日在棉兰老岛登陆，11 月15 日在莱特岛登陆。在占领莱特岛后，中太平洋部队将于1945 年1 月15 日在吕宋岛北部登陆；西南太平洋部队于2 月在吕宋岛东南部和民都洛岛登陆。然后，西南太平洋部队在太平洋舰队的再次支援下绕过吕宋岛北面，他的6 个师于1945 年4 月1 日在林加延湾的东西两面登陆，并向马尼拉进军。
麦克阿瑟还向尼米兹通报了这个作战方案，征求他的意见。
尼米兹与麦克阿瑟一样，也反对参谋长联席会议的新方案，认为这过于冒险，步子太大也太快了，难以使陆基航空兵、陆军和海军部队同时参加进攻。他指出，进攻日本比较有把握的路线还是沿着参谋长联席会议3 月提出的计划打下去，那就是经菲律宾、台湾和琉球群岛向九州和本州推进。
但是，他对麦克阿瑟的作战计划也有保留意见，认为执行这个计划缺乏足够的空中支援力量，使作战时间拖得太长。所以，他提出一个新方案：让麦克阿瑟的西南太平洋部队在太平洋舰队的支援下，在棉兰老岛登陆后修建机场，使日军在吕宋岛上的航空兵部队陷于孤立；然后，西南太平洋部队同中太平洋部队会合，一起向台湾和中国大陆沿海挺进。显然，这个方案是对参谋长联席会议与麦克阿瑟各自提出的方案的一种折衷。
麦克阿瑟坚决反对尼米兹的新方案，他说：“尼米兹将军的计划是一个在战略上站不住、在道义上通不过的计划。其实，这不是尼米兹的东西，而是金上将的计划。我决不能把菲津宾那么多的岛屿和人民扔下不营。”麦克阿瑟是铁了心要解放整个菲律宾。他给参谋长联席会议再次发电：“我要求去华盛顿充分陈述我的意见。”
三方意见相左，各不让步。马歇尔将军只得把情报报告给罗斯福，欲请三军总司令出面解决三方的分歧。
总统莅会
罗斯福总统自德黑兰会议后，身体每况愈下，不断咳嗽，面色憔悴，医生建议他住院休养。可是，罗斯福忙于参加竞选，不仅拒绝入院，而且从来不问检查结果，也不关心治疗情况。他不愿让身体健康状况影响他竞选连任。在美国历史上，还没有一位总统连任三届，并竞选第四届连任的事情。政治上雄心勃勃的罗斯福打算开历史先河，成为第一位连任四届的美国总统。在国家危难之秋，罗斯福不愿退出政治舞台，他认为，他还有没有发挥出来的潜力，他要给自己的一生写上一个完善的句号。
罗斯福此时正打算去太平洋战场视察，以作为他竞选连任时发表演说的一部分内容。听到马歇尔的报告，罗斯福意识到这不仅仅是个军事战略问题，的确也是个政治问题。他对麦克阿瑟的警告不能不引起重视，这涉及到能否连任总统的问题。如果他决定绕过菲律宾，就会背上抛弃老朋友的名声，那么在日益临近的大选中很可能使他遭受政治上的损害。另外，麦克阿瑟在国内的名气很大，有很多的拥护者，虽然他败走马尼拉，但许多人却把他视为“蒙难的君主”，美国一些街道、场馆、建筑，甚至一些跳舞的舞步，都是以他的名字命名的。对于这样一个受到普遍尊敬的英雄，一个出尽风头的人物，罗斯福不能不认真对待，以免这位惹不起的天不怕、地不怕的将军给他带来什么麻烦。
因此，罗斯福决定亲赴太平洋战区会会这位陆军将领，而不想让他到华盛顿来。他担心麦克阿瑟回来会抓住记者招待会、议会听证会这些机会，引起政治上的风波。
马歇尔一听，心中大惊。他担心总统的身体吃不消远涉重洋的劳累，况且战争时期，敌国间谍杀手很多，万一出了安全问题，会影响整个大局。
但是，罗斯福执意要去，而且决定不带参谋长联席会议的任何人，以便能充分听取太平洋战场那两位司令官的意见并在最后定下决心时不受影响。随行人员只有总统的参谋长威廉·莱希海军上将。
莱希颇受罗斯福的信任，早在第一次世界大战期间任运输舰舰长时，他就同当时任海军部助理部长的罗斯福结成了生死之交。莱希后来先后担任过海军军械局局长、航行局局长、海军作战部部长，1936 年就晋升为海军上将。1941 年12 月太平洋战争爆发后，担任新设置的总统私人参谋长职务。
为了安全起见，罗斯福让白宫特工局局长迈克·赖利先期赴珍珠港，布置安全措施。
参谋长联席会议成员对罗斯福此举很不满意，海军作战部部长金上将更认为这是罗斯福在大选前哗众取宠的举动，以突出他正在发挥现任总司令的作用。
但是，不满归不满，命令还要执行。马歇尔马上通知已米兹，让他做好迎接总统的一切准备，特别是安全方面绝对不许出任何疏漏。
尼米兹听说总统即将莅临珍珠港视察，即电邀麦克阿瑟来珍珠港相叙。鉴于山本五十六因座机被美军截击而毙命，为了保密，他没有提总统来珍珠港一事。
麦克阿瑟不知真相，因此不愿来珍珠港。数月前在布里斯班与尼米兹友好会晤的情绪，都被这次战略计划的变更吹得无踪无影。他复电尼米兹说：“公务太忙，实难成行，深为抱歉。”
尼米兹无奈，只得请马歇尔帮忙。马歇尔对麦克阿瑟的傲慢感到十分恼火，他以参谋长联席会议主席的名义命令麦克阿瑟马上赴珍珠港，准备向“一位大人物”汇报工作。
麦克阿瑟本能地意识到这位“大人物”很可能就是罗斯福，因为在麦克阿瑟眼里，只有罗斯福才算得上是“大人物”。但是，由于马歇尔的命令没有透露其他内容，所以麦克阿瑟没法做什么准备。他只带了几名副官飞赴珍珠港。
但是，他知道会议讨论的问题将同他有密切关系，很可能就是关于绕过菲律宾的问题。他心里很清楚，参谋长联席会议所有成员都同意绕过菲律宾，只有他自己坚持认为重返菲律宾是必要的。要推翻参谋长联席会议的决定，
只有罗斯福才能办得到。对他来讲，这是把总统拉到自己一边的天赐良机。为了能达到重返菲律宾的目的，他做好了消除与总统因政治而产生的一切隔阂的准备。无论如何他也要说服罗斯福让他先打菲律宾。
7 月26 日，他与随员乘坐的B…17 型飞机抵达珍珠港，受到尼米兹的迎接。为了表明他重返菲律宾的决心，他把这架轰炸机用菲律宾巴丹半岛的名字命了名。
尼米兹看到麦克阿瑟给B—l7 型轰炸机取名“巴丹”号，心里便明白了这位陆军上将的用意。他对麦克阿瑟的坚强意志与信念感到钦佩，尼米兹在机场上把金上将给麦克阿瑟的信交给了他。信中没有谈菲律宾问题，只介绍了最近美英两国参谋长在伦敦讨论研究派英军到太平洋地区参加对日作战的情况。
金上将是7 月13 日抵达珍珠港视察的，在珍珠港停留的最后一天晚上，他同尼米兹谈到关于同总统和麦克阿瑟会晤的问题。他俩一致认为，从战略上看，攻占台湾对日后进攻日本非常重要。究竟采取哪种打法，金上将没有给尼米兹下达明确的指示，只要求尼米兹在提建议时要深思熟虑。
7 月22 日，金上将与他的随员飞返华盛顿。途中，他的座机越过了罗斯福总统乘坐的、正驶往珍珠港的“巴尔的摩”号重巡洋舰。
如愿以偿
7 月21 日夜晚，罗斯福在圣迭戈登上“巴尔的摩”号重巡洋舰，驶往珍珠港。7 月26 日午后，“已尔的摩”号徐徐驶进珍珠港。尼米兹为总统举行了隆重的欢迎仪式，太平洋舰队所有官兵一律着白色军礼服，高级军官们列队走上甲板向总统致敬。
罗斯福向这些奋战在海外的军官招手致敬。他忽然发现在欢迎行列中没有麦克阿瑟，便向尼米兹询问。
尼米兹也不清楚一小时前才抵达珍珠港的麦克阿瑟为什么还没来，他只知道麦克阿瑟下榻在理查森将军的谢夫特堡军营。
罗斯福在舰上等了一些时候，刚要上岸时，听到从檀香山方向传来了欢呼声、警哨声、汽车喇叭声和警卫摩托车的轰鸣声。在摩托车的警卫下，一辆有陆军四星上将标志的黑色敞篷高级轿车急速开上码头。麦克阿瑟独自一人坐在后排座位上，身着棕色飞行员皮夹克、头戴软战斗帽，一副墨镜遮往双眼，显得威严而神秘。
轿车在跳板前停下来，麦克阿瑟从车上下来，大步流星地向跳板走去，边走边朝向他欢呼致敬的人群招手。上舰后，随着水手长一声哨响，他向总统及舰上的军官们敬了一个军礼。
这是自1937 年以来麦克阿瑟与罗斯福的第一次会面。麦克阿瑟从外表上看依然很年轻，而罗斯福看上去却苍老多了。麦克阿瑟很吃惊，他后来回忆道：“我几年未见到他了，从外表看他成了我原来认识的那个人的外壳。很明显，他的有生之年已屈指可数了。”
莱希上将对麦克阿瑟的打扮觉得奇怪，大热天干嘛要穿皮夹克？于是他问道：“道格拉斯，你来这里看我们，为何不穿适当的衣服？”
麦克阿瑟答道：“嗨，你没有到过我那里，那里的天气可冷呢。”
寒暄之后，罗斯福、麦克阿瑟和尼米兹一起坐在甲板的椅子上，让摄影师给他们照相。
接见结束后，他们各自回到自己的寓所。次日，根据罗斯福的指示，麦克阿瑟和尼米兹陪同他视察基地和看望部队。当日晚，罗斯福在他下榻的住所与尼米兹和麦克阿瑟共进晚餐。
餐后，他们一道进入挂有大幅太平洋地图的会议室讨论战略问题。麦克阿瑟发现尼米兹对这次会议有充分的准备，参谋人员为他准备了详尽的计划、各种统计数字及其他形象化的模型。而他自己则什么都没带。
大家坐定后，罗斯福首先说明这次会议的主要目的在于决定下一阶段对日本采取什么行动，希望大家畅所欲言，共同研究。
尼米兹首先发言。他把他的新方案拿出来说道：“麦克阿瑟将军应在攻占棉兰老岛后即建立强大的作战基地，以削弱日军在菲律宾的空军力量，然后绕过菲律宾其他岛屿，向台湾挺进。”
尼米兹不时站起来用竹棍在地图上指着所谈到的地方。他阐述了攻占台湾的战略意义：有利于拦阻东印度群岛地区的石油、锡、橡胶和其他重要物资运往日本；台湾靠近中国大陆，便于美军同中国军队合作在大陆修建一些空军基地，支援进攻日本本土的作战。
麦克阿瑟听后，看了看总统，发现罗斯福靠在他的轮椅上，好像在兴致勃勃地听地理课，神态安静，显然事先就知道了尼米兹这个计划的大概内容。
尼米兹讲完后，罗斯福拿起一根竹棍指着棉兰老岛间麦克阿瑟：“道格拉斯，我们从这里再奔向什么地方？”
尼米兹与麦克阿瑟都同意攻取棉兰老岛，分歧在于攻占棉兰老岛后的作战目标是什么。麦克阿瑟当然不能同意尼米兹的意见，如果按尼米兹的意见办，西南太平洋战区的所有兵力，除象征性地留下两个师和几个空军中队外，都要交给尼米兹指挥。这样，他不仅完成不了重返菲律宾的宿愿，而且还成了光杆司令。
他听总统发问便回答道：“总统先生，然后应该奔向吕宋。”接着，他全面阐释了他这样做的理由。
他首先队道义上提出了自己的理由：“总统先生，我们在菲律宾问题上已经犯了错误，如果我们当初能尽一切力量增援巴丹，菲律宾就不至于沦陷，同时也能煞注日军南下新几内亚和澳大利亚的势头。在如今解放菲律宾已成为可能的情况下，若再度牺牲它就是绝对不可原谅了。阁下，您不能把1700万虔诚的菲律宾基督教徒留给日本人，而先去解放台湾。台湾是日本人经营50 年的殖民地，那里的居民对我们怀有敌意，不宜作为攻击日本的基地，而菲律宾人却仍然忠于我们美国，因为我们无力支援或解救，他们正忍受着极端的贫困和巨大的苦难。撇下菲律宾不管，在远东也会引起强烈的反响，亚洲人会相信日本人的宣传，认为美国人不愿流血牺牲去拯救他们。这会大大损害我们美国的形象。此外，吕宋岛上还有我们的许多战俘和沦陷在那里的妇女儿童，他们正在忍受着巨大的苦难。若在北面打台湾，在南面打棉兰老岛，我们就会使菲律宾中断一切外界供应。那时，日本军队就会只顾自己，而让菲律宾人和美国战俘活活饿死。一旦出现这种情况，总统先生，美国公众舆论将会谴责您，而这种谴责是有道理的。”
麦克阿瑟话锋一转，又从军事角度阐述了重返菲律宾的可能性和意义：“从遥远的棉兰老岛派飞机轰炸，压制不住吕宋岛上的日军机场，而这些机场对我们的作战有很大威胁。如果我们能在莱特岛、民都洛岛或在两个岛上同时修建机场，就可使我们的登陆部队在林加延湾登陆，并在5 周内进入马尼拉。”
罗斯福认真地听着，偶尔插几句话。对罗斯福来说，让这两位被认为是对手的人平心静气地向总司令发表他们的不同意见，既令人惬意又颇能增长知识。会议一直进行到午夜，罗斯福仍未定下最后决心。
次日上午，会议继续进行。麦克阿瑟再次指出收复吕宋对取得战争胜利的必要性：“马尼拉湾以及吕宋北部一旦到手，就可以加强海空军对南方至日本资源交通线的封锁。”
“但是，道格拉斯，”罗斯福想起最近日军在马尼拉地区加强了地面部队和航空兵力量的报告，说道：“攻占吕宋需要付出的代价我们恐怕承受不了。我认为我们应当绕过它。”
“总统先生，”麦克阿瑟回答道：“我的损失不会大，决不会比过去大，正面进攻的时代已过去了。现代化的步兵武器是致命的，正面进攻不合时宜了，只有平庸的指挥官才会那么干，优秀的指挥官打仗是不会招致重大损失的。”
尼米兹本来可以对麦克阿瑟这种明显含沙射影的话反唇相讥，指出如果不是中太平洋的攻势牵制住日本大量兵力，麦克阿瑟在南部的进展就不会那么�