方，革除人民痛苦”的保证，是“预备外交的后盾”等等。总之，把整理军事说成是解决国民党一切矛盾的惟一方法，呼吁各军事首领“在编遣会议上团结起来”，并要求全国都支持召开编遣会议。
蒋介石的宣传起到了作用。各地报刊发表了许多文章、评论，支持整理军事。一些富商大贾，从有利于他们的生财之道出发，以申诉广大民众受兵战之苦为名，要求统一整编军队，打破军阀割据。各实力派的首领顶不住上下的压力，只好都跑到南京去开编遣军队的会议。
蒋介石知道编遣军队的困难重重，于是他就实行以派制派的方针，在各派之间进行挑拨与拉拢。蒋介石“热情地”单独邀请冯玉祥到汤山温泉洗浴，以闲谈的方式，挑拨冯玉祥与其他实力派作对，并假意尊重冯玉祥的意见，几次请冯先提出一个裁留标准方案来。冯玉祥禁不住蒋介石的诱惑，在预备会议上提出一个“三有三无加齐全”为标准的编遣方案。即：有训练者编，无训练者遣；枪械齐备者编，枪械不全者遣；有革命性者编，无革命性者遣。按这个标准，冯玉祥提出：第一、二集团军各编十二个师，第三、四集团军各编八个师，杂牌军编八个师。
这样一来，蒋、冯的军队编的最多，这引起了其他人的猛烈攻击。蒋介石对冯案不加可否，却在暗地里数次请阎锡山到家里吃饭，向间表示希望在四个集团军之外，再增加一个中央区，请阎锡山考虑一个方案提交会议。阎锡山明知这样一来蒋介石就成了最有实力的一派，但他考虑到不顺从蒋介石的旨意，也难以保住自己的利益。于是阎又写了一个方案：一、二集团军各编十个师；三、四集团军各编八个师；杂牌军编六至八个师；其余六至八个师由中央处理。
1929年1月1日，全国编遣会议正式开幕。国民党中央执监委员、各集团军的总司令、总指挥等60余人参加会议。全体与会者先对中山像作忠诚宣誓。
在正式会议上，蒋介石把冯、阎的两个方案同时提到会议讨论。他不表态，一任各派去争吵。同时他又在采取种种办法，争得多数人倾向阎锡山的方案之后，才以仲裁者的面目在会上表态，同意阎锡山的方案。并又提出增加东北编遣区，使张学良十分感谢他。这样，蒋介石在编军队最多，又把张学良拉到自己一边，更增加了实力。
最后，会议制订了《国军编遣委员会进行程序大纲》。规定，从全国编遣委员会成立之日起，全国军队一切权力收归中央，正式取消国民革命军总司令部、各集团军司令部、海军司令部。各部只能在原地驻扎，听候点编。各级军官仍照旧工作，静候委任。各集团军无权自行调动与任免军官。这样，各实力派的军事大权被剥夺了。
至此，阎、冯、桂李才恍然大悟，原来他们都中了蒋介石的圈套。于是他们从相互攻击转为相互同情，并设法抵制编遣会议。在会议最后阶段，冯玉祥提出抗议，称：“刚刚打完仗，不是编遣军队的时候，应当先休整一个时期再编遣”。阎锡山也提议休会。蒋介石看到一时难以使各派就范，也只好宣布以后再开编遣实施会议。吵吵闹闹的编遣会议，到1929年1月25日终告收场。
编遣会议激化了蒋介石与各实力派之间的矛盾。地方实力派的首领认识了，蒋介石不把他们彻底搞垮是不会罢休的。他们不等宣布散会，即纷纷返回原地，积极准备力量，誓与蒋介石较量一番。于是，连年不断的派系混战又将开始了。
国民党新军阀混战是以蒋、桂之间的战争拉开序幕的。
1929年2月19日，桂系的武汉政治分会发出决议，撤免鲁涤平的湖南省主席兼18师师长职务。同时派叶琪的第9师，夏威的第7军向长沙进兵。鲁涤平措手不及，慌忙乘外轮逃往南京，桂军控制了湖南。至此，桂系占据了两湖，接通了广西，势成能攻能守、可进可退，要与蒋介石较量一番。这就是所谓的“湘案”。
蒋介石消灭白崇禧部的办法是，利用唐生智与桂系的矛盾，起用唐生智，驱逐白崇禧。白崇禧带到河北的李品仙、廖磊两部原是唐生智的主力军。白崇禧既想长驻河北，又想向西北发展，这引起部下的不满。唐的部下都想早日回到湖南家乡，又都觉得当桂系的军官不光彩。蒋介石抓住这个矛盾，广泛传播唐生智将要复职的消息。唐生智在上海也活跃起来，派人向蒋介石表示竭诚拥护中央。蒋介石不但答应唐可重新指挥部队，还赏以巨款，并促其立即北上平、津，收回旧部。
此时蒋、桂之战已在弦上，白崇禧计划率部南下浦口，配合李宗仁部攻蒋。但此时部队已不听白的指挥，并到处张贴“打倒桂系！”“打倒白崇禧！”“欢迎唐总司令东山再起”等标语。甚至把反桂迎唐的标语贴到北平、天津的火车车厢上。白崇禧在军中不能立足，化装由塘沽搭日轮逃走。
3月20日唐生智在塘沽登岸，受到旧部的欢迎。3月ZI日宣布讨伐白崇禧，蒋介石立即任命唐生智为第五路军总指挥。唐生智在北平顺承王府设立总指挥部。蒋介石扶唐倒自计划完全实现了，这等于砍去了桂系的一只手臂。
李济深是广西梧州人，在广东做官。在政治势力的划分上他属于粤系。广东财力充裕，但士兵的战斗力较差。广西较穷，士兵勇敢。李济深利用乡士关系，长期以来与桂系结为一体。广东支援广西经费，广西支援粤省兵力。李宗仁、白崇禧带兵远离广西之后，李济深与黄绍密切配合，使蒋介石无法插手两广。蒋介石要消灭桂系，不拆散粤、桂联盟是难以成功的，因此，蒋介石阴谋暗算李济深。
李济深本不想来南京参加三全大会。蒋介石以人格担保，特派吴稚晖、张人杰、蔡元培、李石曾四大国民党元老请李到南京来调停湘案。李济深信以为真。不料在3月21日晨，蒋介石突然下令将李济深逮捕，关押在汤山俱乐部。3月28日国民党三大闭幕的当天，蒋介石又派兵去抄了李济深在南京的住宅。全国编遣会议后，蒋介石到处阅兵、演习，向地方实力派示威，李济深曾为此电责蒋介石。蒋介石因而对李怀恨在心。
蒋介石无理扣押李济深，引起各方面强烈不满。帮助蒋介石劝说李济深入京的吴稚晖和张人杰，首先怒气冲冲地跑到蒋介石的面前斥责他的暴行，然后他两人搬到汤山与李济深同住，以表示抗议。蔡元培、李石曾也谴责蒋介石毫无信义。广东将领群情激奋，蒋光鼎、蔡廷锴等人联名致电蒋介石，强烈要求立即恢复李济深的自由。又电邀黄绍宏到广州商议对策。但这时蒋介石已派粤籍将领陈铭枢、陈济棠二人到粤活动，说服粤省将领服从中央。二陈以貌似公允的两面派手法，用避免牵人战争为理由，把桂系孤立起来。随后，蒋介石任命陈济棠为讨逆军第8路总指挥。陈济棠从此主宰了广东。
蒋桂战起，各实力派多为自己打算，3月29日，阎锡山发表通电，响应蒋介石的讨伐令。四川的刘湘为防止蒋介石以追击桂系为名进入四川，也声明讨桂。
冯玉祥在蒋桂战争中，采取两边应付的办法，桂系曾请冯协助反蒋，冯满口应允。蒋许给冯行政院长职位，冯为利所动，答应出兵14万助蒋讨桂。但冯在兵下徐州时，印刷了大批讨逆布告，却不印所讨之逆为何人，只印“贪赃枉法、横征暴敛、屠杀民众，迫害青年”之类的罪名。他的用意是蒋、桂谁败，就在布告上填写谁的名字，并企图先于蒋介石占领武汉。冯玉祥的这种态度，不仅害了桂系，自己也遭到蒋介石的暗算，受到双方责难。
蒋介石于3月29日亲自担任总司令，到九江指挥作战，讨伐桂系。何应钦任参谋总长。共出动3个军：刘峙的第1军，朱绍良的第2军和朱培德的第3军，并有14艘舰艇配合作战。
然而，蒋介石最拿手的办法是从对手内部收买叛将。蒋介石知道任何地方派系中都是派中有派，不可能没有矛盾。蒋介石采用以派制派的方针从内部分化瓦解，利用他手握中央大权的条件，许诺投靠者以高官厚禄，往往容易找到叛投者。这种办法瓦解对手能起到釜底抽薪的作用，见效甚快。
蒋桂战起之时，李宗仁从上海返回广西，白崇禧正从塘沽逃往广西途中，黄绍宏坐镇广西，致使武汉军中无主帅。武汉前线总指挥的大权交给了第一师师长李明瑞和杨腾辉。这时李明瑞和杨腾辉已被蒋介石买通。同时蒋介石又通过朱培德争取张发奎，任命张为第1路军右翼军总指挥·，任务是叫张发奎抢在冯玉祥的前面占领武汉。蒋介石手令：委任何键为讨逆军第4军军长，拨发该部给养70万元，并应允事成之后：湘省一切要请芸樵（何键字）负责。何键立即发电表示“竭诚拥护”中央。就这样，蒋、桂未经交战，桂系占据的湖北、湖南两省，从地方到军队，都已被蒋介石分化瓦解了。蒋介石的侍从副官郑介民在武汉市内指挥蒋系的特务，已经做好了内应的安排。4月6日，蒋介石到达武汉，他宣布：“兵不血刃而定武汉。”因为李明瑞带部队脱离了战斗，桂军几乎不战自退了。冯玉祥先于蒋而人武汉的幻想也破灭了。
蒋介石进入武汉之后，封官犒赏，发给李明瑞部大批现金。又在武汉召开的群众大会上，大骂叛逆。耀武扬威，不可一世。蒋介石还在武汉单独召开了冯玉祥的部将韩复榘，蒋氏夫妇“盛情”款待，当面许韩任河南省主席职，并赠数十万巨款，开始作瓦解冯部的工作。
从武汉败下来的桂系第4集团军的残部，在胡宗驿、陶钧、夏威的带领下，退到鄂西，想联络四川军阀杨森。蒋介石岂能容他们在鄂西立足，他命张发奎、朱绍良、夏斗寅部追击，同时发出招抚桂系的《告桂系军队书》，称：“官兵如带械归来，各赏洋五元；官兵如为待手来归的一律收容；如能杀了你叛逆长官来归的，必得重赏官级。杀了你连排长，赏银百元官升一级；杀了团营长赏银五百元，升二级；杀了师长总指挥来归的，赏银五千元，升三级。于是，胡、陶、夏三人顶不住蒋介石的武力与金钱双管齐下的手段，三人同时宣布下野，部队听候改编。桂系第4集团军至此全部瓦解。
蒋介石“彻底铲除”桂系的战争是从5月5日开始的。蒋介石限5月25日前占领柳州，他又从武汉跑到长沙督战。此前蒋介石也曾诱迫过黄绍宏叛桂投蒋，但黄未能听命。
李宗仁、白崇禧、黄绍宏在蒋介石的紧逼之下，决定争取主动，以攻为守。在蒋介石向广西进攻的同一天，5月5日，李宗仁在梧州打起“护党救国军”的旗号，由白崇禧、黄绍宏率兵分两路向广东进攻，企图对粤作战取胜后打开新局面。李宗仁则去香港联系其他反蒋力量。5月21日，粤、桂军在广东白念进行血战，桂军失败，退回广西。白、黄在广西虽反复作战，但无力抵挡蒋介石从四面八方调来攻桂的军队，6月，白崇宏、黄绍宏由广西南端的龙州败逃越南，待机再起。
蒋介石铲除桂系的方针及其阴险手段，引起国民党各派系的极大震动，并感到惊恐。迫使他们各寻出路：或者奋起反抗，或者委身投靠，或者以两面派的手法左右去逢迎。
蒋介石倒桂得手之后，他极力拉拢阎锡山，加紧攻击冯玉祥，采用的仍是各个击破的策略。
冯玉祥本想利用蒋、桂之战，抢先占领武汉。但被蒋介石所窥见，早有了防备。冯玉祥的打算落空，还增加了蒋介石对冯玉祥的怨恨，使蒋、冯之间的矛盾无法调和了。蒋介石占领武汉之后，立即调集了主力部队，准备进兵河南、山东，对冯系作战。
蒋介石为了铲除冯系，使出了全身的解数。首先，他开始大肆收买冯的部将。在武汉已把冯玉祥的老部下、最忠实的将领韩复榘收买。接着蒋介石又派人到襄樊，给石友三送去几十万元，进行收买。石友三本是反复无常的小人，立即答应听从蒋介石的指挥。后来，蒋介石又用同样的办法，收买了刘镇华、马鸿逵等部将叛冯附蒋。西北军在蒋介石的瓦解下发生了激烈的分化。其次，蒋介石广泛散布谣言，制造冯玉祥勾结苏联、要南攻蒋介石并向山西发展打击阎锡山的舆论，挑拨冯、阎关系，使阎锡山半信半疑。再次，蒋介石企图诱骗冯玉祥入京，使西北军群龙无首。当时，蒋接连电请冯玉祥人京供职。冯玉祥明确表示他不去南京的根本原因是“恐为李济深第二”。同时冯玉样在华阴召开军事会议，决定武装反蒋，冯自任“护党救国军西北路总司令”，要求各部收缩兵力，缩短战线，冯军从山东、河南一律撤至潼关集结，迎击蒋军。冯军西撤之时，将归德至马牧集段13座桥梁炸毁以阻止蒋军运兵。
5月8日，国民党中央政治会议推蒋介石为主席，23日，国民党中央常委会决议，革除冯玉祥的一切职务，永远开除党籍，下令查办。在这之后，国民党中央发表的各项文告中，称冯玉祥为“统一之梗”，“破坏革命”，“阴险成性”，“反复无党”，“勾结苏俄”，“背叛党国”，总之是“十恶不赦”。蒋介石对他这位“死生不渝如胞兄”的冯玉祥，大有寝皮食肉而后快之意。文的、武的、正面进攻与内部瓦解一齐向冯玉祥的西北军打过去，使冯玉祥的处境十分困难。
冯玉祥对蒋介石的强大压力，不敢贸然迎战，他突然宣布：“自5月27日起，所有各处电文，一概谢绝，从此人山读书，遂我初衷。”冯玉祥下野当然不是为了读书。目的是使蒋介石失去进攻西北军的借口，以保存实力，然后冯设法拉阎反蒋。冯玉祥这一招果然收到一些效果，蒋介石的武力进攻暂时停止了。但是，战场上的争斗立即转变为一场曲曲折折的蒋、冯、阎之间纵横的政治斗争。
阎锡山在蒋、冯冲突中，既媚蒋任冯，又拉冯抗蒋。媚蒋压冯，是想借蒋之力把西北军挤出豫、陕、他好称王北中国；拉冯抗蒋，是为了在蒋介石面前抬高�