存义的儿子；胡惟庸有了李善长这一靠山；不觉又趾高气扬起来。正巧；胡惟庸在定远的老家宅的井里忽然长出了竹笋；高及数尺；一班趋炎附势之徒都说是极的吉兆；又有人说胡家的祖坟上每天晚上有红光照耀天空；远及数里。胡惟庸听了；更觉得是吉兆；越发得意。
恰在这时；德庆侯廖永忠因擅自使用皇帝的龙凤仪仗而被赐死；平遥训导叶伯巨上书劝谏朱元璋；说他分封太多；用刑太繁；求治天下之心太过迫切；结果使得朱元璋怒；把他捕入狱；活活饿死。安吉侯陆仲亭擅乘驿车；平凉侯费聚招抚蒙古无功；均被朱元璋下旨严厉责罚。汪广洋罢相数年；由胡惟庸推荐；重登相位；不久又因刘基案被贬谪；汪广洋知道胡惟庸的不法行为；但一直替他隐瞒；在二次罢相之后；出居云南；不久即被赐死。
朝廷官吏屡屡得咎；使得朝廷之上人心惶惶；深怕祸及己身。尤其是汪广洋被赐死；更使胡惟庸觉得震动；他觉得朱元璋迟早要惩治自己；就下定了反叛的决心。
首先；他把那些遭到朱元璋惩治而心怀不安的官吏争取过来；结成党羽；然后又托亲家李存义到他的哥哥李善长那里探听口风；李善长知道这是祸灭九族的事；起初不肯应允；经李存义再三说明利害；最后默许了。
从李善长的态度里他得到了鼓舞；加紧了谋反的准备活动。胡惟庸把一些亡命之徒结纳为心腹；又暗地里招募了一些勇士组成卫队；并把天下兵力部署情况了解得一清二楚；再派人去同东南沿海一带的倭寇连结；引为外援；还结交了一些掌握兵权的人；准备一旦事发；就起兵响应。他又秘密结交日本国派来的贡使；作为事败之后的退路。
胡惟庸在觉得一切准备完毕之后；就于洪武十三年（1380年）正月；奏告朱元璋说京宅井出了一眼甜泉；乃是吉利之兆；请朱元璋前去观看。朱元璋竟信了他的话；车驾从西华门出发；准备前往。就在这时；内使云奇突然闯入跸道；勒住了朱元璋的马缰绳；极力劝阻朱元璋；说是不可前往；由于情势太急；云奇声调急促；以至不能说得明白。朱元璋见此情景怒；以为云奇放诞不敬；就喝命左右用金锤挝击。云奇断了胳膊；扑倒在地；气息奄奄；但却用手指着胡惟庸宅第的方向。
这时；朱元璋忽然有悟；忙登上高处向胡惟庸的宅第方向看去；但见胡宅隐隐透出兵气；朱元璋惊；立即发兵前往捕捉。不一会儿；羽林军就将胡惟庸及埋伏的甲士捉拿归案；经人对质；胡惟庸无法抵赖；只得承认。胡惟庸被牵至市曹；凌迟处死。
朱元璋当然不肯罢休；他派出官吏；四处拷掠；把胡惟庸一案的新账旧账一同清算；由擅权枉法到私通日本、蒙古；再到串通李善长等人谋反；由此牵连到的胡惟庸的亲族、同乡、故旧、僚属以及其他关系的人皆被连坐族诛；先后杀掉了三万多人。
过了十二年；蓝党之狱又成。凉国公蓝玉；是著名的武将；也是开国功臣；但为人桀骜不驯。蓝玉与太子朱标是间接的亲戚；往来很亲密。蓝玉在北征时看到燕王朱棣的行止；深感不安；回来后对太子说：我看燕王在他的封地里实在是太有威风了；其行止不亚于皇帝。我还听说燕地有天子气；愿殿下细心防备；免生不测。太子为人生性忠厚；不愿生事；就对蓝玉说：燕王对我十分恭顺；决不会有这样的事。蓝玉见太子不信；只好自找台阶说：我蒙受殿下的恩惠；所以才秘密地告诉你涉及利害的事。但愿我说的不；不愿被我言。
不久；太子病死；朱元璋觉得燕王朱棣为人阴鸷沉稳；很像自己；就想立他为太子；但一些臣反对；觉得于古礼不合；也对其他皇子无法交待；朱元璋只得立了朱标的儿子做皇太孙。
燕王朱棣见太子已死；无人替蓝玉说话；在入朝奏事的时候就对朱元璋说：在朝诸公；有人纵恣不法；如不处置；将来恐成尾不掉之势。朱棣虽未明指蓝玉；但家心里都清楚；蓝玉曾在太子面前说过朱棣；朱棣现在要施行报复了；再加上纵恣不法四字；更是确指蓝玉。
在这种情况下；蓝玉竟还率性而为；一点也不检约自己。他出征西番；擒得逃寇；且捉住了建昌卫的叛帅；自以为功劳更了；愈觉得意洋洋；本以为回朝后定会有封赏；没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时；他满以为会让自己做太子太师；却没想到自己还是太子太傅；反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。蓝玉十分愤怒；扯着袖子喊道：难道我还做不得太子太师吗？他这一番闹腾弄得朱元璋更不高兴。
自此以后；蓝玉上朝奏事；没有一件能够获准；但蓝玉不仅不知收敛；还更肆无忌惮；即使陪皇上吃饭；也出言不逊。一次；他见朱元璋乘舆远远经过；便指着说：那个乘舆的人已经怀疑我了！
此语一出口；祸即来。其实；蓝玉并未像胡惟庸那样谋逆；只是祸从口出罢了。锦衣卫听到了这句话；立刻告及蓝玉谋反；并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人设计起事；欲劫皇上车驾。朱元璋听了；正想杀人而找不到借口；便不问青红皂白；一齐拿到朝廷；并亲自审问；再由刑部锻炼成狱；以假作真；全部杀死。
仅此还嫌不足；凡与蓝玉偶通讯问之人；也不使漏网；四面构谄；八方株连；朝廷的勋旧；几乎一扫而空。此次前后共杀一万五千余人；与胡惟庸案杀人并算；共计近五万人。
至此还不罢休；蓝党之狱过后年余；颖国公傅友德奏请土地；不仅不准；反予赐死。宋国公冯胜；在缸上设板；用碌碡打稻谷；以作打谷场；声响远震数里；有仇人状告冯胜私藏兵器；朱元璋把他召入廷内；赐以酒食；说是决不相信别人的谣言。冯胜喜不自禁；谁知刚刚回到家里；即毒发而死。定远侯王弼；在家里曾叹息说：皇上春秋日高；喜怒无常；我辈恐怕很难活下去了！这一句话；果然被特务告密；立即赐死。
这样一来；开国功臣已所剩无几；即便有几个；也早已远离朝廷；不涉政事了。徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人得保首领；死皆封王；但徐、常、李、邓四人都死在胡、蓝狱之前；沐英镇守云南；总算偏远无事；只有汤和绝顶聪明；他洁身远引、解甲归田；绝口不谈政事；享年七十多岁；得以寿终正寝。
朱元璋杀戮功臣已经成了他晚年生活的主要内容；胡蓝之狱总共牵扯被杀的人达四万五千多人；南京皇宫俨然成了一座阴深恐怖的死亡宫殿；很多官员上朝都提心吊胆；生怕自己被什么案件牵扯而遭治罪。据说；每次上朝；官员们如果看到朱元璋把玉带卡在肚子以下；就表明皇帝当天要杀人了；一个个都吓的面无人色；两腿发软；如果玉带高挂在胸前；就表明皇帝今天情绪不错；不会杀人。胡蓝之狱期间；有些官员每天早上上朝之前甚至和家人诀别；嘱咐后事；如果侥幸平安归来；全家人都要庆贺一番。最恶毒的暴政是把罪犯的妻女发配给妓院强迫卖淫；使她们遭受百般凌辱。
纵观国历史上的各个朝代；把开国功臣杀得如此彻底的；确实应数有明一代；朱元璋从改变官制、改善吏治、严格法令、压制舆论、杀戮功臣和特务统治六个方面集权力；巩固他的统治地位；可以说收到了相当的成效。自洪武年间及其以后；明代的君权在相当长的时间内没有旁落过；至于燕王朱棣起兵造反；夺了他的侄子建文帝的权；对亲族残酷地诛杀；那是皇帝家里自己的事了。
至于第三点；则要计之长远；为子孙谋划了。关于这一点；朱元璋的棘杖之喻可谓意味深长。史载朱元璋要赐死开国功臣李善长时；太子朱标曾向朱元璋进谏说：皇父诛杀的人太多太滥了；恐怕有伤和气。朱元璋听了；默无一语。第二天；他又把太子叫来；将一根长满刺的荆棍扔在地下；要太子捡起来；太子面有为难之色；朱元璋笑道：我让你拿着棘杖；你认为棘杖上有刺；怕伤了你的手；若是把棘刺除去；就可以不必担忧了。我现在诛戮功臣；便是替你把刺去掉；你难道还不明白我的用意吗？谁知太子却是一位饱读圣贤之书的书生；听了父亲这话；不以为然；反而叩头道：上有尧舜之君；下有尧舜之民！这话明摆着说朱元璋是一个昏暴的君主；朱元璋怒；当即提起身前的几案击打太子。幸亏太子在惊慌抛出负子图；使朱元璋忆起了与马皇后背负太子同陈友谅作战的艰难岁月；太子才免遭杀戮。自此以后；朱元璋的权力棘杖上的确没有扎手的硬刺了。
历史的血腥至今犹能闻到；权力的棘杖又何曾一时光滑可手过呢？杀了近五万人来巩固皇权；试图为子孙后代削出一把可以挥压万民而又光滑可手的权力之杖；其结果怎样呢？还不照样是叔侄争位、宗室相残？还不照样是奸佞迭出、祸乱相行？孟子说：不嗜杀者能一之。其意是说以仁行事才能得天下、保天下。但这一万古不变的信条；在历史上实现了多少呢？
其实；权力的棘杖内外都是刺；去了外刺；内刺犹在；是无论如何也去不了的。此杖弃之不得；握之扎手；就是历史；对之也是无可奈何！
历史不是一匹驯服的马；像朱元璋那样彻底地杀掉功臣；很难维持长久；像东汉光武帝刘秀那样以柔治国；未杀一个开国功臣；而是与之结为姻亲；但裙带的柔情终于抵挡不住旺盛的权欲；还是招致了外戚和宦官专权的巨弊端；那么舍其两极；取其间；采取又打又拉；拉、打结合的办法是否可以呢？国的历代王朝也做过不少这样的尝试；似乎也不太成功；怎样才能避免杀戮和混乱呢？难道历史就是用鲜血和权力的棘杖组成的吗？
朱元璋不仅开杀戒；杀掉许多功臣；而且还从政治体制进行了诸多改动；采取了一系列固权措施。一是改革官制；撤销书省编制和宰相职位；把这两个主管行政和军事的要害部门分成几块；擢升六部为一级枢机构；各部首长直接向皇帝负责；皇帝不再设立助手；而直接向各部发号施令。国有史以来在政治上占重要位置的宰相制度；从此消失；皇帝遂在没有助手帮助的情形下；单独处理帝国事务。又把亲王派往各地监军；这样；权就集到皇帝一人的手了。朱元璋对这个措施很是得意；认为是他最高智慧的结晶；可以使朱姓家族牢牢掌握权力魔杖；保持政权千秋万世。朱元璋为了防止权旁落的确费尽了心机；他想方设法把权力集到皇帝一人身上；可问题恰恰出在皇帝身上。
其二是建都察院；下设十三道监察御史；施行严刑峻法。都察院的权力是纠察百官的得失；监察御史的官品虽然只有七品；但什么话都可以说；什么官都可以告；凡是臣奸邪、擅作威福；人构陷、扰乱视听；以及贪赃枉法；变乱祖制和学术风气等都在纠劾的范围之内。
《明律》的许多规定；在今天看来；确实是十分残酷的；例如：凡奸邪进谗言使未犯死罪而致死的人处斩；如有人犯了死罪；有人用巧言进谏；使之免于死罪的；进言者也要被处斩；即使是掌管刑律的官员；如果听从了上司的主使；减轻或是加重了罪犯的刑罚；也要被处死；并将其妻子充作官奴；家产没入官府。对于贪污；朱元璋的认识十分深刻；认为这直接关系到政治风气乃至国家的生死存亡；他说：吏治之弊；莫过于贪墨。认为此弊不除；欲行善政；绝无可能。于是；《明律》规定；官吏必须廉洁奉公；即使因公出差乘坐公车；也不能捎带私人财物；附载衣服等不得超过十斤；每超过5斤打十鞭；十斤加一等；直至笞至六十。凡贪污者；至轻之罪也要发配到北方边地；如果贪污数额折价超过六十两银子以上；处以枭首、剥皮、实草之刑。其具体的做法是把犯官先砍去头；然后再剥下皮；把头挂在杆子上；把皮包上草秸；放在衙门口旁边的土地庙外；或是摆在公座之旁；其用意是警告后来的官吏；不得再行贪污。朱元璋的这一招虽不太人道；但却十分有效；这种法令实行不久；吏治果然有所好转。
但尽管如此；还是有些官吏胆敢以身试法；1385年；有人告发二司与户部侍郎郭桓勾结贪污；朱元璋迅速查勘；追出赃粮七百万石。朱元璋怒；把六部左右侍郎以下的官吏全部处死。经过拷打；又牵连了许多人；最后杀人总数；包括官吏和地主竟达数万人之多。在这种严刑峻法和运动打击结合的综合治理下；洪武年间的吏治总算呈现出了新的面貌。
其三是对官吏实行特务统治。国古代政治思想本来就缺乏人权观念；但故意建立摧残人权制度的；则由朱元璋创始；即三百年间使人闻而战栗的诏狱和廷杖。
诏狱就是由皇帝直接指挥的皇家特务组织锦衣卫；后来又增设相同性质的东厂、西厂和内厂等非正规的司法系统；由皇帝最亲信的宦官主持。这些特务组织最初是负责监视百官动静的；只是负责调查及逮捕谋反妖言奸恶之人；后来发展到专门用于迫害在政治斗争的失败者。这些特务组织相互交错；密如蛛网；遍布全国的各个角落。这样；街头巷尾的一举一动；夫妻吵架和市井打斗；早上发生；晚上就到了皇帝耳；这是国前所未有的现象。
一次；博士钱宰罢朝回家；在路上信口吟道：四鼓咚咚起着衣；午门朝见尚嫌迟；何时得遂田园乐；睡到人间饭熟时？第二天上朝；朱元璋对钱宰说：昨天做得好诗！不过我并未'嫌'你啊；改作'忧'字怎么样？钱宰一听；连忙跪下叩头；吓得出了一身冷汗。好在朱元璋并不是要追究他的罪责；而是要显示自己的无所不知；钱宰才算没有倒霉。吏部尚书吴琳告老还乡；已是无所作为；但朱元璋还是不放心；常派锦衣卫去监视他。一天；一个特务向田间插秧的一个老农夫问讯道：这里可有个退了休的吴尚书吗？那老人措手答道：我吴琳便是。朱元璋得到了这一消息；知道吴琳并无异志；十分高兴；奖赏了吴琳。
学士宋濂是著名的学者；对朱元璋可谓赤胆忠心；但朱元璋还不放心；经常派特务监视。一天；宋濂在家请客；特务竟把赴宴人等乃至菜肴全都列单汇报给了朱元璋；第二天上朝；朱元璋问宋濂请客及菜肴的情况；宋濂把所请客人和菜肴情况一一据实回答；朱元璋听后十分满意地说：宋学士所说皆实；没有骗我！国子监祭酒宋讷有一天在家生闷气；监视他的人认为有可能是对皇上不满；就偷偷地把他生气的样子画了下来；交给了朱元璋；第二天上朝时；朱元璋问他何故生气；宋讷做了解释；朱元璋知道他生闷气与朝事无关；才不追究。宋讷非常奇怪