鼓吹的“中日亲善”、“大东亚共荣”的谎言，便不戳自破。在“准治安区”内，冈村宁次以“蚕食”为主，“怀柔”与恐怖手段并用。一方面，他通过宣扬“王道乐土”，企图奴化游击区的人民；另一方面，他又实行所谓“绝缘政策”，指挥日伪军在游击区内修筑封锁沟、封锁墙和碉堡，平毁村庄，残酷地制造“无人区”，企图割断八路军与人民群众的联系。1942年春，根据冈村宁次的命令，日军在占领区长城两侧，制造了一个长700余里、宽60余里的“无人区”。
日军把这一带的老百姓集中到一个山沟里，四周筑起围墙，名曰“人圈”。在“人圈”内，日伪军经常搞“大检举”，随意以各种罪名屠杀老百姓。“人圈”内的壮丁都被编入“自卫团”，夜晚值勤巡逻，白天罚做苦役。除此之外，冈村宁次还经常派出快速部队，对“人圈”周围的地区反复搜索、“扫荡”。日寇铁蹄所踏之处，见人杀人，见房烧房，见物抢物。
仅热河南部的一个小村庄马尾沟，就被日军反复烧杀过十几次。
对“非治安区”即解放区，冈村宁次认为八路军之所以与国民党军队不同，能屡挫愈奋立于不败，就在于它的领导层意志坚强和富于谋略，因此要不择手段去直捣。相应地，对付八路军的解放区，冈村宁次以“扫荡”为主，实行“烬灭作战”，即野蛮的烧光、杀光、抢光的“三光”政策。仅据1941年至1942年这两年统计，冈村宁次指挥日军在华北地区进行的“扫荡”作战，千人以上的就达174次，使用兵力共达83万人。其中规模最大的有两次，一次是在1941年8月，另一次是在1942年5月。
“战争天才”冈村宁次（7）
1941年8月，冈村宁次调集数十万日伪军，对晋察冀边区北岳区根据地进行了一次空前规模的大“扫荡”。冈村宁次亲自指挥日伪军兵分13路，采取所谓“梳篦清剿”、“马蹄形堡垒线”、“鱼鳞式包围阵”、“铁壁合围”等战术，企图将北岳区八路军主力消灭在长城两侧。但由于八路军转移到敌人后方开展游击战，使得冈村宁次策划的这次大“扫荡”遭到失败。
1942年5月，冈村宁次又指挥日伪军对冀中抗日根据地进行了残酷的“五？一”大扫荡。冀中是华北抗日根据地的粮仓，华北八路军主力部队和各机关、学校的给养多来源于此。这也是冈村宁次发动“五？一”大扫荡的主要原因。冈村宁次调集3个师团、两个旅团共5万日军，从5月1日开始，对我抗日根据地进行残酷“扫荡”。在这次“扫荡”中，冈村宁次指挥日伪军在冀中平原八千个村庄的土地上，修建了1500个据点和约1万里的网状公路。冈村宁次亲临指挥，运用“纵横合击”、“对角清剿”、“张网捕鱼”等新战术，企图净剿冀中八路军。但冀中八路军主力早就转移到铁路线和城市附近，袭击敌人老巢，使得敌人顾此失彼，冈村宁次的这次大“扫荡”又遭到失败。
然而，“扫荡”中，日军到处行凶，进行了无数惨绝人寰的大屠杀。他们施用各种残暴手段，有用马分尸的；有拴上石头投进水里溺死的；有赶进猪圈，用石块砸死的；有把人串进来推进火里烧死的；有用铡刀铡死的……万千百姓，尸首异处，横躺竖卧，血流成河。每每屠杀过后，放火烧房，奸淫妇女。铁蹄过后，一个充满生机的村庄，刹时变成一个悲惨的墓地坟场。而冈村宁次的部队对华北人民，对全中国人民所犯下的滔天罪行，又岂是罄竹所能书尽的？“扫荡”之后，冀中抗日根据地遭到严重摧残，根据地大部分变为敌占区，部分变为游击区。冀中军区部队也受到重大损失，地方党政机关和群众团体遭到很大破坏，区以上干部牺牲1/3，群众伤亡、被掳5万多人，“无村不戴孝，处处闻哭声”的惨景。
日军在大“扫荡”中滥杀无辜平民而冈村宁次却因为屠杀中国人民有功，被日本大本营授予一级军功“金鹄”勋章。1943年，冈村宁次对华北敌后抗日根据地的进攻有增无减，对抗日根据地人民的屠杀更加凶残。这年秋季，展开了三个月的大规模扫荡，短短三个月时间，日军共残杀根据地人民6700余人，烧毁房舍5。5万余间、抢走牲畜1。9万多头，抢劫和焚毁粮食3000万斤。
冈村宁次虽然多次施展“扫荡”毒计，但始终无法消灭华北地区的八路军，在整个战局的影响下，冈村宁次再也抽不出多少机动兵力来发动大规模的主动进攻了。中国共产党领导的各抗日根据地，趁势得到了恢复和发展。连吃败仗的冈村宁次不得不自讽“狮子捕鼠，效力不大”。而他另一个“劝降”阎锡山的任务，被一贯奉行生存第一的阎锡山以软盾挡回，面对老奸巨猾的阎锡山，冈村宁次也是难有作为。
进入1944年，日军在太平洋战场的形势日趋恶化。大本营为了打通大陆交通线，遂令中国派遣军发起“一号作战”行动，即豫湘桂战役。
4月份，日军华北方面军司令官冈村宁次率部以攻占平