接受辞职的近卫首相的推荐，1939年初，天皇任命平沼为近卫的继任者。平沼是陆军强有力的支持者，曾被裕仁认为是一个彻底的法西斯主义者。然而，1936年的陆军叛乱事件以来，他与激进的右翼有些疏远，并解散了“国本社”，在西园寺亲王的竭力主张下与宫廷内臣建立了关系。如今，在财政大臣池田成彬和宫廷派的指导下，平沼进一步重新检讨了自己，表示保证不会匆忙地与纳粹德国结成军事同盟与英美为敌。在与德国结盟问题上，平沼部分改变了态度，这足以使他得到裕仁的欢心。
之后的9个月中，平沼要着手解决的不光是陷入僵局的中国战争所引起的军事及外交上的问题，还有与苏联的问题。5月，关东军在“满洲国”西北部和外蒙古（蒙古人民共和国）边界上的诺门坎附近与苏联蒙古军发生冲突。战斗很快发展成为一场全面的边境战争，动用了大量的坦克、大炮和飞机。尽管关东军将生物武器搬到了前线，没有确实证据显示他们是不是如后来被指控的那样，真的对蒙古和苏联军队使用了细菌武器。诺门坎的战斗一直持续到9月15日，直到苏联的莫洛托夫外长和日本的东乡茂德大使在莫斯科签署了停战协定。
除去“满洲国”的预备军，日军战死、负伤及失踪人数总计超过18925万人，差不多损失了整整一个师团。对这次令日军大败的诺门坎事件负有责任的关东军司令官植田谦吉和他的两名高级参谋辻政信少校和服部卓四郎中校，仅仅是辞职了事，而陆军的作战计划和用兵方略都没有被重新考虑。天皇再一次克制了自己没有处罚任何人。1941年，他甚至允许将辻和服部晋升到参谋本部担任要职，就像他曾经批准策划了满洲事变的罪犯到东京的参谋本部任职并得到提升一样。
再说，挑起事件的将校们依照的是“满苏国境纷争处理要纲”属合法行动，这份文件是裕仁在事件突发前刚刚批准的。由于军队遵从的是他同意的命令，他当然不愿处罚他们。陆军指挥部也认为没有必要过多关注这次鲁莽、结果惨痛的行动。
1939年夏，平沼内阁遇到陷入困境的中国战争带来的另一个严重的外交问题。几个月来，华北地区日军对于伦敦决定稳定中国货币一事一直感到不满。他们以被占领城市天津的英国租界内有中国的恐怖主义分子为由，开始向飞地施加压力。日本军队用电网将整个租界围起来，开始搜寻持有被日本禁止的国民党货币的外国人。6月中旬，他们将骚扰升级为全面封锁，开始对英国公民进行搜身，不论男女。同时，陆军和右翼团体在国内发动了反英宣传运动。令陆军首领们高兴的是，平沼的内务大臣和亲密顾问木户拒绝阻止这项运动，尽管这样招致了裕仁的不快。
1939年的春夏之际，随着日本与英国关系的恶化，是否要加强与德国的关系这个悬而未决的问题又浮出水面。天皇反对强化二者关系。外务省发出指令，严格限定了日本加入新轴心国协定的条件，可是当亲纳粹的驻德大使大岛浩将军和驻意大利大使白鸟敏夫拒绝传达这一指令时，平沼惟有困惑与无奈。听平沼报告了两大使的行为，裕仁也很激动，但他还是决定不下令撤他们的职。
1939年7月26日，在不断抗议日本在中国的行动之后，美国通知平沼政府，美国不打算延续预定1940年1月到期的《美日通商条约》。直到那时为止，罗斯福政府一直奉行的是温和姑息的对日政策。其亚洲政策的基本原则在于维护体现在华盛顿条约体系内的帝国主义现状，因此，美国始终拒绝承认日本通过武力给中国带来的任何变化。罗斯福还通过定期购买银的方式支持中国的通货，这个政策最终将引导他与英国一起向中国提供国际汇兑，以便蒋介石能够稳定货币，抵抗被占领区激增的日本军票，继续战斗下去。如今欧洲战云密布，预计战争即将爆发，美国提醒日本注意，进一步的侵略行为将招来严厉的经济制裁。此后，日本的领导者如要继续在中国的战争，将不得不面临美国更加严厉的反应，日本在战争所需的重要物资进口上依赖着美国。
8月5日，接到美国废除条约通告后不久，裕仁对侍从武官长畑俊六报怨道：
这对屑铁和石油将是一个沉重的打击，即使在以后的6个月中可以购买，可是在那之后马上就会遇到困难。除非将陆海军的兵力减少1/3，没办法站住脚。这些事很早以前就应该有所准备，现在再争论这些，一点用也没有。
然而，裕仁并没有命令他的参谋本部结束与中国的战争，或者减少任何事项的规模，他只是对军首脑们没有预见到美国的反应感到生气而已。
几个星期后，1939年8月23日，当日苏在莫斯科磋商旨在结束满蒙国境纷争的停战协定时，德国与其意识形态上的敌人苏联签署了互不侵犯条约，这与1936年的日德防共条约是相抵触的。斯大林为反对德国在欧洲的领土扩张，与西方进行了3年有关“共同防御”的探索，但是没有成效，于是斯大林宣布了苏联的中立，而且在条约附属的一个秘密条项中，与希特勒交易接管波罗的海诸国和最终分割波兰。这个外交上的逆转使平沼内阁晕头转向，由于无法把握应如何理解希特勒与斯大林同盟所预示出的德苏的巨大实力，8月28日清晨，平沼内阁总辞职。
德国侵略西欧
极其愤怒的裕仁利用这次内阁更迭的机会告诉侍从武官长畑，他打算任命他能信任的人做陆军大臣，当然这个人不是矶谷廉介或者多田骏（当时，他们的名字曾出现在报刊上）。裕仁让畑“向陆军大臣（板垣征四郎）传达这一点。”好几个月以来，裕仁对板垣陆军大臣的报告越来越不满，他曾当面斥责他没有能力。28日，裕仁任命阿部将军为首相，并嘱咐阿部（根据近卫曾跟木户讲过的话）选择他的侍从长畑或是梅津美治郎将军做陆军大臣，尽量与美英搞好“协调”。然而，“最重要的事情”是“维护内部秩序”，“要小心选择你的内务和司法大臣”，他警告道。这似乎是裕仁对日本人不信任的一个真实的表现。尽管不是很清楚，它或许还反映了裕仁对德苏和好的不安：这种不自然的结盟不会有什么好事，所以要警戒苏联和德国进一步的谋略。第二天下午，裕仁正式任命了他所喜欢和信任的职业军人畑俊六为陆军大臣。退役的野村吉三郎大将做了阿部内阁的新外务大臣，他保证要重建与美国的良好关系。
与此同时，希特勒早在5月份已向他的将军们透露了要攻击和摧毁同盟国军队，攫取欧洲大陆控制权的战略。相对于英国、法国和波兰，德国正处于其军事力量的顶峰，希特勒决定将他全套计划的一部分付诸实施。1939年9月1日，阿部内阁上任的第一天，德国军队入侵了波兰，开始了新的欧洲大战。两天后英国和法国介入，向德国宣战。9月8日，希特勒的头号敌人罗斯福总统宣布国家进入局部紧急状态。
很快，美国不顾已经宣布了中立，不断增加向英国和法国输出的军需物资。10月，罗斯福下令停泊在南加利福尼亚内港的大部分美国舰队开往夏威夷，以减轻德国对英国、法国和荷兰殖民地的压力以及加强太平洋防御。他希望将舰队配置于珍珠港，那样可以威慑“修正主义”日本不敢推翻东南亚的现状。这些重大事件都发生在阿部任期的前几个月，这些事件引起了东京的恐慌，人们担心尽管有强烈的孤立主义情绪，美国最终会加入英法一方参战。由于无法应对新的国际形势，阿部内阁于1940年1月14日垮台。
紧接着，选定继任内阁的工作又在忙乱中开始。内大臣汤浅征求了包括德高望重的西园寺在内的重臣们的意见，但首先是听取了天皇的意向。在裕仁的坚决主张下，由他寄予了极大信任的预备役大将米内组成了下一届内阁，也是在裕仁的要求下，畑留任陆军大臣协助米内。为了缓和陆军对于任命海军军官作首相的批判，裕仁还在此时批准提升东条英机中将任陆军次官。
裕仁从一开始执政，就在政府高官的任命上起了积极作用。每当这时，他或是强加条件，指示接受任命的首相必须如何如何，或是指派某人担任特定的大臣，这样他们就可以通过此人控制这个部门。事实上，由于裕仁和他的顾问们坚持介入继任内阁的选定，结果是动摇了政党内阁制的稳定。如今，随着中国战争的拖延和欧洲外交步伐的加快，他越来越多地介入这类事务。天皇是自己主动选择干涉政务的，而且他还有意识地向公众隐瞒了自己的干涉行为。当陆军上层出现了新的要求，要与德国结成军事同盟，使日本成为反英美集团的一员时，裕仁继续对此进行了抵制。他坚持主张，政府应该集中力量迅速结束跟中国的战争，除非是为了抗击苏联，否则日本不宜与德国保持更密切的关系。
米内任首相3个月后，从4月起，德国侵略了西欧，完成了8个月前以征服波兰为开始的国际关系的剧烈调整。欧洲其余的独立国家一个接一个地陷落：挪威、丹麦、卢森堡、比利时、荷兰及法国。法国在坚持到最后一刻的英国军队撤离后，几乎未经军事抵抗就落入德国之手。一夜之间，东京的地缘政治观点发生了变化。漫长的3年来，日本的指导者们一直被锁在他们自己发动的对中国战争中，看不到军事或政治上的胜利。纳粹在欧洲的胜利为日本夺取英国、法国和荷兰在亚洲的殖民地创造了前所未有的机遇。 现今，德国控制了从欧洲到苏联边境的大部分的欧洲资源，并准备入侵英国，因此，依靠德国的这股上升势力，获得好处和弥补弱点的期望在急速增长。当米内没能解决长期悬而未决的与德国同盟的问题时，陆军推翻了他的内阁，而裕仁对此没有进行任何阻止。
通过平沼、阿部和米内三个内阁执政期的一系列混乱的国际危机，裕仁满意地观望着中国战争和南进政策的展开。他没有为把日本从陷入僵局的对中国战争中解脱出来做过一次个人的努力。只要日本对中国的政策维持不变，就不可能与美国改善关系。裕仁相信南进政策在战略上是理想的，他主要担心的是如果海军继续向南推进的话，英国和美国将采取什么样的态度。
到了1940年夏，战略构想中加入了两个新的因素，加大了对裕仁的压力，迫使他与新德国同盟的倡导者们更紧密地携起手来。一个因素是德国征服西欧的骇人的军事毁灭力量，使英国明显地孤立起来，处于遭德入侵的边缘；另一个因素是在斯大林与希特勒条约的庇护下，苏联外交政策的重新调整。苏联的举动似乎为轴心国注入了新的力量，同时也出现了对苏联会重新军事支援蒋介石的恐惧心理。在这个快速的军事征服和剧烈的外交策略变化的形势下，在与英美对抗的三国同盟问题上，裕仁十分踌躇，拿不定主意是要立场坚定地反对陆军，还是要改变立场同意陆军的要求。昭和天皇最终的决定更多的是出于维护日本的同一性，而并非是与纳粹在意识形态上目标一致。
东京审判
审判战犯
突袭珍珠港
国际法庭起草宪章
昭和秘史
反人道的罪行
共同宣言书
开庭审判
东条与天皇置换责任
三类罪行
东条的死讯
最终判决
销毁证据和歪曲历史
审判战犯
早在1942年，裕仁天皇就已经得知同盟国的公开目标是审判主要战犯。①1943年11月的莫斯科宣言确认了这一点。1945年7月的《波茨坦宣言》也重申了这个目标。1945年8月8日，在伦敦签署的国际军事裁判所（IMT）宪章明确地规定了同盟国对战犯的政策。②因此，8月9至10日，当裕仁和政府首脑们考虑投降的时候，战争犯罪问题就成为他们的一大心病。1945年9月11日，当麦克阿瑟下令逮捕和关押第一批战犯嫌疑人时，他们的这种担心就更加严重了。嫌疑犯中包括天皇的亲信总理大臣——不仅因为在他的统治下宪兵队实行的残酷镇压，还因为粮食配给的不公正，所以日本国民都十分痛恨他——东条将军。
眼前的危险处境使统治精英们十分恐慌，东久迩内阁立即提议由日本独立主持战犯审判，以便从同盟国手中夺回主动权。裕仁对此有些踌躇不安。如果战犯以他的名义依照国内法受到惩罚，那么他将被置于一种矛盾的立场，处境将非常尴尬。一直以来，东久迩每天都来拜谒天皇，突然间，他来的次数减少了。第二天（13日）重光外相请求GHQ允许日本进行独立审判，被GHQ拒绝。③将不会有由日本人主持的正式的战争犯罪审判；东京审判中将不会有日本法官参与；将不会有针对日本军队对日本人民犯下的罪行的审判。这些肮脏的工作将留给外国人去做。
麦克阿瑟个人对起诉战犯的事情很不耐烦。他的原则是迅速结束审判，对由于GHQ对证据和审理程序的宽松定义和不严密的规定所引起的滥用，既未加注意，也漠不关心。当审判曾在菲律宾与他对阵的投降的日本将军本间雅晴和山下奉文时，他即刻便做出了判决。在审判、定罪和宣判两人死刑（因为他们没有采取有效措施阻止下属的残酷暴行）之后，美国联邦法院的两位法官尖锐地批评了菲律宾美军军事委员会的诉讼程序以及他们所体现出来的报复情绪。对此感到恼怒的麦克阿瑟反击道：“对这种公正的方法持反对意见的只是少数……诡辩不能将审判限制在任何（特定的）形式中。问题在于本质。审判的纯洁度在于其目的，而不是细节。战争的规则和军法……在道义的严格界限内实现正义时总是具有充分的弹性。”④麦克阿瑟批准了两人的死刑判决，之后写道：“其余的此类美国案件已由东京国际法庭作出裁决。”对他来说，美国军事委员会与国际战争犯罪法庭似乎没有什么不同。⑤
突袭珍珠港
费勒斯准将在为CIA的前身、战略情报局（OSS）工作了一年后，于1943年下半年加入到麦�