本校却接到蒋介石9月7日电令：“在第七期业后，埔校着即停办”。因此，在校教职员工有的归并南京本校，有的发饷两个月遣散。至同年十月二十四日广州的黄埔本校就完全结束。
南京七期，在1928年初应召到杭州受训的黄埔学生中，本有在黄埔招收的入伍生和预科生两部份。除第六期入伍生先期到南京考试升学为六期学生外，剩下的预科生就与杭州并来的第二集团军军官学校学生一起受训。1928年12月预科修业期满，经考试合格者，转到南京入学为七期正式学生。学习科目分步、骑、工、辎四科。在学时期，曾于1929年10月奉命出发武汉组成学生混成团，分驻各地担任警卫，教育课目实际陷于停顿。同年11月返校补课，12月经考试合格后毕业。计毕业生852人，称南京七期一总队。毕业后，主要分发到各地国民革命军中服务。
第八期
1930年5月在南京入校，成立入伍生团，计712人。编制与原黄埔时期入伍生团相同，而增设尉官班长，学生在学时间则延长为三年年制。其中规定学生在学限期，第一学年为入伍生教育，使之明了军队生活，熟谙军士以下勤务；第二、三学年为学生教育，学习各兵科初级将校必要之学术及指挥技能。并改革了传统的苏式和日式的教育，采用德式教育；规定各学生必须认学英、德、日三种外国语的其中一种。新的招生规定，须持高中毕业文凭方能报考，使学生在文化素质和教育程度得以保证。在此期间，另有1932年3月续办的武汉分校学生，并归本校。于是原南京本校学生分步兵、骑辎兵、炮兵、工兵、通讯兵五科，1933年5月毕业，5月20日举行毕业礼，毕业生505人，称南京八期一总队，原武汉分校学生则迟至11月毕业，计毕业生1240人，称南京八期二总队。两队毕业生合计为1745人。另一说为1774人。
这期学生在学时期，正是国家民族处在内忧外患日急的严重关头。国共两党之间的围剿与反围剿的斗争，地方军阀与军阀的内战及日本帝国主义为大举侵华而发动东北“九·一八”事变和上海“一·二八”事变等，都相继爆发。在学生中虽未中缀学业，也开始缴发了师生们求谋停止内战，抗日御侮的爱国热情。
第九期
本期学生，扩大到黑龙江和黄河流域，包括豫、鲁、陕、燕、辽等省分别招来。实行入伍生一年，本科生两年的制度。对入伍生，继续实行严格的新兵教育、上等兵教育和下士教育。外语班除第八期原有的英、德、日文三种外，并加开俄文班和法文班。1931年3月进校，1931年5月开学。设步兵大队，下分步兵一队，步兵二队和步兵三队，另有骑兵、炮兵、工兵、交通兵、自动车兵各一队。1934年4月修业期满、5月8日举行毕业典礼，毕业生654人。
本期学生毕业后，除留校一部份外，大都分配到西北军，东北军和绥远，青海等地的国民革命军部队服务。从此，本校毕业生就遍及国民政府所属各地的部队中。
第十期
本期学生，自1933年春由全国各省教育厅会同各省保安处，分别进行两次招生。经各省取录后再到南京举行复试，招收学生计lll8人，于1933年9月进校，编为入伍生团。为适应入伍生投考之踊跃和报国之心切，又加收备取生而成立入伍生预备班。后者修业时间延长半年，主要补习自然科学和外国语。入伍生和入伍生预备班都先后经考试转为正式学生。计入伍生转为学生者940人，分步、骑、炮、工、交通等科，1936年6月毕业，称十期一总队；预备班转为学生者621人，亦分步、骑，炮、工、交通等科，1937年1月毕业，称十期二总队。
这时日本帝国主义继上海“一·二八”事变之后，妄图进一步侵占华北，以武力相威胁，向我国提出对华北统治权的要求。由此引起北京学生掀起了“一二·九”学生爱国反日运动，全国学生纷纷响应。本期学生也与南京学生联合会投入宣传抗日运动，拥护“停止内战，一致抗日”的主张。
第十一期
本期学生，主要在北平、洛阳、汉口、南京、上海、广州等地广为招考。前来投考的热血青年不下万人，录取者先后于1934年9月到南京入学。计经考试录为正取生者700余人，编为入伍生第一团，称十一期一总队；录为备取生者称入伍生预备班，编为十一期二总队，修业期延长半年补课。第一团于1935年11月修业期满，并分发各部队实习三个月，1936年1月升学转正为学生，1937年8月毕业，分骑、炮、工、交通等科，计毕业生605人；预备班分步兵、炮兵和交通等科，1937年10月毕业，计毕业生664人。
这期正值1936年西安事变和平解决，实现“停止内战，一致抗日”的主张。而日本帝国主义又于1937年发动“七－七卢沟桥事变”和上海“八·一三”事变。全国人民同仇乱忾，一致要求对日作战。国共两党的抗日民族统一战线也正式形成，掀起全民抗战的热潮。一总队学生在敌机狂轰滥炸南京和本校的严峻时刻，在灵谷寺举行毕业礼，并随之分发前线，参加淞沪抗战和守卫南京之战。二总队学生则奉命随校撤离，转移至九江才举行毕业礼，也奔赴抗日前线。
第十二期
本期学生，1935年9月28日在南京入学，计652人；另有要塞炮学校学生转入本期学习，计103人，合并组成入伍生团。次年9月9日分科：计步兵四连、炮兵一连、工兵一连和通讯兵一排。1938年1月28日升学，是为第十二期学生总队，计740人。随之毕业于武昌。
时值1937年“七－七”抗日战争全面爆发，随之上海失守，南京危急。军校在学各期学生队乃奉命辗转移地教育。他们在日军飞机空袭、追踪声中沿长江西迁，水陆并进，先后转移至芜湖、九江、武昌等地坚持学习。由于在战乱中迁移，与南京前期在校学生的正规上课大有不同，原属三年制的学习课程及入伍生转为正式学生都未依时完成，1938年1月28日到达武昌才转正升学。但为适应抗日前线充实基层骨干的需要，又从速随之举行毕业礼于武昌，并分发前线部队投入抗日战斗，另有广州分校第二批学生在广州入学，1938年2月移至广东德庆毕业，列入本期学生序列。
第十三期
1936年9月1日在南京入学，计1490人，1937年11月11日升学，是为十三期学生总队。分科后有步兵六队，骑兵一队，炮二队，工兵二队和交通兵一队。1938年9月毕业于四川铜梁，实计毕业生1412人。
本期学生在南京分科学习后，散驻于通光营房、小营、及炮标等地上课。在奉命自南京西迁时期。先经芜湖、九江、武汉、长沙、常德、并沿川湘公路向四川铜梁转进。他们当日边行军、边上课，而抗日救亡的爱国歌声不绝。在迁移中，计长途跋涉四千余公里，沿路饱尝播迁生活之艰辛。学生因此而因伤病死亡者亦达六十余人。为适应抗战用人急需，学制从原定三年而缩短为两年，毕业后大都奔赴抗日前线。
三、成都时期
第十四期
本期1937年先后在武昌、成都等地分头向全国招生，陆续到武昌、成都入学。直属成都本校的学生有三个总队：第一总队1937年冬在武昌应试入学，取录者多是高中毕业学生，及曾受军训的大专学生和公教人员为主，文化素质较高，计669人，称十四期一总队。1938年11月毕业于四川铜梁安居镇。在学时间仅一年多；第二总队1937年10月在武昌入校，随之向铜梁迁移，招收的多是有志从军报国、拯求民族危亡的爱国学生。1939年毕业于铜梁，计1510人，称十四期二总队。在学时期为两年。又一批是1937年九月在成都入校，原属成都分校招考的学生。自南京本校校部迁抵成都后，将之并来本校统一施教，称十四期六总队，计1520入。1939年1月毕业，是本校学生在成都入校并毕业的首期学生。本校三个总队学生合计为3700人，还有各地分校各自招生受训的都纳入本期序列，称第十四期第三、四、五、和七、八、九、十总队毕业生。其学生人数多少，未见统计。
本期自1937年底南京迁校以来，最终确定以原成都分校改为本校校部的部署陆续完成。分校各期学生皆奉命以成都本校教学要求统一施教。是时成都地区北较场、西较场、南较场、皇城遗址及外西草堂寺、青羊宫等地，均是本校学生的驻地。教学组织除扩编政治部，加强政治教育外，又添设军官教育队、恢复高等教育班、加设战术研究班、校尉官研究班、射击训练班、技术训练班和特务长训练班等，军事教育也相应完善。至此，经历近两年来流离播迁的艰难岁月，又而在抗战大后方开始正规生活、学习和训练的进程。在八年抗战，中输送大批军事人才。学生毕业后也大都分配到抗日前线。
第十五期
1937年10月，军校当局以武昌为基地，继续大批招收爱国抗日青年，1938年1月1日入学，计1559人。先在武昌作入伍生受训三个月。是时因日军准备围攻武汉，形势吃紧。学生乃奉命转移重庆，璧山而进抵成都本校就学。计有步兵大队，炮兵大队，工兵大队和辎重兵队，通讯兵队分科训练，称十五期第一总队，并代训空军学生大队，计272人，1940年7月21日毕业，共计毕业生1831人。在学时间约两年半。另有本斯第二、三、四、五、六、七、八总队属各地分校受训，亦相继毕业，总人数未见累计。
这成都本校校部虽然初步建成，传统的教学制度开始逐步恢复，但饮食；住宿、学习的设施尚处于艰辛苦难时期，所属校址除少数原有旧军营房是砖瓦房外，大多教室、食堂、宿舍仍是泥巴盖的草房。但在前方抗日战事隔歇之时，最高军政领导、校务委员和抗日将领也不时前来探望并作军事、政治演讲，激发学生继承黄埔先烈的革命精神，树立打败日本侵略者、收复国土的必胜的信心。所以本期毕业生大都马停蹄奔赴前线，不少则参加远征军深入印度、缅甸作战，立下抗日战功。
第十六期
本期招生计分三个总队：第一总队，1938年10月10日入校，驻成都南较场，计1597人。分编步兵第一、二、三大队、炮兵大队、工兵大队、骑兵队、辎重兵各一队，分科受训，1940年12月25日毕业，另代训空军学生97人，共计毕业生1693人。在学时间两年；第二总队1939年1月17日招考取录，驻四川铜梁受训，分第一、二、三大队，主要培训步兵，1939年10月毕业，计毕业生1629人；第三总队，1939年春天入校，驻成都北较场，分第一、二、三大队，主要接受适应抗战需要的政治教育和步兵教育。1940年4月毕业，计毕业生1165人，在学时间实一年。合计三个总队毕业生为4287人。
除直属本校的三个总队毕业生外，还有各分校同期培训的第四至第二十总队。这二十个总队总人人数虽无详确统计，却显示了抗战中的本校规模日大，师生众多，俨然恢复了昔日黄埔本校、南京本校的盛况，实际成了大后方培养抗日青年军官的大本营。1940年5月，本期举行毕业典礼也特别隆重。由蒋介石亲自主持，鸣放礼炮，举行阅兵，并向学生授以毕业证书和赠剑。还有党、政、军高等官员和宋氏三姊妹都联袂出席盛会和观礼。这个阵容成了全国团结抗日。的象征，对激励毕业学生奔赴抗日前线发挥了重要作用和深远的影响。
第十七期
本期1940年初开始分批招生，计成都本校有三个总队：第一总队1940年4月15日开学，驻于成都本校西较场，计1527人。下分步兵第一、二大队、炮兵队、骑兵队、工兵队、辎重兵队。在学时间两年，1942年4月12日毕业；第二总队1940年5月6日开学，驻于四川铜梁，计1374人。下分三个大队，十二个中队。主要受步兵教育，1941年11月2日毕业；第三总队1940年7月13日开学，驻成都北较场，计1030人。下分三个大队，九个中队，1942年2月15日毕业。三个总队毕业生共为3931人。
本期除属本校的三个总队之外，连同各地分校招收的学生多达28个总队之多，分编为第四至第二十八个总队，分校校址广及四川、陕西、广西、贵州、湖北、云南、新疆、湖南和江西等，师生分布极广。时值1941年12月日本侵略者发动的“珍珠港事变”爆发，促成同盟国与轴心国的第二次世界大战全面开展。我国战区从早期的节节失利，进而会合英、美盟军并肩对日作战，战局从此日见好转。该期学生毕业后，多开赴前线，参加抗日战争。
第十八期
本期自1941年初陆续招生，直属本校的有两个总队：第一总队1941年4月1日入伍，计1600人。因原校址不足，分驻于草堂寺、青羊宫等地。次年升学后才将步兵大队，工兵大队迁北较场，特科大队迁西较场。1943年2月毕业、毕业生实1215人；第二总队1941年11月25日正式入伍，驻成都南较场，计1237人，分为步兵六队，骑兵一队，炮兵二队，工兵二队，辎重兵一队通讯兵一队，1943年10月8日毕业。本期连同各地分校毕业学生共为十四个总队，七个独立大队和三个独立中队，包括步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重兵、通讯兵及适应抗战亟需之兵种。其分校毕业总人数尚未见确切统计。
本期学生毕业之时，正是八年抗战进入第五、六个年头，全世界的侵略与反侵略的战争已进入最后决胜阶段。从而本期学生毕业时，一律授以少尉军官衔，其中大多数人走上了抗日战场。
第十九期
本期自1941年先后由各大城市分区招生，本“抢救沦陷区知识青年之旨”，由校本部派员深入各战区加以甄选。各地青年应选后于1942年春天陆续到校。5月成立两个总队于成都草堂寺。12月25日开始入伍生训练，1943年3月分科受训。计第一总队称步科总队，下分七个队，另有炮兵两个队，共为九个队998人，仍驻草堂寺；第二总队称特科总队，下分骑兵一队，炮兵三个队，工兵二个队，辎重兵，通讯兵各一队，计902人，驻西较场。同年12月升学转为正式学生受训，合