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结局嘛！小新顺利的获得了徽章和呆呆兽的口水，汗！是呆呆兽的跟随，这只呆呆兽自从吃了小新的鱼干，就开始形影不离的跟着小新，不过话说回来它与其说是跟随小新，到不如说它是喜欢有事没事要小新的手，只要小新一抬手，你就会看到一只原本迟钝的呆呆兽，竟然以媲美瞬移的速度咬住，而且它那一成不变的呆脸，也在咬到小新得手后变成满足的笑脸，幸好呆呆兽只是含住并没有咬，不然小新的手还真没救了。
所以如此这般，最后在神奇宝贝考核中心的考官大力支持下，呆呆兽很自然的就成为了小新的神奇宝贝，至于到底算不算收服嘛？
“呆呆兽，给我上。哎呀！你怎么又来了。”就看见一个大大笑脸的呆呆兽，满足的咬在了小新举起的手上，看起来除了他的手呆呆兽其它都没兴趣。
撇开小新继续下去的旅程，我们会转过来看看火箭队的状况，板木现在是风光的不得了，由于资金充足研究部门制作的控制器，出乎所有人意料外的完善缘故，加上代欧奇希斯在绝对智力方面，的确是比不过超梦的原因，板木一手掌控了那个超级神奇宝贝代欧奇希斯，另一方面被命名为黑洞爆弹的新武器，也在只追求实际成果的理念下快速进行，从这一点来说火箭队的确比银河团要理性的多。
于是，解决了手中的实力问题后，板木开始关注起对自己组织还有危害的人，他首先考虑的当然是关东四天王和特搜组，这个实力和规模比火箭队还强的联盟组织，也是板木不敢贸然实现他野心的最大阻力。其次是关东的各大城市道馆，虽然连板木自己已经有一半支持他，不过剩下的另一半馆主也的确难对付，再加上关东研究神奇宝贝的科学家，比如大木博士还有正辉博士这些正直的科学家，这也是股让板木头痛的力量，最后嘛，当然是新涌现的一批训练家，这些训练家虽然都还稚嫩了点，可是目前的他们对于联盟支持却最是坚定，另外其中也有不少强力的训练家。
经过最终的考虑，板木还是觉得先收拾那个彩虹市阻碍自己的小鬼，不过他在看了隐藏在四天王那的线报一份报告后，让他把对付这个新人训练家计划再次完善，板木利用自己联盟馆主的身份，向联盟提交了一份关于彩虹市破坏的原因报告，这份报告加上四天王菊子的某些方面确认，一张联盟极少出现的稽查令出现了，而它的目标赫然就是小新。
解决了这个之后，板木没想到又收获了一份惊喜，四天王在对待这个叫小新的训练家上面，竟然出现了很少有的分歧，这也让一直受到四天王之一的渡关注的火箭队，难得的得到了一段无监视的自由时期，板木决定在试验了代欧奇希斯的真实实力之后，就开始自己称霸世界的攻略计划，于是他带着代欧奇希斯回到了常磐道馆主持起道馆战。
可惜让人意外的事情总是会发生，新奥的银河团开始在关东地区出现，并且把目标锁定在了火箭队身上，至于原因嘛！当然是小新在帮助火箭队得到银河炸弹时，就留了一份火箭队所进行的神奇宝贝控制器消息报告，这对于想要控制钻石兽迪亚鲁加和珍珠兽帕鲁基亚的银河团，的确是非常不错的一个消息，也是对于这个盗走自己组织珍贵资料的回报，当然也有成员怀疑过这件事，只是在收集了关东火箭队的资料后，超梦计划和代欧奇希斯控制计划就到了银河团手里。
对于这两个出乎意料之外的情报，让银河首领赤木也觉得大感意外，要知道超梦可以算是梦幻克隆体，银河团只要得到这份研究资料，就不用麻烦的去捕捉两只神兽本体了，只要得到了它们的细胞就可以创造出来，而另一份控制资料则经过代欧奇希斯的试验，这只神奇宝贝也是近年来发现的强力宝贝，赤木对于能控制它的这个控制器可是很期待。
没想到一份莫须有的情报，这让赤木如此的接近自己的梦想，这让这个平时荣辱不惊的男人也忍不住激动起来，这样一来得到那两份研究资料就势在必行，先不说和火箭队的理念不同问题，就凭火箭队无故抢自己的研究资料，赤木就已经决定要找回面子抢回来。
这样一来，关东火箭队成员时不时就会出现状况，加上银河团的神奇宝贝在关东很少见，银河团的这次侵入意料之外顺利，可惜火箭队毕竟是关东的地主，它的隐藏能力绝对不简单。于是两个团伙的对抗就开始了，这两家的对抗也让小新不再被火箭队注意。
83进发红莲
黑暗势力的对抗并没有影响社会正常，可惜宝贝联盟在经历一场稽查令问题后，又得到了大木博士的快速辩解，引起这一串事情的目标很显然都指向了板木，接着在各处又得到了火箭队被阻击的事情，于是关东内部第一次进入了紧急状态。
于是小新也在去红莲岛的路经小镇上，得到了来自神奇宝贝联盟的特殊通讯，当然来电的是大木博士和很久不见的渡，而且他们来电是询问侵入关东的神秘组织问题，并且也想从我这里得到彩虹市毁坏哪天的真实情况。
作为一个神奇宝贝的训练家，为了神奇宝贝世界的安定，小新当然会把自己知道的说出来，只是小新所说的关于新奥银河团时，渡和大木博士就开始惊讶得不行，在小新拿出银河团研究的银河炸弹资料备份后，银河团的危害等级在两个人心中上升到了顶点，于是小新接下来说到火箭队老板极有可能是板木，并且彩虹石毁坏就是板木控制代欧奇希斯干的时，博士和渡的反应反而就不是那么惊讶，只是渡直白的说没有直接证据控告板木，神奇宝贝联盟很难对馆主进行指控。
“那么既然你这么说，我也只有这些情报告诉你了。对了，博士上次忘了问我那些小磁怪都怎么样了？我还要靠它们帮我家买的岛通电呢！呵呵，是不是它们太麻烦你了？”看着大木博士越来越难看的脸，小新知道那些神奇宝贝肯定干了什么？
果然大木博士原本和蔼的脸，一下子变得怒气冲冲得道：“你不说我还真忘了有这麽回事！那么多的小磁怪没有通知我一下子来，害得我的研究所里的设备全都磁化，还有那些小家伙还特别的调皮，害我多交了多少电费你知道吗？小新。”
大木博士一副你不给我说法，我就要你好看的神情看着小新，这让小新也觉得自己好像真的有点罪大恶极，正待他喃喃无力的想解释什么时。
通讯电话里突然冒出娜娜美姐，只见她笑吟吟得道：“小新你也在呀！刚才打爷爷他竟然在和你说话，你不要去理爷爷啦！你不知道你的那些小磁怪一开始是破坏了些东西，只不过现在它们都帮他新买了多少设备，就凭它们的电力我们家现在也收支平衡了不少，这还真的感谢你呢！爷爷那么生气或许是怕你带走这些小磁怪。对了，这只金色小磁怪就送给姐姐怎么样？我知道你一定会答应我的对吧？”
大木博士在看见娜娜美姐后，就有些不自然的样子，没想到姐姐说的事实还真让小新意外，连带大木博士那尴尬的脸在他眼里都有些可爱。
既然小磁怪没出什么祸，小新也就松了口气道：“没事就好，博士你还真是越活越年轻啊！这么高难度的变脸你也使得那么自然，不过你老人家真的要小磁怪的话，下次我再去帮你带些回来就是了，至于娜娜美姐你都那么喜欢娜姿小磁怪了，我说不给估计也拿不回来的对吧！那么那些小磁怪的训练就拜托你了，我希望它们以后会是合格的电力帮手，怎么样？”
回答当然是点头了，对于小新的要求其实娜娜美姐一直在做，毕竟小磁怪要合格的作为供电宝贝，不训练那肯定是不可能的事，他又没有那么多时间去训练它们，交给娜娜美姐是双赢的事。
“我说啊！你们是不是忘了我的存在了，我还要小新提供板木的一些证据，毕竟如果他真的是像小新说的那样，那么火箭队的存在对联盟绝对有害，我们也不能再这样对他们放松整治了，那么小新你有没有具体的证据呢？”渡终于忍不住对三个人无视自己发表意见，而且看得出他对火箭队还是很在意。
“渡哥没有了，我没有任何可以证明的证据，要知道我可是刚刚出来的旅行的训练家，就连我知道板木是火箭队首领，也是彩虹市和他遭遇了才意外发现。”对于证明板木的证据的确有，可是小新却绝对不能拿出来，所以他只好暗暗对正义的渡哥抱歉了。
渡也无奈的看着小新，要知道这种情况可是最让人难受，明明知道罪魁祸首在眼前，却完全拿他没有办法可想，这让人有非常大的挫败感，就算是强大如渡也不免有些灰心。
挂断了渡和博士的电话后，小新也没再去管这些政府和黑暗势力斗争，要知道就凭现在的他也还没能力管这些事，另外联盟也不再缉拿他了，那么继续红莲岛的徽章旅行就可以放心的去了，只是哪里的馆主夏伯小新好像还欠他个情（为了超梦催眠过他）。
小新背上行李踏上去红莲岛的船，这一次小新不光需要红莲徽章，也借助这里到橘子联盟去，原因嘛当然是去看看他家的新岛建设，这样算起来小新竟然也是橘子群岛的人了，真是这样的话或许将来可以办个道馆也可以。
红莲岛是个组合岛屿，主岛就是一座巨大的火山岛，据说三神鸟的火焰鸟就生活在那里，而且除了这些外这里也是研究科学的胜地，最著名的研究就是让化石中的神奇宝贝复活过来，另外创造超梦的第一个研究所也在这里，只是不知道它还有没有存在，毕竟小新第一次来这里时太匆忙，并没有细细的寻找过，这一次小新决定好好的探索一下红莲岛。
84红莲研究旧址
红莲岛，地处关东最南方的岛屿，这里的气温还真是挺高，上一次我来的时候还真没感觉，超梦好奇的看着红莲岛，这个最初就被考虑诞生它的地方，这里还真的给它一种特别的感觉。
“小爱；你在天堂还好吧！我终于再次回到这个开始的地方，你放心，我已经找到了我的同伴，我也感觉到了真正的风，小爱你告诉我的还真对，这个世界真的有很多有趣的事！”超梦的沉默让小新感觉到奇怪，不过联想到这里的意义他就明白了不少。
“超梦，没事吧！”小新关切的看着超梦，他知道超梦内心还隐藏着其它事。
“对呀！很少见到这个样子的你，没想到拥有了人类感情的你，或许也是你会成为超越我们存在的原因吧！看来就算被人类作为先知的我们，看来还是缺乏了这些微妙的感情。”由克希的样子很认真，它淡漠的感情出现了难得波动，看得出它很羡慕超梦拥有的情感。
看着两个陷入思索的神奇宝贝，小新不得不出言安慰：“好了啦！即使是羡慕的话，那么证明你也有这种情感！欢乐、憎恶、佩服、嫉妒、哀伤、发怒，只要有这些在你就拥有感情，这并不是人类独有的东西，只是你们神奇宝贝的情感太简单，所以才觉得拥有我们的感情会很好，实际上太多的情感也是诞生罪恶的缘故。”
不管它们是否明白这些道理，小新可没精力去阐述那些大道理，这次目标可是红莲岛的火山，研究所的遗址应该毁于上一次的火山喷发，无论如何小新都要知道，为什么人类会想创造神奇宝贝？难道一开始，这些科学家就是为了创造最强神奇宝贝，带着这些疑问小新踏上红莲火山。
火山脚是原先红莲镇的遗址，残壁断痕之间也隐藏着不少神奇宝贝，小新把所有神奇宝贝放出来后，开始了历史挖掘的考古工作，虽然这里还算不上什么历史遗迹，不过这种像似的热情还是让人难以压抑。
瓶子、罐子、宝贝球、奇怪的骨头等等，当然都是没有价值的东西，热火朝天的翻找工作所出成果，却并不让努力挖掘的人满意，挖的人不满意被打搅的住户就更不满意，于是双方当然要刀兵相见。
小新他们就遇上了这种情况，住在废墟里的No。126鸭嘴火龙群就对他相当不满，要不是小新现在带上了所有的神奇宝贝，或许对方攻击一早就开始了。
不过忍耐总归是有限度的，小新虽然也明白打扰对方的不该，不过鸭嘴火龙的围困也让他很不爽，只是真的要他命令攻击鸭嘴火龙，现在的地形和对手的数量的确是个大问题，不过总是在这种时候意外也会伴随而来。
一架银灰色飞机快速的降落在不远处，飞机上那个熟悉的标志证明了银河团到来，并且看样子他们也对这里的研究所有兴趣，由于银河团的行动更嚣张的缘故吧，鸭嘴火龙们把目标立即放在了他们身上。
“小新，你看。”超梦突然出现，手里拿着一个破旧的箱子。
这是一个保险箱，里面有很股很强烈的古怪波动，只是现在还不是研究的时候，小新拿了箱子就快速带领神奇宝贝们离开。
没多久红莲镇废墟里躺满了昏迷的鸭嘴火龙，银河团的成员也聚集在一起，只是看他们各个都高兴的样子，就知道他们的这次行动很顺利。
“队长，这份资料还有用？虽然证明是这个研究所的成果，不过看起来好像并不是很成功，要不要去另一个研究遗址瞧瞧，或许那里的收获会更大也说不定，毕竟火箭队的情报也说那里成功过一例。”一个银河团成员提出了质疑，看起来他们得到的资料有着缺陷。
只是这个银河团队长显得格外沉稳，他很断然的就拒绝道：“不，那里肯定不会有什么有价值的东西，得到那个研究小岛的家庭背景很深，头说了来关东尽量不要惹这些人，就算资料在他们手里，我们也只能通过交易里获得，在没有创造新世界的实力前，我们和他们的差距还是有一定距离。当然就我们现在得到的这份资料，就足够我们获得这份力量了，存在时间长短对我们并没有影响，死了我们还可以再继续造就是了。好了，带上所有的东西我们也该走了，联盟搜查官还是非常的讨厌。”
“是，�