由于1889年以后在两宫之间逐步发生的不和，在宫廷内和政府中出现了派系斗争。其大部分发展情况仍笼罩着神秘的气氛，因此历史学家很容易曲解它的意义和性质。首先必须记住，在受派系支配的宫廷政治大漩涡中，帝后之间的对峙只是一股成长中的潮流。在研究这时期的宫廷政治时，必须防止只用这种对峙来解释所有的派系斗争。也必须反对简单地把两宫之间的派系斗争同保守派与维新派之间的思想冲突等同起来。事实是，慈禧太后作为朝廷中的实权人物，自然博得大多数官员的效忠。因此，在她的派系中也有各种政治观点和信仰的人物，包括保守派和温和派都在内。确实，站在皇帝一边的大多数官员是倾向维新的。但是诸如翁同龢和汪鸣銮等帝党人士，并不一定比通常认为是太后一派的重要成员李鸿章和荣禄更具有维新的思想。事实上，直到1898年初，帝后之间的对峙才发展成为意识形态之争。
而且，在那时之前，所谓帝党只是一个未定型的小集团，代表分散的亲帝的情绪。他们中的一些人，如以同情皇帝闻名的文廷式和汪鸣銮，虽然和翁同龢很密切，但是这些人的相互关系既不总是那么密切，也没有作出深思熟虑的努力去结成一个有组织的派系。加之，当时两个派系之间的界限并不象1898年春天以后那样泾渭分明。例如，翁同龢虽然被普遍认为是帝党中领袖群伦的人物，但从未反对过皇太后。直到1898年夏他任职的末期，他仍认为自己的主要目的是调和而不是制造两宫之间的不和。从他的例子可以看出，亲帝并不一定反对皇太后。①
然而，当康有为在1897年冬回来再度开展变法维新运动时，局面开始变化。在1898年春夏，分散的亲帝情绪逐步具体化为羽毛丰满的一派，派系冲突充满了意识形态的斗争，最后使朝廷因激进的与温和的改革问题的争吵而发生两极分化。虽然康有为因1895年的大胆和激动人心的上书要求变法而成了一个有争论的人物，但在朝廷内还有几个官员对他的爱国热忱和丰富知识仍有深刻印象，因此将他荐举给皇帝。而将康有为引入帝党过程中起作用最大的高级官员却是翁同龢。
翁同龢早年在朝时的政治观点和大多数保守派并无不同。然而在十九世纪八十年代后期，他对西方事务产生了兴趣，并倾向维新。这种观点方面的重大变化对年青的皇帝有决定性的影响。1894年中国被日本击败更增强了翁同龢的看法，使他成为维新的热烈提倡者。
翁同龢的强烈的维新倾向不可避免地使他注意到康有为所发起的运动。翁氏对于维新虽是热情的，但他的观点或多或少仍是自强运动的路数，和康有为信奉的激进的维新变法主张有很大的距离。这就是为什么当他首次看到康有为在《新学伪经考》中发表的非正统和挑战性的观点时表示了重重疑虑。但是正如萧公权所指出的那样，翁氏对康有为感到兴趣以及后来将他举荐给皇帝，可能不完全出于思想意识上的考虑。他毕竟是一个有一番雄心壮志的高级官僚，与其他一些著名的有志维新的官员（如李鸿章和张之洞）在进行着权力斗争。所以对于翁同龢来说，维新不仅是一种理想，而且也是值得争取的具有高度权力价值的东西。有着渊博的维新思想的康有为可以作为翁氏有用的伙伴，能够想方设法帮助翁同龢以从事维新的名义在朝廷中战胜他的对手。①
此外，康有为的儒家异端思想和激进的改制思想在十九世纪九十年代是逐步为人们所知的。在十九世纪九十年代中期，康有为并不象1898年那样表现得激进。事实上，他的“越轨的”观点只是在1898年春夏才公诸于世。在此以前，他的变法纲领看上去仍可以被翁同龢、孙家鼐和张之洞等温和的维新派所容忍；这些人对康有为所掌握的知识和大胆的政治主张有很深的印象。当康有为的激进主义的全部内容揭晓时，翁同龢和其他一些人都感到惊恐，于是与康的立场分道扬镳。但是翁同龢已将康有为举荐给皇帝，他们早已有了直接的接触。
在康有为于1897年冬到达北京以后不久，但在他重新向皇帝上条陈要求变法以前，皇帝下令在总理衙门安排康氏与李鸿章、荣禄以及翁同龢等高级官员进行一次晤谈。在1898年1月24日举行的这次晤谈中，康有为大胆地宣称，“祖宗之法”需要改变，中国的“法律官制”应予废除。甚至连翁同龢对康有为的此番谈话也感到惊愕，以致在他的日记中称之为“狂甚”。②
同时，康有为连向皇帝送上三道奏章，继续发挥他在1895年提出的变法建议。和以前不一样，这三本奏章都送到了皇帝手里。这些奏章公开提议颁布宪法和建立国会。更重要的是，这些奏章清楚地说明了关于贯彻他的改制理想所必需的政策革新的具体想法。首先，政府必须自觉地以明治时代的日本和彼得统治下的俄国作榜样。为了学习这些榜样，皇帝应采取三个重要步骤。第一，他应大誓群臣，表明咸与维新之意。其次，在午门设上书处，旨在缩短缓慢的官僚机构途径，从下层直接发现人才，了解思想。最后，为了绕过全部现存的官僚机构，应在内廷设立制度局，详细制订制度上的应兴应革的计划，并付诸实施。总起来说，康有为的策略是一个大胆的号召，它要剥夺宫廷和官僚机构的权力，并将权力集中到皇帝及其维新派助手们的手中。实际上，这是对整个清朝官僚体制宣战。
光绪帝对康有为的奏章的反应显然是很热烈的；当第一份奏章送到他那里时，他命令总理衙门将康氏论维新的作品送呈上来。此后，康有为在送呈他的变法条陈的同时，还附上了他的《日本明治变政考》和《俄罗斯大彼得变政记》，以及其他有关现代欧洲各国政治历史的著作。这样，1898年初春，早在康有为首次被召见以前，他的思想轮廓已为光绪帝所了解了。①
与此同时，康有为继续用组织学会的办法将士大夫动员起来，以贯彻他的主张。1898年1月5日，他在北京的广东同乡中间创立粤学会。两个月以后，建立了闽学会、蜀学会和关学会，它们都是由各省有志于维新的士大夫组成的。同时，康有为和他的朋友组织了两个其他团体：经济学会和知耻学会。
当康、梁及其同伴们重振变法维新运动的旗鼓时，与1895年的情况一样，正好遇上三年一度的会试。数千名士子麇集在北京。由于德国和俄国分别侵略山东和满洲，京师充满了紧张和义愤。康有为又想到发动这些举子和绅士官员在京“成一大会，以伸国愤”。于是便和有志于维新的御史李盛铎一起，组织了保国会，在4月12日首次集会。在它的影响下，三个同样性质但规模较小的其他学会也在北京建立了起来，它们是保浙会、保滇会和保川会。①
保国会打算按照强学会的模式，成为全国性的而不是地区性的组织，在北京和上海都设立总会，最终在全国各省、府、县设立分会。保国会不同于强学会之处在于表达学会宗旨的新的民族主义的动人辞藻。强学会后面的推动力是开始觉醒的民族主义意识。然而这种意识由于使用老一套的爱国主义语言而有所削弱，成立强学会的宣言以及此后的各种宣言就包含有这样的语言。例如，学会的目的仍是“自强”，这是十九世纪六十年代以来流行的名词。但在成立保国会的宣言中，这些老一套的爱国主义语言已为新的动听的言辞所代替。该会的目的是保全国权、国地和国教。这些新名词的出现清楚地表明，自1895年以后的三年中，民族主义在中国有了显著的发展。
可是保国会比起它的先行者来证明并没有更多的成就，尽管在会员方面它看起来给人的印象要深刻得多。强学会只有三十名会员，而保国会有一百八十六人。但是它没有得到强学会曾从政府上层得到的那种支持。没有显赫的姓名出现在它的花名册上。而且，当保守派开始进行攻击时，它几乎还没有开始活动。康有为强调民族国家的利益而不强调清朝的利益，这使许多人害怕它包藏颠覆的祸心。很快，一份题为《驳保国会议》的小册子得以流传开来。御史们倡议弹劾该会。一场反对保国会的运动被组织起来了。在这种攻击下，甚至最早和康有为联合倡议的李盛铎也变了卦，也参与了弹劾以保护自己。在此期间，大多数举子在4月中旬的会试结果揭晓后已离开京师。这样，只举行了三次会议，维持了大约一个月之后，保国会很快便销声匿迹了。①
这个团体的命运表明了1898年春末夏初围绕着康有为在北京的变法维新运动发展起来的敌视和猜疑的程度。如上所述，在康有为的追随者及其敌对者之间的激烈的意识形态的斗争，此时在湖南也达到顶点；对手们的一个主要策略是上诉中央政府，根据他们提出的关于维新派在湖南种种活动的报告，对维新派提出这样那样的控诉。结果是，对于中央政府的许多官员来说，康有为和他的伙伴们现已被证明是一个危险的集团。当康有为带着他的全部非正统观点和激进的政治思想突然得以接近皇帝并且被卷入宫廷内的权力斗争时，气氛确实变得越来越紧张了。
康梁集团关于变法的条陈突然有了成果，6月11日，光绪帝发布上谕，宣布以变法为国是。6月16日，康有为被召至宫廷，首次陛见。在这次长达几小时的陛见中，他强调中国需要进行全面的制度改革。他向皇帝许诺：“变法三年，可以自立。此后则蒸蒸日上，富强可驾万国。”紧接着陛见之后，皇帝给予康有为在总理衙门一个特殊职务，并且享有不用经过原有途径而直接向皇帝上书言事的特权。由于皇帝和康有为之间建立了直接的联系，变法运动进入了被称为“百日维新”的新阶段。
从6月11日到9月21日这一百天中，皇帝迅速地接连发布了一百多道上谕，试图以空前规模大力推行变法维新。在8月底前，大多数法令涉及经济、军事和文教领域。在经济和军事两个领域中，诏令体现了自强运动的强化。在经济领域中，国家以更大的力量促进农、工、商业。为此目的颁布了许多改革法令：在首都建立农工商总局，各省设立分局；在中央政府设立矿务铁路总局；制订奖励技术发明的章程；在首都和其他商业中心设立邮政局；按月上报预算，使政府财政合理化。至于军事改革方面，着重于训练现代化的陆军，加强海军，组织保甲和团练：所有这些都由各省当局负责。
文化教育方面的革新已经大大超出了自强运动的成就，表现出自1861年以来以点滴方式进行的教育改革已到达登峰造极的地步。两个最重要的有计划的改革是：彻底修改科举制度，包括以时事和实学的策论为考试的新标准，来取代以书法和刻板的八股文为取舍的旧标准；在首都建立京师大学堂，在各省设立各种高等和初级学堂，外加军事的和工艺的学堂。
8月后期起，清帝进一步加紧了他推动改革的活动，开始改造政府机构。一些中央政府的衙门和几个督抚所辖的地方衙门都被废除。中央政府的重要部署也都得到了要它们删汰旧例和编定新则的命令。在政府中决策的新顾问被指定了。9月13日光绪帝宣布他的决定，准备“开懋勤殿以议制度”。①
在百日维新期间颁布的政策改革，都是以有志于改革的温和派和激进派绅士…官僚提出的建议为基础的。这些建议的大部分思想直接或间接来源于康有为，他不但在6月11日以前提交了一系列关于变法的总的方向和方法的条陈，而且于此后上呈皇帝的二十一件奏摺中提出的具体政策建议也继续阐述了他的思想。
不过在1898年夏天公布的变法诏书并没有把康有为的建议全部付诸实施。他关于军事和文化教育改革的意见几乎全被采用。他关于经济革新的大多数建议，除了废除漕运和厘金制之外，也都在改革的诏书中得到了体现。但是他关于政治制度改革的建议，如颁布宪法、建立国会和宣布君民合治，上谕中均未提出。然而，光绪在9月中宣布准备讨论对政治制度进行根本改革一事，表明有可能接受这些建议。这样，当夏季消逝时，光绪的改革运动日趋激进，并预示了最后要对帝国全部政治机构进行激烈改造的前景。①
这种激进的倾向不但与大多数政府官员的意识形态立场背道而驰，而且也同几乎整个官场的既得利益发生冲突。修改考试制度之举使帝国广大文人有失去晋身机会的危险。废除许多衙门和改变官僚政治的现有管理则例之举，威胁了许多在任官员的直接利益。军事改革会涉及裁汰许多现存的军队。指派年青的维新派进入军机处和总理衙门等重要政府机关担任虽然低级但很关键的职务，再加上新条例规定士人和官员均可越过正规的官僚制度渠道而直接向皇帝上书：所有这些都趋向于破坏宫廷中高级官员的权力地位。变法方案的最厉害的一招莫过于蔑视皇太后的权威，直接威胁她的权力和她最宠信的太监的命运。最后，变法运动的惊人速度和它日益增长的激进倾向造成了普遍的忧虑和不安气氛，致使变法维新运动很容易被看成要无区别地摧毁一切现成秩序。这样，百日维新使整个朝廷分裂成势不两立的敌对双方，一方是皇帝和少数激进的少壮维新派，另一方是太后和整个官场。
双方之间的矛盾冲突几乎在百日维新刚进行时就趋向于表面化。6月15日，在维新被宣布为国是后的四天，帮助皇帝起草诏令的翁同龢在后党的压力下被黜退。从此开始，当皇帝和激进的维新派忙于发布诏令时，皇太后和她的强大的党羽则悄悄地在巩固他们的力量。在翁同龢被黜退的那一天，她最亲信的宠臣荣禄被指派署理直隶总督，统率华北的全部军队。与此同时，发布了一道诏令，规定政府中接受新任命的任何高级官员必须亲身觐见皇太后，以表示谢恩和保证忠诚。
在接着而来的两个月中矛盾冲突继续升级。9月初，皇帝甚至一举下令黜退了礼部的两名尚书和四名侍郎。同时，四名具有强烈变法倾向的青年学者杨锐、�