。同时，俄国的经济和社会问题丛生，政坛斗争激烈。在国外，北约绕过联合国，对南斯拉夫和科索沃发动了78天的远距离空中打击，南斯拉夫被迫从科索沃撤军。
但是普京上任伊始，就显示出了铁腕政治家的本色。在科索沃问题上，当北约军队兴高采烈准备进驻科索沃首府普里什蒂纳的时候，一支俄军伞兵小分队却在英军之前，在普里什蒂纳机场如神兵天降，抢占了机场。消息传出，北约震惊。北约盟军总司令美国上将克拉克命令英军夺回机场，但是英军司令杰克逊拒绝了，他说：“将军，我不能为您而发动第三次世界大战”。有理由相信，在协调这一行动的时候，普京作为联邦安全委员秘书，也发挥了他的作用。
普京担任联邦安全委员会秘书，在协调和处理国内外重大的安全问题上都有出色的表现。在此期间，叶利钦有一次有意无意地对新闻界说起，他已经有了接班人，但是现在不能公布。媒体没有太注意这句话，直到普京被任命为总理，人们还没有往这方面想，因为叶利钦在一年之内换了三个总理，谁知道普京的任期能有多长？这和普京的韬光养晦低调为人也有关系，他总是退居幕后，不求引人注意。1999年8月，叶利钦总统提名普京为俄罗斯政府总理，并宣布他为自己的接班人。
普京政治生涯的运气之好，与其说是升迁得快，不如说是时机恰当。叶利钦在位八年，身边的谋士亲信和高官重臣换了一批又一批。八年里叶利钦换了七个总理，七个安全局长，十个财长，六个内政部长，七个总统办公厅主任，六个安全会议秘书，只有外交部长和国防部长换得少些，各换了三个。以此推断，普京不管是作为安全局长、安全委员会秘书还是总理，如果长期干下去的话，恐怕也是前程难卜。但官员轮换的走马灯到了普京这里停住了，因为叶利钦已没时间再换下去。普京成了惟一一个不被撤职的政府总理。
叶利钦对自己的接班人曾经千挑万选，切尔诺梅尔金，涅姆佐夫，基里延科，斯捷帕申等都在普京之前，但都未能坚持到最后。普京几乎是在最后一刻才被推到前台，而这位后到者却成为惟一的成功者。普京刚一上台就赶上车臣战争爆发，这是他大显身手的天赐良机。结果，通过这场战争普京不仅消灭了车臣匪帮，而且也打掉了所有的竞争对手，通往克里姆林宫的大门从此为他敞开。
竞选总统（一）
1999年8月10日，刚刚成为俄罗斯政府总理的普京在克里姆林宫对记者表示，他打算角逐即将于2000年举行的总统竞选，“我肯定将参加选举。”
同一天为了呼应普京的表态，叶利钦发表电视讲话，宣布他已“签署了关于国家杜马选举的命令。国家杜马选举将于12月19日举行。”他希望普京在2000年能当选俄联邦总统。叶利钦这样做的原因，是因为俄罗斯杜马的选举已成为了总统竞选的预演。
苏联解体以及俄罗斯独立后，各种政治和社会组织如雨后春笋般在俄罗斯蓬勃发展。1999年在俄罗斯正式注册为全联邦性的政党有150个，政治运动50个，另外还有许多社会集团（联合组织）。从各种政治和社会组织的活动看，“政党”、“运动”、“集团”并没有什么实质差别。除了这些形形色色的民主改革党派以外，还有各种自由主义派、恢复宗主制运动、新法西斯组织、极端民族主义组织、社会民主党人、极左派，以及绿党、啤酒党等。
当时在杜马中最具有竞争实力且影响力较大的有：
1成立于1999年8月4日的“祖国—全俄罗斯”联盟。这个联盟是由“祖国”运动、“全俄罗斯”运动及农业党部分成员组成。领导人是前总理普里马科夫、莫斯科市长卢日科夫。该联盟在俄许多地区都设有分支机构，拥有近30万成员。
2俄罗斯共产党。共产党约有55万名党员，在88个联邦主体建有2万多个基层组织。
3成立于1990年，以亚夫林斯基政治集团为核心的“亚博卢”集团。该集团领导人为格里高利·亚夫林斯基、前政府总理斯捷帕申和前驻美大使弗拉基米尔·卢金。
这三个有势力的组织基本上都是反叶利钦的。虽然在杜马中，由叶利钦授意的成立于1995年5月12日的“我们的家园—俄罗斯”运动是亲叶利钦的组织，但由于叶利钦所倡导的“力量”联盟失败，从而导致“我们的家园—俄罗斯”运动势单力薄，据选举前的社会舆论基金会的调查统计，支持它的只有2％左右的选民，很难突破5％入围杜马所需的选票大关。照此势头发展下去普京在总统大选中将处于十分被动的地位。但对叶利钦有利的是，虽然杜马议员的二分之一是由政党系统选出，但是剩余的二分之一则是由地方选区选出的，而地方长官中有很多人是亲克里姆林宫的。
鉴于这种情况，叶利钦立即要求总统府第一副主任沙布杜拉苏洛夫抓紧时间将亲总统的地方势力组织起来，组建一个新的政治联盟，在杜马和总统选举中削弱其它政治势力，确保实现辅助普京上台的政治意图。
沙布杜拉苏洛夫受命后马不停蹄地与数十名地方长官进行磋商，最后组织了近40名地方长官，成立了以紧急情况部部长绍伊古为领导人的“团结”联盟，参加杜马选举。绍伊古是一颗以效率高和廉洁著称的政坛新星，民望很高。
1999年9月27日，绍伊古发表讲话，宣布“团结”联盟成立，并欢迎“我们的家园—俄罗斯”与之联手参加杜马选举。他说：“联盟是我创建的。这是一个全新的运动，一个全新的联盟。今天联盟召开了组委会会议，决定10月2日召开联盟代表大会，10月3日举行联盟成立代表大会，届时确定该联盟联邦范围内候选人名单和单席位选区候选人名单。”随即有31位地方行政长官签署声明表示支持“团结”联盟。而此时，离法律规定的党团参选杜马的登记时间——10月25日只有28天。
1999年12月19日俄罗斯联邦第三届杜马大选正式开始。这一天，也成为俄罗斯举国关注的一天。
经过三天的激烈争夺，12月23日，俄选举委员会公布杜马选举的最后结果，宣布：19日举行的杜马选举合法有效，62％的选民参加了投票，选出了国家杜马450个席位中的440个，六个党派获得了5％以上选票，得以进入杜马。其中，俄共得票率为2429％；“团结”联盟2324％；“祖国—全俄罗斯”联盟1312％；“右翼力量联盟”86％；“亚博卢”集团598％；“日里诺夫斯基联盟”64％。在各地方选区共有122名独立候选人当选。
这一结果使克里姆林宫充满了喜庆的气氛：亲叶利钦和普京的“团结”运动和“右翼力量联盟”总共获得了超过3184％的选票，在俄议会下院国家杜马中占到了一百多个议席。选举结束后，叶利钦总统把这一结果称为“真实地表现了人民的意愿。”普京也高兴地说，俄罗斯最终“踏上了稳定的道路”。
这次杜马选举最大的赢家无疑是叶利钦和普京。“祖国—全俄罗斯”在这次选举中一蹶不振，使普京总统大选的劲敌受挫，为普京赢得总统选举铺平了道路。叶利钦一直认为，总统选举的心腹大患不是俄共的久加诺夫，而是领导“祖国—全俄罗斯”的普里马科夫。
在俄罗斯杜马选举的八天后，为了使普京的当选更为顺利，叶利钦做出了一个惊人的决定。1999年12月31日，正当2000年的钟声即将敲响之际，叶利钦突然宣布辞职，并下令由普京代理俄联邦总统。
叶利钦此举的目的是，给所有其他总统候选人一个措手不及。因为按原计划俄罗斯的总统选举应在2000年6月进行，而按照俄罗斯宪法，总统辞职后，应当在三个月内进行新总统选举，因此他们很难为选举做好充分的准备。俄罗斯宪法还规定，参选人应当获得100万选民的支持签名，才能正式注册为候选人。由于这一次是提前选举，所以征集签名的数量减半，为50万个，最后期限是2月18日。但即便如此，在如此短的期限内征集到50万的人签名也是相当困难的。因此这对普京的帮助无疑是巨大的。
当时准备参加竞选的除普京外共有11人，他们是：
1根纳季·久加诺夫：俄罗斯资深政治家和俄共领袖、俄共中央委员会主席、俄人民爱国联盟领导人。久加诺夫自称为人民疾苦的代言人，他反对实行总统制共和国政体，反对激进的经济改革，反对“亲西方”的外交政策。久加诺夫1944年6月22日生于俄罗斯奥廖尔州，毕业于国立奥廖尔师范学院数学系和苏共中央社会科学院，获哲学副博士学位。1966年加入苏共。1967年起任奥廖尔州共青团区、市和州委第一书记。1974年起任奥廖尔市党委书记、第二书记，苏共奥廖尔州宣传部长。1983年起任苏共中央宣传部督导员、处长，1989年起任苏共中央意识形态部副部长。1990年6月，当选俄共中央委员和中央政治局委员、俄共书记。1993年2月当选为俄共中央执行委员会主席。1995年1月当选为俄共中央委员会主席，同年8月当选为俄人民爱国联盟协调委员会主席。1996年6月久加诺夫参加上届总统竞选，在全国左派的支持下，以绝对优势力克群雄，与叶利钦一同杀入决赛。由于当时得票第三的列别德将军被克里姆林宫招安，久加诺夫最终未能如愿以偿，但仍然赢得了40％多的选票。由此可见，久加诺夫将是普京总统大选路程上遇到的一个重量级对手。然而，叶利钦的突然辞职使久加诺夫的竞争力有所下降。作为全国最大的反对派，久加诺夫一直是以叶利钦为斗争对象的，其支持者大多是叶利钦的反对者。如今叶利钦突然辞职，使久加诺夫失去了攻击的靶子，俄共最大反对派的优势也骤然减弱。
竞选总统（二）
2格里高利·亚夫林斯基：1952年4月10日出生，俄右翼反对派“亚博卢”集团主席，精通英语，经济学家，一直是国际金融机构以及西方国家政府非常喜欢的人物。亚夫林斯基毕业于莫斯科国民经济学院，被誉为经济学“神童”。曾在苏联国家劳动社会问题委员会工作，并掌管过劳动科研所中的一个部门。1989年出任苏联国家经济改革委员会某司司长，1990年任俄副总理。戈尔巴乔夫执政期间，他作为经济顾问，与沙塔林合作制定了实行市场经济的“500天计划”。1991年8月起任国民经济应急管理委员会副主席。1993年起任俄经济政治
研究中心理事长。同年与博尔德列夫和卢金一起组建“亚博卢”集团，出任主席。他是俄国家杜马改革派领袖，在知识分子和开明派中较受欢迎。1996年6月参加上届总统选举，得票率为73％，名列第四位。1998年3月再次当选为“亚博卢”集团主席。
3阿曼·图列耶夫：时任俄克麦罗沃州州长、俄人民爱国联盟协调委员会主席团主席。图列耶夫1944年5月13日生于土库曼斯坦的克拉斯诺沃茨克市。1973年毕业于新西伯利亚铁路运输工程学院。曾任克麦罗沃铁路局长，1990至1994年任克麦罗沃州人民代表苏维埃执行委员会主席，后任该州人民代表苏维埃主席。1994年起任俄罗斯克麦罗沃州立法会议主席。参加过1996年6月的总统竞选，成绩不佳。1996年8月当选为俄人民爱国联盟协调委员会主席团主席。1996年8月至1997年7月任俄政府与独联体国家合作部部长。1997年7月起任克麦罗沃州州长。
4尤里·斯库拉托夫：俄联邦前总检察长。大学时期他就喜欢研究国家法学和国家制度问题。70年代中期大学毕业后，被征召入伍，在特种警察大队服役一年多。复员后再度进入俄罗斯法学院，取得副博士学位。后来从事教学工作并晋升为副教授，成为法学院法律检察系主任。1987年通过有关地方自治问题的博士论文答辩，晋升为教授。之后调到苏共中央工作。90年代初期在共和国安全局和俄联邦安全部担任咨询员工作，为政府起草安全方面的文件。1993年担任法制和法律秩序问题研究所领导人，并任总检察院院务委员。他领导的研究所成功地制订了刑法典、刑事诉讼法典和刑事执行法典的草案。1996年2月，俄联邦委员会（议会上院）批准他为俄联邦总检察长。他上任伊始，就着手对检察工作制度进行重大改革，修改检察工作的职能，并涉及总的监督问题、刑事诉讼问题和侦查程序问题，由此他受到某些被他调查的人的攻击，1999年一盘有关他嫖妓的录像带被公布，他本人对此断然否认。1999年2月2日他提出“因健康原因”辞职，未得到批准，同年4月起被暂停职务。2000年1月底，俄总检察院指控他滥用职权，斯库拉托夫被禁止出国。
5康斯坦丁·季托夫：时任俄罗斯萨马拉州州长。他主张实行自由的市场经济政策，是俄政坛的右翼人物。
6阿列克谢·波德别列斯金：“精神遗产”运动领导人、俄人民爱国联盟协调委员会主席团主席，左翼反对派，是久加诺夫的亲密战友。
7斯坦尼斯拉夫·戈沃鲁欣：左翼人士，俄人民爱国联盟协调委员会主席团主席。俄罗斯著名电影制片人，俄民主党骨干。1995年2月起任国家杜马车臣冲突情况听证委员会主席，后去职。1996年8月当选为俄人民爱国联盟协调委员会主席团主席。他的儿子在俄军服役，在车臣战争中阵亡。
8埃拉·潘菲洛娃：1953年出生。俄第二届国家杜马议员，是在俄罗斯参加总统竞选的第一位女性，毕业于莫斯科动力学院。曾在苏联最高苏维埃专利和优惠委员会任职。1991年任社会保障部长。1992年12月连任社会保障部长。1993年12月加入俄罗斯“选择”联盟。1994年2月辞去社会保障部长职务。
9乌马尔·贾布赖洛夫：时任俄一家国际旅游合资公司和商业中心的总经理助理，知名度不高。
10弗拉基米尔·日里诺夫斯基：俄自由民主党主席、总统政治协商委员会副主席、国家杜马副主席。通晓俄、英、法、德和土耳其五种语言，法学家、中亚和