随后；螯拜还勾结同党诬告苏克萨哈犯了罪；奏请康熙帝把苏克萨哈凌迟处死。康熙帝认为他无罪；不肯批准；鳌拜就在朝堂上跟康熙帝争了起来；康熙仍是不许；鳌拜竟捋起衣袖；拔出拳头；吵嚷；上前要打康熙。康熙帝非常生气；但是一想鳌拜势力不；只好暂时忍耐；由他把苏克萨哈杀了。
这样；朝廷之上就只有鳌拜一党了。他把持了朝廷权以后；独断专横；肆捕杀异己。
1667年；康熙十四岁；按照当时的规定；他可以亲政（即亲自处理政事）了；但有鳌拜专权；他无论如何是亲不了政的。面对这种内忧外困的局面；康熙如果想开创一个太平兴盛的朝代；必然要有非凡的谋略和气魄。少年康熙表现出不同于一般人的胆识。首先；他决定除掉鳌拜；掌握实权；然后再作他图。康熙除掉鳌拜的方式极具少年的心性特点。当时；鳌拜掌握军权；如果直接下令捉拿；必定会引起叛乱；那样不仅鳌拜捉拿不到；连康熙自己也将危险；朝的正直臣；甚至太后都对此一筹莫展。一次；鳌拜称病不朝；康熙亲自去看望他；鳌拜躺在床上；卫士见他的神色有异；急忙向前检查；揭开被子；发现鳌拜的身下藏着一把极其锋利的匕首；鳌拜当时极为紧张；卫士也不知如何处置；康熙却突然插话道：随身携刀是满族人的风俗；不必惊怪。康熙在不动声色之稳住了鳌拜。
明捉不行；那么用什么办法才好呢？康熙终于想出一计；并且不动声色地干了起来。满族人喜欢布库（摔跤）；康熙就挑选了一些身体强壮的贵族少年子弟；到宫练习摔跤；练了一年有余；技艺为长进；康熙也不时到摔跤房去练习；居然也窥得了门径。宫廷的王公臣以及后妃太监尽知此事；但都觉得是少年心性；十分自然；没有任何人怀疑康熙有什么其他的动机。就连螯拜也是如此。他经常进宫去；看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤；只当是孩子们闹着玩；一点也不在意。在不知不觉之；康熙的这支娃娃兵就练好了。
在这期间；康熙还依照国传统的将欲夺之；必先与之的做法；连连给鳌拜升官；鳌拜父子先后被升为一等公和二等公；再先后加上太师和少师的封号。不仅稳住了鳌拜；还使他放松了戒备。
在康熙十六岁那一年；一切终于准备就绪了；他先把娃娃兵布置在书房内。有一天；鳌拜接到康熙帝命令；要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样模样进宫去。刚跨进内宫的门槛；忽然一群少年拥了上来；围住了鳌拜；有的拧胳膊；有的拖腿；登时把鳌拜掀翻在地；死命按住。鳌拜虽然是武将出身；力气也。可是这些少年人多；又都是练过摔跤的；鳌拜敌不过他们；一下子就被打翻在地。任凭他声叫喊；也没有人搭救他。康熙又让娃娃兵把鳌拜捆绑牢靠；投入了监狱。
这群娃娃兵做完了一件事；鳌拜尚且蒙在鼓；还以为是皇帝爱胡闹；让他们捉鳌拜较量功夫呢？也只有这样；才能守得住秘密；否则；鳌拜的耳目极其众多；只怕要出师未捷身先死了！
在捉住鳌拜之后；康熙立即宣布了他的十三罪状；并组织人审判鳌拜；把鳌拜集团的首恶分子也一网打尽。臣们认为；鳌拜专横跋扈；擅杀无辜；罪行累累；应该处死。但康熙帝对鳌拜做出宽处理；免于处死；终身监禁；对遏必隆仅革太师；后还公爵。不久；鳌拜死于狱。
这样处理；不仅一举清除鳌拜及其同党；而且稳住了镶黄旗。当时；康熙帝年仅14岁；而部署周密；沉着机智；处理得当；不失分寸；初露其胸怀谋略、临机果决的政治家风范。
此后；康熙又为受鳌拜迫害和打击的人平反昭雪；发还了被鳌拜霸占的民田；又限制了奴仆制度；改革了政府机构。康熙真是三年不鸣；一鸣惊人；他这些雷厉风行的重举措；使得一些反应慢的臣简直有目瞪口呆之感；但他们很快就缓过神来；觉得康熙实在是一位英明的君主。群臣都不敢再把他当孩子对待了；康熙也从此集了权力；建立了威信。
康熙在从七岁到十六岁这段时间虽然因鳌拜专权而备受牵制和压抑；但他的少年生活基本上还是自由和正常的。也许是满族人刚刚入关的缘故；他们还没有汉人皇族那样严格的礼教观念；也不按汉人那样严格地照规矩去生活；所以；康熙在少年时代还可以像一般人家的子弟一样在身心两方面得到较为正常的发展；而不像以前的许多皇帝在童年、少年时代就造成了有一定畸形倾向的性格。
据说；努尔哈赤及其许多儿子都目不识丁；只有第八子皇太极略通文墨；可见；满族人重武轻文；到康熙这一代；仍无多少礼教观念。然而；康熙毕竟生活在汉人地区；汉族的文化开始渗透到满族的贵族之；再加上满族人从皇太极开始就十分重视汉族的文化；因此；康熙自幼年起就开始量接触国的文化典籍了。
况且康熙本人也是一个爱读书、爱思考的人；对于国传统文化的学习；他是发自内心；是主动的；而不是像前代的许多皇帝那样成天被人谆谆教诲被动地接受的；因此；康熙的努力学习；并未对他健全的性格产生不良的影响；相反；增长了他的见识；开阔了他的视野；他是一个真正善于读书而又能用书的人；甚至可以这样说；康熙之所以成为一位英明的君主；其根本原因就在于他能活学活用国的传统文化。
在铲除鳌拜之后；康熙又面临着一个十分棘手的问题历法之争。
在顺治时期；西方的传教士就进入了国；汤若望等一批人还受到了特殊的优待。在这一时期；汤若望用西方较为先进的算法推算出了一部天文历法；顺治把他封为通玄法师；并任钦天监监正（国家天文台台长）。这套历法在当时是较为准确的；但有一个叫杨光先的人投靠鳌拜；上书清廷；说汤若望在《时宪历》的封面上印上了依西洋新法字样；是要清朝屈服西方；是阴行邪教；如果废了黄帝以来的国天文历法；那就要把尧舜以来的礼仪制度都要废掉。杨光先的理论在今天看来十分荒唐可笑；不会有人理他；但在当时却是一种很厉害的理论。在鳌拜的支持下；杨光先出任钦天监监正；朝廷的许多臣也都主张废除洋法；用国的旧历法。礼部、刑部还做出了决定；杀了一批主张用洋历法的臣。亏了太后的保护；汤若望才免于一死。但从此朝廷形成了两个历法派。
康熙本人对历法了无研究；不能做出决断；但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后；康熙想实事求是地解决这一问题。于是；他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法；一边自己刻苦学习；了解了历法的概。
经过研究和使用；杨光先的历法屡屡出错；因此；康熙废了旧历法；推行新历法；并以实事求是的态度来同臣们讲明道理；较好地解决了新旧历法之争；也显示出了康熙认真求实的态度；为他进一步赢得了威信；。
康熙帝亲自执政后；力整顿朝政；奖励生产；惩办贪污；使新建立的清王朝渐渐强盛起来。当时；南明政权虽然已经灭亡。但是南方有三个藩王却叫康熙帝十分担心。
这三个藩王本来是投降清朝的明军将领；一个是引清兵进关的吴三桂；另两个是尚可喜和耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明；镇压农民军；清王朝认为他们有功；封吴三桂为平西王；驻防云南、贵州；尚可喜为平南王；驻防广东；耿仲明为靖南王；驻防福建；合起来叫做三藩。
三藩占据要地；拥兵自重；成为清初的三个地方割据势力；其以吴三桂实力最强；骄横不法。从顺治朝开始；军费开支浩；每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例；国家正赋收入银875万两；而云南一省就要支出银900多万两；竭全国之财力；尚不足一藩之需求。到了康熙初年；财政困难局面仍旧未见好转。国家钱粮；半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里；设立税卡；私行铸钱；圈占土地；掠卖人口。吴三桂还自行选派官员；称为西选；根本不把清朝廷放在眼里。
康熙帝知道要统一政令；三藩是很的障碍。因此；他的态度极为明确；那就是坚决削藩；不能姑息养奸。不过；康熙也有自己的打算；他想；叛乱晚发生一天；就对自己有利一分；因为从年龄上讲；自己会一天天地长；而吴三桂会一天天地老下去；自己会准备得越来越充分；而吴三桂则只会越来越不得人心。
正好康熙十二年（1673年）；尚可喜年老多病；把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后；残忍好杀而又多行不义；尚可喜受不了其子的挟持；便上书请求撤藩；要求告老还乡；并让其子袭爵。康熙帝批准尚可喜告老；但是不让他儿子接替平南王爵位。
当时；吴三桂的儿子吴应熊在北京；听到这一消息后；立即飞马报告了云南的吴三桂；吴三桂又告知了福建的耿精忠（耿仲明的孙子）；两人均感惊慌；因为他们害怕撤藩。在幕僚的劝说之下；吴三桂与耿精忠均于这年的十月上书；请求撤藩；说了一些仰恳皇仁；撤回安藩之类的话；其实际用意是在试探朝廷的态度；这一点；清廷臣们一眼就看出来了。
这些奏章送到朝廷；康熙帝召集朝臣商议。许多巨认为吴三桂他们要求撤藩是假的；如果批准他们的请求；吴三桂一定会造反。围绕着是否撤藩这一问题；清廷展开了激烈的争论。绝多数臣找出种种理由来推搪；认为不可撤藩；其实只有一个原因；就是害怕吴三桂等人造反。只有兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等几个臣主张撤藩。几次讨论；都未取得共识。这时；康熙力排众议；十分决断地指出：三藩久握重兵；蓄谋已久；撤藩；他们要反；不撤；他们迟早也要反。与其晚撤；不如早撤。只是一边撤藩；一边准备应战罢了。于是；康熙派出使者；催促三藩快撤。这一年；康熙十九岁。
诏令一下；吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣；现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权；就非反不可了。
1673年；吴三桂在云南起兵；自称天下都招讨兵马元帅。为了笼络民心；他脱下清朝王爵的穿戴；换上明朝将军的盔甲；在永历帝的墓前假惺惺地痛哭一番；说是要替明王朝报仇雪恨。但是；人们都记得很清楚；把清兵请进原来的是吴三桂；最后杀死永历帝的；还是吴三桂。现在他居然打起恢复明朝的旗号来；还能欺骗谁呢？
叛乱的形势正如康熙当初估计的一样；吴三桂在西南一带势力；一开始；叛军打得很顺利；一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系；约他们一起叛变。这两个藩王有吴三桂撑腰；也反了。历史上把这件事称做三藩之乱。
一石激起千层浪。三藩一乱；东南西北；在在鼎沸；京城里有杨起隆举事；察哈尔有阿尔尼叛乱；四川、广西一带的文、武官员也附合响应；半个国都燃起了叛乱的战火。而且；先后发生京师地震、太和殿火灾；康熙帝爱后赫舍里氏也崩逝。朝里与朝外；外叛与内变；雷火与地震；天灾与人祸；连连击到年轻的康熙皇帝身上。一时间人心惶惶；京师不少官员甚至把家眷送归江南乡里。
青年天子玄烨在危急时刻；持心坚定；气静不慌。原来主张不可撤藩的学士索额图、户部侍郎魏象枢等；提出要处斩建议撤藩的臣。康熙帝义正词严：撤藩出自朕意；他们何罪之有？这就坚定了主张平叛的臣的决心。他下诏削夺吴三桂的官爵；公布其罪状。不久又将留居京师的吴三桂之子应熊、孙世霖等逮捕处死。这样；朝廷官员知道；朝廷再也没有退路；只有同吴三桂等叛军决一死战；清廷因此统一了思想；坚定了信念。
消息传到吴军；吴三桂正在吃饭；闻讯惊。后西藏五世达赖喇嘛为吴三桂说情；请求朝廷裂土罢兵；遭到康熙帝的坚决驳斥。他为了安定惊恐的军心、慌乱的民心；每天游景山；观骑射；以示胸有成竹。有人进行讽谏；康熙置若罔闻。事后他说：当时我要是表现出一丝惊恐来；就会人心动摇；说不定会出现意外的情况！他的坚定决心和平静心态；对于稳定局和安定人心；起了很的作用。
吴三桂开始打了一些胜仗；但康熙帝并没有被吓倒；而是首先确定正确策略；认为三藩之乱以吴三桂为首；其余多是胁从；若能击败吴三桂；其余叛军不难攻破或是收服。于是一面调兵遣将；集兵力讨伐吴二桂；一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号；把他们稳住。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利；又投降了。因此；清兵越来越多；越打越强；吴三桂的力量渐渐削弱；被分化瓦解；困在了湖南；处境十分孤立。
1678年；康熙收复了浏阳等湘地的许多城池；吴三桂知形势不好；想赶快过一过皇帝瘾；就马上撕下复明的假面具；于三月二十三日在衡山祭天；自称皇帝；改元昭武；改衡州为定天府。
同年八月；吴三桂连悔带恨；生了一场病断气身亡。随后；其孙吴世Ъ次唬煌司菰颇稀�1681年；清军分三路攻进云南昆明；吴世Х咀陨保黄渫仿桓钕滤屯┏牵晃馊鸨痪蚍卣酃恰９⒕摇⑸锌尚诺热艘苍缫驯簧保淮ㄉ碌鹊匾惨哑蕉āＵ庋宦伊税四曛茫徽厶诹耸喔鍪》莸娜抑沼诒怀沟灼蕉恕�
群臣请上尊号；康熙帝严辞拒绝。他认为；八年战火；生民涂炭；应该务实；切戒虚名。
在平乱之；康熙的英勇睿智表现在三个方面：一是坚决平叛；临乱不惊；二是方针正确；先攻吴三桂；分化收服其余；三是调兵遣将；指挥得当。平叛过后；这位少年天子已经二十八岁了；到这时；他已是一位成熟的政治家了。
随后；他开始着手统一台湾。明天启四年（1624年）；荷兰人侵占台湾。1661年；民族英雄郑成功从荷兰人手成功收复台湾后不久病逝。其子郑经继位；继续治理台湾；与陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成；便下决心武力解决台湾问题。
1681年郑经突然病故；他的儿子郑克塽继任王位；台湾内部发生内讧；康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将；后来背郑降清。1663年；康熙帝曾命其出任福建水师提督；征讨台湾。他两次出海；均遇台风；无功而返。朝内一些臣对他产生怀疑；但康熙帝力排众议；仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战捷；台湾收归清朝。
康熙设台湾府；隶属于福建。台湾府下设三县台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义）；派总兵官一员、率官兵八千；驻防台湾。从而加强了央对台湾的管辖；促进了台湾经济文化的发展。
清王朝�