王朝的万般不满，可一旦主子发起善心来让他们得到重用的时候，他们变起脸来比谁都快。秀才造反，三年不成，其实这些秀才们不过是想取代老一辈的士大夫坐上权力的宝座而已，如果上天开眼使得某几位幸运的知识分子当上了士大夫，那么他们绝对不会要求开放仕途使得天下的知识分子都有一个公平的做官机会（那样会会给自己的权力带来潜在地威胁），而是想方设法地压制那些没有挤上权力快车的知识分子，并给自己加上正统的士大夫身份，以隔绝剩下的大多数人接触权力的机会，从而确保自己以及自己的后代尽可能长久地把持国家的权力。所以说依靠知识分子本身是不可能推翻这种门阀世族制度的，只有等外来的力量改变或摧毁它，比如后面出现的孙恩、卢循之乱。
淝水之战获胜后，谢安在大权臣的位置上并没有呆多久，门阀世族指挥下获胜使得东晋朝廷确信越是血统高贵的大臣就越有出众的才能。为了避免谢安像桓温一样对东晋政权产生不必要的威胁，晋孝武帝的弟弟会稽王司马道子被任命为司徒，准备剥夺谢安的权力。领扬江荆司豫徐兗青冀幽并梁益雍凉十五州大都督（好家伙，官名够长的）的谢安被迫离开建康到前线指挥收复故土的作战，不久就生病而死，司马道子成为了东晋的新任大权臣（看看司马道子排挤谢安所使的手段就知道此人愚蠢至极，手握重兵的谢安只要稍微有点异心他司马道子岂能活过一天？而谢安被排挤出建康正是因为害怕他有异心，由此悖论可见司马道子谋事之拙劣）。
前秦帝国解体，谢安病死，东晋可谓内忧外患皆除。晋孝武帝和司马道子哥俩都沉溺于酒色之中，朝政自然开始走下坡路。司马道子权倾朝野，随口封官，连和尚道士戏子盗贼都被派往各地做官。这些官员一上任就竭尽所能地贪污，国家财政很快就供应不上了。几年之后，晋孝武帝因宠妃争风吃醋而被活活闷死，对外宣布为皇帝“暴崩”。司马道子立天下第一白痴皇帝司马德宗为帝，是为安帝。
此时司马道子对治理国政已是彻底厌倦，他任命了两个弄臣王国宝和王绪总揽朝政大权。但这二王却不自量力地觉得军政合一指挥起来才够爽，就异想天开地准备剥夺全国各路外地镇守武将的兵权。东晋的朝政经过司马道子的几年荒废，早就丧失了对外镇武将的控制权，军队无疑是外镇武将的命根子，一听说朝廷要收回兵权他们当然不答应，镇守京口的平北将军王恭首先发兵进攻建康。京口离建康不过百来里一天之内就能到达，司马道子害怕极了，只好处死了王国宝和王绪，向王恭表示屈服。
经历了这场风波后，司马道子认为外姓大臣都不足信，便任命自己十六岁的儿子司马元显为侍中代理自己的职务，这一举措更是授予一些野心家以口实。不久，兖州刺史王恭便联合荆州刺史殷仲堪共同起兵讨伐司马元显。司马元显果然比他爹有能为的多，竟然派间谍说动王恭手下名将刘牢之叛变杀死王恭，并许诺事成之后委任刘牢之全权处理长江以北战区。王恭死后，殷仲堪独木难支，只好怏怏而回，这次叛乱不费一兵一卒就被平息了。
司马元显第一次做大事就取得了圆满成功，其野心顿时迸发出来，他乐观地认为天下诸事不过如此简单而已。一天，他趁老爸司马道子喝醉酒，私自颁发圣旨将司马道子的所有职务一并转到自己名下。司马道子酒醒之后才发现大事不妙。
十六岁的少年司马元显有了兵权，便成了东晋事实上的皇帝。他任意抓捕流民来扩充自己的军队，百姓被他搞得苦不堪言，很快司马元显就聚集了能和荆州殷仲堪、徐州刘牢之相抗衡的兵力。接着荆州刺史殷仲堪的参谋官桓玄又击败殷仲堪，桓玄和他老爹桓温一样的野心勃勃，击败殷仲堪后桓玄马上自立为荆州刺史，盘踞在长江中上游地区，再加上控制长江下游以北的刘牢之和江南的司马元显，东晋事实上已经分裂成为三块，形势发展到这一步大战已是一触即发。
由于东晋残酷的高压统治，百姓无法生存下去，很多人都靠信教来获得精神上的解脱。东晋琅琊人孙泰曾经习练过五斗米道（属道教的一支）。趁这个机会他自称得道，靠作法事和一些希奇古怪的仪式来谋取暴利，就连司马元显父子俩也曾沉湎于此。但不久就有人举报说孙泰意图谋反，于是东晋安全机关立即将孙泰逮捕并斩首示众。
孙泰的侄子孙恩只身逃到舟山岛，他在逃亡的路上到处宣扬孙泰得道成仙，平日飞升，不少百姓都对此深信不疑，纷纷资助孙恩逃亡。孙恩逃到舟山岛后纠集了百余名亡命徒开始反攻大陆。由于他事先的宣传工作很有成效，那些活不下去的流民都来投靠，不出几天孙恩的部队就扩大到了数万人。孙恩就自称征东将军，以会稽为大本营，整个江南地区纷纷响应，乱民过处一片狼藉。司马元显吓得不知如何处理，只得向刘牢之示好，请他率精锐北府兵入吴作战。
孙恩的暴乱活动意外地打破了剑拔弩张的东晋局势，使得司马元显被迫和刘牢之联合起来镇压民乱（虽然孙恩之乱重创了司马元显和刘牢之两方的实力，但也促使得刘牢之这棵墙头草倒向了东晋朝廷，也使得后来桓玄攻陷建康处死刘牢之和司马元显后还有刘裕给他们翻本。如果不是孙恩之乱，恐怕桓玄、刘牢之以及司马元显三方混战随时都可能发生，如果真是这样的话，本文的主人公刘裕可能就根本没出头之日）。
刘裕的祖先是汉高祖刘邦的亲戚，因此被认为是江苏徐州人氏，但到了刘裕这一代已经是家贫如洗。年轻时的刘裕“尚豪侠，有大志”，但就是不学无术，靠给别人打零工过活，间或打架斗殴赌博，别人都瞧不起他。而且刘裕赌博时手气常常很差，经常因为输个精光被人捆起来痛打，这种局面直到他当兵后可能才稍有好转。但刘裕直到三十三岁前，都是草头兵一个。
刘裕因为孙恩民变而发迹。公元398年，江南地区爆发孙恩之乱，在东晋朝廷野兽般的统治之下，苦难深重的百姓只能用暴动来应对国家的暴政，孙恩暴动只不过是东晋末年大规模暴动的导火索。孙恩在荒岛上宣布造反的时候手下只有一百来号亡命徒，但仅仅十来天东晋全境就有数十万活不下去的百姓自发响应孙恩之乱，效率比两百年前东汉末年的黄巾之乱还要高得多（和创立太平道的张角不同，孙恩不过是个有点名气的神汉而已，本来就没什么力量，而且也没有四下里去通知信徒们起事）。
孙恩暴动不能算作是农民暴动，因为在当时的东晋帝国境内有人身自由的农民都快绝种了，绝大多数农民都被门阀世族们圈地圈成了农奴。尽管东晋政府屡次清查户口清退农奴，但都是前脚清退完后面接着又圈进去，而且越圈规模越大，到后来大贵族占的土地往往横跨数郡，绵延几百里，荫庇数万农奴（门阀贵族就靠农奴来攫取财富，门阀贵族的政府怎么可能自断生路呢）。在东晋国内不断积累的各种矛盾的催化之下，孙恩暴动终于成功地葬送了东晋王朝。
孙恩是神汉出身，带兵打仗如同跳大神（神族部队？），称呼自己的部下叫“长生人”，就是刀枪不入的军队。就这么一群乌合之众收拾起腐败透顶的东晋朝廷直属部队还是挺管用的，孙恩大军所到之处官兵是望风即溃。孙恩每占一城就召集百姓加入他的部队，凡是不服从的一律灭族，连婴儿也不放过（真够狠的）。而服从他的百姓就命令他们把自己的房子都烧掉从军，但是不准带孩子走。凡是抱着孩子的妇女一律“囊簏盛婴儿投于水”，然后围观者纷纷向被杀死的孩子的母亲恭喜她的孩子先上了天堂。于是孙恩所至之地百姓十死七八。
东晋朝廷不得不借刘牢之的北府兵来平乱，刘裕在平乱过程中因作战骁勇而崭露头角，刘裕曾经有过一个人击败一支部队的记录，他还经常带着几百人阻击孙恩的数万军队的攻势，后来他几乎独当一面地担任了平息孙恩之乱的主力军。孙恩乱军最盛的时候达到了二十余万，而刘裕只靠着几千人的部队就将孙恩打得晕头转向。东晋军队经过四年的艰苦奋战，终于迫使孙恩自杀。
孙恩的死并不意味着和平的到来，孙恩死后其妹夫卢循（卢循的曾祖父卢谌是刘琨的部将，刘琨的那首慷慨悲愤的五言诗《赠别驾卢谌》就是写给他的）接过了孙恩的衣钵，他坐船杀到广州，盘踞在华南一带，这样一来乱军的规模就更为庞大。
刘裕消灭孙恩的同时，盘踞在荆州的桓玄以讨伐司马元显为名发动叛乱，向东晋都城建康发动进攻。东晋的正规军在司马元显的指挥下被桓玄打得一败涂地，慌乱之下司马元显只好向盘踞在江北的大军阀刘牢之求援。刘牢之则有他自己的小九九，他本来就指望靠桓玄铲除司马元显，然后自己再想办法消灭桓玄，然后独揽东晋大权。所以刘牢之名义上向司马元显表示效忠，真正打起仗来却有意保存实力，等桓玄一到建康，刘牢之又马上宣布向桓玄效忠。司马元显大势已去，和他爹司马道子一起被杀。这时候桓玄又使出了一个狠招，成功地剥夺了意图谋反的刘牢之的兵权，刘牢之见自己的如意算盘落空，不得不自杀。桓玄成功地接管了东晋的政权。
桓玄消灭了所有的敌对势力后，迫不及待地在建康称帝，改国号为楚，他的行为引起了刘牢之的嫡系部队——北府兵势力的不满。不久，在平定孙恩之乱中立下赫赫战功的刘裕在建康对岸的京口宣布造反，率领自己的一千七百常胜军大败桓玄的两万军队，进而消灭了桓玄的势力，接着又把晋安帝扶上了宝座。刘裕顺理成章地成为东晋历史上最后一任大权臣。
饱经战乱的东晋变得一片狼藉，所以东晋在公元404年桓玄之乱被平息到公元408年东晋进攻西蜀这段时间里几乎没发生什么大事——一直在修养生息。
公元409年开始，刘裕发动了一系列的对外战争，他先后灭南燕、平徐道覆、平卢循、灭西蜀、败北魏、灭后秦，这一系列战役都是以绝对优势取得胜利（刘裕这次出兵，一路上都是顺风顺水，从一个胜利走向另一个胜利。惟有他的长安留守军被赫连勃勃杀得只剩儿子刘义真一人逃脱这件事，给刘裕的全胜战绩蒙上了一层阴影），这也是东晋历史上从来没有过的辉煌战果（当然，如果是谢安那种人领导东晋万幸地收复了北方失地的话，那么诞生的政权恐怕是五胡十六国中最让人倒胃的国家了）。即使在整个中国的南北战争史上，刘裕的北伐也是最有成就的胜利之一（可以比较一下后世的宋朝借辽金之战和金蒙之战的机会发动的两次愚蠢的北伐）。
刘裕在北伐战争中，捎带手地铲除了异己，树立了不二的威望。公元420年刘裕正式称帝，国号为宋，东晋王朝从此寿终正寝。
刘裕登基不久就杀掉了被他废黜的晋恭帝司马德文，此后中国历史上的君主大都喜欢把亡国的帝王赶尽杀绝。刘裕这么做，或许是平民出身的他在向那些士族豪门示威吧。
作为南朝的第一个皇帝，刘裕的日常生活却十分简朴。他到地方上巡视时只带十几名随从，而且为了激励子孙后代继续保持这种优良传统，他还特地把当年自己打短工时留下的麻绳扁担和土炕灯笼等陈列起来，表示自己不忘本。但刘裕的儿孙们几乎可以说是中国历史上最不成器的帝王，他们竟然认为“田舍公得此，以为过矣。”不知道刘裕泉下有知该作何感想。不过话又说回来了，刘裕能以一介平民的身份当上皇帝并且得到门第观念极强的江南社会的认可，确实是很不简单。
东晋灭亡后，漫长的中国封建社会历史上惟一的一次民主政治尝试至此完全失败。刘宋建国后，中国历史上再也没有出现过东晋王朝这种宰相执政重臣制约的局面。
这种类似于君主立宪制的权臣政治制度仅仅出现在东晋。权臣政治和中国历史上实行过的其他政治制度有很大的差异。从某种意义上来说，我们可以认为，从政体上比较东晋是中国历史上与西方的君主立宪制最接近的朝代。
权臣政治和中国历史上其他政治制度的不同主要表现在如下几点。
一、权臣更替制度废除了权力的世袭。中国历史上的当权者无不希望自己的权力能够恩泽子孙，万年不朽，所以人们往往把主动将权力交还给皇帝的重臣看作圣人，比如伊尹、周公、霍光、诸葛亮等。而东晋的权臣制度则不成文地规定了权臣不能挑选自己的下一任（像袁世凯搞的总统制度是下任总统由现任总统推荐，这和皇帝也差不多了），而且在执政期间犯下错误的权臣必须引咎辞职（比较一下中国历史上其他著名的重臣，像曹操、诸葛亮、贾似道、严嵩等，鲜有几个是主动下台的）。
二、权臣制度中，朝廷对拥有最高权力的大权臣有制约权，权臣在实际工作当中经常受到朝廷的掣肘，这有些类似于西方议会对首相权力的制约。这种权力制约机制在中国历史上也极为罕见（像包公案里八贤王的鞭子上打昏君下打奸臣什么的，大家不觉得很滑稽么？）。
三、社会伦理和哲学思想导致政治制度的差异。中国的传统社会是以儒家思想为基础的，它希望人与人之间能够按部就班地生活，需要营造尊卑有序的社会制度，所谓“君君、臣臣、父父、子子”等等条条框框，都是为了维护等级森严的社会制度而设定的。而东晋的主导哲学思想是玄学，它和中国历史上的任何一种哲学思想都不同。玄学思想希望人人都能张扬个性，个性解放有一种创新的推动力，比如光屁股裸奔在中国其他任何朝代都被看做是异端，而在东晋就被看做是名士之风。在这么一个尊卑无序的社会中，其他时代被看作是僭越的权臣制度在东�