施塔斯堡的改教领袖是布塞琪，他是一位伟大的神学家，既秉持路德的主要思想，亦兼容慈运理派与重洗派的某些看法。加尔文受布塞琅的影响甚大，有说他是在此时期才随从布塞琅正式且有系统地修习神学；不过，对加尔文而言，最宝贵的莫过於亲眼看到布塞琅如何处理教会和社会的事务，执中持平地推动一个城市的改教工作。加尔文除了在布塞琅所主持的一所学院中任教外，也负责牧养当地一个法国人的更正教信徒群体。期间他与一位孀居的重洗派信徒结婚。
加尔文出席了皇帝查理五世所主持为协调天主教与更正教政治势力的三次会议，积极参与讨论。他认识了墨兰顿，二人成为终身好友。1539年，加尔文出版第一本新约注释：《罗马书注释》，第一次修订再版《基督教要义》，又著述了一本关於圣餐的小书。加尔文是一位多产作家，除《但以理书》及《启示录》外，他撰写了每一卷圣经的注释。
在加尔文离开日内瓦後，一位枢机主教沙杜里多写了一封公开信给日内瓦的议会和人民，批评改教者的动机并不纯正，并鼓动他们重投天主教的怀抱。加尔文辗转得到这封信的抄本，乃写了《答沙杜里多书》以作反驳，书中激烈地抨击天主教会所存在的罪恶。从他写这本书，我们可以看到他仍关怀曾短暂牧养过的日内瓦人民。而事实上，日内瓦的民众也未曾忘掉这位牧者；1540年，他们派代表到施塔斯堡，请求加尔文重返日内瓦。
4。重返日内瓦。
加尔文在1541年 9月13日重回日内瓦。他是在几经挣扎後，才顺服这个他深信来自上帝的决定。他在这个岗位上事奉，一直到1564年逝世为止。
日内瓦在与天主教会脱离关系後，长期处於无序的状态中。由於缺乏一套鲜明的改教方案，持不同想法的人各持己见，莫衷一是，自恃自为，社会和教会的秩序都无法建立；加上瑞士城邦处於列强环伺之下，信奉天主教的城邦欲将日内瓦重新纳入天主教的阵营之内，制造许多有关改教运动破坏社会和人心的不利传言，整个城市经常处在恐慌和混乱中。在宗教方面，即使没有加尔文的存在，敬虔的宗教改革信徒和自由派的人文主义者的冲突仍是不可避免的。那些善於与权贵妥协、个人道德操守却不佳的牧者占据了教会的高位，招来许多反对之声，不少有名望的人甚至拒绝从这些人手中领取圣餐；他们积极呼吁让加尔文和法惹勒重返日内瓦，拨乱反正，匡复教会和社会的秩序。加尔文在多方恳求下，重返日内瓦，领导教会的重建工作。
加尔文在日内瓦的主要职责是教导和牧养教会，并为改教後的教会和社会重订各样规条秩序。由於加尔文这次是被邀重回主持大局，所以他较易得到市议会的合作，将心中有关更正教的理想付诸实现。不过，市议会对他并不是毫无保留地支持的，他们尤其担忧教会在加尔文的带领下，会完全不受政府的控制。因此，加尔文与市议会一直处在相当微妙的紧张但又彼此合作的关系里。在他的努力下，市议会在 1541年通过他所拟订的《教会组织法》，及一份信徒学道集。翌年，再通过颁行他所订定的教会礼仪和音乐。
在加尔文的带领下，各项改革措施渐次推行；但由於他的改革得罪当时的权贵及自由派人士，他受到不少攻击。直到 1555年，由於支持一场武装的民众暴动事败，自由派的好些骨干成员被迫逃亡；在主要的反对者离开後，加尔文才算全面控制日内瓦的大局。他在1559年才被接纳为日内瓦的公民，也就是他到这个城市後二十年，距离他逝世前五年。
加尔文的健康一直不佳，每天只吃一顿饭，每晚只睡四小时；才三十岁便开始疾病缠身，五十岁後更形恶化，最後在五十四岁辞世。
III．加尔文的宗教改革。
A．政教关系。
在《基督教要义》里，加尔文书提到他认为牧师并不具备出任公职的资格，政治和社会事务应由平信徒负责。但在日内瓦期间，他发现宗教与政治事务难以分割，宗教规范同时亦是社会及伦理规范，必须藉赖政治力量来推行，世俗事务与神圣事务同时并进，相辅相成。因此，他积极参与市议会的立法工作，监管社会的日常事务。加尔文热衷投入社会事务，曾为他招来不少批评，他也得多方论此答辩。
1．教会与市议会。
加尔文认为教会的权力应由牧者和平信徒共同分担行使，但在他的眼中，平信徒不是指所有参与聚会的信徒，而是当时的市政府官员（magistrates）。官员与教职人员同属圣职人员，教会的政策方向由他们共同策划厘订；并且，教牧人员并非由平信徒自由选立，乃是由市议会委任。
市议会人员每星期聚集一次。聚会的开始先是查考圣经，然後才商议各种事项，包括委任每个查经班的教员。加尔文积极推行宗教教育，要求全城市民参加。长老是负责纪律的政府官员，他们监察市民的伦理道德，定期递交报告；而牧师也得频繁探访信徒，了解他们的信仰境况。加尔文希望市政府协助推行教会事务，当教会法庭裁定某个人有罪後，便转交市政府执法惩处。
不过，在纯粹的信仰问题上，加尔文却坚持只有由牧师组成的牧师团（pany of Pastors）才有发言权，市议会不得过问。譬如禁止某个犯罪者领圣餐，或将之开除出教，市议会便无权推翻教会的决定。1548年，他曾就停止一位行为不检的信徒鲁斯（Guichard Roux）领圣餐的问题，而与市议会公开决裂，并声言他宁可死亡，也不容许这人分享主餐，结果市议会妥协，他获得胜利。同样地，市政府无权过问牧师的讲道内容，因为加尔文认为这关乎上帝的道，没有任何人间权力可以在上帝的道之上。
加尔文关心社会的圣洁过於其建设，而维护社会圣洁乃透过两方面的途径来施行：一是加强社会纪律的控制，二是加强牧者对信徒的教导；前者由市议会负责，复者则是教会的任务。
日内瓦不是一个大城市，人口不太多，故加尔文有能力对市民的生活作钜细无遗的监控。1550年，市政府授权牧师每年至少探访信徒一次，检查他们的家庭是否遵守教会规定。《教会组织法》规定成立教会法庭（the consistory），由牧师和市议会委任的十二位平信徒身分的长老所组成，专责审理信徒所犯与信仰有关的罪行，但不处理民事和刑事的纠纷。这个属灵的政府模仿自巴塞尔的组织。教会法庭派人彻底搜查信徒家里是否藏有诸如占卜、算命等异教书籍，是否有信徒从事不良的或骗人的买卖以谋取暴利等。教会法庭最高的权力是开除犯罪者出教。
加尔文深信没有人可以在不受监管的情况下自行为善，外在的纪律不但不会妨碍人培养自律精神，反而是必要的辅助。
虽然教会法庭也审理许多牵涉信徒日常生活的案件，但加尔文谨慎地区分出何者属於教会的监管范围，何老是世俗政府的事务。至少在理论上，他没有建立一个政教合一的国家的打算。不过，由於所有居民都是信徒，放政治与宗教事务确实是不易界分的（即使＿界分了亦不见得为所有人接受），例如教会法庭制订银行利率、进出口商品的价格，甚至规定禁食时间。据教会史家察域（Owen，Chadwick ）的分析，加尔文非常抗拒公共社会陷於无秩序的状态中，故才积极参与公众事务。
我们可不要以为加尔文在日内瓦是全无敌人对手，可以像暴君般任意妄为。事实上，一直有许多反对他的人，特别是前述的那些自由派的人。其实不少自由派人士，都出身於日内瓦显赫的高门大族，他们大多在道德操守上有亏，故期望加尔文能对其罪行网开一面，特别对待。但在加尔文看来，即使是世俗君王，在万王之王的上帝跟前亦不过是蝼蚁而已，故毫不容情地予以处分。他们乃因此对加尔文切齿痛恨，屡次找他的麻烦。正因当时日内瓦的政治事务与宗教事务互相纠缠，反对加尔文的人所借助的是政治力量，而他亦得以政治手段予以还击。1547年，长期反对加尔文的古埃（ Jacques Gruet）便因通敌叛国罪被处死。
自从服膺改教思想後，加尔文对人文主义不再感兴趣，对与人文主义共生的「自由主义。（Libertarianism）更是极其厌恶，视之为反基督教的异端。事实上，他在日内瓦工作的初段，主要敌人不是来自天主教，而是自由派的阵营，当中包括不少政府高官。直到1555年他们藉词反对法籍移民以推翻加尔文事败，被迫逃亡後，市议会才落回一群道德主义者的手中。自此以後，日内瓦变成一个纲纪森严的社会。
2．建立『上帝的国』。
加尔文欲使日内瓦变成一可见的「上帝的国』，以圣经教训来管治人民，社会纪律非常森严。
当时市议会通过繁琐的法律，限制人们的衣著、饮食、言行，及生活的每个层面，如监管货品的售卖价格、服务收费、银行利率，以至货品的供求等；甚至禁止用圣经以外的名字为孩子起名。
即使是在家里举行私人聚会，他们也得遵守政府和教会的法令，而在公共场所的规限，便更为严格了。曾有人主张全面禁止跳舞，而玩纸牌等娱乐亦在绝对禁制之列。凡触犯法令玩纸牌者，会以纸牌造成枷锁枷号示众：甚至新娘在出嫁时衣著过分豪奢，也可能会被逮捕入狱。此等规定大都不是由加尔文提出的，他也从未主持过市议会的会议；而我们也有理由相信，以上的严厉规条是得到当时大多数民众所支持的。
加尔文亦极其抗拒卖淫行为，曾企图用火将妓女烧死，却遭到市议会反对。及後在1558年，市议会通过凡第二次触犯卖淫罪的，便须戴上帽子游街示众。加尔文又建议取缔所有酒馆，将之改为咖啡店，其经营方法亦受市议会严格控制，客人严禁在店内说下流的言语，粗鄙的音乐也要禁止。倘若客人不谢饭，便不准为其上菜。
必须公允地说，加尔文并非一个完全不肯妥协的人，他甚至接纳别人对他个人的冒犯。譬如说，1554年，市议会竟然要求审查他所出版的一本新书，他虽然深觉被侮辱，却也作出让步。但是，他却不肯在有关信仰的问题上作任何的妥协。其中一个常为人提及的事例是这样的：生产玩具及纸牌的厂商安姆（Pierre Ameaux），由於日内瓦全城严禁纸牌，他的生意大减。在某个宴会中，他出言攻击加尔文，认为他的教导有欠正确。加尔文得悉後愤怒非常，下令重重惩治他，结果安姆被捕，除公开认罪外，又被囚禁了五个星期。加尔文认为这惩罚仍未足够，进一步要求安姆公开忏悔，市议会最後同意将安姆游街示众，在不同地点下跪认罪。加尔文坚持此事并非仅关乎他个人的声誉，更是牵连到他所作的教导，而这正是与真理相关的，所以必须严肃处理。
1553年，在加尔文强力影响下，一名为塞尔维塔斯（MichaelServetus）的异端者在日内瓦被判以火刑。塞氏是西班牙人，原本修习法律，在天主教会当文书，後来眼膺宗教改革思想，辗转在巴塞尔和施塔斯堡当教师。他自1531年起，便写书公开反对三位一体论，指这教义来自魔鬼，结果招致天主教及更正教的领袖（如布塞）分别谴责，并要将他逮捕延讯，但他以假名匿藏了一段时间。
1540年起，塞氏在维也纳（Vienna）定居，开始写信给加尔文，表达他个人的神学见解，并且撰写了一本《新基督教要义》（ Restitutio）来批判加尔文的说法。他对加尔文的感情是复杂的，既崇拜这位更正教的神学巨人，又志切打倒他以自呜身价。加尔文对塞尔维塔斯标奇立异的神学主张极表憎恶，乃揭穿他在书信往还时所暴露了的真正身分，後来塞氏在法国被天主教会逮捕，幸而逃脱。几年後，塞尔维塔斯竟然来到日内瓦，加尔文得悉此事後，提出控告，结果他被拘捕。在加尔文的指证下，塞尔维塔斯被定为异端，被判处以火刑。这件事并未引起欧洲太大的震动，大概这种做法在当时也不算太罕见，但此事在日後却成为反对加尔文派者指控加尔文的一个主要罪状。
B。崇拜及圣台重新定位。
1．重视讲坛。
加尔文可不是一个仅仅热衷於执行教会纪律的人。他除了监控教会及社会的运作外，更主张树立属灵榜样，鼓励善行。他相信人具有自制和自律的能力，而正确知识是正确行为的先决条件，放正面教育较负面责罚更为重要。为此，他每天藉讲道来教育群众。1549年，日内瓦的市议会通过规定，要求牧者由原来隔天讲道一次改为每天讲道一次，这个规定在1569年为苏格兰所效法。
加尔文强调信徒皆祭司的观念，因此非常看重讲道的地位。他认为每个信徒都有责任了解和认识信仰，教会亦须要求所有人都阅读及明白圣经。当然在那个哈候识字率还不太高，要每个信徒都读圣经是不可能的事，所以教会有责任教导信徒读圣经；而专职宗教人员的身分亦因此由教士（Priest）转变为牧者（Pastor），他们的主要责任是作传道者（Preacher）。讲道是加尔文及改革宗的崇拜神学的重心。
在他看来，牧者必须首先是讲道者，讲道是牧者一生最重要的职事，一个没有定时讲道的人，根本不应保留牧者的衔头；所以天主教的教皇若是以主持会议为其主要的日常职务，他便不配称为主教。在宗教改革以後，特别是在加尔文所开创的改革宗传统里，基督教才将讲道抬举到如此崇高的位置；而讲道亦成了宗教改革得以成功、更正教得以蓬勃发展的主要元素。讲道是改教者成功发动一场灵魂战争的致胜武器。
加尔文是一位极出色的讲者，能用希腊文及希伯来文版本圣经直接教导。他认定圣经作为上帝的话语，必要藉圣灵的引导和印证才能开启揭露，让人发现真理（efficacious confirmation），而讲道正是上帝藉人的口来说话；因此，讲道不是牧师