。有鉴于此；洪武三年（1370）他就作了封藩的安排；即把各个儿子封到各地当藩王。他为了不使天下人感到他私心太重；在封藩前还特意作了一番表白：
天下之；必建藩屏；上卫国家；下安生民。今诸子既长。宜各有爵封；分镇诸国。朕非私其亲；乃遵古先哲王之制；为久安长治之计。
封诸子为王的这件事也就定下来了。按照明制；皇子封为亲王都授予金册金宝；年食禄米万石。其护卫少者三千人；多者至万九千人。但这只是就一般情况而言；像北边防御蒙古的几个藩王；所统兵上都超过此数。例如在宁的宁王带甲八万；革车六千。这些藩王的府第、服饰和车旗等；下天子一等；公侯臣见了他们都要伏而拜谒。
藩王的嫡长子立为世子；即藩王的未来接班人；10岁时就授予金册金宝。其他诸子则授予涂金的银册银宝；封为郡王。以后各世子孙都有封爵；自六世孙以下都封为奉国尉。他们生的时候要向宗人府请名；年龄了要请婚。但他们不能从事士农工商之类的行当；只是坐糜俸禄。明期以后；皇室成员的俸禄成了国家沉重的包袱。
本来朱元璋把自己的子侄分到各处；称作亲王；目的是为了监视各地带兵将军的动静；以防他们叛乱。藩王虽没有行政权；但有军事权。朝廷调地方军队；地方守镇官还要得到当地藩王令旨后才能调动。遇有战事；即使元勋宿将也要听藩王节制。当燕王朱棣率军征讨乃儿不花时；像傅友德那样的将也要受他调遣。这样；许多藩王就拥有了重兵。朱元璋感到他这套制度比以往历代都严密；明江山可以长治久安了。但他万万没有想到；他刚死；就爆发了朱棣与建文皇帝争夺皇位的靖难之役。
对这种分封的弊端；一些有远见的臣早就看出来了；只是很少有人敢公开说。著名的文士解缙率直敢言；他数上封事；所言分封势重；万一不幸；必有厉长、吴潞濞之虞。说得最直率的概就是那个平遥县的训导叶伯巨了。洪武九年（137）；叶伯巨上书言事；说明太祖太过者三；第一条就是分封太侈：；诸王各有分地；盖惩宋、元孤立；宗室不竞之弊。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国；无不连邑数十；城廓宫室亚于天子之都；优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后；尾不掉；然则削其地而夺之权；则必生觖望；甚者缘间而起；防之无及矣。议者曰；诸王皆天子骨肉；分地虽广；立法虽侈；岂有抗衡之理？臣窃以为不然。何不现于汉、晋之事乎？孝景；高帝之孙也；七国诸王；皆景帝之同祖父兄弟子孙也；一削其地；则遽构兵西向。晋之诸王；皆武帝亲子孙也；易世之后；迭相攻伐；遂成刘、石之患。由此言之；分封逾制；祸患立生；援古证今；昭昭然矣。
朱元璋见疏怒；认为这是离间他们一家骨肉；要亲手射杀他。叶伯巨终于为此事死在狱。不幸的是；叶伯巨所言果然成了事实。
洪武十三年（1380）春天；朱棣从凤阳回到南京；受命就藩北平。这时的燕王已是21岁的英俊青年。他没有留恋风光旖旎的南国春色、而毅然甘冒雪花如席的北国风寒。他出发了；率领着数千护卫；浩浩荡荡地奔赴北平；满怀着信心和对未来生活的憧憬。他知道；这是他一生道路上的一个新的起点。
他的府邸就是元朝的旧宫；其规制如同天子。按照规定；藩王的府邸亚天子一等；其他诸王都是如此。为了这件事；朱元璋还曾特地告谕诸王；要他们不要与燕王攀比；因燕王府邸是元朝旧宫；不需要新建；他们新建的府邸则都要按规定办事。不难看出；朱元璋对燕王寄望殊深。
北平是元朝都城；位置险要；燕王的二哥和三哥分别就藩西安和太原；就藩时间还早于燕王两年；都没让他们去北平；而是把北平留给了燕王；其似乎有深意存焉。本来在朱元璋的众多儿子；只有朱棣为人沉鸷老辣；很像朱元璋。他身材魁梧；天资聪颖；武艺高强；智勇有略；能推诚任人；在镇守边关、打击残元势力方面立了功。朱元璋将朱棣分封在北京；就是希望自己的儿子能代替功臣宿将掌握兵权；从而使明朝的政权更加稳固。
不过；朱棣也是朱元璋最担心的人。据说；朱元璋曾和众多王公臣一起登上南京城外的紫金山俯瞰皇宫；在一片赞誉声；朱元璋龙颜悦。这时年少的朱棣却口无遮拦；一语道破天机：紫金山上架个炮；就能炮轰紫禁城！朱元璋惊；心里顿时后悔不已；以至后来他又命令修建更为广的外城；把包括紫金山在内的一些重要地方围起来以加强防御。从这件事上；朱元璋看出朱棣将来很有可能是皇太子的最威胁。
太子朱标从就受到了良好的教育；为人好学勤政；宽厚仁慈；非常适合做个宽仁皇帝。可惜；洪武二十五年四月；朱标不幸英年早逝；年仅38岁。朱元璋伤心之余；竟一时找不到合适的继承人选。这时有人推荐朱元璋最倚重的朱棣作为皇储。朱元璋同意了；但许多臣表示反对；理由有二：一是如立朱棣为太子；对朱棣的兄弟则无法交待；一是不合正统习惯。朱元璋经过再三考虑；终于决定立朱标之子皇孙朱允炆为继承人；为此；朱棣一直耿耿于怀。
朱棣在就藩燕京以前；朱元璋还为他完了婚；妻子就是明王朝第一功臣山王徐达的长女。朱元璋听说她贞静；好读书；被人称为女诸生；就把徐达找来说：你我是布衣之交。古代君臣相契的常结为婚姻；你的长女就嫁给我的四子朱棣吧。徐达自然是满口答应。徐氏于洪武九年（1376）被册封为燕王妃；第二年就成了亲。这时朱棣18岁；徐妃16岁。就是这位看来贤淑贞静的徐妃；后来成了朱棣夺天下、治天下的得力内助。这种婚姻实质上是一种政治行为；在这点上其他诸子也是比不上的。这对朱棣以后的发展都是很重要的因素。
朱棣进入北京的时候；当时元朝的势力虽然已经被赶到了草原上；但还具有相当强的军事实力；并不断骚扰明朝的北部边境。因此北京并不安宁；它是作为一个军事重镇而存在的。
另一方面；朱棣入住北京的时候；元朝灭亡不久；皇宫尽管已经烧毁了；但当年世界之都的繁华还在。在这个国际都市生活了20年；朱棣的胸襟与气魄更像一百多年前入主原的蒙古汗。蒙古汗残酷勇敢；富有世界野心；他们的帝国不仅是汉语的故乡原；还包括了世界上所有有人居住的地方。可以说是北京成就了朱棣。
1390年对蒙古乃儿不花的初战告捷；使他树立了威名；成为通往皇权宝座的良好开端。这一年元旦刚过；朱棣就接到太祖朱元璋的命令；让他和晋王分别统帅兵马合击蒙元丞相咬住和平章乃儿不花。而立之年的朱棣异常兴奋；因为这是他第一次经历如此规模的仗。素有野心的朱棣知道；这是他磨练的好时机；也是展现自己的一次难得的机会；因此精心准备；志在必得。
朱棣首先派出几股哨兵四出侦查；摸清了乃儿不花的确切位置。时值三月；没想到天不作美；竟然下起了雪；气温也随之下降。有些人请求燕王停止行军；暂避风雪。朱棣却有另一番见解；认为这正是出奇制胜的好时机；因此军冒雪而进。当军出现在乃儿不花面前时；他十分惊讶；毫无准备。朱棣没有贸然进攻；而是派已降明的乃儿不花旧交观童前去劝降。乃儿不花知道无法抵抗；只好前往朱棣军请降。朱棣摆酒设宴；对他非常热情；令乃儿不花很感动；遂主动要求前去劝降咬住。就这样；朱棣第一次规模出征就兵不血刃地获全胜。而另一路的晋王生性怯懦；不敢深入蒙古腹地；结果一无所获；倒是陪衬出燕王的智勇双全。朱元璋非常高兴；赏赐宝钞100万锭；对他更加信赖。这次胜利；令朱棣声名鹊起；也是他在政治舞台上的完美亮相。
朱元璋死后；朱允炆继了皇位；改元建文。这位年轻的皇帝和他的父亲一样抱着以仁治国之心治理天下。建文初年；社会稳定；政治开明；百姓称颂；洪武时期的高压政策被结束；阴深恐怖的南京宫殿一下变得光明起来。不过建文帝朱允炆更适合作一个文人；由于他在残酷的政治斗争上优柔寡断；历史无情地剥夺了他做个太平天子的想法。
由于建文帝年龄既；又生性仁慈懦弱；他的叔叔们各霸一方；并不把他看在眼里。这样一来；建文帝的皇权受到了严重的威胁；在一些臣的鼓动之下；建文帝开始削藩。在削藩的过程；杀了许多亲王；其当然也有冤杀者；燕王朱棣听了；十分着急。好在燕王朱棣封在燕地；离当时的都城金陵很远；又兼地广兵多；一时尚可无虞。
僧人道衍是朱棣的谋士；他对朱棣说：我一见殿下；便知当为天子。相士袁珙也对朱棣说：殿下已年近四十了；一过四十；长须过脐；必为天子；如有不准；愿剜双目。在这些人的怂恿下；朱棣便积极操练兵马。
道衍惟恐练兵走漏消息；就在殿挖了一个地道；通往后苑；修筑地下室；围绕重墙；在内督造兵器；又在墙外的室养了无数的鹅鸭；日夕鸣叫；声浪如潮；以不使外人听到里面的声音。但消息还是走漏了出去；不久就传到朝廷；臣齐泰、黄子澄两人十分重视此事；黄子澄主张立即讨燕；齐泰以为应先密布兵马；翦除党羽；然后再兴兵讨之。
建文帝听从了齐泰的建议；便命工部侍郎张籨为北平布政使；都指挥谢贵、张信；掌北平都司事；又命都督宋忠屯兵开平；再命其他各路兵马守山海关、保卫金陵。部署已定；建文帝便又分封诸王。朱棣知道建文帝已对他十分怀疑；为了打消他的疑忌；便派自己的三个儿子高炽、高煦、高燧前往金陵；祭奠太祖朱元璋；建文帝正在疑惑不定；忽报三人前来；就立即召见；言谈之下；建文帝觉得除朱高煦有骄矜之色外；其他两人执礼甚恭；便稍稍安心。等祭奠完了朱元璋；建文帝便想把这三人留下；作为人质。正在迟疑不觉之际；朱棣早已料到这一着；飞马来报；说朱棣病危；要三子速归。建文帝无奈；只得放三人归去。魏国公徐辉祖听说了；连忙来见；要建文帝留下朱高煦。原来；徐辉祖是徐达之子；是朱棣三子的亲舅舅。他对建文帝说：臣的三个外甥之；惟有高煦最为勇悍无赖；不但不忠；还将叛父；他日必为后患；不如留在京；以免日后胡行。建文帝仍迟疑不决；再问别的人；别人都替朱高煦担保；于是；建文帝决定放行。朱高煦深恐建文帝后悔；临行时偷了徐辉祖的一匹名马；加鞭而去。一路上杀了许多驿丞官吏；返见朱棣。朱棣见高煦归来；十分高兴；对他们说：我们父子四人今又重逢；真是天助我也！
过了几天；建文帝降旨；对朱高煦沿路杀人痛加斥责；责令朱棣拿问；朱棣当然置之不理。又过了几天；朱棣的得力校尉于谅、周铎两人被建文帝派来监视朱棣的北平都司事谢贵等人设计骗去；送往京师处斩了。两人被斩以后；建文帝又发朝旨；严厉责备朱棣；说朱棣私练兵马；图谋不轨。朱棣见事已紧迫；起事的准备又未就绪；就想出了一条缓兵之计：装疯。
朱棣披散着头发；在街道上奔跑发狂；喊叫；不知所云。有时在街头上夺取别人的食物；狼吞虎咽；有时又昏昏沉沉地躺在街边的沟渠之；数日不起。
谢贵等人听说朱棣病了；就前往探视。当时正值盛夏时节；烈日炎炎；酷热难耐；但见燕王府内摆着一座火炉；烈火熊熊；朱棣坐在旁边；身穿羊羔皮袄；还冻得瑟瑟发抖；连声呼冷。两人与他交谈时；朱棣更是满口胡言；让人不知所云。谢贵等人见状；就告辞了。
谢贵把这些情况暗暗地报告给了朝廷；建文帝有些相信；便不再成天琢磨着该怎样对付燕国了。但朱棣的长史葛诚与张、谢二人关系极好；告诉他们燕王是诈疯；要心在意；谢贵二人还不相信。过了许久；燕王派一个叫邓庸的百户到朝廷去汇报一些事情；臣齐泰便把他抓了起来；严加拷问；邓庸熬不住酷刑；就把朱棣谋反的事从头至尾说了一遍；建文帝知道后惊；便立即发符遣使；去逮捕燕王的官吏；并密令谢贵等人设法图燕；再命原为朱棣亲信的北平都指挥张信设法逮捕朱棣。
张信犹豫不决；回家告诉母亲；母亲说：万万不可；我听说燕王应当据有天下；王者不死；难道是你一人所能逮捕的吗？张信便不再想法逮捕朱棣；可朝廷的密旨又到了；催他行事；张信举棋不定；就来见朱棣；想看个究竟。
但朱棣托病不见；三请三辞；张信无奈；就便服前往；说有密事求见；朱棣才召见了他。进了燕王府；但见朱棣躺在床上；他就拜倒在床下。朱棣以手指口；荷荷而言；不知所云。张信便说：殿下不必如此；有事尽可以告诉我。朱棣问道：你说什么？张信说：臣有心归服殿下；殿下却瞒着我；令臣不解。我实话告诉你；朝廷密旨让我逮你入京；如果你确实有病；我就把你逮送入京；皇上也不会把你怎么样；如果你是无病装病；还要极早打算。
朱棣听了此话；猛然起床下拜道：恩张恩张！生我一家；全仗足下。张信见朱棣果然是装病；喜过望；便密与商议。朱棣又召来道衍王拱等人；一同谋划；觉得事不宜迟；可以起事了。这时；天忽然刮起了风；下起了暴雨；殿檐上的一片瓦被吹落下来；朱棣显得很不高兴。道衍进言说：这是上天示瑞；殿下为何不高兴呢？朱棣谩骂道：秃奴纯系胡说；疾风暴雨；还说是祥瑞吗？道衍笑道：飞龙在天；哪得不有风雨？檐瓦交堕；就是将易黄屋的预兆；为什么说不祥呢？朱棣听了；转怒为喜。于是；朱棣设计杀死了张、谢两人；冲散了指挥使彭二的军马；安定了北平城；以清君侧、诛奸臣为名；自称奉天靖难；公然造反了。
宋忠将兵3万；驻军开平；是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后；宋忠未敢贸然进军；而是移军怀来。朱棣控制了北京城；招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜；攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破；守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气；谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后；特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看到家人没有死；恼怒宋忠欺骗他们；就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚乱；燕王趁机麾军过河；直扑过来。宋忠由是败；逃回城内；结果城破被捉于厕所内。
怀来击败宋忠；是朱棣起兵后第一次规模的战斗。这次战斗；斩首数千人；缴获战马八千余匹和量的军械。更为重要的是；怀来之战解除了北平周围的军事威胁；提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云、永平等处守军纷纷投降；壮了朱棣的力量。
八月；建文帝命老将耿炳文率兵13万征讨燕王。由于朱元璋几次借