从第二任港督戴维斯，经第三任般含，到第四任宝灵离职，前后共15年。这期间，由于鸦片战争，清政府更加腐败，对外丧权辱国，对内残酷压榨人民，社会矛盾日益激化。1843年，洪秀全秘密组织反清力量，1851年1月在广西桂平举行起义，1853年攻克南京，建立国都，先后发展到18个省，震惊中外，直到1864年被中外势力攻破南京，坚持斗争达14年之久。面对这场中国内战，三任港督和他们的祖家，颇费了一番心思。
第三任般含软硬兼施会见洪秀全
戴维斯任内，正是洪秀全太平天国反清运动初期，天地会正在广东一带活动。由于清政府的镇压，许多天地会成员在广东站不住脚，暂时逃到香港避难。当时，内地和香港之间居民可以自由往来，这些人对腐败的清政府不满，聚众造反，当然不是罪犯。到了香港之后，又不曾触犯当时香港的法律，香港政府没有理由把他们当罪犯看待。但是，戴维斯却与两广总督耆英相互勾结，共同对付天地会成员。1845年特别颁布了一道法令，规定香港警察有权逮捕自中国内地逃到香港的中国天地会及其他秘密结社分子，加以监禁，期满之后在他们脸上盖一个相当于中国罪犯充军时脸上刺字式的烙印，然后送到中国境内，交给清朝官府。
这样做，犯人即使不死于清朝官吏的屠刀下，脸上的耻辱痕迹也终身除不掉，比对待一个杀人犯还要残酷。后来，这一法例送到伦敦请求批准时，被加以修改，规定在胁下烙印，不许烙在脸上。
般含接任后，太平天国运动已到兴盛时期。般含对太平天国的态度，不像戴维斯那样简单化，而是观其发展，择机而动。
1851年1月，洪秀全在广西桂平发动太平天国运动后，很快从华南席卷大半个中国。华南一带的许多有钱人家，为了避难，带着家产连同家属跑到香港。后来清朝政府镇压太平天国运动，一批参加过太平天国运动的劳动人民，也跑到香港。这样，不仅给香港带来大量资金，也带来大批劳动力，对于香港经济的发展，注入了新的活力。香港的人口有了新的发展，1848年香港人口总数只有23988人，其中中国居民有23485人。到了1854年总人口达到55715人，其中中国居民占54072人。6年间华人增加30587人，即增加130％。1853年港岛华人居住户有2416家，而洋人的住户仅有491家，只及华人住户的1/5。
1853年3月太平军攻下南京。面对太平军的强大攻势，清政府企图借助洋人的军事力量消灭太平军，所以，曾求助于英、美等国。这时，英、美、法各国都已经在上海强占了租界，有了一定的势力范围。而太平军和清政府的斗争，谁胜谁败，当时还看不清楚，所以各帝国主义均宣布“中立”。香港总督般含从英国的利益出发，对太平军自然也采取了“中立”的方针。他一方面，通知清政府上海道吴健章，声明“除保护英人生命财产外”，对于要求援助一事，不能以兵相助，但可以借租船只供清军使用，攻击太平军。另一方面，为了探明虚实，1853年4月27日，般含亲赴南京，求见洪秀全，向洪秀全表示中立，并解释说，英国船舰给清军使用，完全是“英人以私人所有的船只出卖，法律无以禁止”，与英国政府毫不相干。般含还要求太平天国尊重通商口岸的外商权益，把《南京条约》的中文抄本交给太平天国，要求洪秀全承认英国的侵略既得利益，并声称如果拒绝接受他们已有的在华特权，英国便支持清政府镇压太平军。
般含的所谓“中立”，完全是为了保持英国在中国的利益，想笼络利用太平军，希望洪秀全承认并继续执行不平等的《南京条约》。洪秀全只表示允许英国可在太平天国境内经营商业，自由出入。但是，对般含的恫吓威胁，丝毫不怕，除否定《南京条约》外，还警告英方不要帮助清政府，“即令助之，亦是无用的”。
般含没有受到洪秀全的礼遇，很不高兴。他感觉，太平天国是一个比一向所想象的还要可怕的团体。般含之所以不高兴，真正的关键，在于太平天国在主张国际地位平等，国际贸易自由的同时，严禁鸦片输入，不承认清政府签下的不平等条约。其次，太平天国表示将来自办新式交通和新式工业。这将使中国脱离封建主义而走向资本主义。外国侵略者知道中国只有停留在落后状态才对它们有利，对中国资本主义的萌芽必须摧毁，这是它们反对太平天国的另一个原因。它们暂时宣布“中立”，一方面是对发展中的天国革命有所顾忌，另一方面是清政府还不是那么俯首帖耳，需要太平军对它更大的冲击，造成更大的压力。般含要等待时机，以联手对付太平天国，换取清廷让出更多的利益。
般含回到香港，港英政府对太平天国并未立即改变“中立”态度，他宣称，英国如未受到直接的攻击，决不干涉任何一交战团体。
与此同时，针对内地太平天国成员纷纷到香港活动的情况，1854年，港英政府制定公布了《递解出境条例》，规定凡捕获不法分子，如果不是香港土生土长的，政府认为不能容留在香港时，则将之递解出境。根据此项条例，港府勒令与太平军有联系的帮会首脑卢东九等人的大小船只一律驶离香港。12月21日，港英当局逮捕一百余名太平军、天地会人员，递解出境。1855年1月，宝灵带同海军司令史德林率领兵船5艘，借口保护广州英国侨民，开到广州白鹅潭，镇压包围广州的太平军和天地会义军。
第二次鸦片战争以后，英、法、美、俄侵略者都支持清政府镇压太平天国革命运动，太平军夺取上海、西攻武昌时，均受到外国侵略者的干涉。1862年太平军在上海和宁波与英、法、美侵略者进行了英勇的战斗，在中外反动势力的联合进攻下，苏州、杭州先后失守。1864年7月南京被攻陷。
围剿“海盗”张保仔
香港早期，海盗猖獗。般含任内，正值“海盗”张保仔横行。张保仔本是广东新会江门渔民的儿子，15岁随父亲出海捕鱼，被海盗郑一掳走，开始了海盗生涯。因为年纪较轻，被人称为张保仔。后来，郑一在海上遇到飓风，翻船落水而死。海盗们拥戴郑一的妻子石氏为首领，人们称石氏为郑一嫂。郑一嫂与张保仔有暧昧关系，她便把部下完全交由张保仔率领。张保仔势力最盛时，有部众四万余人，战船六百余艘。海上过往商船经过他控制的地区，必须交纳“行水”，即保护费。拒绝交纳者很难幸免被劫被杀。张保仔出身贫苦，比较注意爱护一般老百姓。他们向乡民购买粮食、物品时，往往加倍给钱，并严禁部下在驻扎地区掠夺百姓。
当年香港的海盗以旗色互相区别。红旗的是张保仔，黑旗的是郭婆带、蓝旗的是乌石二。三股著名海盗联合起来，协力抵抗清军水师。清水师提督孙全谋、总兵林发等屡次被他们击败。军事进剿没有成效，清朝地方官员转而采用招安政策，进行分化瓦解。郭婆带首先接受招安。郭投降以后，张保仔在军事上受到的压力增大。般含乘机派兵配合清军水师围剿，在激烈的交战中，张保仔身亡。
在香港岛有许多与张保仔有关的遗迹和传说。据许地山先生考察，今天的西营盘便是当年张保仔营寨的旧名。在港岛半山，即歌赋山山腰有张保仔旧时据守海岛的堑壕遗迹，原来是用青砖和蛮石镶砌而成的。相传今日荷里活道的文武庙也是张保仔修建的。
据记载，与张保仔同时期，在香港及其邻近地区出没的海盗，著名的还有徐亚保、十五仔等。徐亚保拥有部众近二千人，战船23艘，大炮18门。十五仔拥有部众三千余人，战船64艘，火炮千余门。
当时不仅有中国海盗，还有一些外国洋海盗。例如，英国人芬顿驾驶悬挂英国国旗的桅船一艘，以护航保镖为名，从事海盗活动。1851年6月，他率领海盗船只，在海上杀害前往盘查的葡萄牙军官两名。同年12月，他抢劫中国人船只，反被中国船把他的桅船击沉，将他生擒，押到香港。因为是英国人，般含当局设法予以包庇。第二年1月5日，特别刑庭开庭审理。与芬顿同伙的3名中国海盗，被控杀害葡萄牙军官，犯海盗杀人罪，被判处死刑。而芬顿本人却被宣告无罪。澳门葡萄牙当局对此表示不满，带目击者来香港确认芬顿为凶手无疑。香港英国当局无奈，才将芬顿判处3年有期徒刑。
对于鸦片战争以后中国沿海海盗再起的问题，美国人马士进行过研究分析。他认为，中国沿海海盗猖獗“或许是由于政府在对付沿海英国敌人上所表现的无能以及水师沙船的全军覆没所促成的；它也许是被1839年以后鸦片走私的不法行动所鼓励的；但是，在更大的程度上，它是海上和各海口人民不满和遍地发生的造反运动的一种明显的表示。从东京边界到扬子江口乃至山东沿岸的海上布满着海盗的船只，这些船都已经在中国当局在对英作战时期所发给的许可证下获得了充分的武装配备。”
马士这段话反映出鸦片战争后，在包括香港在内的中国沿海地区海盗活动的复杂情况。根据当时的史料考察，有的海盗只知道杀人越货，甚至参与鸦片走私。他们的行为影响了正常的海上贸易，的确具有很大的破坏性。但是，在外国资本主义武装侵略中国的严峻局势下，也有一部分富于正义感和爱国精神的“海盗”，把斗争矛头指向外国侵略者，成为中国人民反抗外国侵略的一支民间力量。应该说，徐亚保就是其中的一个典型。外国侵略中国，掠夺百姓，政府腐败无能，惧怕洋人，又不许百姓抵抗，怎么办，出路只有一条，铤而走险，在海域周旋。
悬赏缉拿徐亚保
有资料记载，徐亚保对英国人贩卖鸦片深恶痛绝，他攻击的对象多半是鸦片烟船。他与十五仔分工合作，由他侦察英船的航期、航线等情况，得到情报后，立即通知在洋面上活动的十五仔。由于配合默契，每次行动方式又多变幻，他们经常得手，使英国鸦片烟船和巡逻的英国兵舰吃尽苦头。
1849年2月25日发生在赤柱的事件，反映出徐亚保见义勇为的性格特点与反抗外来压迫的民族精神。当时有两名驻港英军军官，一个叫科斯达，是皇家工程营上尉；一个叫戴亚，是锡兰来福枪联队中尉。那天傍晚，他们喝得醉醺醺的，到赤柱的黄麻角村挨家逐户寻衅闹事。走到村里最末一户人家，看见一个年轻媳妇正在煮饭。科斯达把她抱住，动手动脚。媳妇的公公婆婆听到惊叫声，从里屋出来阻止。两个英国军官竟挥动皮鞭抽打他们，两位老人跑到门口高呼“救命”。邻居们闻声赶来救助，英国军官继续挥鞭打人，几个村民被打得头破血流。这时徐亚保的船只正好停泊在赤柱，听说红毛鬼在村里调戏妇女，行凶打人，他马上率领几个伙伴，手执长矛赶来，想把英国军官赶走。不料他们赖着不走，还抢走徐亚保伙伴手中的一枝长矛，当场折断，徐亚保怒不可遏。两个英国军官见势不妙，想夺门逃走，但是为时已晚。徐亚保用长矛将他们戳倒，然后叫伙伴们抬起尸首，走到赤柱山头的峭壁上，抛入海中。
这天夜晚，军营里发觉科斯达与戴亚两人没有回营，便一面派人四出寻找，一面向上级报告。香港政府和警察方面接得赤柱有两名军官失踪的报告后，立即大举出动搜索。警察方面派人到赤柱、大潭一带调查两人的行踪，锡兰来福枪联队也派出100名武装兵士分队向全岛搜索，同时，英舰“愤怒”号也驶到赤柱湾内去巡逻。当他们搜索到黄麻角村时，兵士发觉全村居民逃避一空，这表示两个军官一定遭遇了意外。27日晚上，科斯达的尸首在海上被人发现，但是戴亚的尸首则没有下落，并且以后始终不曾寻到。
警方抓走6个赤柱的村民，但他们一致否认与这事有关系。6个人都被送到维多利亚监狱。这时，那个被英国军官打伤的老人向军营自首，他说他“并未做过任何错事，因此不想躲避”，只是把事情的经过说清楚。于是这个老人也被扣留。
由这6名村民的供述，法院的侦查庭渐渐明了了这个杀人案的真相。港府一面将这些嫌疑犯开释，一面下令通缉徐亚保和他手下的人。起先悬赏捉拿那些参加杀英国军官的人，凡能捉获一名者，赏花红100金镑；后来又增加赏格，凡能捉获徐亚保本人者赏五百镑，捉获其他榜上有名的凶犯，每名赏100大洋。
3月1日，驻港英军为科斯达举行了隆重的葬礼。总督般含和海陆军长官都亲临致祭。这件血案立时就成了当时香港街谈巷议的中心话题。尤其是被悬赏500镑通缉的徐亚保，更成了大家关注的中心。
两名军官被杀，引起了伦敦的注意。当时海盗猖獗，不仅危害香港的商业和航运，而且更因为海盗的内幕组织复杂，军火谍报及盗伙来源，都牵涉香港在内。所以英国下决心加以肃清。
正当英国准备出兵围剿徐亚保时。6月间，十五仔的一些部下在海南岛附近掠夺一艘属于英国人的帆船，并杀死船上人员，这更加激怒了英国人。英国海军舰队对徐亚保等发起攻击，这行动一直继续了整个夏天。在9月至10月初，“哥仑科”号的舰长约翰？海，在两次交战中击毁了徐亚保的舰队。
据记载：“第一次在大沙尾附近，第二次在大鹏湾内。他获得铁行轮船公司的汽船‘广东’号，以及海军‘弗雷’号、‘海斯丁’号的协助，摧毁了23艘盗船，平均载重五百吨，缴获的火炮12门至18门，以及3只建造中的新船，两处小船坞，以及相当数量的航海用具。在驾驶这些船只的1800名海盗中，400名被杀，其余都四散逃亡。大鹏湾的海盗炮火在45分钟之内就被消灭无声，英国人仅有一名轻伤。”
在围攻徐亚保等的作战中，清朝水师派出8艘战船，伙同英国舰队作战。在10月18日，中英联合海军一共击毁十五仔舰只64艘中的58艘，打死了1700人。十五仔失败后，眼看自己旧式的�