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在美国北卡罗来纳州，对查理辞职的反映是强烈的。教徒们都说：“宋查理重又崇拜起木偶来了。”为此查理专门写了一封信给《基督教倡导报》主编，阐述了自己的观点：
亲爱的里德兄：
北卡罗来纳州某些人士中盛传一则与我有关的毫无根据的谣言，我想借贵报一角说几句话，以正视听，不知您能否惠子刊登？我从一位友人的来信中得知，他所在的城市中有消息说我“重又恢复了崇拜偶像的异教习俗”。我写此信就是要指出，这种说法纯系无稽之谈。我自皈依本教以来，脑子中无论何时都从未产生过背弃我敬爱的救世主、重新崇拜无生命的木石之神的念头。一个人放弃水生去崇尚永死，那是愚蠢的行为。但是，这一无中生有的谣言的制造者可能会说，所罗门是有史以来世上最聪明的人，然而后来却崇拜偶像，为什么别的人就不会那样做呢？我的回答是：我不如所罗门那么聪明，也不像他那般愚蠢。但是，本人的确自认头脑尚称清醒，深知应竭尽全力为主效力，而且只要一息尚存，就将继续如此。我离开布道团的原因是它给我的薪俸不足以维持生活。我以每月15美元左右的薪金无法养活我自已、我的妻子和孩子。我希望朋友们能够理解，我离开布道团并不意味我将停止宣扬基督和钉在十字架上的耶稣。目前我同美国圣经协会来往，但我仍在从事与我们教会有关的布道工作。我在洛德、希尔兄弟和邦内尔公司里的教友们可以证明这一点。所以，我离开布道团只是意味着，我现在是我们南方卫理公会布道团的一名独立的工作人员，或者说是一位尽其所能为布道团工作而又不依赖美国国内的教会来维持生计的工作人员。我现在负责我们卫理公会的新教堂，那是由（美国）堪萨斯城穆尔兄捐赠的，是中国本国最好的一座教堂。我们这座教堂开设了一所很大的主日学校，配备着一批优秀的教师。我自已也在主日学校里负责着很好的一个班，该班里有青年男子，也有老人。我们非常喜欢“国际主日学校课程”。假如你们之中有谁在某个礼拜日上午偶然来访，我们一定会给予你们永生难忘的欢迎，并且让你们看到孩子们的日课背得多熟。我希望那些听说过我“重又恢复了崇拜偶像的异教习俗”的人能不吝费心读一下我的这封信，亲自看看我究竟站在哪里。我喜欢我的宗教信仰，并且希望我所有的朋友也喜欢他们自己的信仰。最后，朋友们，我对你们有一个请求那就是，首先，请为我祈祷，愿我能成为争取人们的心灵归向基督的有用工具；其次，请为布道团在这个愚昧国度的工作祈祷；第三，请向我主祈祷，祈求他派更多的劳动者到田间里来劳作，因为庄稼已经成熟，正等待着收割呢！
C·J·（查尔斯·琼斯·松）
1892年9月8日于中国上海
从这一天开始，查理·琼斯·宋又恢复了自己的中国姓氏，姓宋名嘉树，字耀如。
2．资助孙文革命
1892年宋耀如同美国卫理公会宣告决裂之后，可以说重新获得了自由，并成为当时第一个不受外国教会控制的中国牧师。他在自设的一座小教堂里继续布道，犹如一匹脱缰的骏马在布道的路上奔驰。很快他就得到了教友们的同情，而且还得到了来自美国的捐款。
1894年，宋耀如和孙中山相识了。当时孙中山刚刚给清廷重臣李鸿章写了一封信《上书李鸿章》，准备到天津亲自向李鸿章陈述自己救国的主张，途经上海时他和宋耀如相遇了。
孙中山和宋耀如第一次接触是在穆尔捐建的卫理公会教堂里，孙中山向宋耀如表示：“我不属于由各种教会组成的基督教而是属于革命者耶稣的基督教。”于是两个人谈得十分投契，以至后来成了挚友。孙、宋二人能够成为可共生死的挚友，原因是他们有很多相似之处：他们都是广东人，讲同一种方言；而且都学过英语；两个人都是在国外接受的西方新式教育；而且都是基督教徒；都是亦农亦商的家庭出身；都曾想学医；都有远大的抱负。并且，两个人都能从对方的身上找到一种同类同源的自我形象。
当时，宋耀如对孙中山的天津之行不抱什么希望，但他尽力促成此举。结果是可想而知的，孙中山白白在天津等了许多天，李鸿章不仅不想接见孙中山，更没有兴趣考虑一位卑微的南中国农民出身的草药商所提出的在他看来并不得要领的社会改革建议。
无奈孙中山又回到了上海，寄居在宋耀如的家里。为了朋友宋耀如实践了自己在孙中山北上时的诺言，给了他很大帮助，并设法把孙中山的《上李鸿章书》，作为一篇论改革的文章发表在林乐知办的《教会新报》上。这应该是孙中山的革命观点的首次公诸于众。
在宋耀如的家里，在他的印刷所里，孙中山和宋耀如及其他人作着长时间的讨论。孙中山提出：社会改革绝无成功希望，现在应该按照秘密社团的样子组织一个新的政治团体，以便领头进行革命。
当时，经过紧张的筹划、准备以及串联等活动，“三合会”在全国各类社团已有近3500万名成员，这是一支革命的潜在力量，孙中山明确表示他要献身反清事业，并邀请宋耀如和他一起战斗。
就这样，宋耀如成为孙中山秘密组织的创始成员之一。
此后孙中山就一直住在宋耀如的家里。二人常在宋耀如的书房里谋划反清大计。而对宋家的孩子们来说，孙中山俨然成了他们的教父。
当时，不论孙中山走到哪里，宋耀如都随时向他报告新的情况，并从腰包里掏钱替自己的朋友支付各种费用。
公元1894年8月，中日甲午战争爆发。孙中山认为这是一个难得的机会，应立即组织人马举行暴动。但因此要有一个广泛的团体和足够的经费。于是孙中山动身去檀香山筹集经费和争取支持，让宋耀如留在上海以便经常把国内的动态向他报告。
1894年11月24日，中国早期的资产阶级革命的小团体兴中会，经孙中山的倡议在檀香山宣告成立。
《兴中会章程》中说：“方今强邻环列。虎视鹰磷，久垂涎我中华五金之富，物产之饶，蚕食鲸吞，已效尤于踵接；瓜分豆剖，实堪虑于目前。有心人不禁大声疾呼，承拯斯民于水火，切扶大厦于将倾。”
所有人会者必须宣誓。其誓词中提出“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府”的革命主张，第一次向中国人民提出了推翻帝国主义走狗满清政府，建立资产阶级民主共和国的伟大目标。
1894年12月，尚在国外的孙中山收到了宋耀如的一封急信。宋耀如在信中说：“中国政府在日本人手中遭到了一系列丢脸的失败，公众对满清气愤至极，他们必须迅速行动。”孙中山接信后及为振奋，他一面回信要宋耀如留在上海照管财务，继续充当长江流域的革命眼线，一面准备回国以领导他们已商定的第一次暴动。
但孙中山领导的革命党在广州发动的第一次反清武装起义，很快就被清廷镇压下去了。当时许多革命者都被捕遇害，孙中山逃亡日本。不过，革命的挫折并没有使孙中山灰心。在日本他联络华侨成立了兴中会横滨分会，孙中山断发改装（今天的中山服由此产生），以示革命决心。也就是自此时起，孙中山成了反清斗争中公认的伟大旗手。
在以后的16年中，孙中山始终做为一名被清政府通缉的逃犯亡命国外。因为无法返回故土，他不得不经常依靠宋耀如经济上的接济，并依靠宋耀如及其他革命党人帮他料理国内的革命事务。而孙中山则从一个国家辗转到另一个国家，四处寻求支持和援助，始终都在奔波之中。
1900年义和团运动爆发及失败后，孙中山的革命事业出现了新的势头。从那时起，越来越多的有志青年含愤东渡日本，渴望着掌握更多的科学知识和军事知识。于是这批青年志士很快形成了一支新的更为革命的核心力量，他们团结在孙中山周围，公认孙中山是他们的领头人。孙中山在得到如此广泛的支持后，决定成立一个统一的资产阶级革命政党，这就是后来的同盟会。
1905年8月20日在日本东京，同盟会正式成立大会通过了《章程》，孙中山被推为总理。《章程》中提出了同盟会政治纲领：“驱除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权。”还提出了“自由、平等、博爱”的口号。孙中山首次公开倡导了自己的“民族、民权、民生”三民主义的主张。
宋耀如应邀从上海赶到了日本，孙中山决定让他挑起为革命解决经费的重担。孙中山知道若要取得成功，必须要弄到一笔数量可观的款子，单是依靠点点滴滴的捐款是不行的。而只有宋耀如在美国认识一些非常富有的人，所以会议决定派来耀如专赴海外为革命筹集巨额经费。
在第一次广州起义失败的几年中里，宋耀如惨淡经营的出版事业，已如雨后春笋一般迅速发展起来。华美印书馆陆续出版了许多世俗和宗教的书籍，其中包括他的老朋友柏乐文教士出主意编印的中国最早的方言圣经之…《苏州方言圣约书》。
宋耀如成了上海滩小有名气的人物，西方人都称他为“印圣经的宋查理”。他和别人合资创办了上海商务印书馆，专为中国出版西方教科书并且大量印刷商业本册报表。这家印书馆后来成为中国最有名的出版社之一。宋耀如还投资兴办了香烟厂、棉纺厂和面粉厂，并为工厂进口了大量机器设备。到1904年，他私人的产业已相当殷实。宋耀如把自己的流动资金几乎全部贡献给了革命事业。
为了给革命者找一个安全的活动场所，宋耀如创建了上海华人基督教青年会。革命党的高级领导人仍旧在他虹口的宅第和他的印刷所里开会，一般成员则把基督教青年会当作安全的处所，他们可以在那里开会和相聚，而不致引起别人的注意。
宋耀如这时已体态发胖，眼神里隐约带着一丝忧郁和疲惫，就仿佛一位终日辛劳的小报编辑。在他的朋友中只有几位知道他加人革命党的底细，其中包括传教士步惠廉夫妇。宋耀如为了预防万一，买了一张葡萄牙护照，自称出生在澳门。虽然当时世界上还没有普遍使用护照，比如当时去日本就不用护照。但是有了葡萄牙国籍就可以避开美国新颁布的排华法，一旦出事就可以携带儿女到美国去避难。
1905年，宋耀如远涉重洋赴美国为孙中山的革命组织募捐。旧地重游不免感慨万千，所不同的是，20年前他去美国是为个人奋斗，20年后他做为一个颇有成就的实业家出访美国并且实际上是为一项伟大的革命事业工作。
此次赴美宋耀如完全是一副阔人派头，在太平洋邮轮公司的一艘轮船上，他独自一人包了一个单间。抵达美国旧金山码头时，他受到致公堂成员的欢迎。宋耀如被接到致公堂总部，在那里他被逐一介绍给当地的华人银行家和实业家。致公堂打出了一个令人感到亲切的招牌，名日：“世界华人自由共济会”。有了这个招牌，那些腰缠万贯的美籍华人热切希望证明自己是爱国的，所以从募捐角度来看，宋耀如此行的收获很大。
在美国期间，宋耀如还专门赶到北卡罗来纳州去拜望了他的大恩人朱利安·卡乐。当他们二人在达勒姆的火车站紧紧拥抱的时候，在卡尔的眼里宋耀如已经从一个朴拙腼腆的中国少年，变成了一个精力充沛、信心十足的大企业家了。卡尔看着如今和自己地位不相上下的宋耀如，心里不胜的自豪。
当晚他们二人在卡尔的书房里促膝畅谈时，宋耀如向自己的恩人透露了这次来美的真正目的，并详细介绍了清政府的腐败和几次起义失败的经过。宋耀如着重说明几次失败的原因主要是经费不足造成的革命党人的装备不足。宋耀如向卡尔解释道：“只有推翻满清政府，中国亿万民众才能真正获得新生，西方的文明也才能真正传到中国，基督教才能给中国人带来福音。”听罢宋耀如有理有据的坦言相求，卡尔立刻答应提供一笔巨额经费以资助中国的革命党人。
宋耀如用了半年的时间，在美国各地奔波，游说企业家、银行家，为孙中山也为革命事业积极进行募捐活动。
回到上海后，宋耀如向同盟会上缴了200多万美元。由于宋耀如赴美筹资获得巨大成功，同盟会任命他为司库。在过去，他只是非正式地担任这一职务，现在则正式地专门负责革命事业的经费筹措了。同时来耀如继续兼任孙中山在上海的执行秘书，并仍从自己的腰包里掏钱供孙中山开销，他基本上保证了孙中山在任何情况都有钱花。
1907年以后，宋耀如和孙中山的联系越来越困难了。在清廷的外交压力下，孙中山被迫从一个国家逃到另一个国家，过着漂泊式的苦行僧般的生活。
宋耀如在与孙中山联系不上的情况下，只得默默发展着自己的事业，并相机从事着各种革命的工作。
1911年10月10日，震惊中外的辛亥革命爆发了。孙中山当时仍在美国，宋耀如负责与孙中山的联系以及负责上海与全国各地的联系。11月4日上海“光复”，宋耀如情不自禁地高举《圣经》挥舞，感谢和赞美上帝。
根据国内形势发展的需要，是年12月25日，孙中山从美国取道欧洲风尘仆仆地回到了上海。宋耀如携全家到码头亲切迎接。在宋耀如的书房里，孙中山和他分析了当前形势并展望了革命的未来。面对纷繁复杂的局面，孙中山要来耀如帮忙物色一位精明强干且精通英文的秘书，以便帮助他处理日常工作事务和往来的信件、电稿等。
宋耀如马上想到女儿来蔼龄，便向孙中山推荐。于是，宋蔼龄开始担任孙中山的秘书，同时宋耀如自己也协助孙中山工作。
那还是孙中山先生结束流亡生活自海外归来时，在上海码头宋蔼龄随父亲宋耀如前往迎接。当孙中山先生见到着一身西装。胸口还别了一朵漂