拔而升任湘军将领（在他麾下的那一部分湘军名为楚勇）。②1861年，多隆阿帮助曾国荃从太平军手中收复了安庆，他自己在1862年攻克了庐州。他的勇营被证明在对付回民时同样有效。1863年3月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为东干人主要基地的两个市镇。他在8月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。1864年3月他死于对侵犯陕西的四川太平军的战役中，这时他已扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已起义的人数众多的回民部队。
陕西的叛乱显然是汉族官绅挑动起来的，但甘肃的叛乱似乎是回民首先发难的，马化龙的新教教徒则在其中起了很大的作用。早在1862年10月，某些回民领袖就传话，说清朝即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙基地金积堡以北四十余英里的大城市。与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的总督恩麟发现只有和为上，别无他法。在他的建议下，1863年1月北京为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方队伍都倍蓰增加，冲突与日俱增，所以四年之内除省城和其他少数几个城市外，全甘肃省几乎都被回民部队占领。
马化龙的军事…宗教网络以四个地区为基地：金积堡本身；青海东部的西宁，这里有许多撒拉族皈依新教；以及甘肃南部的两块地方——河州（靠近青海）和秦安（距陕西不远，在新教中心张家川附近）。①宁夏道一位能干的汉族道台侯云登纠合了足够的绿营兵和八旗军以及团练，保卫灵州达一年之久。但在1863年12月，马化龙的军队在他的儿子和另外几位新教的信徒率领下，不仅攻占了灵州（据说有十万汉民在这里被屠杀），而且攻占了宁夏府的各汉城和满城。马化龙这时显然已用汉人的称号，自称为统领宁夏府和两河诸地的“大总戎”；这个“两河”指黄河和（它的）一条主要支流。②马化龙有了这样的权威，就能任命管区下的府县官员，而对于日益增多的徒众来说他却是一位圣人，同真主有特殊联系，能行诸般奇迹。
当然，甘肃也有许多叛乱首领并不信奉新教。1862—1866年间活跃在甘肃而其名字见于历史著作③中的七十多个回民头目中，有二十个人被认为是马化龙的党羽。这二十人中包括了伊斯兰新教传教士和许多绿营兵的中级军官。余下的人（包括最近从陕西来的十一位首领）中，有些已与马化龙结盟，或者从他那里接受接济。比起云南的造反者来说，陕甘的回民领袖中很少有马如龙那样死心踏地的变节分子。回民投降者通常被证明是诡计多端的人。1864年年中，随多隆阿来到陕西的湘军军官雷正绾正转战于甘肃，他攻克了固原和平凉，因而使得渭河和甘肃中、西部之间的政府驿道被重新打开。一位陕西的叛乱回民和阿訇赫明堂投降了雷正绾，但在9月当陕西回民重新包围固原时，赫明堂做内应打开了城门，使他的教友赢得了胜利（而且连带地赶跑了已经投降雷正绾的一支甘回人马）。一份现存的回民材料叙述说，赫明堂在每次战役前都要朗诵经文并大声祈祷说：“我们托靠主，我们一面保守教门，一面打仗，一总是真主襄助。” ①1865年2月固原再度落入清军之手，但陕西叛乱分子在赫明堂的领导下于10月又夺回了它；还夺回了靠近陕西的东南诸城市。
由于得不到一位死心踏地而有势力的变节者的帮助，清朝官员只好使用安排“投降者”的办法，这实际上是把领土交到叛军手里。最显著的事例是马化龙本人。1864—1865年，北京命令它的两位最好的满族将领去攻击马化龙在甘肃和宁夏交界地带的基地。这两位将领一为都兴阿，主要负责甘肃的军事；一为穆图善，原是多隆阿属下的一名骑兵军官，现为宁夏将军。对宁夏府两个城市的围攻长达一年之久，但并不顺利，穆图善也赞成接受马化龙的副官所提出的和平建议。都兴阿非常反对这个计划，所以只是在他调任为沈阳将军后，穆图善才贯彻了他的接纳马化龙的方针。马化龙移交给清军二十六门大炮，一千多支洋枪，一万多件刀枪。作为报偿，穆图善奏请除去马化龙的叛民名籍，他说：“马化龙很受甘省回民之信任。如果派他去各地劝说回民……即可不战而使诸地闻风归顺。”②1866年5月一道上谕批准了马化龙的投降，而他本人甚至改了一个保皇派的名字——马朝清。可是，他继续巩固和扩大他的影响，而用不着耽心清军对他的攻击了。
与此同时，清朝在甘肃的有效统治正在瓦解。回民叛乱蔓延到了黄河以西甘肃省那个状如锅柄的地带。1865年2月，凉州（今武威）一名绿营兵回族军官粉碎了一次叛乱而控制了该城，3月份玉门又发生了回民叛乱，它马上又波及到更西北的安西。甘肃回民曾于4月暂时占领了战略要地肃州，在12月份又占领得更久一些。有些回民又返回陕西，使该省再次出现危险。新疆早在1863年就已受到陕甘事变的影响，现在也处于内（因内部几个地区有好多叛乱）外（即清帝国有来自外部的入侵）交困的痛苦之中。
新疆
中国回民举事的消息在新疆引起了各种各样的反应，其多样化的程度犹如该地区的人种和语言那样复杂，也如它的地理和历史传统被隔裂分割的状态那样互不相关。那里的清政府有许多弱点，而且直到1860年为止，清王朝在反对阿法其和卓及其操突厥语的追随者的定期圣战中只是勉强维持住了六城地区的秩序。（见上卷第二、八章）汉人到新疆的移民越来越多，但这种发展也增加了冲突的可能性。在操突厥语的居民看来，中国的移民——不管是不是回民——只构成了少数民族，而且也往往会变成反对新疆的清朝统治者的颠覆分子。在清帝国的这一极西北领土上，中国人和非中国人也都面临着俄国在中亚贸易和政治中作为占统治地位的因素而出现的事实。与此同时，通过帕米尔和喀喇昆仑的新山隘正在努力勘探之中，因此新疆被英属印度认为过于靠近它的北部边境了。①
中国本部回民叛乱的消息可能早在1863年3月就激起了伊犁地区的一次回民骚动，但清军还能够很快把它镇压了下去。那一年的5月，回民和汉民在新疆东北的奇台爆发了战斗；那里的汉族农民和商人人数众多，而且那里鼓励新移民的清朝当局对回民的课税采取了高压的手段。6月份，六城地区北部的库车爆发了另一场叛乱，其领袖是与玛赫杜姆家族非亲非故的热西丁和卓。这场叛乱东边远及喀喇沙尔，西边到达了喀什噶尔。热西丁和卓在阿克苏建都，称为突厥斯坦王。但在7月份，热西丁家族未赢得叶尔羌的尊敬，一个当地叛乱分子攫取了该城的权力，紧接着，一位柯勒克孜族出身的伯克攻占了喀什噶尔以南仅约三十英里的英吉沙尔；在六城南部，一位操突厥语的领袖自立为和阗王。
正在这时，在新疆东部作为清朝堡垒的乌鲁木齐，一位从甘肃来的东干族阿訇妥明①（据说是马化龙的党羽）在清朝戍军中搞策反工作。妥明效法甘肃回乱的榜样，他博得了乌鲁木齐绿营兵参将索焕章的效忠。索焕章的队伍曾经打过与奇台回民发生械斗的汉族移民武装团队。索焕章在1864年7月发动一次兵变，杀死了满族将军并控制了乌鲁木齐汉城。妥明号为清真王，而以索焕章为大元帅。妥明的部队攻占了沿玛纳斯河的几座城市，在10月，乌鲁木齐的满城也投降了。新疆的东干人既不见信于清朝，也不见信于突厥人，他们的反应是在库尔喀喇乌苏与吐鲁番同时起事。12月，妥明的一位将军攻占了吐鲁番城。
1864年11月，统率整个新疆的满洲将军驻地伊犁也发生了暴乱。塔兰奇人迈兹木汗曾当过阿奇木伯克，他领导的叛乱分子（多数是操突厥语的人，也包括一些察哈尔人）包围了伊犁的两个主要城市，即惠宁和惠远。伊犁戍军统领明谊在塔尔巴哈台与俄国人签订了边境条约，他刚从那里回来。他与伊犁将军明绪一起向俄国的西伯利亚总督求援。①他们准备长期被围，因此他们甚至把要求通过总理衙门转交给俄国驻北京的公使；但一切努力等于白费。清军英勇地守卫了这两个城市达十八个月之久后，终于在1866年3月被压倒。塔尔巴哈台也在同年4月宣告失陷，它是在由一位阿訇率领并得到哈萨克人帮助的当地回民的围困之后失守的。因此，新疆只有巴里坤…哈密地区尚在清朝手中，但就是这个地区也受到了回民的侵扰。
与此同时，在新疆南部，张格尔的圣战（见上卷第八章）似乎也已在搬演，但这只造成了一位也许是虔敬的、但手法很高明的篡夺者的崛起。满人早在1864年年中就已失去了对喀什噶尔的控制权，但有另外两支人马在争夺这个城市。其中一支人马的头头是柯勒克孜人头目西迪克伯克，他为了争夺控制喀什噶尔的权力，在1865年初访问过浩罕以吁请援助。但结果并不是浩罕的直接干预，而是张格尔的一个儿子——布素鲁汗——的卷土重来。他只带了约六十个人，由曾在浩罕军队中服过役的一位将军阿古柏（约1820—1877年）率领。尽管这支部队人马不多，但喀什噶尔地区有大批人纠集在布素鲁汗的麾下，因为大多数人仍然自认为是阿法其的圣裔。布素鲁汗不久就强大起来，足以消灭企图在喀什噶尔建立控制的另外两支敌对人马。后来，当阿克苏的热西丁和卓与叶尔羌的一位新统治者攻打这座城池时，这两人都被阿古柏伯克组织的军队打败。在阿古柏于4月份移兵去附近的英吉沙尔并且打败了一支孤立的满洲部队之前，布素鲁汗不失时机地登上了汗位。
碰巧阿古柏不仅是一位干练的将领，而且是擅长弄权和用宗教来支持权术的一位大师，而这二者在伊斯兰突厥斯坦是密不可分的。布素鲁汗马上感到有这样一位野心勃勃的将军在身边是很不安全的，因而想方设法要搞掉他。但是，阿古柏那时却与那位虔诚地看守阿法其陵墓的谢赫很友好，所以后者拒绝和卓想把阿古柏革出教门的要求。这位富于心计的将军现在迫使和卓移居英吉沙尔，使和卓在那里实际做了十八个月的囚犯。1867年，和卓被迫（或者被说服）离开六城，表面上是去麦加旅行。阿古柏攫取了喀什噶尔的权力，称号为巴达吾来特（洪福之王）。同时他宣称，他已下定决心要对妥明领导下的东干人发动宗教战争；因为东干人虽然也是逊尼派（正统的穆斯林），但他们据认为是沙菲伊法学派，而不是喀什噶尔地方宗教当局所信奉的哈纳菲派。①由于妥明的王国已把它的势力从吐鲁番向西扩张，所以阿古柏有理由去征服和阗的统治者麻夫提哈比布拉以及阿克苏和库车的统治者热西丁和卓，以便在1867—1868年大力巩固喀什噶尔对塔里木盆地的控制，因为这两个统治者曾征召东干人加入他们的军队，并且在其他城市欢迎过东干人的援助。阿古柏也让布哈拉的艾米尔封他以宗教的称号：阿塔拉克哈吉（护法神）。他因此拥有合法的身分；在他所统治的城市中他着手严格地解释伊斯兰法律以加强这种地位。他还创办了许多附有捐赠土地的新的经文学校。
阿古柏可能是一位真正虔诚的武士，因为他敢于到东突厥斯坦去攻击东干人控制的城市，这就进一步证明了他是这样的人。看来他在1869年只在库尔勒得手。但到了1870年底，他接连攻占了喀喇沙尔、吐鲁番和乌鲁木齐本城。在这最后一次武功中他曾得到一位非回民徐学功的帮助，后者是新疆东部汉族移民的一位“团头”。借助于徐学功和妥明的心怀不满的过去支持者，阿古柏的部队才在12月夺取了乌鲁木齐。妥明投降了，并逃往马纳斯河，最后病死在那里。可是，阿古柏的胜利是付出了很高代价的。据一条材料记载，他的远征队伍在1867年有二万人，经过新疆东部之战后只剩下了半数。①但是，这次远征产生了重大的影响。1871年6月，俄国军队冲过边境占领了伊犁，从而阻止了阿古柏可能征服西准噶尔的任何计划。
俄国侵占伊犁一事，要从更大的方面来看。因为它表明，新疆不再象张格尔时代那样只是中亚的一部分了。新疆现在已处于清、俄、英三个帝国相交的三叉路口上。特别是中、俄两国因有自己的利害关系而对新疆的前途非常关注，而当时俄国正力求得到保证，阿古柏的伊斯兰教热情不会使他去支持俄国正在逐一加以控制的其他突厥斯坦国家。在阿古柏取得权力的时候，浩罕、布哈拉和基发都在为独立作最后的挣扎。俄国在1865年拿下了塔什干，1868年拿下了属于布哈拉艾米尔国的撒马尔罕。这一并吞趋势还在发展之中：基发最后于1873年降服，浩罕城也在三年之后变成了俄国城市。与此同时，英国人虽然跟新疆的贸易依然很少，但也有其他理由使它对俄国人的用心感到不安。造成英国人忧虑的部分原因是，他们不知道——俄国人也同样确实不知道——通过喀喇昆仑山脉的大规模军事调动是不可能的。但英国人对印度兵变记忆犹新，他们更耽心因俄国人的煽风点火——通过本地代理人去接近克什米尔与阿富汗之间心怀不满的边境诸部族——而使印度的局势可能不稳。英国希望新疆不要落入俄国人之手，而宁愿它成为对付俄罗斯帝国的缓冲地带。②
阿古柏也很警惕他的处境的危殆，但他对他本人和对突厥斯坦其他穆斯林邦所能做的事是有限的。他早在1868年就派遣了使节去印度和俄国讨论贸易的前景，并且吁请承认他的国家。1872年俄国军队已驻在伊犁，他认为有必要同俄国官员签订一项不给予外交承认的商务协定。俄国贸易就在所规定的值百抽二点五的低进口税率下繁荣了起来，这时阿古柏却表示不满，把行为不轨的俄国商人收监，并断然没收了他们的货物。为了防备万一，他开始努力争取英国和中亚以外诸伊斯兰国家的援助