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就算是美国在战后，夺取了德国人的潜艇技术，但是消化这些技术变成自己的东西也需要一段时间，而且美国人不可能把这些先进的东西卖给日本人，更别说是半卖半送了。
但是，刘芾也不敢小看了日本人的钻研能力，为了应付未来可能发生的大规模潜艇作战，南海联邦不仅在“虎鲸级”反潜艇潜艇的建造数量上提升了一些，而且还在联邦装备的所有驱逐舰以上的水面舰艇上，都安装了声呐设备，并开始把训练联邦海军的反潜作战能力加入了海军的训练和演习中去，以便在未来遇到敌方潜艇时，不至于手忙脚乱。
除了在联邦外部存在着这些麻烦之外，联邦内部也还存在着一些问题。首先，就是人口比例问题。由于南海联邦的国土，大部分是从英法荷几国手中抢来的殖民地，而这些国家对这些殖民地的管理政策也不一样，在加上这些地方的民族数量众多，宗教信仰复杂，所以，如何能够把这些文化、习俗、宗教信仰都不太一样的人民融合在一起，就成了联邦政府在内政方面最头疼的事情。
在南海联邦建国之后的这些年中，联邦政府主要是采取了强行分拆个民族的聚居地，强行要求各民族混居，用土地、工作、福利等实物去鼓励各民族通婚，加大军队中各民族兵源的比例，分散华人到大部分居住点，采用中文教学，强制中文流通的办法，来加速这些民族的融合速度，虽然到目前为止，取得了一部分成绩，但是效果还不是很明显。
在安北、安中两省，民族工作开展的最有成效，由于在历史上，越南北部地区的人民和中国云南、广西两省之间的交往就非常紧密，所以，这些地区的居民对与华人混居、与华人通婚、学习中文、参加华人军队等问题的抵触情绪很低，在加上部分经济上的鼓励政策，在这两个省里，已经基本实现了民族融合问题，基本上在村落里、城市里、工厂中和社会生活中，已经没有明显的民族聚居、坚持自己原有风俗、拒绝通婚等现象的存在，各种民族政策也都推行的非常彻底。
在安南、三宝颜、吕宋、宿务四省，民族工作开展的成效尚可，由于当地联邦的势力经营的时间比较长，华人数量也比较多一些，而且当地的反抗势力和情绪也都被当年的清扫活动搞的非常彻底，当地的各民族对于民族政策的实施虽然不是很习惯，但是抵触的情绪也不是很大，在联邦政府的严格要求和政策鼓励下，民族融合的速度虽然比不上安北和安中两省，但是也还算不错，基本实现了混居、通婚，剩下的就是在风俗和宗教上还有一些问题，需要慢慢引导、淡化。
在苏门答腊和苏拉威西省，民族工作职能说是刚刚开展起来，由于这两个省占领的时间还非常短，联邦政府主要的精力都花在了重新规划行政区域，设置地方官员和安抚当地居民以及恢复生产上了，抽不出太大的人力去开展民族融合工作，而这两个省的华人数量不算很多，除了个别地区有华人集中居住外，很多地方都很难找到华人的踪影，在这方面也会影响联邦的民族政策的开展和宣传。
而在加里曼丹省，虽然这里占领的时间也不长，但是由于迁都的影响，省内的华人数量急剧增加，现在这里不是说民族融合的问题，联邦政府在这里需要重点关注的工作反而成了如何限制华人的过分独大，反而压迫到了其他民族的生存空间。
另外，还有一个爪哇岛和小巽他群岛的问题没有解决。自从3年前联邦政府秘密对岛上实施了细菌作战之后，由于严密的封锁，爪哇岛上的情况外人知道的很少，有关于爪哇岛的消息，基本已经消失在人们的日常生活中。联邦政府除了定期派遣防化部队从不同港口进入岛上观察情况之外，任何人都不得随意接近爪哇沿海。
通过定期上岛观察得来的数据，从1918年下半年开始，岛上的鼠疫爆发就趋于平缓，饥荒也不是特别严重了，而岛上的居民数量，大约减少了一半。但是由于岛上的人口基数很大，鼠疫的传播还远远没有停止，而且岛上的sāo乱也越来越严重，就连上岛做统计的防化部队也经常遭到当地人的袭击，所以，联邦政府并没有急于在爪哇岛登陆。
第四卷 第四个十年 第六十五章 爪哇疫情调查结果
到了1920年初，爪哇岛上的疫情和饥荒随着人口数量的大幅度消失，也逐渐消失了，这时候，爪哇岛上存活的居民人口数量不足300万，而且大多数都隐藏在了比较偏僻的山区里，沿海的港口城市和主要城市都已经无人居住，大片的种植园和农田也都处于荒废状态。爪哇岛的经济和政治遭到彻底的破坏，完全处于无政府状态，钱币不再流通，岛上的居民重新采用了以货易货的原始交易形式，并且交易量非常少，基本都是自给自足，很少和外界交往。
为了进一步确定爪哇岛上的疫情，联邦政府没有急于登上爪哇岛，而是加大了登岛的防化部队的数量和频率，在经过了半年左右的观察和确认之后，才初步确定了这次大规模长期的细菌战的结果，并且由内务部起草了一份报告，呈交给了刘芾，并在报告中申请降低爪哇岛的封锁级别，并建议总统，可以对爪哇岛进行初步占领并展开勘查活动，再进一步确认疫情的发展和效果。
刘芾在拿到这份报告后，也有点让自己当初的决定给吓住了，一个岛上，2千多万人口，在短短的三年时间里，被杀戮得只剩下不到300万人，这种效率简直比机关枪大炮要强多了，而且还是悄无声息的，这简直太恐怖了，怪不得到了后世，世界各国一直同意，禁止使用细菌武器呢，这个玩意比原子弹还可怕。成本又如此之低，真是抄家灭族的不二之选。
想起这种特殊武器的威力，刘芾忍不住向墙上的地图上看去，如果把这种玩意用在人口稠密，医疗条件低下的印度次大陆，会是什么效果呢？不过刘芾也就是意吟一下，印度次大陆不像爪哇岛，联邦无法全面封锁哪里，也就无法控制细菌的传播范围，弄不好疫情会随着商人和水手。传遍整个亚洲。到时候，整个武器就不是对付敌人的利器了，而是自杀的利器了。
对于内务部的报告，刘芾批准了。并且在报告中特别强调。大规模的上岛勘查工作。一定要注意安全和检疫，宁可再等3年，也不能去冒险。为了确保这项工作的执行力度，刘芾特意把这项任务同时下发给内务部和国防部军情局两个单位，让他们互相监督互相掣肘，免得那个单位头脑一热，快干冒进，那就麻烦了。
在得到总统批准之后，联邦海军和陆军各自抽调了一部分舰艇和部队，组成了一只特别登陆部队，归内务部和军情局双重领导，开始了对爪哇岛的部分占领。
最先被占领的就是爪哇岛上最大的城市，巴达维亚。这座东南亚最大的城市是由荷兰人在17世纪建立的，修建这座城市的石料不部分是从印度科罗曼德尔海岸石料场运来的，而木料则是从爪哇东部砍来的柚木，在加上在当地取材，由华人烧制了大量的砖才，经过13年的修建，才逐步完工。在当时修建巴达维亚城的劳工队伍中，就出现了华人包工队，当时的荷兰总督安东尼。范。迪门把城市下水、港口修建、城墙、防御要塞和部分房屋的建设都承包给了多支华人工程队，并且对华人烧制砖瓦和砌砖的工艺大卫赞赏。
这里曾经是荷兰东印度公司的总部，也是东南亚地区贸易最为发达的港口城市，不过，现在这里成了一座鬼城。随着疫情的加重，城市中的人要不染病而亡，要不逃出港口被联邦海军击沉，丧生大海，要不逃入了深山去躲避疾病和饥荒，现在的巴达维亚城，已经很久没有人的踪迹了，到处是倒塌的房屋和失火后的残迹，各种小型动物把这里当成了家园。
不光是巴达维亚城，爪哇岛沿海的所有城市基本上都是这样，这些城市中尸骨遍地、虫蛇众多，与其说叫城市，不如叫做废墟。
这次参加登陆的部队，全部装备了防化服和呼吸过滤器，并且为了应付这些杂草丛生、尸骨遍地的城市废墟，还特意装备了大量的火焰喷射器。有了这种破坏利器，不管是尸骨、杂草、残屋断檩，不用耗费过多的精力去整理，火焰喷射器一顿喷，除了石头，啥都没了，既节省体力，还安全、卫生、可靠。
在清理完毕巴达维亚、西冷、南安迪、井里汶、直葛、三宝垄、南望、图班、泗水、芝拉扎等城市港口之后，数支规模在1个连的探索部队，开着侦查坦克和越野载重车，从这些城市出发，分头向指定方向进发，他们的任务不是占领，而是保护随军的科研人员，深入到陆地内部，去收集一些数据和实地情况，以便最后得出一个结论，爪哇岛上鼠疫或者其他疫情是否已经消退，能否撤出海上封锁。
经过了2个多月的调查和取样，刘芾得到了卫生防疫部门和生化研究所的一致意见，爪哇岛上的鼠疫已经基本消失，不过由于当地的动物已经吃惯了人肉，它们的体内是否携带着病菌，还要进一步采样调查，不过海上封锁已经没必要了。
于是，持续了近3年的对爪哇岛的海上封锁终于解除了，而联邦政府也正式宣布，经过联邦政府和当地人民的共同努力，肆虐在爪哇岛上的黑死病和饥荒终于被战胜了，虽然损失惨重，但是这充分体现了联邦政府对国民的负责任的态度。不过，联邦政府也提醒国民，由于爪哇岛上的检疫工作还在继续进行，所以爪哇岛暂时被划为军事禁区，除了持有国防部特别通行证之外，一切人等都不得进入爪哇岛，违者将按照军事条例处理。
这条消息在联邦国内的报纸上只露了一小面，然后就石沉大海了，现在联邦国内正在忙着讨论迁都中的各种工作问题，谁有功夫去注意一个消失了好几年的爪哇岛啊。而且听说那个岛上流传着瘟疫，老百姓别说去了，想都不愿意想那个地方，太不吉利了。
虽然爪哇岛暂时无法开发利用，不过也不是毫无用处，联邦政府在计划中，将在岛南部的芝拉扎建立一座军事基地，并且在巴达维亚和泗水，修建2座军用机场，这样一来，联邦的海军和空军，在对南部的防御和监控上，就多了一个重要支点，联邦海军的手，也就可以伸的更长了。
年10月3日，经过了几个月的墨迹，南海联邦与美国政府的和谈终于完成了，南海联邦将无条件归还全部美国海军战俘和伤员，两国之间的外交关系恢复正常，并重新互设大使馆。
由于美国大选即将开始，在选前的多次模拟中，共和党候选人的支持率都明显高于民主党，所以威尔逊政府也没心思再在这场已经失败的战争中和联邦政府讨价还价了，匆匆忙忙签订了和谈约定，就把精力投入到了国内的选举中去了。
恢复了和美国的正常关系，南海联邦的经济压力就小了不少，在合约公布的当天，从联邦的多个港口中，就出发了十多艘大型船只，它们无一不是装载着满满的货物和旅客，开始扑向美国这块巨大的产品销售市场。
另一边，南海联邦与荷兰、英国政府之间的谈判还在继续，由于联邦政府寸土不让，谈判的进展非常缓慢，不过，在谈判初期，联邦政府也同样无条件归还了英国海军战俘和伤员，并且也与英国恢复了大部分外交关系，不过大英帝国碍着面子，只答应两国先互设领事馆，其他方面并未涉及。
第四卷 第四个十年 第六十六章 联邦缺铁
对于这场谈判；刘芾并不上心；反正土地是一寸也不能还的；而且这些土地上已经按照联邦政府的规划在投资建设了；想还也还不了了；至于英国人的态度；刘芾也不担忧；爱领事馆不领事馆；就算双方断绝关系也无所谓；反正马六甲海峡在联邦军队的掌控之中；如果英国人愿意丢掉东亚的市场；那刘芾也不介意天天为难下英国商船。
对于死咬着东印度群岛不放的荷兰人；刘芾更瞧不上眼了；英国人的土地联邦都不归还；更别提现在已经沦落到欧洲二流甚至三流国家的荷兰了。
随着和美国、英国以及国联的成员国的关系的正常化；已经中断了半年多的出口贸易又开始逐渐恢复起来；越来越多的各国商人开始进入联邦的几个主要贸易港口；开始采购联邦的各种特产；再用海运运回他们的国内；赚取差价。由于联邦的迁都；原来的台湾岛上的淡水、新竹、刺桐等港口都挤满了运送机器设备和人员的船只；无法再停靠过多的大型船舶；而且随着迁都进程的深入；很多原本在台湾岛上的工厂、加工厂都纷纷搬迁到别的地方；使得这些前来采购的外国商人拿着猪头；却找不到庙门了。
联邦政府也注意到了这种情况；在得到刘芾的同意之后；联邦政府把原来的新加坡岛、巨港市、西贡市、马尼拉市都开辟成为贸易集散港；通过税收上的调整和对本国企业的优惠政策；开始吸引大批的投资者前往这些港口设立贸易公司和加工厂。而这些贸易公司和加工厂又将带动当地的基础建设和人口流动；从而慢慢的形成以不同出口商品种类而定向发展的专业贸易港口。
新加坡港和巨港市；由于位于马六甲海峡的东侧出口；地理位置极其优越；主要面向欧洲；所以联邦政府对于从这里出口的纺织品、香料、蔗糖、药品、粮食都降低了税率；并且用土地、贷款等政策来鼓励本国资本在这里投资建厂；
西贡和马尼拉市。虽然距离马六甲海峡比较远；但是它们也是非常优秀的港口；联邦政府对于从这里出口的机械设备、电器、化工产品、贵金属、宝石、煤炭、钢铁都降低了税率；也采用优惠贷款和优惠土地等政策；鼓励本国资本在这里投资建厂；
而像石油、煤炭、木材、矿石等资源的出口；联邦政府也设立了专门的港口；不过这些资源属于联邦管控产品。必须取得联邦的许可证；方可进行开采；而且不允许外国资本进入这些行业中。
从1915年