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在短短的夏季休庭期间，法庭安装了空调设备。法庭再次开庭后，开始听取满洲事变后开始的日本侵略中国的证言。6月27日，被暗杀的犬养义首相的儿子犬养健作为检察方证人出庭。作证时，他直接地、意想不到地提到了天皇，称他的父亲在拜谒天皇时，曾直接要求天皇命令陆军退出满洲，那时他是他父亲的秘书。犬养健没有直说天皇拒绝了他父亲的请求，只是声明总理大臣“想把军队从满洲撤出的目的没有达到”。在后来对犬养的交互讯问中，被告木户和东条的律师穗积重威问他为什么天皇没有批准总理大臣犬养的请求，下诏命令军队撤出。穗积说，无论是英文的还是日文的，证人犬养的“证词都可以被理解为天皇对满洲事变的扩大负有责任。”犬养试图更正他的证词，但是这种戏剧性且意想不到的将责任归咎于天皇的方式，已经在法官中引起了骚动。
第2天，韦布告知法庭，因为一些法官“认为关于陛下地位……有矛盾之处，所以希望证人今天对这一点作明确说明。”犬养部分地收回了他前一天的证词，只是说他和他父亲说“从满洲撤退”时，所指的是命令朝鲜部队退回朝鲜，以及铁道守备队退回铁路地区。然而，最终犬养也没能澄清他证言中的矛盾之处。7个月后，检察方写下了共同谋划的评语并结案。关于裕仁在各种事件中所起的作用问题就像一块乌云笼罩着审判过程。没有一位被告敢于谈论天皇的战争责任问题。
东条与天皇置换责任
律师团花了11个月来证明各被告无罪——其中大部分是在1947年进行的，所用时间比纽伦堡审判的整个期间还要长。除了被告外，有310名证人出庭作证，另有214人提交了书面证词。在解释日本发动对美英战争的原因时，辩护方大体上采用了日本的战时宣传，并大量使用了战后批判罗斯福外交政策的文献。当辩护方集中为日本在中国和太平洋地区的行为开释时，检察方指出辩护方存在许多事实上的严重错误，影响了辩护的表达。法庭一次次地裁定大部分的辩护材料不相关或无关紧要。被驳回的文件包括日本在亚洲为对抗苏联的共产主义所作的努力的细节和美国国会对珍珠港袭击的调查。当律师布莱克尼试图向法庭提交一份前陆军军官斯廷森关于决定向日本投掷原子弹的记述概要时，法庭也以多数意见予以驳回。1948年冬天到春天进行的是检察和辩护双方的反证和最终陈述。
从一开始，美国和日本的辩护律师们就表现得很糟糕。用主辩护律师和前众议院议员清濑一郎的话来说，他们本应努力“否定所有对被告起诉的事实”，但是最终也没能达成统一的辩护方针。清濑在他长长的开庭陈述中指出，关于战争中的残暴行为：“我国从未有过类似所谓德国迫害犹太人那样的故意违反人道的行为”，并且“我们要证明（被告被指控的行为）与德国的战争犯罪有很大区别。”随之，辩护律师高柳贤三站起来开始攻击法庭宪章的合法性。一些作为战犯嫌疑人正在接受调查的日本陆军将校，接二连三地被传唤到庭为辩护方作证。许多辩护律师声称他们的委托人是在遵照上级的命令行事，或者是为了阻止共产主义在亚洲的扩散而战斗。许多律师提到了审判期间被引入日本词汇的“赫尔照会”，从那时起，就对它进行了恶意的指控。他们坚持认为，真正的罪魁祸首是迫使日本卷入“自卫战争”的美国。辩护律师还采用了拖延战术，希望美国和苏联之间逐渐恶化的思想意识上的冲突会对为日本军国主义者的辩护产生有利影响。
辩护阶段最突出的部分是前内大臣木户、前外相东乡和东条大将的法庭证言。在首席检察官的交互讯问中，他们3个人都在无意间将不在场的天皇牵扯了进来。
木户站在证人席上的最初两天，即1947年10月14至16日，尽管基南指责说陈述书不过是法庭文件的复制而已，木户的辩护律师威廉姆·洛根还是毫无遗漏地宣读了长达297页、冗长的英文文本。洛根读完后，10名律师用了近5天的时间轮流向木户提问。然后基南开始了数天的交互讯问，目的是为了证实“从（木户）的政治生涯开始直到日本投降为止”，他（用基南的话说）“在天皇试图采取实际手段……完全确立治安……彻底阻止暴力行为时……一直都是反对的。”基南用原田熊雄的日记记录质问木户日记中的主张，表明了木户在中国战争期间一直与军国主义者同流合污，而不是与其对抗。尽管木户声称自己与政治无关，但在幕后却行使了巨大的政治权力。
首席检察官还指控木户经常将责任转嫁给他的朋友：原田和近卫——两个人都在适当的时候死去了——以及高龄的牧野伸显。23日，基南与木户之间进行了几个回合的紧张问答：问题集中在珍珠港袭击的前夕，裕仁在军事与外交上的权力；木户给天皇的建议咨询；其中包括他在三国同盟缔结时所起的作用；他推荐东条为首相；他对罗斯福总统写给天皇的最后的信件的处理。等木户走下证人席的时候，天皇的战争责任问题再次成为焦点问题。
1947年12月下旬，前外相东乡站到了证人席上。他宣称东条、岛田繁太郎、铃木贞一是1941年宣战的主要倡导者，引起了全国的关注。更为重要的是，12月26日，东乡还称，赫尔国务卿曾命令所有日本军队和警察力量立即并全部撤出中国和法属印度尼西亚。
不仅如此……（如果执行）赫尔照会……日本将面临着还不得不从满洲撤出的局面。这种政治形势也会自然而然地影响到朝鲜……换句话说，我可以不过分地讲，在对外形势上，日本的状况仍会同现在一样……总而言之，（赫尔照会）就是要求日本退回到日俄战争前的状况。这等于是日本作为东亚大国的自杀。如果这样做了，日本在经济上基本是无法存立。
东乡暗示了日本政府是在仔细研究了“赫尔照会”后被迫选择了开战。可是，事实上，有关这种研究的记录当时及现在一直都没有人见过。除了日本驻华盛顿外交官职业性的无能外，东乡试图隐藏的还有赫尔从未对日本继续控制满洲提出过异议一点；而他东乡，在那时本可以坚持把赫尔的照会作为协商的焦点，推迟与美国的战争，可事实上他并没有这么做。
1947年12月26日，当东条将军出庭作证时，GHQ和日本政府为了保护裕仁而进行的游说活动达到了高潮。《朝日新闻》将头版的大部分都用来登载东条的证言。当天的大标题是“天皇没有责任彻底主张‘自卫战’”。4天后，12月30日，在美国律师读完东条事先准备的供词的摘要后，东条不仅为天皇还为导致1941年12月决定开战的整个日本政治过程作了辩护。他坚持认为，日本政治没有向反动性发生任何转变，仍是从来的明治宪法体制下的政府。所有的日本战争暴行都是偶然发生的，无论是思想意识上的教化还是给陆军灌输的民族精神都与战争暴行无任何关系。主要是面对日本公众而不是法庭的听众，东条将自己描述成一个受到不公正待遇的受害者。他否认侵略战争是犯罪并宣称：
直到最后我都坚持这场战争是自卫战，是不违反现公认的国际法的战争。直到现在我都未曾想到，我国因为进行了这场战争，会作为国际犯罪受到战胜国的追诉，还有战败国的合法官吏个人会作为国际法的犯人、条约的违反者而受到追究。
东条巧妙地将他和天皇的开战责任与完全不同的战败责任进行了置换。战败是在两年前发生的，而且战争进行了一半的时候，东条就离开了政权。站在证人席上的东条显得心地高尚：“第二个问题，即关于战败的责任，是当时的总理大臣我的责任。从这个意义上讲，我不但接受这个责任，而且衷心希望承担这份责任。”
东条的表现激起了强烈的反响，借此，在那些对审判有敌意、希望看到哪怕有一个被告站出来表现得很忠臣的人们中间，东条的名誉得到了恢复。而基南的对应却没有产生什么效果。可是第2天，在木户的美国辩护律师威廉姆·洛根的质询下，东条无意间、间接地牵连了天皇，引起了法庭的轰动。
洛根：你能否记起哪怕是一个事例，木户违反天皇的和平愿望，采取了什么行动？或者是提了什么建议？
东条：当然不会有这种事例。据我所知，没有。不仅如此，日本国的臣民，违反陛下的意思干这干那是不可能的。更不要说，日本的高官了。
东条的失口破坏了裕仁对开战决定不承担责任的论点，法庭审判长韦布立即向检察方指出了这一点。这是无法忽视的问题。裕仁的一个亲信侍从立即向巢鸭监狱的木户传话，让东条更正他的错误。在首席检察官基南的帮助下，东条在1948年1月6日的下一次作证时就此做了订正。尽管如此，还是带来了负面影响：检察方的证据和东条的证言再一次将没有出现在法庭上的天皇牵扯了进去。
三类罪行
在战犯审判之前、之间和之后很长时间，退位的威胁一直沉重地笼罩着裕仁。危险来自那些希望参与政治事务的身边的皇族，和所有认为应该用特别的道德标准要求国家领导人的人。
高松亲王就是几位希望裕仁退位的皇族之一。日本正式投降约1年后，1946年9月20日，他在日记中吐露，仅仅因为裕仁积累了多年为君的经验，或者因为他的退位会给麦克阿瑟带来麻烦，所以就让天皇保留皇位是不明智的。期望摄政但又不能言明，因此高松亲王支持推举秩父亲王为摄政的意见。早在1945年9月30日，他就在日记中写道，经过长期休养的秩父亲王返回首都，他“已经能见人，一旦需要的时候，也能做摄政”。高松显然认为裕仁不会永远呆在皇位上，所以一直保持着对裕仁的批判倾向。其他的皇族成员，如三笠亲王和东久迩亲王也支持早期退位。
很快，一些著名的知识分子，如自由主义哲学家田边元，就公开呼吁裕仁 “要敢于表现出更切实的责任感”。东京帝国大学校长南原繁也规劝裕仁退位。著名诗人三好达治从战场上为天皇牺牲性命的士兵的立场出发，最早对天皇的道义责任提出指责。除非天皇“在形势的允许下尽快”退位，否则“世上就没有道理了”。三好在1946年春到初夏发表的一系列获得反响的随笔中说：
陛下作为一国元首，必须作为第一责任者为这次战败承担责任……陛下允许了军阀之流横行，多年来没有施应施之策，疏忽怠慢之责甚大。在陛下的赤子的名目下，他们朴素地信赖陛下如慈父。他们相信陛下真正是陛下军队的大元帅。他们在陛下的名义下服从军规，高呼着陛下万岁倒毙在军阵上。对如此忠良的臣民，却发出“陆军真是个麻烦”的陛下……对忠良的士兵们，陛下是有背信责任的。
副侍从长木下道雄准确地认识到了这种威胁的长期性。他的日记中，有一张用宫内省的信纸写的、没有署名也没有日期，但有可能写于1946年初春的便条。木下（或和他有同样想法的某人）写道，即使美国和麦克阿瑟决定保留君主制，随着战争犯罪人审判的进行，将出现是保留现帝，还是拥立新帝的问题。
（美国和麦克阿瑟）可能预想，日本国民对废除天皇制会彻底反抗吧。他们大概没有预想过现帝退位新帝即位也会引起日本国民的彻底反抗。根据情况，他们也许会提出后者。吾人必须有所准备。
不让他们提出退位问题的策略，至关紧要的，是要让他们感到，无论是统治日本还是国际关系特别是在东洋，现帝都是引导国际关系向有利于美国发展的，最合适的、最值得信赖的人物。
到了1946年7月，就连GHQ中裕仁最热心的保卫者费勒斯准将都开始催促他，为了防止对君主制的长期危害，希望他向国民做出忏悔。与此同时，被拘禁在巢鸭监狱的木户也对裕仁的战争责任问题进行了思考，但是将劝说退位的打算推到了他自己的严酷考验和占领结束之后。
在毛泽东的共产党军队占领了沈阳，斯大林以封锁柏林的举动向“杜鲁门主义”发起挑战的前后，1948年11月4日，东京审判在经过了6个月的休庭后开始进入收尾阶段。
审判长韦布在公审法庭内朗读了多数派的判决，他首先回顾了法庭宪章的法律条款——由麦克阿瑟颁布并修订——定义的三大类罪行。第一类罪行是：“……策划、准备、开始、从事……侵略战争、或者违反国际法、条约、协定的战争……或者参与了为实现任何上述行为而进行的共同计划或谋议。”依照纽伦堡审判的先例，从事这种战争被称为“反和平罪”。审判中，它主要是指对这几个条约的违反：国际联盟盟约、关于中国的主权独立和领土完整的九国公约以及放弃作为国家政策实现手段的侵略战争的凯洛格…白里安协定。与常规的战争犯罪不同，“反和平罪”的犯罪主体是政策的制定者。检察方并非主张，侵略战争本身是非法的，而是日本被指控的侵略战争中的每种行为都违反了日本加盟的条约。为了进行这项指控，检察官们不得不对亚洲太平洋战争的起因进行调查，为此，特别是不允许辩护方在证据文件中引用与亚洲的共产主义有关的内容之后，悬而未决的历史论争的马蜂窝又被捅开了。而另一方面，纽伦堡和东京都没有仅以“反和平罪”为依据作出死刑判决。
第二类罪行是“违反战争法规或惯例罪”（一般战争犯罪），相对来说对这类罪行的争论较少。这种犯罪是根据关于陆地战争的海牙公约，和关于战俘待遇的日内瓦公约来界定的。这两个公约都是公认的惯例法规，体现了人道行为的最低标准，适用于卷入国际武装冲突的所有国家。试图反驳“违反战争法规和惯例罪”指控的辩护方，面对检察方汇集整理的证明日本在战争中所犯罪行的庞大证据，全部以失败告终。
“反人道罪”�