，于是乎，六部的官员们在皇帝和宰相之间疲于奔命，难免出错，这更让朱元璋下定了废除宰相制度的决心。
屠刀挥动的肇端发生于在洪武十二年（1379年）九月，占城国（在今越南国东南部地区）来使进贡，按说这种外交大事，从正常制度上来说，中书省接到报告后应该上报朱元璋，从朱元璋训话的角度来说也应该由相关负责人直接汇报给皇帝才对。然而，朱元璋并不是从中书或是礼部那里知道有外交使节来南京的消息——相关人员竟然没有报告给朱元璋！
史书上说是某个外出办事的宦官看到占城国的使者，然后告诉了朱元璋，使得朱元璋龙颜大怒——这没有留下名字的宦官，或许也是他的一个检校吧。
朱元璋找来胡惟庸和汪广洋，责问他们为何隐瞒不报。汪广洋自从再入中书以来，更加小心谨慎，上次挑战李善长失败反而被朱元璋重新放入中书省，他知道，他应该成为朱元璋废除宰相制度的一柄利剑，继续去挑战胡惟庸甚至是李善长，这才是他的君王所需要的。世上有的人在逆境中会激发潜力，越是困境就越要抗争到底，但汪广洋不是这样的人，在这些年来的宦海生涯中，他最初为民做事的豪气日渐消磨，洪武九年对李善长的弹劾，是他唯一一次爆发，当时想着不成功便成仁，却没料到既没成功也没成仁，还被朱元璋当成打手又被扔进了中书省。他知道，迟早朱元璋会拿中书省下手，他此次再入中书省，恐怕很难再活着走出去了，这让他彻底崩溃。他开始酗酒，似乎只有在酒精的麻醉中才能寻得心灵的安慰。工作中的事更是应付一下，根本就不过心，胡惟庸爱耍什么小动作就耍什么小动作，他是一概不问，得过且过，浑浑噩噩地过日子。
对于这次重大外交失误，汪广洋根本就没反应过来，在朱元璋面前只是磕头而已，胡惟庸辩解说这种事情一向都是礼部负责，都是礼部的错。朱元璋又找来礼部官员和两位宰相当面对质，礼部官员面对两位宰相也毫不畏惧，说这种事我们已经给中书省打过报告了，是否上奏皇上得看中书省的意思啊，我们只是底下做事的怎么敢擅专呢——又把皮球踢了回去。
这下朱元璋怒了，皮球踢来踢去，竟没有一个有担当的肯承认错误。既然都不认错，那就都别安生了。于是把礼部负责接待的相关人员全都下狱，暗中让检校调查真正敢将此事压下隐瞒不报的指使者。明面上，两位宰相只被骂了一顿，并没有受到什么处罚。胡惟庸和汪广洋怀着惴惴不安的心情回到中书省，不知在中书省昏暗的烛光下，这两位老对头是否都从对方的眼中看到了绝望的神情——这绝望既是属于胡惟庸的，也是属于汪广洋的，甚至，是属于胡惟庸身后的李善长的。
命运的转轮既已启动，断无停下之理，朝中诸大臣都看出了朱元璋要把火烧大的决心。胡惟庸和李善长坐的宰相高位，表面光鲜无限，朝中有无数大臣眼红，早就想取而代之。这次在外交方面出了这么大的岔子，恐怕他们二人相位不保，自己何不落井下石，从中渔利呢？能扳倒一个是一个，说不定哪天那个耀眼的职位就能落到自己头上呢。
过了不久，占城外交接待事件调查结果出炉——汪广洋是罪魁祸首。朱元璋对这个调查结果并不满意，大家都知道汪广洋一向尸位素餐，要说他是主使者，别说朱元璋，恐怕那些参与调查的人也都不相信。这个调查结果看在朱元璋眼里，只能说明胡惟庸在朝中的势力太过庞大，已经完全架空他这个皇帝的权威，到了不除不行的地步了。但要除掉胡惟庸，必须有过得去的理由，而且总不能让皇帝自己去说，得由臣下发难才好，挑来选去，一个叫涂节的大臣被他挑中了。涂节是御史中丞，负有监察百官的责任，由他出面告发胡惟庸，很是合适。
为了不打草惊蛇，汪广洋仍然被牺牲掉了，他先是被贬官到广东，还没走到呢，朱元璋又追加一道圣旨，内容是说他以前当地方官的时候包庇犯法的宗亲朱文正，后来在中书省的时候明明知道杨宪的奸邪却不报告，结论是“赐死”。汪广洋几乎是以解脱的心情来接的圣旨，这样的场景，在他的梦里已经反复出现过无数次了吧，以前需要借助酒精的力量摆脱梦魇，这一次却是不用再担心什么了……
汪广洋只是身死，朱元璋没有连罪他的家人，但汪广洋有个陈氏小妾，得到汪广洋死去的消息后也跟着自杀了。古时丈夫死了，没有子女的妻妾从死，是贞洁的行为，很多帝王都会给这样的女人以表彰，但这个消息传到朱元璋的耳朵里，引起的却是反效果。随着陈氏小妾自杀殉夫的消息一起报告给朱元璋的是这个女人的身份——她是犯官之女，其父曾是个县令，因犯了法，妻女都被卖为官奴，不知怎么竟成了汪广洋的妾室。朱元璋知道后大怒：“从来官奴只能赏赐给功臣之家，汪广洋这样的文官怎么能纳之为妾呢？”
朱元璋立刻下令有司彻查，于是从胡惟庸到六部各官人人自危，很多人都感觉到了皇帝对胡惟庸的不满已经到达了极限。然而这个案子还没查完，胡惟庸已经掉了脑袋，汪广洋的小妾这样的事和“谋反”大事比起来，实在算不了什么，于是这桩案子就这么无疾而终，不了了之。
洪武十二年（1379年）十二月，御史中丞涂节向朱元璋告发胡惟庸涉嫌谋杀诚意伯刘基——胡惟庸找人给刘基看病的事情广为人知，刘基此后不久就去世了也是事实，虽然这两者结合起来并不一定就是历史的真相。
不过朱元璋不需要真相，他需要的只是杀人的理由。
不知道胡惟庸洪武十三年的春节是怎么过的，反正御史中丞涂节没闲着，他觊觎丞相的位置很久了，如今揣摩上意，看到胡惟庸已经明显失宠，就准备给胡惟庸最后的致命一击。
洪武十三年（1380年）正月初二，整个大明朝还沉浸在过年气氛中的时候，南京城里却剑拔弩张，涂节向朱元璋告发——中书左丞相胡惟庸意图谋反！
朱元璋接到报告后毫不含糊，立刻命人把胡惟庸抓起来，还没等涂节高兴呢，一转脸又说涂节本来就是胡惟庸一党，还拉上了曾经和汪广洋一起弹劾李善长的御史大夫陈宁，洪武十三年正月初六，朱元璋将这三个人一起杀了。
天威震怒，雷厉风行，大过年的，突然一下死了一个丞相、一个御史大夫和一个御史中丞。在胡惟庸死后发布的文告里，他的罪名是“擅权枉法”，罪行倒是一抓一大把，从肆意打压自己的对头到私扣奏章，〖Ｚei8。Ｃom电子书下载：。 〗从收受贿赂到专权独断，乃至于沉湎于声色犬马之中，几乎是无所不包。
在大臣们还没反应过来的时候，到了正月十一日，又有两道圣旨发布——废除中书省！废除大都督府！
两道圣旨把中书省和大都督府的后事安排得十分详尽，内容之缜密、细致，使朝中大臣们终于明白，朱元璋发布这两道诏令绝非一蹴而就，而是酝酿了很久的结果。
中书省作为大明朝最高行政机关的历史到此结束，从此退出了历史的舞台。整个中书省的官员编制几乎全被废除，只保留了纯粹记录官性质的中书舍人一个职位。原本属于中书省的权力全部收归皇帝一人所有，吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书的地位上升，他们直接对皇帝负责，王朝政务的决策者和实行者之间再无任何阻碍。同时，朱元璋还告诫群臣——今后他的子孙，都不能再说设立丞相的事情，臣子们也不能请求设立丞相，不然就是死罪！
而大都督府则被分割成中、左、右、前、后五军都督府，这五军都督府掌管军旅之事，隶属于兵部，曾经和中书省分庭抗礼的大都督府编制就这么消失了。
洪武十三年的春节，注定是让大明朝所有官员都难忘的一段日子。
混乱的正月过去后，朱元璋真正开始了至高无上的皇权运作。
现在的大明朝，没了中书省的宰相掣手掣脚，朱元璋的皇权达到了历史的顶峰。但权力必然伴随着义务，没过多久，这至高无上的权力所带来的副作用就显现出来了。
身为皇帝，他必须要保证整个大明朝的正常运做，但他不是神，只是人。从科学的角度来说，一个人成年人每天需要有7到8个小时左右的睡眠时间才能保证身体健康和意识清醒，但朱元璋在洪武十三年以后，一天的睡眠时间可能都没有四个小时——从前一整个部门的工作现在压到他一个人身上，就是他有三头六臂也无法负荷。有史学家统计过，在废除丞相制度以后，每天送到朱元璋面前的奏章有近200封，大小共计约500件事需要他做出决断。而那时的奏章都是文四骈六的儒士们写的，通常几万言的水分下来，真正谈事情的能有几百字就不错了，就算一封奏章5000字吧，200封就是100万字……就算每天不动脑子看100万字，你能看完吗？何况还得动脑子去想这奏章到底讲的什么问题，该怎么解决？——面对如此繁重的工作压力，朱元璋再有身为皇帝的自觉也没办法全部一肩扛下。
再说，人的睡眠不足最容易导致精神紧张焦躁，朱元璋本来就不是个和气的人，时间一长，脾气更为暴躁易怒，看着满朝臣子都不顺眼，要不是内廷有结发的妻子马皇后照顾，外廷有皇太子朱标和亲家李善长支撑，只怕他一个暴怒，就能要了满朝大臣的命。
这种情况愈演愈烈，朱元璋看朝臣也越来越不对劲儿。他一个人根本看不完那么多奏章，就有许多推到明天再看，而明天又有新的奏章送到他的面前，必然又有许多得推到第二天。而朝臣们上的奏章都是请示问题与决策，虽有轻重缓急，但却没有不该办的，得不到回复就不敢实行，不敢实行在朱元璋眼里就是办事不力，办事不力就该罚，挨了罚就更不敢自作主张而要事事请示……如此恶性循环，朱元璋和朝臣的关系越来越紧张。
胡惟庸虽然死了，可李善长还在，朝廷中大部分官员仍然是李善长的老部下，他们在胡惟庸死后，朱元璋对他们日益不满的情况下，自然又回到了李善长的羽翼之下，以求平安。但这种做法在朱元璋看来，就成了结党营私和图谋不轨的双重判断。
“射人先射马，擒贼先擒王。”这句古话在朱元璋这里不适用。他要剪除的是李善长代表的文官功臣集团，他确信，这个集团已经腐化变质了，不再是自己的可靠助手，而是分夺权力的对手。
屠杀的理由并不好找。事实上，外廷的大部分政府部门都由这个集团的人把持，即使在洪武十四年成立了大理寺和都察院，和刑部一起并称三法司，刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正，形成了大明朝廷正常的司法程序。但三法司的人多为儒士，办案定罪既无眼力也无效率，朱元璋觉得实在靠不住。
靠得住的只有自己身边的检校而已。
检校从一诞生就为朱元璋一手掌控，为他立下过汗马功劳，然而检校是个职务名称，不是正式机构，它有侦察权，却不能扣押人犯和判罪量刑，要想让检校发挥更大的作用，就必须赋予他们更多的权力。如果将检校放到外廷文官系统的三法司的话，只会拘泥于国家法律和程序正义，而无法随心所欲。
朱元璋将眼光收回到内廷，放到了自己身边的侍卫亲军上。侍卫亲军是皇帝的私人卫队，将检校们放入其中，并赋予侦察之外的权力也是说得过去的。
洪武十五年（1382年），朱元璋终于决定将锦衣卫推到台面上来了。
早在朱元璋自立为吴王的时候，他就对军队进行了改革，废除了麾下军队中的统军元帅一职——这个职务只能由朱元璋本人来担任，如今称王将来称帝，军权是一丝一毫也不能放松的。他将全军划分为武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林等十七卫亲军指挥使司，相应地还废除了诸将因袭元朝旧制的枢密、平章、元帅等称号，而是按照所率兵马的数量，五千人称为“指挥”、一千人称为“千户”、一百人称为“百户”、五十人称为“总旗”、十人为一个小旗。
在朱元璋正式称帝建立明朝之后，又把这一军制推广到全国各个地方，按照全国郡县划分军区，大致类似于今天的北京、沈阳、济南等各大军区。五千六百人以上的军区称为“卫”、一千二百人以上的称为“千户所”，一百二十人以上的称为“百户所”——这一制度就是为我们熟知的明朝军队的卫所制度。
回到中央，明朝军队最高指挥机构是前面说过的大都督府，由最高长官大都督总领天下诸军事，这天下诸军事不光是对外征战，还包括皇帝身边的护卫亲军——拱卫司。
明初，皇宫的守卫任务由拱卫司担当，虽然亲近皇帝，但实际官职却很低，长官只有正七品而已。拱卫司的人选也都是由大都督府选派，整天在皇帝身边晃来晃去的人，自然要求很高，身高、样貌、体能、头脑一点都不能少。但朱元璋对于这样的拱卫司并不满意，一来拱卫司原本属于中书省管——可见明初中书省管辖之宽，后来转到大都督府下边，只不过转来转去总不是在朱元璋自己手里；二来正七品的官职相对于皇帝亲军的名号来说，也实在太寒酸了些。
于是洪武三年大封功臣的同时，朱元璋也对拱卫司进行了改制——他把拱卫司从大都督府的管辖下独立出来，改组成为亲军都尉府，大致相当于今天的首都警备区吧，指挥使品秩正三品——不但规格提高了不少，人数上也增加了不少——下辖左、右、中、前、后五军，统称为“侍卫亲军”，专门负责皇城的守卫工作。
此外新设了一个仪鸾司，长官品级为正五品。这仪鸾司真真正正是锦衣卫的前身了，它的职责很大部分后来由锦衣卫继承下来且并发扬光大。
仪鸾司，顾名思义，除了护卫皇帝外，很重要的一个职责就是皇帝出行和朝会时负责仪銮掌管卤簿仪仗——说白了，就是三军仪仗队，是国家和军队的脸面所在。入选的校尉都是