现场的一个日本军官估计有2万人被杀害。
下面是一位日本战地记者小俁行男亲眼目睹中国俘虏被带到下关并沿江排队的情景：
第一排人被杀了头，第二排人被迫将这些尸休投入江中，然后他们自己也人头落地。这种屠杀从早到晚不停地进行着，但他们用这种方法只杀了2千人。第二天他们对这种杀人办法已经厌倦，便架起了机枪。砰！砰！砰！砰！板机被扳动了。俘虏们跳入江中想逃走，但没有一个人能游到江对岸。
以下是来自日本摄影记者河野公辉的记述：
在“入城庆典”之前，我看到50…100具尸体沿江漂流。他们是死在战场上，还是被俘后被杀死的？还是被屠杀的市民？
我记得南京城外有一个小池塘。它看上去像一片血海——有着耀眼的色彩。要是我带着彩色胶卷的话，……那将是一张多么令人震撼的照片！
另一位在南京的日本随军记者佐佐木元政评论道：“在东京大地震中我曾见过成堆的尸体，但与这里相比，那简直算不了什么。”。
南京的强奸暴行
下一步，日本人把目光转向了妇女。
“妇女深受其害”，一个日本驻南京114师的士兵田锁增三回忆说，“无论老幼，她们都逃不脱被强奸的命运。我们从下关派出拉煤车到城市的街里和乡村抓回许多妇女。然后把每个妇女分配给15…20个士兵，任他们奸淫凌辱。”
活着的日本老兵认为军队强奸敌方的妇女是不合法的。但强奸在日本的军国主义文化和迷信中是如此地根深蒂固，以致没人认真实行这一规定。许多日本兵还深信强奸处女能使他们在战斗中更加有力。士兵们甚至戴着用受害者的阴毛制成的护身符，相信这样他们就有了魔力而不会受到伤害。
军方的禁止强奸的政策只是鼓励士兵们在完成后杀死受害者。在一次为记录片《以天皇的名义》进行的采访中，一位日本老兵东史郎坦白地说出了在南京奸淫与谋杀的过程：
我们先说一些不正经的话，如Pikankan。Pi意思是“臀部”Kankan意思是“看看”。Pikankan意思是“让我们看女人张开腿”。中国妇女不穿衬裤，只穿外裤，用一根绳子系住。没有皮带。当我们扯掉绳子，臀部就露出来了。我们就“Pikankan”。我们就看。一会儿就说一些诸如“今天是我洗澡的日子”之类的话，然后我们就轮奸她们。如果只是强奸她们，就没什么事儿。我不应该说这没什么。但我们通常还要用刺刀捅死她们。因为死人是不会开口说话的。
在谈到这个问题时，田锁增三与东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们”，他回忆说，“一旦那些妇女拔腿而逃，我们就让她们跑，然后我们从背后‘砰’的一枪打死他们”。据活着的老兵说，许多士兵并不认为这是犯罪。“或许当我们强奸她时，我们把她看成女人”，东史郎写道，“但当我们杀她时，我们只是把她看成猪一样的动物。”
这一暴行不仅限于士兵。各级军官也放荡不羁。（甚至连谷寿夫，这个高级将领和日本第六师团的指挥官，后来也发现他在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。这些军官不仅怂恿士兵在城里成群结伙奸淫妇女，而且提醒他们在完事后一定要把这些妇女处理掉，以消除罪证。一个军官对他的下属这样说：“在你完事后要么给她们点钱，要么在偏僻之处杀死她们。”
松井石根的到来
12月17日早上，因病而身体仍然虚弱的松井石根进入南京城参加庆祝阅兵仪式，屠杀和强奸才有所收敛。他从这次肺结核发病恢复后，乘海军的汽艇溯江而上，然而换乘小汽车去南京城东的中山门三孔拱门。在那里他骑上一匹栗色马，把马头转向东京天皇的皇宫方向，并在日本国家广播公司的录音下为天皇三呼万岁：“天堂之阶最伟大的大元帅万岁——万岁！”然后他骑马沿着一条大道向前走，道上已经仔细清除了所有尸体，两旁还站着成千上万欢呼的士兵，松井一直抵达南京城北部的大都会饭店，当晚在那里为他设宴。
据记载，在宴会期间，松并已经察觉到南京发生了什么可怕的事情。当天晚上他召开参谋会议，并命令所有不必要的部队都调到城外。第二天西方新闻媒体报道说，日军约定对松井保密，不让他知道南京暴行的全部真相。
当松井开始了解到城里发生的强奸、杀人和抢劫的巨大规模时，他的心情极为阴郁。1937年12月18日，他告诉他的一个文职助手：“现在我认识到，我们己在无意中给这个城市造成了最深刻的痛苦与创伤。当我想到我的那些已经逃离南京的中国朋友的感情和心情以及两国的未来时，我只能感到沮丧。我觉得很孤独，而且永远也不会有心思为这次胜利而感到高兴了。”甚至在当天早上对新闻界发表的声明中，松井也流露出一丝这种遗憾的情绪：“对民众遭受的苦难我本人甚为痛惜，但本军队决然继续挺进，直到中国悔悟为止。现在正值冬季，这个季节提供了反省的时间。本人对一百万无辜的民众不胜同情。”
当天晚些时候，当这位日军指挥官为这场侵华战争中死去的日本士兵举行埋葬仪式（日本人称“慰灵祭”——译注）时，松井为该城发生的肆无忌惮的疯狂暴行谴责了300名军官、师团指挥官和其他人。日本记者松本写道：“以前从未有过一个上级对其下级给以如此严厉的斥责。军方对松井的行为感到奇怪，因为在这些军官中有一位皇族的太子。”
星期六，即12月19日，松井搬到南京城外朝香宫的司令部，第二天便乘驱逐舰回了上海。但或许是被绝望所驱使，他一到上海就作出了一个甚至更令人吃惊的举动：他对《纽约时报》吐露了他的担心，甚至告诉一个美国记者“日本军队可能是今天世界上最无纪律的军队”。当月他还给朝香宫的参谋长发出一封不客气的信件。“谣传说不法行为仍在继续”，他写道，“正因为朝香宫是我们的司令官，就必须更严格地遵守军纪和道义。任何违法乱纪者都应严惩不贷。”
元旦那天，松井仍然因日本士兵在南京的行为而情绪烦乱。在祝酒时他对一个日本外交官透露：“我的部下干了一些非常错误的事，我深感遗憾。”
但是强奸仍在继续，屠杀也在进行。松井对此似乎无能为力。如果人们能相信许多年以后松井讲述的这个故事：他对南京的短暂访问甚至使他流下了眼泪。“慰灵祭仪式结束后，我马上召集高级军官并当着他们的面流下了愤怒的眼泪”，在1948年被处以纹刑前，松井告诉他的佛教忏悔法师，“朝香宫和柳川将军……都在场。我对他们说，在士兵犯下累累兽行的那一刻，一切事情都已成泡影。但是你能想象吗？那些士兵事后竟还嘲笑我。”
慰安妇：南京的遗留物
发生在南京的大规模强奸的一个最离奇的结果是日本政府对来自西方国家的大量抗议的反应。日本统帅部不是去镇压或惩罚这些肇事的士兵，而是制定计划建立一个巨大的地下军妓组织——这个组织将把整个亚洲的成千上万的妇女纳入它的大网之中。“日本华中派遣军发布命令，在这段时间内修建慰安房”，日本中央大学的著名历史教授吉见义明评论道：“在上海和南京的战斗期间发生大规模强奸事件后，日本害怕来自中国、美国和欧洲的指责。”
这个计划很直接了当。诱拐、购买或绑架8万到20万妇女——他们中的大多数来自日本的殖民地朝鲜，但也有的来自中国、台渭省、菲律宾和印度尼西亚——日本军方希望用这个办法减少随意强奸当地妇女的事件（以便消除国际社会谴责的机会），通过使用避孕套遏制性病传播，酬劳在前线长期作战的士兵，当然，当后来全世界都了解了这个计划的时候，日本政府拒绝承担责任，战后几十年来，他们一直坚持咬定是私人承包商而不是帝国政府在经营这些战时军队妓院。但1991年，吉见义明从日军国防档案馆里发现了一份标题是“关于为军队妓院招募妇女”的文件。这个文件印有日本统帅部首脑的私人图章，并命令立即修建“性慰安设施”，以阻止军队强奸日军占领区的中国妇女。
1938年第一家正式注册的慰安房在南京附近开业。用“慰安”一词来指这些妇女或是这些妇女居住的“房屋”是很荒唐的，因为它使人想象出游乐胜地的景象：漂亮的艺妓弹着琶琶，给男人洗澡按摩推拿。事实上这些妓院的条件之污浊超出了大多数文明人的想象。无数妇女（日本人叫她们“公共厕所”）在得知她们自己的命运后自杀了；一些人死于疾病或遭残害，那些活下来的人终生蒙受耻辱和孤独、不孕或体弱。因为大多数受害者来自对妇女的贞操理想化的文化圈，即使那些活着的人，她们的大多数在战后直到最后也不肯讲述她们的经历，因为担心面临更多的耻辱和嘲笑。亚洲的儒教——特别是朝鲜的儒教——把女性的贞节看得比生命更重要，而且永远认为，任何妇女在经过了如此屈辱的经历后不去自杀面仍然能够活下来，是她自己对社会的侮辱。因此半个世纪以来，只有极个别的慰安妇鼓起勇气打破了沉默，并要求日本政府对她们的遭遇提供经济补偿。
南京大屠杀背后的动机
现在我们终于要回答所有间题中最令人困惑的问题——在南京日本士兵的心理状态。当那些手持步枪和刺刀的十几岁的士兵施暴时，他们的脑子里想的是什么？
许多学者对这个间题绞尽脑汁，但发现不可能找到答案。西奥多·库克与他的妻子哈罗科·塔亚·库克合写了一本书《战争中的日本：口述历史》，西奥多·库克承认，南京的强奸兽行使他困惑。他发现在日本内战中没有相类似的情况，面且蓄意的破坏和大规模的屠杀城市人口似乎是蒙古历史而不是日本历史的一部分。他说，试图研究在南京的日本人的心理，就好带凝视着一个“黑洞”。
大多数人发现很难把南京的野蛮暴行和日本人有名的过分讲究的礼貌和优雅的举止一致起来。但某些军事专家认为，这两种看似大相径庭的行为举止实际上是相互纠缠在一起的。他们指出，古代武士阶层具有令人生畏的地位，在几个世纪里他们拥有对一个农民的砍头权力，如果这个农民未能对这个武士提出的问题给以有礼貌的回答的话。一位美国海军情报官员在写到第二次世界大战中的日本文化的时候说：“直到今天日本人也认为一个有礼貌的回答是为了让提问者感到满意。有礼貌是日本人的民族特性，这听起来使人吃惊吗？”
其他一些专家把日本的战争暴行归因于日本文化本身。美国人类学家罗丝·本尼迪克特在她的著作《菊花与刀》中写道，由于日本杜会的道义责任并不普遍，而是地区性的和对个人的，所以在外国的土地上道义责任就很容易被破坏而置于脑后。一些专家谴责日本宗教的非基督教性质，声称基督教提倡所有人类皆兄弟的思想——的确，一切事物都是上帝的想象而创造的——而日本的神道主义的要旨则是只有天皇和他的后代是上帝的想象而创造的。由于这种差异，这些专家断定：某些文化，无论他们多么深奥，仍停留在他们的核心部落时代，在这里个人对部落内部的人所承担的责任完全不同于对部落这外的人所承担的责任。
这种假说存在内在危险，因为它有两个含意：第一，日本人的宗教价值天生不如西方文化具有人道，因此必须用不同的标准来衡量（我发现这是一种既不负责任又具有优越感的含意）；第二，犹太教与基督教文化无论如何也不可能干出像南京强奸那样的暴行的。当然，在德国这个虔诚的基督教国家，纳悴党的30…40年代找到了一种办法，使德国人在精神上丧失人性，甚至把他们宣称是德国人的敌人的民族看成魔鬼。其结果是导致了我们这个星球从未有过的某些最邪恶的犯罪。
回顾千年历史，使人清楚的是，没有一个种族或一种文化在战争的残酷性方面占有垄断权。文明的外衣看起来是太薄了——以致人们能够很容易就把它撕去，特别是在战争的压力下。
那么我们将如何解释在南京城发生的日复一日的原始兽行呢？日本人与他们的纳粹同党不同，大多数纳粹分子被关进监狱，或被处决，即使活着的人，也是作为逃脱法津制裁的逃犯而余度残生，但许多日本战犯仍然活着，并在日本政府的保护下过着平静而舒适的生活。因此在这个星球上存在着很少的一些人，他们不用担心国际法庭会找他们算帐，能向作家和记者透露一些他们在二战暴行中的思想和感觉。
这就是我们了解到的情况。日本士兵不仅在中国的战斗中变得冷酷无情；他对执行杀害中国的战斗员和非战斗员的任务也一祥冷酷无情。的确，日本军方组织的各种竞赛和练习，使它的士兵对人类的本性——反对杀死不进攻者——麻木不仁。
例如，在日军去南京的路上，日本的士兵被要求去参加杀人比赛，日本的新闻媒体把这种比赛当做体育项目进行热情采访。最臭名昭著的一次是12月7日《日本广知新闻》刊登的题为“两中尉百人杀人竞赛彼此难分高下”（图片上为“少尉”—编注）的文章。
同属驻扎于句容县的片桐部队的向井敏明中尉和野田毅中尉进行友谊比赛，看谁在日军完全占领南京前，能首先用马刀砍死100个中国人，比赛已顺利到达最后阶段，两者几乎不分胜负。在星期六（12月5日）……据《朝日新闻》报道：比数是向井中尉砍死89人，野田中尉砍死78人。
一周以后，该报报道说他们两人都不清楚是谁选达到了100人的成绩，于是他们把目标提高到150人。“向井的刀刃在比赛中稍