第二阶段是官方儒学的形成和发展时期。当儒学作为封建王朝意识形态之后就正式变成了官方儒学，其形成的标志是西汉董仲舒提出“罢黜百家，独尊儒术”的主张。董仲舒把儒家的伦理思想概括为“三纲五常”，汉武帝采纳了他的建议，从此儒学成为官方意识形态并延续下去。
在儒学成为官方意识形态后，其发展也是波浪式前进的。当佛教东来，佛学风弥，道教也乘时而兴，儒学文化受到了巨大的冲击。魏晋南北朝时期，佛学和道学影响到了社会的各个方面，儒学因为缺乏系统宇宙观论证反而日益衰弱，儒学缺乏形而上学论证的弱点也日益暴露出来。但后世学者们认为这个问题到了唐朝，得到了较好的解决。唐代文化是中国文化的黄金时代。儒家经典占支配地位的选拔官员的考试制度，于622年重建起来。唐太宗李世民命令学者们出版儒家经典的官方版，重新校对和注解儒学。
第三阶段是官方“新儒学”的形成和发展时期。佛教传入中国后受到国人的欢迎，不断发展壮大，同时中国土生土长的道教也在迎合国人的信仰得到了发展，人们对于形而上的出世哲学越来越感兴趣。儒家受到佛道二教的影响，在儒学界也出现了性命之学（宇宙本体论）的讨论。性命之学虽然在儒家经典如《论语》、《孟子》、《中庸》特别是《易经》中，都有片段的论述。可是，儒家的形而上学一般人始终是不明了的，即使像子贡这样的大弟子也曾经感叹：“夫子之文章，可得而闻也；夫子之言性与天道，不可得而闻也。”因此，对这些经典进行形而上的解释，才能解决新时代的问题。儒学家们经过几代努力，终于完成了对佛、道的改造和融合，创立了儒学为主，兼融佛道的新儒学，即宋明理学，使儒家文化的发展出现了第三个时期，即新儒学（理学）。
“新儒学”是在佛道二教日益发展，儒学日益受到冲击的形势下出现的。由于信教的群众不断增多，势必消弱儒学的阵地。所以还在唐朝时，像韩愈这样的文坛巨臂就对佛教提出了严厉的批判。故唐朝这个时期实际已经为理学的形成作了前期的准备。到了南宋朱熹，他成为理学的集大成者，更是严厉地批判佛教，让理学取代原始儒学和原来的官方儒学成为新儒学，并成为官方的意识形态。元朝皇庆二年（1313）复科举，诏定以朱熹《四书集注》试士子，朱学定为科场程式。朱元璋洪武二年（1369）科举以朱熹等“传注为宗”。
“新儒学”虽然是因官方儒学受到佛道二教的冲击而批判佛教出现的，但是它实际也脱离不了佛道二教的影响。朱熹早年出入佛、道，晚年静居则诵经念佛。他的老师是程颐的三传弟子（李侗），而二程的老师是周敦颐，他则与道教、道家有重要关系。
周敦颐，字茂叔，号濂溪，谥号元公，宋营道楼田堡（今湖南道县）人，是学术界公认的理学派开山鼻祖。《宋史·道学传》说：“两汉而下，儒学几至大坏。千有余载，至宋中叶，周敦颐出于舂陵，乃得圣贤不传之学，作《太极图说》、《通书》，推明阴阳五行之理，明于天而性于人者，了若指掌。”周敦颐的思想不仅继承了《易传》，而且也明显地受到道教和道家思想的影响。
再像在北宋初期范仲淹、欧阳修和胡瑗、孙复等人首倡理学，这些人中间还有人本身就佛教的在家信徒。在北宋中期周敦颐、邵雍、张载、程颢、程颐都对发展理学做了贡献，而这些人中，除了上述周敦颐受到道教和道家影响外，像邵雍的思想渊源于陈抟的道家思想，已成为定论，连朱熹自己也认为邵雍传自陈抟，陈抟也有所承传。他说：“邵子发明先天图，图传自希夷，希夷又自有所传。”
第四阶段是打破程朱理学的束缚，将理学发展成为“近代新儒家”。当理学成为“近代新儒家”的思想后，儒学就渐渐脱离官方的意识形态，“新儒家”使儒学变成一种道德实践，成为那些高尚道德追求者修身养性的行动指南。但是，后世提到“新儒家”一般是指梁漱溟、张君励、熊十力等人所提倡的新儒学。可是，“新儒家”实际可以上溯到鸦片战争以来关于儒学变革的所有学说，而曾国藩处于鸦片战争后封建王朝的末期，他是真正意义上的“新儒家”的开创者。
有关“新儒学”这个概念，在中国现有的词典工具书中都找不到，所以也不可能有现成的定义，可在英语词典中却有定义，可见有关“新儒学”的影响，对于西方的影响不比中国小，而且在近代乃至当代还出现东方不亮西方亮的情况。在英语词典中，凡是提到程朱理学则是Neo…Confucianism，这个词的意思是指称宋代出现的、有别于先秦原始儒学、汉唐经学的一种新的儒学形态。
事实上“新儒家”的概念，英语称为New…Confucianism，这样就把“新儒家”与“新儒学”区别开来。李曜一直认为，“新儒家”是在继承旧的儒学（原始儒学）的基础上与时俱进的儒学理论体系，是原始儒学的复兴。
程朱理学企图改造官方儒学而成为一种新的儒学体系，但是他们明明打倒佛道，却又把佛道的东西融合到了他们的新儒学之中，这好像有点不符合他们自己所反复强调的“诚”的思想范畴。并且在实际的发展过程中，虽然程朱理学作为封建地主阶级新的思想理论体系，不仅对中国当时社会的发展起过好的作用，而且对于周边国家日本、朝鲜等也曾发生相当大的影响。
但是，理学把重点放在重新解读儒家经典的理论上面，而忽视了道德实践，理论空谈只成为那些读书人求仕的敲门砖，理学家们变得越来越虚伪，在虚伪的掩盖下社会也变得越来越腐败。在人心不古、道德日益滑坡的形势下，那些强化封建礼教、维护宗法的内容，只会成为压迫广大人民的工具，理学日益成为中国人民的精神枷锁。
在这种形势下，许多仁人志士早就开始改造理学，在纠正旧理学的偏颇的同时，提出新的儒学体系，这就是“近代新儒家”。
追溯“近代新儒家”的思想渊源，上可追溯到中国新儒学的另外一个分支——陆王心学。程朱理学将社会伦理原则上升为终极规则——理，当抽象的“理”变成了绝对的权威（存天理，灭人欲），表面上道德伦理的原则得到了提升，但人作为道德实践主体的能动性，则遭到忽略。
南宋陆象山和明代王阳明为代表的心学一系，是在与朱熹分庭抗礼的辩论中不断发展的。南宋时期，理学家陆九渊把“心”作为宇宙万物的本原，提出“心”就是“理”的主张；强调“宇宙便是吾心，吾心便是真理”，认为天地万物都在心中。所以他的学说被称为“心学”。他认为穷理不必向外探求，只需反省内心就可得到天理。
陆王心学把人心作为道德主体，自身就可决定道德法则和伦理规范，使道德实践的主体性原则凸现出来。这就弥补了朱熹理学的空谈，让道德实践不再成为虚无缥缈的空中楼阁，启近代新儒学“经世致用”的先端。
心学的创始人陆象山，与朱熹曾进行过多次辩论。在象山看来，由于人的本心是善良的，圣贤教人做人的道理也是清楚明白的，虽然人的本心在后天会受到污染或放失，但只要人能够认识到其本心中的善性，加以发扬和扩充，以之为指导去做事，就能够行善而不作恶。所以，道德修养的功夫，不在于研究书本知识，也不需研究外在的事物，而在于向人的内心深处发掘。
基于此，象山批判朱熹的为学方法是“支离事业”，学生从中得到的只是关于儒家伦理以及圣贤言语支离破碎的知识，而在道德实践上却无甚益处。象山的批评点到了道学一派的要害所在，正象后人所讽刺的那样，“孔子之言盈天下，孔子之道未见行”。在朱熹一系中，儒家的学说发展成为一种学问和知识，为学变成了做学问，而不是和个人的道德实践结合在一起的实践之学。
陆象山强调这个心，不立文字，求心于内，主张“六经注我”，不受儒家经典的束缚，提出“学苟知本，六经皆我注脚”。这种修行方法，使我们想起佛教的参禅。佛教禅宗亦是强调“是心是佛，是心作佛”，所以它也不立文字，见性成佛。同时，陆王心学“万物皆备于我”、“心外无物”的观点与佛教“三界唯心，万法唯识”的主观唯心主义思想相类似。因此，被朱熹打倒的佛道思想在陆王心学那里已经得到很好的融合。
实际上朱熹早年和晚年也和佛教走得很近，他的理学也来源于禅宗的启悟。朱熹十八岁时，跟从刘屏山游学。屏山认为他一定是个热心科举的人，但打开他的书箱，里面只有《大慧禅师语录》一套。朱熹还常同吕东莱、张南轩拜见各方禅者，与道谦禅师关系最好，常有警醒启发语言发表（谦师去世后，朱熹有祭文，载《宏教集》）。因此他的《学庸集注》中，所论心性，大致近似于禅意。晚年朱熹住在小竹轩中，常诵佛经，有《斋居诵经诗》。朱熹的道统思想离不开其对“四书”的阐发，而对“四书”的阐发集中体现在其所著《四书章句集注》和《四书或问》里。
王阳明把此二书归于朱熹的“中年未定之说”，认为到晚年朱熹已自我否定了此说。此外，朱熹的道统思想及其阐发道统的“四书”学也有不少体现在《朱子语类》里，而王阳明亦把《朱子语类》归于其“门人挟胜心以附己见”，认为其真实性大打折扣，与朱熹平日的观点有许多不相符合。因此，如果作为朱熹最主要的著作是中年未定之说，那么朱熹本人最真实的思想应当在晚年，而晚年的朱熹则诵经念佛，这也不能说朱熹是排斥佛教的。即使作为他中年的著作以及平时散见的言论也明显受到佛教的影响，显然朱熹的门人为了抬高他们的道统地位，替朱熹排斥佛教的做法是屡见不鲜的。
陆象山虽然强调发挥人的主观能动性，但它那类似禅宗的修行并非普通人所能践履。如果毫无约束地放纵此心，只能使人放任自流，王阳明看到了这个弊端，提出了“知行合一”的观点。
“知行合一”的做法把理论与实践有机地统一起来，这更是曾国藩近代新儒学最显著的特点。如何做到“知行合一”呢？第一是居敬存养。按王阳明的解释，“居敬”便是存养工夫，亦即“存养此心之天理”。第二是省察克治。道德修养先是反省思“诚”，识得病根所在，接着要做真实切己的“克己”工夫，克除人欲，这也就是“破心中贼”。第三是事上磨炼。道德情感和道德意识还必须在具体的道德实践中得到实际的运用和体认，例如在事亲上才能真正体会什么是孝，在事兄上才能真正体会什么是悌。这些做法后来也被曾国藩借鉴。
此外，追溯曾国藩近代新儒学更近的渊源还有黄宗羲与顾炎武、王夫之的思想，此三人并称明末清初三大思想家。后世常说“新儒家”是近代西方文明输入中国以后，在中西文明碰撞交融条件下产生的新的儒家学派。显然，新儒家要把“民主”和“科学”也引进自己的学说中去，这个想法在黄宗羲那里得到了很好的落实。
就民主来说，黄宗羲正是站在儒家“民本”的立场来抨击君主专制制度，堪称是中国思想启蒙第一人。就科学来说，黄宗羲自己就是数学地理学家、天文历算学家。此外，黄宗羲更加强调了儒学必须经世致用的观点，他认为无论是研究经学，还是史学，都要“经世致用”。在他看来，史书所载绝非仅是史料一堆，而是蕴含着“经世之业”的阐述，“凡二十一史所载，凡经世之业，无不备矣”。
顾炎武与黄宗羲一样，在政治思想上他大胆怀疑君权，并提出了具有早期民主启蒙思想色彩的“众治”的主张。他提出“天下兴亡，匹夫有责”这一口号，意义和影响深远。他严厉批判朱熹理学的空谈，提倡经世致用，认为“君子为学，以明道也，以救世也。徒以诗文而已，所谓雕虫篆刻，亦何益哉？”钱穆称其重实用而不尚空谈，“能于政事诸端切实发挥其利弊，可谓内圣外王体用兼备之学。”
王夫之（船山）是三大儒中最有特色的一位隐士，他一生不仕清朝，反清复明失败后避居山野，甘于清贫，在无与伦比的艰苦条件下，致力于历史文化遗产的批判与继承，写出了八百余万字的鸿篇巨制。
王夫之既批判了朱熹理学日益变质的现象，也批判了陆王心学所引来的思想混乱。王夫之认为，王氏继承陆九渊心学发挥圣道，表面是儒，实际上是把佛教狂禅引入儒学，于是导致明代后期思想混乱，民无所依，宦官阉党趁机争权夺利，把握朝政，让明朝走向灭亡。但是王夫之本人经常与高僧来往，并在晚年著述佛教专著《相宗络索》，可见王夫之只是在批判误解佛教的人，也不是真正反对佛教。因为狂禅也是佛教所反对的。
王夫之是曾国藩的老乡，他的著作是经曾国藩整理首印才得以推广的，曾国藩显然是很敬佩王夫之的。然而，在对待陆王心学的态度上，曾国藩既继承了王夫之反对心学空疏的观点，同时又发扬了心学的优点。与船山辟禅佛而严厉批判陆王等人相比，曾国藩更能够融汇贯通。王船山贬抑陆、王，曾国藩却服膺陆、王；王船山服膺张载，曾国藩也批判张载，认为“象山、姚江亦江河不废之流”。可见，曾国藩在继承王船山思想的基础上，更多地保持一种包容态度，他的新儒家思想融会贯通于各家，取其精华，去其糟粕。
李曜既然要为大唐的新儒学指明正确的方向，作为封建社会末期的曾国藩所开创的“近代新儒学”自然不能轻忽，他在动笔下这篇《新儒论》之前，就将这一体系及其特点分析得清清楚楚。
首先是提出儒学四科，把“经济之学”从“义理之学”中独立出来。
从曾国藩早年开始，他就没有被空谈性理的理学所约束。他在京期间，他也跟从唐鉴和倭仁钻研理学，并且坚持克己静坐，但是他不但没有得到启迪，相反身体却越来越�
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