东亚同文书院通过设在中国的教育机构和设在日本的研究机构，对作为它主要任务的文化交流作出了重要贡献。它创办于1898年，这也是大隈提出“大隈主义”的那一年。从当时帝国主义对中国的掠夺，以及从日本公众对中国虚弱的厌弃中，近卫感到了一种危险的倾向，即有人主张放弃中国和参加西方进行帝国主义的争夺。在1898年1月《太阳》中的一篇大量被人引用的文章中，他号召密切中日合作和联合。他坚决认为，西方侵略的根源是种族性的，日本除了加以反对和援助中国加以反对外，别无其他选择。“中国人民的生存决不只是事关他人的福利，它涉及日本人自身的根本利益。”日本人必须研究中国，到中国旅行，与中国人交往，只有到那时，他们才能够采取适当的政策以应付两国面临的危险。②就象近卫的活动与1898年政府的活动相一致那样，他的活动在1901年又与民族主义的活动合流了。1901年是黑龙会（它力图使日本在黑龙江站稳脚跟）和近卫的国民对俄同志会成立的时间。
不属于权势圈子但仍处于执政上层集团边缘的势力，是与自由民权运动有联系的明治时期的自由派人士。他们之中的许多人认为，他们在日本进行争取政治自由主义的斗争与亚洲其他各国人民的自由主义者的斗争休戚相关。他们大部分人虽然利用西方的自由主义思想和立宪思想，但在抵制西方的冲击这一点上仍是热诚的“亚洲主义者”。早期的自由党作者和社论撰稿人都敏锐地了解朝鲜的状况，并且要象在日本那样也在朝鲜提倡自由主义。大井宪太郎在1885年为了自由的目的对朝鲜发动了一场异想天开的对外扩张的远征，在同一时期，很快被日本警方取缔的东洋社会党的创办人樽井藤吉写了一本小册子《大东合邦论》，号召日本和朝鲜合并成一个称为“大东”的国家。他和其他一些人一样，都认为种族战争正在迅速降临，再也不能采取不彻底的措施了。必须建立亚洲的团结。这些计划既包括狭隘的地区观念和傲慢自大，也含有理想主义和信仰；它们既吸引着最坏的明治时期本国至上论者和沙文主义者，也对最优秀的明治时期普遍拯救论者有号召力。同样，象中江兆明等自由派理论家坚持把中国的维新和日本的维新结合起来，并且早在1881年，植木枝盛已经组织了兴亚会。甚至随着1889年颁布明治宪法从而使争取议会自由运动的主流更加靠拢明治政府以后，主流中的激进派，即二十世纪的社会主义者和无政府主义者，利用对中国和中国人的热烈兴趣去维护其先驱者的亚洲意识，就成了理所当然的事了。①
日本的自由主义左派提供了他们私人与中国革命派合作的鲜明例子。宫崎滔天被孙中山称颂为“今之侠客也。识见高远，抱负不凡。具怀仁慕义之心，发拯危扶倾之志。日忧黄种陵夷，悯支那削弱”。宫崎及其几个弟兄从早期自由主义运动中脱颖而出，他们试验了基督教，陶醉于亨利？乔治的单一税解决法，并且献身于中国的革命事业。①
由于这些关于危机、信仰和觉悟的论旨在明治时期的环境中是如此重要，所以那些为其同胞心目中的崇高理想献身的人能与上面简单介绍过的许多集团有着多方面的融洽关系，就不足为奇了。许多重要事件的关系纯粹出于命定的巧合。例如，政党运动的两个领导人大隈重信和犬养毅执政时正值帝国主义在中国扩张造成的危机触发了戊戌变法之际。宫崎滔天的终生事业的开始、孙中山受到支持他的日本要人的引见、北京的百日维新、大隈和板垣的宪政党内阁的产生、同文会的成立、中国维新派的逃亡日本、学生运动的发起等事件，于是都接踵而来了。
上面已经指出，在政治避难中自然地成为上层人物的中国维新派受到了高级日本人士的照顾和殷勤接待。日本政府中的最高层人士提供了帮助，使康有为和梁启超逃亡日本。这件事的大部分由同文会的领袖近卫亲王穿针引线，而且他暗中参与了此事的全过程。康有为会见了日本领袖人物，受到大隈伯爵的殷勤接待，并与近卫本人进行了长时间的交谈，在谈话中近卫把明治中兴的长期准备与百日维新表面上的仓促进行作了对比。近卫强调了他一贯的主张，即关心中日两国具有共同的政治和文化，认为必须实行亚洲门罗主义。但是近卫集团感觉到，康有为名声太大，不宜长期留在日本；于是在1899年春季，近卫筹集了外务省的秘密经费，供康有为前往加拿大的温哥华。梁启超也与近卫及其他地位显赫的日本人会过面。1899年近卫亲自来中国。他在中国几次与具有维新思想的官员进行长谈。张之洞就日本让康、梁避难以及梁的著作对中国的留日学生可能产生害处之事表示抗议。近卫不同意这个抗议，也不同意把维新派说得那么重要，他宁愿把话题扯到他爱谈的中日合作和共同关心的事务方面。在此以前不久，近卫还在香港会见了接受日本政府的经费的宫崎和平山周，以便了解华南的政治形势。①
象宫崎和平山那样活跃的自由派，在中国的革命派而不是在中国的维新派或日本的贵族中，找到了天然的朋友。1900年，宫崎大力促使康有为和孙中山合作，此事深深地引起康有为的怀疑，以致最后他被新加坡当局所捕，而近卫在他日记中提到此事时，骂他的同胞＇宫崎＇为“阴谋者”。发展与学生运动的关系也需要时间。在早期，当留学生仍被谨慎地资助并且偏重于学术活动时，孙中山及其日本朋友受到中国留日学生的支持还比较少。但后来随着留学生人数的增加、人员的日趋复杂以及政治活动的日益加强，革命的情绪蔓延滋长起来了。同时日本的民族情绪因为事实上正掉头去反对俄国，所以对上述情况并没有立刻引起不舒服。结果中国的革命派在日本人以及中国留学生中间找到了为他们的活动作了较好准备的场所。
孙中山在1895年广州第一次起义的尝试失败后，已经逃到了日本。他在横滨剪掉了辫子，留了小胡子，并且穿了日本人裁制的西服。他后来回忆说：“中日战争后，日本人开始更受人尊重，因此当我留了发须后，就可以毫不费事地冒充日本人。”他从日本前往伦敦，在那里，中国公使馆对他的扣留和几乎成功的引渡使他出了名，这件事他在普遍被人阅读的《伦敦被难记》一书中作了详细的叙述。他在1897年8月又到日本。这时他结识了宫崎和平山。他们原先应犬养毅的要求去中国调查政治，在那里从孙中山的朋友处听到他又回到日本的消息。孙中山很快对他的新朋友产生了吸引力。虽然他们听命于犬养，并且确实把孙中山介绍给他，但他们却忠于孙中山，忠于与孙共同持有的振兴亚洲的观点。
他们第一项合作事业就是通过购买和运输武器以及小股冒险者去援助阿基纳尔多的菲律宾革命的计划。象那艘陈旧不堪的船只因超重运输枪炮而沉没那样，这次行动也失败了，使几个日本冒险者丧了命。在第二个行动中，日本人试图在百日维新的灾难性失败以后使中国的革命派和维新派联合起来，但也毫无成果。虽然革命派和维新派同样依靠日本人的庇护，而且接触同一批日本人（宫崎曾与康有为在香港会晤过，平山曾陪同梁启超到横滨），但中国的维新派很不信任革命派，认为他们的文化和社会地位不如自己。早期得到犬养和近卫帮助成立的学校，很快就处于维新派而不是革命派的控制之下。在此期间，日本人中间的自由派冒险家却倾向于活跃的革命派，而不倾向于维新派。1900年，唐才常在汉口发动的未遂的起义名义上都得到这两派中国人的支持，但此后，在急于进行变革的中国人中间就长期出现了分裂。①
1900年夏末，孙中山试图在广东省策动一次革命，发动时寄最大希望于日本的介入。起义的基地是当时已被日本人占领的台湾岛。这样就在一定程度上产生了一种期望，即日本将利用华北义和团之乱而进入华南。厦门事实上一度被日军所占领，这是为了对付一场策划好的反日“挑衅”。孙中山计划成立一个有几名日本人担任要职的临时政府。他的一个伙伴搜罗了广东省的秘密会社成员，开始领他们前往厦门，以迎接预期来自日本的人员和武器供应。在开始的几次战斗中，造反者所向无敌。但到起义开始两个星期后，当孙中山了解到日本的援助根本不会来到时，就传话放弃这一尝试。带着最后命令的日本人山田良政落到了清军手中并且被杀害。孙中山在为山田良政建碑的纪念词中写道：“君不以政府忻厌为意，衔命冒险，虽死不辱，以殉其主义，斯其难能可贵者。”①
1900年的起义失败后，孙中山试图以来自印度支那和美国的支持来进行革命，但都没有成功（法国总督曾经邀请他在1903年前去访问印度支那；在美国，他曾试图支配三合会的领袖）。这些失败，再加上更早以前他因过去为他提供大部分追随者的华南秘密会社的成员无纪律和不可靠而产生的失望，使他相信他应从中国的留日学生（特别是从军事学校的留学生）中吸收人员。当孙中山在印度支那和美国逗留期间，学生运动明显地发展了。日本反俄情绪的高涨也很重要。黑龙会会员们看到他们的民族主义顺应着亚洲出现的机会，并且认为随着清朝的垮台，中国人对满洲的统治就将失去理论根据。因此，在黑龙会的正史中写道：“日本人在援助华南革命的行动中，同时发扬了爱国心和侠义精神。”②在此期间，原在1903年因抗俄组成的学生义勇队又为革命增添了力量。例如，黄兴回湖南企图发动一次起义。他开始时担任一所日语学校的教员，但同时还印刷和分发陈天华的革命小册子。实际上，在他创办的早期革命组织华兴会中活动的每一个成员，都已经是或者即将成为留日的学生。但是在这个组织策动一次计划在1904年爆发的起义之前，清当局袭击了黄兴的住所和他的日语学校，主要人物勉强沿着危险而困难的路线返回日本。在日本，曾经帮助过孙中山的这几个日本人立刻与他接触。他与孙中山一样，接受了“同文同种”的论点，并且与宋教仁一起，也成为日本人鼓励和援助的对象。①
孙中山回东京时正是1905年夏末学潮高涨之时。他的革命纲领和口号已被制订出来。这时所缺乏的就是一个新的组织，但经过他和日本朋友给他介绍的黄兴的共同合作，这种组织出现了。经过一系列筹备会议以后，1905年7月30日在黑龙会首领内田良平家中组成同盟会。约有七十人出席，实际上全是中国留学生，他们代表了十八个省中的十七个省。正式的成立大会定在8月20日举行，这次是在坂本金弥家中举行的。有三位日本人——宫崎滔天、平山周和萱野长知——是正式会员，宫崎在1907年被授予代理权，以便作为该会的日本代表谈判武器给养。同盟会在留学生原在东京成立的各省同乡会的基础上组成；它另外还有传统秘密会社的宣誓仪式和秘密活动的特点，这些都是以三民主义（这是孙中山在西方学习时拟订出来的）和五个口号（其中之一是号召中日友好）的名义进行的。这样，同盟会最大程度地体现了中国通过留学日本以寻求民族主义和现代化的具体成果。
关于同盟会宣传的思想内容及其与以梁启超为代表的维新思想的政治斗争，另有论述（见第九章）。同盟会的领袖有时面临一种艰巨的任务，即要对付某些革命派，因为后者不大相信日本舆论中的温和路线。胡汉民在《民报》撰文，为大隈伯爵的“善意”中隐隐流露出来的恩赐观点和傲慢态度以及日本政府更为明显的冷遇进行解释和辩护。①在1907年以后，当日本政府在一系列安排亚洲各国边界线的协定中选择正式与帝国主义合作，并要求孙中山离开日本时，甚至这些解释也不够了。孙中山的离日，象康有为八年前一样，也得到外务省秘密资金的安抚，这样就可以防止公开破裂或者他的日本民族主义友人的愤怒；但这又使革命派不能再利用他们的东京根据地，从而使同盟会的活动中心逐渐转移到了靠近中国的其他地方。孙中山离开后，留学生因同盟会中不同省籍和不同的思想意识而产生的离心倾向，削弱了它的团结和力量。但是随着中国青年中教育的提高以及民族主义和不满情绪的不断增长而出现的更重要的倾向，却一如既往地向前发展，最后给革命运动带来了好处，虽然这些倾向并不直接给革命增光。
随着革命的迫近，日本的直接影响衰退了。宫崎和萱野等革命党的代理人却成了政府监视和怀疑的目标。他们的秘密访问日本的中国友人也受到同样的待遇。友好的日本政府的形象逐渐变成了一个特别危险的帝国主义强国的形象，而它邻近中国和容易到达中国的有利条件也更加令人担心。辛亥革命爆发时，人们发现孙中山从美国启程，不是回中国或去日本，而是前往英国，这是因为他希望遏制可能发生的日本干涉；而东京政府本身也对事态的发展一点没有把握，所以它疏远了几乎所有可能在中国取得政权的候选人。在满洲，受日本军队支持的冒险家们最早企图成立一个独立的亲日缓冲国。在其他地方，孙中山的＇日本＇老朋友也在活动，但却不能提供或保证提供其同胞们的支援。社会主义者兼民族主义者北一辉与宋教仁交往密切，但他也设法每天向黑龙会首领内田良平打电报，报告混乱的政治局势。他后来退隐著书立说，颇有创见地解释了日本的资产阶级…帝国主义社会为什么不能在重要的良机中树立自己的领导地位，为什么不能与一个为诞生而奋斗的中华共和国建立信任关系。包括宫崎和萱野在内的其他人士与孙中山的关系如此密切，以致他们在革命政府失败后也与孙中山一起迅速地失去了光彩。孙中山在短暂的成功之后又要重新依靠日本的善意了，此时他表明比过去更愿意作出关于日本在满洲享有利益的诺言。①
日本人还在近代中国更长期更