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首先，《太宗实录》中对朱允炆不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人，因为无脸见人，才畏罪自杀——“阖宫自焚”。这很显然是出自朱棣的篡改。
《太宗实录》对建文帝死于火焚的记载，也非常含糊。明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是马皇后，“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之”。当时并无建文帝的尸体，找到的只是马皇后的尸体，并且史料没有发现安葬马皇后的记载。朱棣曾指天为誓，说他此来是要仿效“周公辅成王”，帮侄子建文帝治理天下。可是破城第二天，他就匆忙“即皇帝位”。这样给人的印象是朱棣为了巩固帝位，使建文旧臣放弃反抗，似乎有意弄假成真，将马皇后之尸冒充建文之尸尽快埋葬。尽管明成祖“用天子礼”安葬了建文帝，但是南京却没有建文帝的陵墓。明末人谈迁在《国榷》中记道：“金陵故老，无能指建文帝葬处。”本朝人已指不出建文帝的陵墓，足见当时陵墓肯定不大，或者明知安葬的就不是建文帝。
另外一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎七岁，次子朱文圭才两岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经五十七岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达四年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分地区还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
宫中大火之后，连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗实录》记载，有一次明成祖对身边的大臣说：“朕于宫中遍寻皇考宸翰不可得，有言建文自焚时，并宝玺皆毁矣，朕深恸之。”宝玺被焚怎么可能没有一点残骸呢？建文帝很有可能带着宝玺逃跑了，借着宝玺他就有可能东山再起，这种疑虑与担忧始终萦绕在明成祖心中。《明史·胡濙传》记载，永乐五年朱棣派遣户科都给事中胡濙，以颁布御制诸书、寻访仙人张邋遢为名，暗中侦察建文帝的踪迹，前后长达十六年之久。所有这些都表明，建文帝有可能逃出宫了。
逃向何方
关于建文帝出亡一事，以清代学者谷应泰编撰的《明史纪事本末》的记载最具有代表性。它成书早于《明史》，为私人著述，权威性是被当时人们所认可的。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。
据谷应泰记载，建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，欲自杀。翰林院编修程济建议，不如出走流亡。太监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，交代说，如有大难，可以打开。众人一起赶到奉先殿左侧，看到一个红色宝匣，四周用铁封着，锁也用铁灌注。建文帝一见祖父的遗物，不免悲恸，下令焚烧大内，皇后马氏赴火死。程济砸开宝匣后，但见里面有三张度牒，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有和尚的袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。写着：“应文从鬼门出，其馀人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”建文帝叹道，这岂非天数！程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。杨应能表示愿意剃度，随帝流亡；监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑。于是决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。民间盛传当建文帝出鬼门时，门外正好有一艘小船，船中有一道士，呼建文帝乘舟，并叩首称万岁。道士说：“昨夜梦见高皇帝，命臣来此守候。”
这段富有传奇色彩的文字，其真实性让人怀疑，可谷应泰讲得栩栩如生，令人真假难辨。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京了？
在此后的一些典籍中，也出现了关于建文帝逃出宫所走密道的描述。《明史考证》有这样一段记载：“宫中阴沟，直通土城之外，高丈二，阔八尺，足行一人一马，备临祸潜出，可谓深思熟虑矣。”但是传说中的密道是否存在呢？对这段历史很有研究的季士家老先生多年前发现，1978年太平门里一家叫南京钢锉的工厂要建栋新楼，挖地下室挖出了地道。从挖出情况看，高度大概在两米五左右，宽度在两米左'右。当年发现地道的地方就在原来明皇宫的旁边。可这一个地道是否能直通皇宫？2005年6月的一天，季老先生接到一个电话，说在清凉山旁边的国防园发现一个明代涵洞。涵洞位于原明故宫的宫城外，在明代主要是为排水用的，但不下雨时，是没水的旱洞，完全可以容纳一个人通过。根据季先生的推断，这个涵洞很可能就是地道的出口。为了求生，建文帝使了一个火烧皇宫的金蝉脱壳计，从这个涵洞钻进地道逃走了。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
逊国为僧，云游四方
正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。当时建文帝被撵下台后，可以说是四面楚歌，无处藏身。因为当年建文帝大刀阔斧地“削藩”时，引起了藩王的恐慌和憎恨，这个时候根本不可能有哪个藩王站出来帮助建文帝，因此他只有去西南的贵州一带（当年贵州尚未建省，于永乐十一年，即1413年才正式建省）。为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、青海一带，很多地方都留有建文帝的遗址和传说。
云南省楚雄州武定县狮山，现存很多有关建文帝的历史遗迹和传说。在狮子山上，原先由元代印度僧人指空和尚扩建的正续禅寺，并没有指空和尚的一席之地，在大雄宝殿中央端坐的却是建文帝身披袈裟、头顶摩戒的塑像。寺内大雄宝殿的柱子上，则有这样一副楹联：“僧为帝，帝亦为僧，数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧；叔负侄，侄不负叔，八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高。”联内所说的皇觉寺，指明太祖朱元璋早年为僧之所；“叔负侄”指朱棣篡夺了侄儿朱允炆的帝位。显然作此联的古人坚信朱允炆曾在此为僧，并寄以同情。
联中“衣钵相传”语，概括了祖父朱元璋由僧为帝，孙子朱允炆由帝为僧的沧桑巨变。在《明史纪事本末》中，记载有建文帝所作诗词数首，都是反映他在云南一带流浪生活的，如《宿永庆寺》、《罗永庵题壁七律两首》、《七言述怀》等。其中《七言述怀》云：“牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。长乐宫中云气散，乾元阁上雨声收。新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。”据说这首诗是建文帝在朱棣死后，“决意东行”，拟回京参见新皇帝时所作。今日狮子山上亦立有此碑。
徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝在贵州白云山修行时遗留的遗迹：“有巨杉二株，爽立磴旁，大合三人抱；西一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也；前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前楹下，是为‘跪勺泉’。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰‘跪’，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈馀，后有石龛，可傍为榻。其右有小穴，为米所从出，流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名‘潜龙胜迹’，像昔在佛阁，今移置此），乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”看来建文帝在逊国后，在贵州停留过是有可能的。
还有学者认为，建文帝曾遁匿于贵州安顺平坝县境内的高峰寺。安顺是中原联系西南的重要通道，明代先后有几十万大军来此军屯，他们祖籍大多为南京郊区以及江浦、六合等地。同时此地还有诸多隐匿的有利条件：依山傍水，地形隐蔽，易守难攻，不易发现；语言便于沟通；生活便于适应。据《平坝县志》载：高峰寺悬壁处，有“西来面壁”石刻，相传出自建文帝手笔。“西”可能是“玺”的谐音。玉玺是皇权的象征，建文帝逃到哪里，玉玺也会带到哪里。高峰寺内斋堂地下有一处藏身洞，洞底有一石碑，上刻铭文：“秀峰肇建文迹尘知空般若门。”另一石碑为万历时所刻，碑文说高峰寺建于洪武七年，开山僧为秀峰大师，他于永乐四年七月收留过建文帝。
安顺当地崖壁上有块高大的“红崖天书”，长十米，高六米，是用奇特的铁红色颜料写成的文字，似篆非篆，无人能识。据报载最近终于有人破译了“天书”：其成书约在1406年（明永乐四年），是逊国的建文皇帝颁发的讨伐燕王朱棣篡位的《伐燕诏檄》。全文直译为：“燕反之心，迫朕逊国。叛逆残忍，金川门破。杀戮尸横，罄竹难书。大明日月无光，成囚杀之地。须降伏燕魔，作阶下囚。丙戌（1406年）。甲天下之凤凰（御制）。”这与《明史纪事本末》中所载朱允炆的一首诗相印证：“风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。”如果译文准确无误，就能证实建文皇帝朱允炆确已逃出，并图谋恢复。
四川也留下了建文帝的足迹，青川华严庵曾为建文帝的避难所。华严庵位于青川县青溪镇以南七公里的莲花山上，占地面积超过一百亩，东西两面是草木丛生的山沟，西侧山沟内有巨石垒砌的双层中空明代石墙，留下了石碑、石佛、九五方圆塔、清皇历书等遗址、遗物。在“广佛碑”和“华严庵重建碑”两碑文上，两者所记载的“建文帝于宣德六年到此”，与《明史纪事本末》中“宣德六年文帝由延安到西安入蜀”的记载相吻合。
还有人认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
另外，有学者认为，“靖难之役”后建文帝逃亡到了青海瞿昙寺。《创修渭源县志》卷九《艺文志》中《五竹寺记》载：“建文于夏六月庚申十三日未时，由癸门出，比时愿扈驾二十二人，节（郭节）其一也。君臣奔窜崎岖，昼伏夜行。历滇南、巴蜀，建文至乐都瞿昙寺。”据史料记载，瞿昙寺建立初期就与明皇室建立了密切关系。永乐以来，明朝历代帝王给瞿昙寺赐匾、修佛堂、封国师、赐印、派大臣等史不绝书，这种割舍不断的关系本身就耐人寻味。“靖难之役”爆发后，燕王率军南下，北方道路被封，建文帝只有向南方逃窜，辗转云贵、巴蜀，最后选择西北边荒的河湟地区作为落脚点，是极有可能的。这一逃亡路线正好也印证了民间传说中的“滇、黔、巴蜀间相传有帝为僧时往来迹”的说法。
北京西山，老死无名
谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载建文帝在外游历，到正统七年，因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，宫中人都叫他“老佛”，老死于宫中后，葬于西山，不封土不种树，意即“不封不树”，是古代对庶人的葬礼。
这种说法虽是传说，但也有一定的根据。《英宗实录》载正统五年十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年九十馀。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过审问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武十七年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了四个月就死在狱中了，同谋的十二名僧人被发配到辽东守边。
福建泉州，借机出海
近有学者考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海。据说建文帝从密道逃出后，从南京顺着长江来到武昌罗汉寺，罗汉寺的住持达玄和尚接待了他们，并立刻联系他的弟子，在泉州开元寺任住持的念海，让他接应建文帝等人。在泉州逗留片刻之后，建文皇帝担心行踪败露，就离开泉州坐船到海外去了！建文皇帝逃到海外的消息不胫而走，成祖朱棣很不放心，特意派遣郑和数下西洋，寻找流亡到海外的建文帝。
但是这种说法缺少史实依据。明永乐年间，东南沿海倭寇猖獗，明政府派了大量禁军到泉州，开元寺就成了驻扎明军的军营，建文帝如果逃到泉州显�