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当此整顿吏治之机，给事中郭祥瑞、御史卞宝第等上疏，此案又被重提。并令新任两江总督曾国藩派员速押何桂清来京候审。曾国藩曾与何桂清因争夺江浙地盘事，积怨甚深。接到旨意后，他立即派李鸿章去办此事。同治元年（1862年）春五月，逮何桂清入刑部狱。
主持办理此案的刑部直隶司郎中余光焯是常州人。鉴于其家乡绅民恨何桂清入骨，同时也为了给被击杀的执香跪拜父老19人讨回个公道，定罪时拟斩立决。奏上之后，诏大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议讨论，均同意刑部的决定。
此时，一道上谕以何桂清曾任一品大员为由，提出对其应该慎重用刑，如果存有疑义，当各陈己见，这给了何桂清一线生机。原来，第二次鸦片战争时期，何桂清曾同奕訢的岳父桂良一起在上海同英国谈判，受到桂良的赏识。另外，何桂清在办理洋务问题上常与奕訢相契合，杀何桂清，奕訢颇为惋惜，因而奕訢有意救他。此道圣谕一发，大学士吏部尚书祁嶲藻、工部尚书万青藜、通政司王拯、顺天府尹石赞清、府丞林寿图、九卿彭祖贤、给事中唐壬森、御史高廷祜、陈廷经、许其光、李培祜等，纷纷上疏为何桂清辩解翻案。
刑部审讯时，何桂清也为自己申辩，称自己之所以退至苏州，乃是受江苏司道所请，以保饷源重地，并指出有薛焕等四人的禀牍为证。清政府于是令曾国藩查实何的证词，曾国藩与何桂清素有矛盾，速查后回复道：苏常失守，卷宗已经荡然无存，且督抚权重，司道受其掣制，必会极力逢迎和隐饰，因此对禀牍有无，不必深究。明确表明赞成重罚何桂清。
第十四章 整顿吏治的矛盾（3）
慈禧认为剪除奕訢的这一羽翼的时机已经成熟，于同治元年十月二十一日（1862年12月12日）发布谕旨，声称何桂清身犯二罪：一是弃城逃跑，二是避匿达二年之久。命刑部于同治元年十月二十六日将何桂清处决。
如果说杀何桂清奕訢内心只是隐隐作痛的话，杀胜保则令他痛心疾首！
胜保，字克斋，苏完瓜尔佳氏，满洲镶白旗人。道光举人。曾是辛酉政变的重要支持者，是政变得以成功的武力后盾。因此，政变后慈禧委之以重任，他由三四品京堂候补降职身份升为正二品的兵部左侍郎，由镶蓝旗汉军副都统升入属上三旗的正黄旗满洲都统、正蓝旗护军统领，手握重兵。太平天国起义后，慈禧又命他主持山东、安徽间的“剿捻”军务。但突然之间，又传旨将其革职拿问，后又赐令其自尽。
从表面看来，胜保的种种行为确实给慈禧诛杀他提供了把柄，如命令将胜保革职拿问的上谕中所罗列的罪状，“荒淫贪纵”，“任性骄纵，滥耗军饷”，“携妓随营”，“设局抽厘，便于肥己”，“讳败为胜，捏报大捷”，“收纳逆首陈玉成妻为妾”，“优伶冒充亲军，按月提银三千两，以致各营兵勇，枵腹荷戈，叠经挫失”等。其实这些罪行好些官员也同样或多或少地犯有，并不足以要立即拿问并将其处死。
杀胜保的更加重要的原因是胜保与奕訢走得太近。
辛酉政变，奕訢以胜保为武力支持，实现了亲王辅政。胜保则以奕訢为后盾，恃宠而骄、恃功自傲。慈禧早就看不顺眼，但苦于时机不成熟。政变后，胜保继续剿捻，为了制造战绩，他对捻军苗沛霖和宋景诗部并不力战，而是设法招降。其实这是要承担很大风险的，因为苗沛霖和宋景诗部都未受到重创，反向重来都未可知。因此两宫太后和军机处都很担心，曾多次指示胜保对这两部要严加戒备。军机处先是让胜保令苗沛霖灭张乐行一股势力以表明其效力朝廷之心，结果苗沛霖虽败了张乐行但并未取其首级；接着苗沛霖诱捕了太平军统帅之一陈玉成，胜保请求清廷奖赏苗沛霖，但由于两宫皇太后和奕訢对苗沛霖的投降诚心仍表怀疑，表示暂不赏苗沛霖之功，等扫灭颍、亳一带的捻匪后，再加倍赏赐。并趁陕西军情吃紧，调胜保率本部前往陕西堵剿太平军西北部队，令苗沛霖部留驻原地，目的是使胜保和苗沛霖脱钩。不管胜保怎么暴跳如雷、怒不可遏地表示不愿离安徽前往陕西，慈禧丝毫不为所动。同治元年七月，胜保只得遵旨赴陕督办军务，镇压回民起义。但八月华阴一战，军火车辆尽失，以后多次失利；加之胜保中途又擅自调苗沛霖部赴陕，经两宫太后和军机处急令和僧格林沁武力制止才作罢，苗沛霖见无法取信于朝廷，重新造反；而此时胜保所带宋景诗部又在往陕西途中哗变。凡此种种，都给慈禧惩治胜保制造了口实。
在潘祖荫、卞宝第、丁绍周、严树森等人的参劾下，同治元年十二月初四日，慈禧密诏多隆阿率部前往陕西，将胜保拿问。这时，奕訢也无法再袒护胜保了。胜保被押解回京入狱后，审讯工作是由奕訢主持的。念及胜保在政变中的大功及多年跟随自己的情面，奕訢也竭力为其开脱。无奈慈禧下手太快。下诏杀掉胜保时，慈禧故意由帘内传旨无事，使众臣纷纷散去。而奕訢刚刚离开，赐死胜保的诏令便立刻从天而降，等奕訢闻讯时，胜保早已命归黄泉。
慈禧连斩何桂清和胜保，无异于敲山震虎、杀鸡吓猴，给权势显赫、声誉日隆的奕訢一个严厉的警告，同时也有力地削弱了奕訢的势力。然而，这些又都是在整顿吏治、严肃官纪的名义下进行的，得到了时人的高度赞扬。时人称慈禧连斩何、胜“举国称快”，“赏罚分明”，“军政为之一肃”。慈禧在不露声色之中，既给了奕訢沉重一击，同时又收揽了人心，一箭双雕，表明她的手腕和心计比奕訢明显高出一筹。奕訢未来的政治命运，已经被悄悄地笼上了一层阴影。
第十五章 趋利避害的守势外交（1）
政变之后，为了集中精力剿杀农民起义，奕訢推行一套“外敦信睦，隐示羁縻”的方针，以图趋利避害，实现中外和好、相安无事的局面。
同治元年二月初，在湖南省出现地主阶级知识分子张贴的合省公檄，痛诋法国教堂的种种罪恶。檄文传入江西，被迅速翻印，贴遍大街小巷。很快，两省各地群众发动暴动，捕杀传教士，砸毁教堂、学堂、育婴堂及教民房屋。这就是湘赣豪绅们掀起的驱逐洋教运动。
早在1844年，美国通过《黄埔条约》获得了在中国通商口岸建立教堂的权力，根据“片面最惠国待遇”条款，其他西方国家也同样享有此特权。法国接着通过《黄埔条约》，进一步迫使清政府开始放弃对天主教的禁令。至1846年，法国获得了在各通商口岸自由传教的权利，基督教随之也获得了同样的权利。外国传教士纷纷在中国建立教堂、学堂、办报纸，有的甚至进入中国的官僚阶层和参与军事指挥活动。在那以后，由于中西文化在碰撞过程中的冲突，以及确实有一些传教士借传教之名做一些扰民侵民的事情，传教士与中国本土居民的冲突时有发生。奕訢也屡有耳闻，只是这次湘赣豪绅们掀起的驱洋教运动闹得比以往都大，法国公使对此已经提出严重交涉，因此不得不想出一个有效的对策来。
从奕訢内心真实感情出发，打击一下这些“洋教士”的嚣张气焰又何尝不可，然而，当前朝廷内外交困，北有俄国虎视眈眈，内有“发捻”兴风作浪，贪得无厌的英法联军刚刚退去。理智告诉奕訢，当下局势，应以“灭发捻为先，治俄次之，治英又次之”。现在首要任务是剿灭洪水猛兽般的农民起义大军，目前他必须将绅民们的反洋教运动进行疏导，先致力于与西方国家修好，待平定各地之后再图抗外。这就是著名的“按照条约，不使稍有侵越，外敦信睦，而隐示羁縻”的外交政策和路线。
历史进入近代以前，世界上没有一个国家像中国那样，有着广袤的土地，令其他国家艳羡的财富，绵延数千年的文化。这些均让每一个首次踏入这片富庶土地的外国人震惊，当意大利人马可波罗依依不舍地离开之后，他向全世界传达了这样一个关于中国的信息：这是一个遍地是黄金的国家！而这个庞大帝国的统治者们也一直以为，寰宇之中，惟我独尊，其他皆为向我臣服和“朝贡”的蛮夷之国。尤其是晚清以来，大清王朝闭关锁国、盲目排外，沉迷于自己天朝上国的美梦中。殊不知世界的格局已经发生了天翻地覆的变化，被自己视为“蛮夷”的英、法、美等国早已跑到了世界的前列，并正策划着如何并吞这个历史上的大帝国！直到两次鸦片战争被打得遍体鳞伤，才有林则徐、魏源等胸怀强烈救国之志的开明人士开始“开眼看世界”，放下原有天朝大国至尊的观念，客观地去认识世界。
奕訢显然比他们更进一步，议和之后，自幼受到传统“天朝上国”思想影响的奕訢，迅速改变了对外国侵略者的态度，由以前的拒斥转而为合作。他当然没有忘记曾被侵略者凌辱的经历，但是，已经集军政、内外大权于一身的他，为了国家大计，他不得不暂时忘却往日的国仇家恨、是非恩怨。
这次教案发生后没几天，一辆西洋轿车便停在了总理衙门前，从车上走下几名法国人。他们是法国驻京公使，受其政府指使前来质问中国当局教堂被毁、教民被斩和传教士被捕杀的处理一事的。奕訢很客气地将他们迎进总理衙门大厅内。法国公使一改往日的亲善风格，先是很不客气地批评指责清政府方面没有信守条约内容，保护法国教民和教堂，接着提出赔偿要求。
从大局考虑，奕訢虽然在骨子里不认同西方宗教，但还是答应了法方的要求。同时奏请皇上发布了一道上谕，指示地方当局：
“各地方官仰体朝廷不得已之苦衷，妥为驾驭，弗令滋生事端。”
地方绅民能同仇敌忾，反对教会的侵扰行为，这何尝不是民族正气的宝贵体现呢？群众的这种排外心理，在抗击外来侵略的过程中是非常需要的。政府这时也应该加以保护，不能凉了他们的心呀！所以上谕中又有指示：
第十五章 趋利避害的守势外交（2）
“妥筹办理，既不可使洋人有所借口，亦不可稍失士民之心。务令中外相安，不生他变，方为妥善。”
时任江西巡抚的沈葆桢明了奕訢暗含的处理反洋教运动的方针：用疏导瓦解而非镇压的方法平息群众此时的激愤，落脚点仍为保护传教、维持当前中外关系。不几日，一份“调查报告”递到了总理衙门奕訢手中，查办结果，“莫能查出何人所撰（檄文）”。这样也就对反洋教事件的煽动者和参加者均不予追究，对法国教会方面赔偿一些财物了事。
就在湘赣教案发生前的这年元月（1862年1月），前方清军与太平军激战正酣之时，葡萄牙趁火打劫，来京与总理衙门谈判，要求取得英美法俄等国通过天津条约获得的同等权利。法国公使也搀和于其中，支持葡萄牙的权利要求。奕訢只得派总理衙门大臣恒祺为中方代表谈判，签订条约。结果令人惊愕，葡萄牙公使回国后，因他们的重大外交成果而大受政府嘉奖；中方因不懂国际法，匆匆签订条约，被套进了葡萄牙人设置的曲解澳门地位的陷阱之中，为后来有关澳门问题的纠纷即中国丧失对澳门的主权埋下了伏笔。
一切从“剿发捻”出发，为此，维持现有的“和局”，牺牲一点国家利益是不要紧的。这是处理反洋教事件和对葡条约谈判中表现出来的奕訢的内外策略。但“借师助剿”之策将“狼”引入室，结果狼的胃口越来越大。
英、法、美、葡等国几年内均从中国获得了令人惊异的权利和财富，欧洲其他二流国家以为中国好欺负，也跃跃欲试，想乘机从中国捞一把。
同治二年（1863年）春天，一个风和日丽的日子，普鲁士新任驻华公使李福斯满怀希望地来到北京，企图取得与英、法等国一样常驻北京的权利。奕訢不予理睬，态度很冷淡。李福斯只得于六月底悻悻离京。六年之后的丹麦和荷兰也曾因不满长期滞留天津不能驻京的现状，公然撞进北京。对他们，奕訢痛快地指责他国背约。直到英美公使从中斡旋，称丹麦公使是作为宾客应他们邀请而来京的，事情才得以收场。
这样，自同治元年（1862年）以慈禧——奕訢为首的统治集团决定“借师助剿”以来，清政府上下坚持走奕訢所推行的“外敦信睦，隐示羁縻”的外交路线，利用列强所支持和援助的先进的军火武器、派遣前来训练部队的外国教官和冲锋陷阵的外国官兵，最终击败了太平军，了结了困扰清廷14年的心头大患。
击败太平军后，清政府立即要求葡萄牙公使前来总理衙门，商讨撤销给予葡萄牙的与四大国同等的外交特权。其实，直到这时，奕訢等人对国家、民族的利益还没有清楚的认识。
同治年间，清政府与西方各国订立了诸多条约。奕訢主持对外关系期间，第一个与清政府缔约的国家是普鲁士。1861初，普鲁士人来华，要求获得与英、法、美等在《天津条约》中大体相当的权益，谈判进行了几个月，奕訢等人仅将争执的焦点放在老问题“公使驻京”上，却失去了国家、民族利益中关系甚大的片面最惠国待遇、领事裁判权和协定关税等项