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孙科的行政院回南京不久，1949年4月20日晚，人民解放军发动渡江战役。23日，解放南京，国民政府还是南迁广州。这时，陈立夫知道国民党在大陆的统治不会久远了，他开始布置撤离大陆后的特务行动计划。
第六部分败走孤岛（3）
正如前面所述，首先，陈立夫派CC派特务骨干朱凌云到香港筹办潜伏特务训练班，计划以香港为据点待大陆解放后，潜回内地进行破坏。其次，派特务到华北去，准备在绥远和北平建立华北潜伏据点，以备将来进行破坏活动。再次，把情报活动的重点从大陆转移到东南亚一带地区，以对大陆造成情报包围圈。对陈立夫的整个特务行动计划，蒋介石十分赞赏，他专拨10万银元作为经费，给予资助。
但随着人民解放战争的胜利进展，这些计划好多都没有成功。
10月14日，广州解放，国民政府匆匆逃往重庆。为了稳定人心，陈立夫也飞抵重庆。因局势紧张，他为安全起见而深居简出。不肯随便露面。
在重庆，陈立夫加紧了布置潜伏特务的工作，他兴致勃勃地准备筹建“大西南指挥中心”，还派一些特务到四川各县去建立根据地，以便同共产党周旋。但这些计划有些刚刚实施，有些还在拟定，人民解放军就已逼近重庆。11月14日，蒋介石飞抵重庆，企图作最后顽抗，但也无任何办法，陈立夫后来回忆说：“继而重庆吃紧，共党已侵入外围，钱币一天天贬值，那时共党特务工作比我们做得好，政府的一切行止，他们都清清楚楚，‘兵败如山倒’，蒋公到重庆没多久，政府再从重庆迁到成都去，我也去了，那时乱得可怕，我的汽车也被抢去了。蒋公离开重庆时，座车几乎开不出去，好不容易才开到机场。”12月23日，重庆解放。
29日，国民政府西逃成都，以作最后的挣扎。
为了收拾残局，陈立夫也随蒋介石来到成都。他将特务召集起来进行训话，说什么“只要拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴”。但这些话也不能维系人心了，大小特务纷纷要求陈立夫安排他们逃往台湾。陈立夫仍然要求他们鼓起勇气，坚持到底。蒋介石到成都后，提出一个新的战略计划，当时有三种构想，一是退守云南，二是固守川西，三是撤到西康。但当时川军将领都不理睬蒋介石。一天，蒋对陈立夫说：“真奇怪，我召集军事会议，一些人都不来了。”陈立夫一听，就预感到要出事了，他认为三种构想已不能实行。当时蒋介石说：“下一步，你和阎院长先飞台湾，我准备去西康。”陈立夫即反对：“不能去那里，刘文辉在那里搞了几十年，他如在机场请总统训话，再来一次西安事变的翻版怎么办呢？”蒋介石沉凝一下说：“那我去云南好了。”陈立夫又表示反对：“卢汉也靠不住，云南绝对去不得。”蒋介石终于打消念头，改派张群去，结果被卢汉扣留，几天后，云南正式宣布脱离蒋政权转向共产党。后来陈立夫十分得意地说他在最后时刻做了对得起蒋介石的三件事：第一是有效地阻止了李宗仁对党政权力的进一步谋取；第二，促成了蒋的复职；第三，救了蒋的性命。
此时，川军将领纷纷起义，人民解放军连克成都以南的简阳、仁寿、乐山等地，切断了国民党的退路。陈立夫见势不妙，虽要别人坚持到底，自己却一分钟也不能坚持，慌忙登上飞机匆匆逃离成都。不料飞机赴台途中，遭遇寒流、驾驶员临时决定返回成都，当飞机缓缓降落时，陈立夫发现城市灯火辉煌，疑为是到了汉口，当时从皮包内取出手枪，准备自杀。旁人觉得奇怪，问明情由，告知是成都，一场虚惊才化为乌有。陈立夫忙问返航原因，才知是同机的阎锡山携带了数十箱金条，负载超重所致。后来，阎锡山减少了卫士，第二天飞机重新起飞，真正要离开大陆了。当飞机穿越群山之间，徘徊于云海之上时，陈立夫的心情格外难受，作为败军之将，他有一种被自己国家抛弃了的感觉，将来的归宿在哪里，将来的命运如何，他自己也不能定，一种“天涯芳草迷归路”的心情油然而起。
第七部分曲终人散（1）
当中国大陆欢庆解放，鼓乐高奏，礼炮声声，万众欢颜之际，陈果夫与陈立夫及他们的父亲、家人在台湾孤岛的台中市，在唉声叹气中迎来了新的一年。
1950年的台湾，处于一种极度混乱之中。
经济上，台湾全岛面积只有36000多平方公里，山脉占去三分之二，可耕地不及三分之一，人口600万。在一般情况下，人民生活尚能过得去，现在一下子涌来200多万军民，人口压力大增，这就使经济状况本来不太好的台湾陷于生产失调，通货膨胀中。
政治上，国民党大陆政权完蛋，败走孤岛后，各派系互相埋怨，互相争斗，矛盾更加激烈。李宗仁远走美国，蒋介石复出未久，各行政部门残缺不全，一盘散沙，物换星移，人事全非。
军事上，国民党军队虽还剩下60万，但都是败兵残卒，乌合之众，虚张声势有余，正式临战不足，官兵成分五花八门，而且惊魂未定，充满恐惧心理。总之，整个台湾岛处于惶惶不可终日之中。
陈立夫到台湾后，还想整理一下旧部，再张昔日雄威，但CC派有的留在大陆，有的逃亡海外，来台的一些CC派人物，有的忙于找房子安排家属，有的不想重操旧业，还有的刚从大陆逃来，余惊尤存，因此一下子很难再成势力。陈立夫面对这倒塌了的CC派乱摊子，不禁发出无可奈何的慨叹，整天在百无聊赖中度日。
1950年3月1日，蒋介石正式复职，他将大陆失败的责任一概推给李宗仁，开始着手收拾残局，苦心经营台湾孤岛。蒋介石认为，台湾目前局势不稳，以前大陆的一套人事显然不适用了，要稳定人心，必须调整人事，因此，他大幅度更换了各级行政人选。其中包括：提拔陈诚担任行政院长，以取代阎锡山；派吴国桢为台湾省主席；提拔年轻的周至柔任国军总参谋长兼空军总司令，非黄埔出身的孙立人为陆军总司令，海军总司令仍由桂永清担任，蒋经国为国防部政治部主任。
对于特务工作，蒋介石依然十分重视。还在1949年7月，蒋介石就在高雄成立了“政治行动委员会”，召集人为唐纵，主委周至柔，成员有蒋经国、郑介民、毛人凤等。其基本任务是“统一所有情报工作，并使之充实强化”。到了1950年，“政治行动委员会”改为“总统府机要室资料组”，并规定“举凡一切党政特务机构，均归其管辖指挥”。实际上，这个总统府机要室资料组取代了原中统，军统的一切业务。
在蒋介石关于人事变动的所有新任命中，都没有二陈兄弟的份，此时，陈果夫正在重病中，不可胜任工作，但陈立夫却还年轻，仅只50岁，且身体正好，很可干一阵子，而蒋介石不给予他在调整后的政权中占一席之地，这说明陈立夫在蒋介石心目中已无任何地位了。过去的CC派分子，一部分见陈立夫倒霉，便纷纷改换门庭，投奔蒋经国的门下，一部分无门可投的便似无娘的孩子，没有着落。而此时，陈诚、蒋经国已统一了原军人势力和团派势力形成绝对优势，CC派锋芒尽揠，锐气尽消，从此一蹶不振。
1950年，中国人民解放军相继解放海南岛和舟山群岛，台湾岛内一片惊慌，蒋介石宣布台湾进入战时状态。6月初，“战时生活运动促进会”成立，宣称要“向奢侈者挑战，向腐化者开刀”。台湾岛上再次笼罩恐怖气氛。后来，朝鲜战争爆发，这种气氛才逐渐冲淡。
在此情况下，蒋介石开始考虑如何整饬政治，以匡系人心，早在1949年的岁末，蒋介石就反省了国民党在大陆失败的原因及其教训，他认为最根本的原因是国民党本身的腐败，“党内不能团结一致，同志之间，派系分歧，利害摩擦，违反党纪，败坏党德，以至整个的党形成一片散沙，最后共党乘机一击，遂致全盘瓦解，彻底崩溃”。因此，需要彻底改造国民党。基于这一目的，1950年1月，蒋介石便一手操纵成立了“国民党改造研究小组”，加快了国民党改造的步伐。
蒋经国、陈诚的势力逐步强大后，便开始向一蹶不振的CC系发动总攻击，他们提出必须对大陆失败的责任进行清算。陈诚首先向陈立夫发难，他指使在立法院的青年团委员提出一个议案，要求扩大行政院职权，削减立法院的权限，结果，陈立夫组织反击，在立法院会议上否决了这一提案。陈诚知道后大发脾气，愤怒地说：“他们一定是CC派，现在这个行政院长，除了陈立夫之外，没人能干得了，我不干了！”陈诚知道自己光有军方力量还不行，必须联合蒋经国才能赶走陈立夫，不然，自己没有出头之日。为此，蒋经国、陈诚大造舆论，认为大陆的失败是党的失败，党的失败是CC派的失败，作为CC派的首领，二陈兄弟应对失败负责。
在此攻势下，清算二陈的呼声一浪高过一浪。
1950年7月12日，在台湾的国民党中央执、监委员240人联名上书蒋介石，要求实施本党改造，清算CC派。在此情况下，陈立夫知道自己大势已去，也表示赞成改造党，他向蒋介石说：“从本党历史看来，每次挫败后，急应把党改造一下，以期重振革命精神。”并主动承担责任，说：“党没办好及一块缺失，最好把责任推给我们两兄弟，将来改造后，我兄弟二人亦不必参加，庶几总裁可以重振旗鼓。”陈立夫一番先入为主的陈言，倒使蒋介石有些为难，下不了抛弃二陈的决心。
第七部分曲终人散（2）
但陈立夫手下的人却不懂其中的玄机，企图给蒋以压力，阻止改造党。在一次中央委员谈话会议中，李宗黄等表示：“我们的意思是认为本党之改造，至为必须的，最好是由干部作建议，请总裁决定执行，免得总裁为难，而且亦合乎民主。
”蒋介石一听勃然大怒，深恐改造大事一经讨论便节外生枝，愤然斥责道：“你们如果不要我来改造党，你们跟陈立夫去好了。”蒋认为陈立夫嘴上说得好听，暗地指使人反对他改造党。对此，蒋介石也不得不作认真考虑，他与二陈的关系虽然渊源深远，但在目前情况，他深知，要渡过难关，必须倚恃忠心的军队和美国的援助，他不能得罪军方实力派陈诚，也不能为了二陈而失却美国的援助，因为美国人对二陈，特别是对陈立夫十分反感。同时，他要将大权传给儿子蒋经国，而不赶走CC派势力，就不能铲除蒋经国当权的阻力，经过深思熟虑和反复权衡，蒋介石决定抛弃二陈。
7月22日，蒋介石在台北主持国民党中常会临时会议，通过《本党改造之措施及其程序》，会议决定授权蒋介石遴选15～20人组成中央改造委员会，原国民党中央执行委员会和中央监察委员会均停止行使职权。7月26日，蒋介石发表演说，声称国民党在大陆造成失败，必须自我检讨，说如不彻底改造，将有亡党危机。他提出成立中央改造委员会，负责重组国民党，过去庞大的组织由大改小，撤销国民党中央执行委员会和监察委员会，改以中央评议会代替。他宣布了酝酿已久的国民党改造方案和新的中央改造委员会，中央评议会委员名单。
新成立的中央改造委员会由陈诚、蒋经国、谷正纲、张其昀、张道藩、胡健中、陈雪屏等16人担任委员，中央评议会聘任吴敬恒、居正、于右任等25人为委员。
在16人的改造委员会中，二陈兄弟均未上榜，CC派中仅张道藩列名其中；25人的中央评议会委员中，也仅只病入膏肓的陈果夫一人列名其中，从以上安排中，已经可以闻到人事倾轧的浓浓的火药味了。
国民党这次改造的结果，首当其冲地解除了陈果夫与陈立夫为代表的CC系的“党治”大权。二陈执掌国民党党权长达20多年，权力膨胀造成了绝对的腐化，特别是抗战胜利后又主持国民党中央财委，担任农民银行董事长、中央合作金库董事长，大肆敛财，使国民党集贪污腐化于一身，就连与他们关系一直很好的陈布雷生前对他们也有意见，说：“我过去还相信陈氏兄弟在金钱上总比较清白，不会贪污。今天一看，他们和孔、宋一样，在抢肉骨头。他们也接收，他们也争，他们也办起什么银行和经济事业来了。他们过去骂孔、宋，今天唯恐学不到孔宋。
”陈布雷当然看不到，CC派的腐败实质上是国民党的腐败。现在，国民党在大陆失败了，CC派便成为被攻击的主要目标，代替整个国民党、代替蒋介石负起了大陆失败的整个责任，他们被排斥在权力之外。从此，二陈在国民党中的政治生命结束了，他们所领导的CC派开始成为一个历史上的名词。
陈果夫与陈立夫以反共开始，为巩固蒋介石在国民党中的地位立下了汗马功劳，没想到蒋介石为开脱自己，竟将在大陆失败的责任全推到他们身上，为了传位给儿子，又将他们一脚踢开，心中不免又气又恼，又怨