刘裕的部将朱龄石所统率的军队是在山东招募的一千多鲜卑骑兵，这些兵全部手使长矛，战马上蒙着虎皮（哎呀呀，这得杀死多少老虎啊），是敌我双方惟一的一支骑兵。接到进攻的命令后就大举冲杀出来，叛军大都使用短刀盾牌，很多人都是从来没见过鲜卑人，被这支精锐部队一冲，就给杀得大败，卢循军无力再攻，急忙退守战舰。
双方一相持，卢循的十几万叛军很快就没粮食了，他们本来就是一帮靠掠夺为生的流寇，一旦吃败仗，就要饿肚子。卢循带着兵四处抢掠，却发现没有马抢劫都很困难。只好下令撤回鄱阳湖，建康之围终于被解开了。
卢循本来还打算顺长江而下进攻荆州，却被荆州刺史刘道规和天门太守檀道济击败，不得已又退守鄱阳湖。半年后刘裕休整完毕，带领大军追击卢循，双方在雷池（今鄱阳湖以东）展开决战。卢循军看见刘裕来了竟然不敢越雷池一步（这可能就是“不敢越雷池一步”这句俗语的出处吧），刘裕趁敌人不敢进攻之际，派快船到上游放火，卢循军再次大败，只好放弃战船逃回广州，半路上得知广州已被刘裕派人偷袭攻破，卢循无处可逃，在交州（今广西柳州一带）被土著军伏击，战船为交州军的特殊兵器雉尾炬所袭，卢循最终战死。自此，影响东晋十多年的孙恩、卢循起义，才算基本平定。
铲除了卢循这个心腹大患，刘裕位极人臣，被封为大将军（肯定又是自封的）。不久，刘裕又处死了可能危及自己权势的刘毅（何无忌幸好已经战死了，否则他也免不了鸟尽弓藏、兔死狗烹的下场），成为东晋的政治寡头。收复失地就成了他下一步的首要目标。
收复了山东，下一个目标自然就指向了丢了没多久的西蜀。但四川距建康实在太远，刘裕刚刚平定了内乱，自己亲征又担心后方有变。由于小将军朱龄石和叛军作战有功，被任命为益州刺史，刘裕就把收复四川的重任交给了他，并制订了详细的作战方案，还给了他一个锦囊，叫他到了白帝城再打开看。
西蜀国王谯纵因为上回东晋刘敬宣前来进攻时在黄虎被击败，这回也不很是担心，就派弟弟谯道福带主力把守黄虎，自己在成都继续寻欢作乐。
朱龄石领兵两万到了白帝城，打开锦囊一看，是让他带主力沿岷江乘快船进攻成都，并分兵一部沿沱江进攻广汉，留下运输队带领辎重进攻黄虎。朱龄石一看西蜀军主力都在黄虎，连忙按照锦囊上说的办，那时候重庆和成都之间可没有高速公路，路并不好走，西蜀守军还来不及去成都通报就眼睁睁地看着东晋的一艘艘战船扬长而去。
晋军走到离成都只有二百里的地方时，谯纵才知道，他急忙派军队去拦阻。西蜀军还没摆好阵势朱龄石就攻破了谯纵的防线，谯纵只好放弃成都逃跑，半路上碰到了领兵回援的谯道福。谯道福一看国王竟然如此落魄，不由得气不打一处来，大骂道：“大丈夫有如此的功业，却要放弃它，到底能跑到到哪里去呢？自古人生谁无死？有什么可怕的？”就拔出剑来朝谯纵掷了过去，正中谯纵的马鞍，谯纵赶紧继续狼狈逃跑。在半路上他越想越觉得自己实在是窝囊，就找了个没人的地儿上吊自杀。历时八年的西蜀至此灭亡。
谯道福还妄想翻本，就对部下说：“蜀国是否存亡全部系在你我身上，不在谯王那里。我们主力还在，还能和晋军决一死战，希望大家齐心协力！”
众军士一齐鼓噪表示同意，士气顿时高涨，谯道福就把所有的金银财宝都分给部下，众人饱餐一顿早早歇息，准备明天一早袭击晋军大营。
第二天早晨谯道福起床后，推开门一看，西蜀大营已经变作一片空地。原来士兵们趁他熟睡之际，大家急忙分光固定资产然后散伙跑了，扔下了谯道福这个光杆司令。谯道福慢慢明白过来后，只好也收拾收拾走人，半路上他被流民活捉，献给朱龄石斩首。
南燕和西蜀被刘裕顺利光复后，他们的宗主国后秦可坐不住了，要知道刘裕当年可是恶狠狠地发下了要荡平后秦的重誓的。
如今的后秦已经没法和老奸巨滑的姚苌在位时以及姚兴征讨后凉那时候相比了，现在的后秦早已是外强中干。
姚兴晚年昏庸，又对儿子姚弼特别宠幸，任命他当尚书兼大将军，结果姚弼是屡战屡败。别看姚弼打仗不行，搬弄起是非来倒是个行家里手。后秦左将军姚文宗向姚兴建议废除姚弼的兵权，姚弼就偷偷地在姚兴面前猛讲姚文宗的坏话，姚兴一生气就将姚文宗斩了。结果大臣们看见姚弼就躲着走。
姚兴这么宠姚弼，却将另一个儿子姚泓立为太子，这就给后姚兴时代留下了隐患。不久姚兴病重，姚弼就纠集了几千亲信准备作乱，但姚弼太没本事，还没起事就走漏了风声，搞得长安路人皆知。姚兴在外镇守的几个儿子姚懿、姚洸、姚湛等急忙回到长安通知姚兴提防着姚弼。所幸姚兴的病情突然好转，姚弼的政变阴谋才没有得逞。
姚兴一上朝，大臣们就齐声要求姚兴治姚弼的罪。姚兴见众怒难犯，只好免去姚弼尚的书一职，但没有免去他的大将军职位，这样一来姚弼仍然掌握着后秦的兵权。
五
后秦国主姚兴病入膏肓，但还在苟延残喘，又撑了年把终于有了要一命归西的迹象。姚兴的妹妹南安公主到宫中探望哥哥，出门后被姚兴的儿子姚愔拦住盘问。姚愔缠三磨四地瞎打听把南安公主给搞烦了，她就没好气地说：“主上已经驾崩了，你们看着办吧。”
姚愔一直阿附姚弼，听姑姑说他爹已经死了，赶紧跑去把这利好消息告诉了姚弼。姚弼就命姚愔带领几千家兵半夜去攻打皇宫，宫里的禁军拼死抵抗，姚愔见一时打不下来，就在城墙外四处放火，长安城里救火喊杀的声音混在一起煞是热闹。躺在床上的姚兴耳朵倒没聋，急忙命令侍卫将他扶到城楼上，宣布姚弼为叛贼。形势正危的禁军看到姚兴来了，士气大振，姚愔军则士气大降，家兵纷纷四散。姚愔禁止不住，只好落荒而逃。
姚弼正坐在家里等着姚愔拿下皇宫后来请他登基，他的家丁听到姚兴的诏书后，先上去把姚弼杀了，并把他的脑袋割下来献给姚兴去领赏。姚兴看着儿子姚弼的脑袋，一口气接不上来，终于蹬腿崩了，太子姚泓继位。
姚泓性格文雅，能诗善赋，是个像后世里的南唐李后主（就是写“春花秋月何时了”的那位仁兄）那样的文化人，这在十六国乱世里大约就是废物的代称。而他的一帮弟弟姚宣、姚绍、姚洸、姚懿等等大都随他爷爷姚苌，个个野心勃勃（姚苌的老奸巨滑他们却没一个学出来的）。这些家伙姚泓一个也管不了，为了表明自己的正统地位，姚泓又恢复了帝位，重新当上了皇帝，这更把他的那帮弟弟们逗引得发狂，后秦陷入了重重危机之中。不久刘裕就对危机四伏的后秦发动了攻击。
若干年前，刘裕就发下了必灭后秦的毒誓，只因国内乱事不断才给耽搁了下来。当他得知姚兴的死讯后，就出动全国的精锐对后秦发动了排山倒海的攻击。刘裕派龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济带领步兵乘船经淮河前往洛阳，派朱龄石的哥哥新野太守朱超石、宁朔将军胡籓由南向北杀向阳城（今河南登封），派振武将军沈田子、建威将军傅弘之杀往武关（今陕西商县），派建武将军沈林子、彭城内史刘遵考带领水军由石门沿黄河逆流而上，派冀州刺史王仲德为前部统领，指挥四路大军在洛阳会合。不久，刘裕留下尚书刘穆之在建康镇守，他自己亲率大军前往彭城作为后援，紧跟前军而来。
刘裕这回动用的兵力之强、战线之长实属历年所罕见。姚绍就向姚泓建议说把全部的兵力都集中于长安来防御，这样刘裕远道而来，很容易就能断其后路。而姚懿则认为众武将大都心怀不轨，集结到长安恐怕会引发内战。姚泓也觉得自己没有控制诸亲王的能力，就将部队分散布置开，一部分在安定防御赫连勃勃，一部分在洛阳防御刘裕，自己带领预备队镇守长安，看哪边危急就增援哪边。
没多久东晋大将檀道济就带领精锐长驱直入杀向洛阳，洛阳守将姚洸赶紧向长安告急。姚泓命镇守陕城的姚懿去增援洛阳。姚懿可不愿意给姚洸当炮灰，找出种种借口按兵不动。姚泓只好派了一万三千援军增援洛阳，结果被檀道济杀了个干净。姚洸一看自己敌不过晋军，赶紧缴械投降，东晋四路大军全部顺利抵达洛阳。为了根除后患，参谋们建议檀道济将那些后秦俘虏全部活埋，檀道济说：“今天我们是来讨伐姚家的罪过的，没必要大开杀戒。”下令将四千多俘虏全部放走。
这些俘虏回到长安，就四下宣扬东晋的种种好处，引发了后秦诸亲王们对姚泓的防御方案的不满。不久驻守陕城的姚懿称帝，发兵向北进攻蒲阪和潼关。接着镇守安定防御胡夏赫连勃勃的姚恢也造反了，带领三万八千军队，烧毁大营后由背后直取长安，击败镇西将军姚谌，长安一片混乱。
东晋大军的危机迫在眉睫，后秦的内乱更是火烧眉毛。姚泓承受不了这双重的打击，上朝时和大臣们抱头痛哭。但是眼泪解决不了问题，两下的叛军都要围剿，东晋的进攻还要防御。关键时刻姚绍挺身而出，征发所有的力量，北打姚懿，西攻姚恢，忙活了大半年，才算平定了内乱。后秦的精锐算是全部搭到内战里面去了，再也无力抵抗东晋的攻击。
晋军经过长期的休整，继续进攻后秦。刘裕在同一时间带领水军兵发彭城，留下三儿子刘义隆镇守建康。后秦最后的五万军队在姚绍的带领下死守天险潼关，和东晋大将王镇恶、檀道济、沈林子等展开激烈的拉锯战。双方损失都很大。姚泓自知不是对手，向北魏求援。
北魏皇帝拓跋珪多年前就去世了，由儿子拓跋嗣继位。接到后秦的求援信后，就和大臣们商量对策。大家都认为刘裕靠水军登陆作战进攻潼关天险肯定损失巨大，北魏趁这个时候派出骑兵袭击洛阳，切断晋军的粮道进攻东晋的军队，可以轻易取得胜利，拓跋嗣的心被他们给说动了。
大臣崔浩持了反对意见，他说：“刘裕进攻后秦所做的准备工作已经不是一天两天了。姚兴死后姚泓无能管不好国家，刘裕趁机讨伐是志在必得。如果派军遏其粮道导致刘裕北攻的话，是代人受过了。不如借给他并州通过，助其一臂之力。如果东晋打胜了，则刘裕必定感谢我们，如果刘裕打败了，则很容易就能切断他的退路，更容易取得完胜。” 拓跋嗣对崔浩的这条毒计并不感兴趣，还是派出了部将长孙嵩、阿薄干带领三万骑兵去帮助后秦。不过鉴于崔浩有言在先，拓跋嗣就让北魏军只管骚扰，不要和晋军正面作战。
进攻潼关的王镇恶迁延日久毫无进展，粮食供应逐渐发生了困难，就请求刘裕赶快增援。刘裕就指挥水军押运粮食前往潼关。这时北魏的骑兵刚好赶到黄河北岸，他们紧紧跟着刘裕的船队走，船队往东，他们就往东，船队往西，他们也往西。由于恰逢春天，黄河上刮南风，很多军舰被刮到北岸，魏军就登上船去大肆抢劫。刘裕派军队上岸进攻时，北魏骑兵抹头就跑，等晋军上船后，那些骑兵又靠了上来，就这么不停地骚扰东晋的船队。
刘裕被北魏军骚扰得没脾气，就派大力士丁旿带领七百士兵，一百辆战车登上黄河北岸，沿河摆开一个新月形的阵势，两翼靠着岸边，中间凸向北魏军。布阵完毕后，晋军在大阵的中间树起一根白色羽毛，叫做却月阵。
北魏军中在前头掠阵的阿薄干看不懂晋军要干什么，不敢轻举妄动。一会儿就见那根白羽毛举起来，后面军舰又送来了两千士兵，由朱超石带领，携带一百张大弩固定到战车上。阿薄干看了半天，还是没看出什么道道，就下令三万骑兵突击却月阵。北魏骑兵来势凶猛，两千晋军一齐放箭也抵挡不住，三万骑兵很快就将晋军阵地包围了起来。
想不到晋军还有更厉害的秘密武器。原来朱超石来的时候还携带了一千多条三四尺长的短槊，晋军士兵将这些短朔张在大弩上，用大铁锤一敲，短槊就发射出去，一条短槊射出去后可以穿透三四个人，三万魏军顿时被射死好几千，再加上踩踏而死的，魏军折损了近万人，阿薄干也被乱军踩死。拓跋嗣得知部队战败的消息后，才深深后悔没有听从崔浩的劝告。
消除了北魏军的威胁后，晋军抓紧时间进攻潼关。姚绍屡战屡败，羞愤而死，临死前他将军权转了弟弟姚赞来代理。不久刘裕到达陕县，后秦军纷纷溃败，刘裕派沈田子带领一千多人当作疑兵，占领了青泥（今陕西蓝田）。
为了达到迷惑敌人的目的，沈田子让部下沿路插满旗帜。姚泓集结了数万军队，正准备袭击刘裕所在的陕县，当他看到沈田子的旗帜，就决定先消灭他以免除后顾之忧。沈田子手头只有一千多人，副将傅弘之就建议沈田子固守待援。沈田子说：“取胜之道，在于计谋，不在于士兵的多少。我军主力是步兵，敌人是骑兵，就算逃能逃到哪儿去？不如趁敌人没摸清我军虚实的时候发动进攻，说不定还能打胜呢。”于是沈田子就对手下说：“诸位远道而来，就是为了今日一战，我给大家打包票，过了今天，凡是幸存下来的，都会封侯！”晋军听了沈田子的激励，全部踊跃出击，打了秦军一个措手不及。姚泓带头逃跑，一直逃到了灞上才止步。后秦军被打得大败，晋军光是敌人的首级就缴获了一万多。刘裕本来想拿沈田子当诱饵吸引姚泓，自己从侧面进攻。没想到沈田子居然出奇制胜，刘裕不禁对沈田子大加赞赏，协助他一齐追击后秦的溃军，沈田子的军队缴获的姚泓的龙袍器�