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更重要的是，美国海军也在2059年加强了潜艇投入，比如在澳大利亚西部的卡那封成立了第九潜艇战队（为了使这里成为潜艇活动中心，美国还在参战后，投入巨资挖通了从沙克湾到麦克劳德湖的地下水道，让潜艇能够进入麦克劳德湖躲避共和国的远程巡逻机与战略轰炸机），将部署在印度洋的潜艇数量陆续增加到100艘以上（到2059年年底，在印度洋上活动的美军潜艇超过200艘），并且组建了数支“狼群舰队”（即由大型攻击潜艇率领数艘小型攻击潜艇的破交舰队），专门围剿北印度洋上的共和国船队。
总而言之，在共和国海军加强了投入的情况下，印度洋战场上的局面并未出现太大的改观，反而因为美国海军持续投入大批小型攻击潜艇，使得船只损失率直线飙升。根据共和国当局的统计，按照载重吨计算的话，2059年损失的船只是2058年的4倍，即便按照损失率（即损失的船只数量占在航船只数量的比例）计算，2059年也是2058年的2倍多。由此可见，共和国海军的投入没有收到效果。
换个角度看，主要原因也不在海军身上。
要知道，2059年算得上是太平洋战争最关键的一年，虽然在整个下半年间，共和国海军都在马里亚纳群岛南部打酱油，没有发起有规模的战略进攻，但是从整个战局看，正是因为共和国海军在马里亚纳群岛方向上的行动牵制了美国海军，才为进军西南太平洋，也就是发起第二轮战略进攻打下了基础。在这个大背景下，就算共和国海军知道北印度洋航线非常重要，也不大可能向印度洋增派反潜力量。更重要的是，整个2059年，共和国海军都得优先保证主力舰、特别是“汉”级主力舰的建造工作，确保在次年获得绝对兵力优势，为进军夏威夷群岛提供物质基础，也就没有办法建造更多的护航战舰，甚至因此影响到了潜艇的建造工作。
不管怎么说，这一情况在2060年出现了转变。
准确的说，在2059年下半年的时候，转机就出现了。
正是因为在太平洋战场上，双方在马里亚纳群岛争夺战中僵持不下，持续数个月的海上消耗战严重削弱了美国海军的战斗力。更重要的是，受此影响，美国海军加强了第三潜艇战队（总部设在澳大利亚东部的布里斯班，主要负责西南太平洋方向上的破交与反潜作战行动）与第五潜艇战队（总部设在珍珠港，大部分潜艇以中途岛为基地，主要负责西太平洋方向上的破交与反潜作战行动），在西太平洋上投入了更多的潜艇，用来绞杀从那霸到塞班的海上航线，阻止共和国陆战队向前线增兵，同时迫使共和国海军将更多的小型战舰用在后方护航上，而不是用在前线与美军拼消耗。如此一来，第九潜艇战队遭到削弱（根据美军的作战记录，到2059年底的时候，虽然第九潜艇战队的潜艇总量增加到了200艘以上，但是其中的大型攻击潜艇仅有9艘，比2059年初减少了六成。因为小型攻击潜艇只具有对付水面舰船的能力，所以单独执行破交任务的时候，很容易遭到对方潜艇的攻击），美国海军在印度洋战场上的破交力度自然降低了不少。
当然，主要因素还是在共和国海军身上。
经过2058年的“惨淡经营”之后，共和国海军在2059年初成立了“印度洋反潜护航作战司令部”。这个独立于战区司令部，由海军司令部直接指挥的机构的任务只有一个，即如何提高印度洋上的反潜作战效率，切实保护航线上的数千艘商船（当时在印度洋航线上的商船多达5000余艘，其中七成是共和国的船只，另外三成中大部分也是集约集团成员国的船只）。该司令部成立之后，做的第一件事情就是对前面一年的反潜作战进行总结，找出问题所在，并且找出更有效的反潜战术。经过半年的努力，数百名潜艇战专家，即司令部的参谋总结出了几条非常宝贵的经验，并且由此诞生了几种行之有效的反潜战术，比如采用分段护航的方式来提高护航战舰的作战效率，在潜艇伏击高发海域设置固定的反潜巡逻区来遏制敌潜艇的袭击行动，与天军配合打击敌潜艇基地来降低敌潜艇的作战效率，在敌潜艇的往返航线上部署专门执行反潜任务的潜艇舰队来偷袭敌潜艇等等。
这些战术在2059年下半年陆续用在了实战上，并且受到了较为显著的效果。
从某种意义上讲，2059年下半年的战况与美国海军的巨大投入有最大关系。
拿美军潜艇的作战交换比来看，就能发现关键所在。2058年，美军潜艇在破交作战中的交换比为36、即平均击沉36艘舰船损失1艘潜艇，而到了2059年上半年，这一比例仍然保持在32左右，到了2059年下半年则迅速降低到了21。如果看吨位交换比，即损失的潜艇与击沉的舰船的吨位之比，美军潜艇在2058年为128，在2059年上半年为142（因为共和国批量建造的大型运输船在2059年初批量服役，运输船的平均吨位提高了不少，所以这个数字反而有所提高）。到2059年下半年就只有84了。由此可见，如果没有巨大的兵力投入，美国海军根本不可能在2059年取得击沉2000多艘商船的战绩，更不可能将共和国海军逼到不得不增强反潜兵力投入的地步。
得益于前期的准备工作，特别是总结出来的各种反潜战术，到2060年的时候，也就是共和国的战争潜能全部发挥出来，反潜护航战舰与潜艇的建造速度达到了“流水线”级别的时候，美国潜艇在印度洋上的快活日子基本上到头了。
仅在2060年第一季度，共和国海军向印度洋增派的反潜护航战舰就超过了2059年全年，高达240艘。在这些战舰中，除了按照战时标准建造的反潜护卫舰之外，还有60艘大型反潜驱逐舰。
增派大型反潜驱逐舰，就是印度洋反潜护航作战司令部提出的建议。
与小型攻击潜艇一样，根据战时情况建造的反潜护卫舰存在非常明显的性能缺陷，比如任务能力单一，只具备有限的制海与防空能力，如果遭遇敌舰与敌机，自保都是个非常大的问题。某些情况下，就算遇到的是敌人的大型攻击潜艇，也需要出动好几艘护卫舰才能将其驱离船队。在活动范围相对有限，而且比较固定的伴随式护航，即执行伴随船队活动的护航任务的时候，反潜护卫舰的这些缺陷还不是很突出，特别是在对付敌人的小型攻击潜艇的时候，大部分时候都能占据上风，但是在执行扩大性护航任务，比如到特定海域围剿敌人的潜艇舰队，或者在特定的海域伏击航渡中的敌艇，反潜驱逐舰的这些性能缺陷就非常的明显了，某些时候甚至非常致命。比如在2059年8月份，共和国海军组织了一次代号为“爪洼虎”的重点反潜行动，参与该行动的24艘反潜护卫舰损失了7艘，其中4艘被美军巡逻机发射的反舰导弹击沉，另外3艘则被美军大型攻击潜艇击沉。
可以说，反潜护卫舰的这些缺点是很难改变的，准确的说，在以控制造价、便于大批量建造的前提下，基本上没有办法全面提高反潜护卫舰的综合作战能力。说得直接点，如果不是考虑到成本因素，共和国海军完全没有必要建造专用的反潜护卫舰，只需要大批量建造反潜驱逐舰就行了。
问题也在这里，提高反潜护卫舰的综合作战能力并不划算。
归根结底，反潜护卫舰属于“消耗类”战舰，即建造数量巨大，损失也非常惊人。根据共和国海军的相关记录，大战期间建造的2000多艘反潜护卫舰的平均服役寿命仅仅只有12年，而其他战舰的平均服役寿命均在20年以上，部分大型战舰的平均服役寿命更是超过了30年。由此可见，如果为了追求综合能力而提高反潜护卫舰的排水量，也就会增大反潜护卫舰的建造成本，从而浪费宝贵的战争资源。虽然在2061年初开工建造的第二代反潜护卫舰的综合作战能力有所提高，比如装备了32枚射程高达1000公里的重型反舰导弹、拥有一套能够同时拦截数十个目标的综合防空系统，但是为了控制成本，该型反潜护卫舰也没有配备可控聚变反应堆，仍然由复合蓄电池供电与舰队电能输送系统，因此独立作战能力仍然非常有限。
问题是，反潜作战中需要一些综合作战能力强大的反潜战舰。
早在大战爆发前，海军就明确了在反潜护航作战中，护航舰队里至少得有1艘具备有限综合作战能力的大型战舰。受此影响，在大战爆发前，共和国海军调整了造舰计划，不再建造吨位较小的反潜护卫舰（当时共和国海军航母战斗群里的反潜主力是护卫舰，而不是驱逐舰），而是改用吨位大得多的反潜驱逐舰。更重要的是，共和国海军在战前建造的反潜驱逐舰都是按照“舰队领舰”的标准建造的，即都具备比较完善的舰队指挥能力，能够在必要的时候通过增添旗舰模块来充当型舰队的旗舰。当然，在综合作战能力反面，排水量大得多的反潜驱逐舰可以通过更换任务模块来获得更加完善的作战能力。事实上，共和国海军一直没有降低反潜驱逐舰的建造工作。
到2060年初，随着新一代多用途驱逐舰服役，共和国海军开始有计划的将反潜驱海舰派往印度洋，增强印度洋上的反潜力量。千万别小看这60艘反潜驱逐舰，如果将其编入护航舰队的话，即便1支舰队需要2艘驱逐舰，也能与180艘反潜护卫舰组成30支舰队，然后以分段护航的方式，掩护60支船队，即大约3000艘商船。更重要的是，如果这60艘反潜驱逐舰用来执行重点反潜任务，能在美军潜艇活动频繁海域设置10个重点反潜区，加强对美军潜艇的绞杀力度。
事实上，在绝大部分时候，最有效的反潜武器就是潜艇，特别是更加先进的潜艇。
在2058年与2059年间，共和国海军击沉的美军潜艇中，大约6成是被派去专门执行反潜任务的攻击潜艇的战果，水面舰艇只占2成，另外2成是反潜巡逻机的战果。更加重要的是，在这两年中，在印度洋上执行反潜任务的攻击潜艇只有32艘，数量远远少于反潜战舰与反潜飞机。这也很好理解，反潜战舰的大部分任务都是护航，即掩护船队，而在护航行动中，反潜战舰存在的主要价值是阻止敌潜艇发起攻击，而不是消灭敌潜艇。也就是说，只要能够让船队在遭到攻击前到达目的地，护航任务就算成功。受此影响，护航战舰很少在大洋上与敌潜艇周旋，往往在驱逐了敌潜艇之后借助速度优势主动脱离战斗。与之相比，反潜潜艇的任务就要直接得多，可以说，没有一艘潜艇适合执行护航任务，绝大部分时候，执行反潜任务的潜艇都是根据情报到船队途径的航线上埋伏下来，等着敌潜艇出现，然后在敌潜艇偷袭船队的时候偷袭敌潜艇。在反潜护航战术得到完善之后，护航战舰与反潜巡逻机还会将敌潜艇向己方潜艇设置的埋伏圈里赶，以增大击沉敌潜艇的几率。由此可见，反潜潜艇能够取得如此大的战果，一半的功劳属于护航战舰与反潜巡逻机。
问题是，不是所有潜艇都能执行反潜任务。
说得简单一点，只有性能超过敌潜艇的潜艇，才有能力执行反潜任务。也就是说，只有最先进的潜艇才适合执行反潜任务。
在2058年与2059年，共和国海军需要将大部分大型攻击潜艇部署在太平洋上，配合舰队作战，特别是在进军西南太平洋的时候，因为跨度太大，巡逻机与侦察机不堪使用，所以得让潜艇去执行远程警戒与外围侦察任务。受此影响，直到2060年初，共和国海军才能抽调出更多的大型攻击潜艇去印度洋执行反潜任务。
受此影响，战争期间，共和国海军不但没有放慢大型攻击潜艇的建造进度，还在2059年初开工建造了新一代大型攻击潜艇，并且在秦皇岛、青岛、福州与北海等地的造船厂进行批量建造。到2060年中期，这种在大战期间建造（设计工作在大战爆发前就开始了，只是在大战爆发后根据实战情况做了调整）陆续服役。根据共和国海军的作战记录，到2060年底的时候，被派往印度洋执行反潜任务的大型攻击潜艇的数量已经多达70艘，其中大部分是新一代攻击潜艇。
如此巨大的投入，让共和国海军有了更多的选择。
毋庸置疑，潜艇从诞生的那一天开始就是名副其实的攻击性武器，存在的价值就是主动发起攻击，即便在反潜作战中，也得积极主动的发起攻击。事实上，潜艇并不适合用来执行护航任务，特别是掩护那些平均航速在45节以上，甚至能够以70节的速度持续航行的快速船队。这也很好理解，任何一种攻击潜艇以45节以上的速度航行，不但会发出非常巨大的噪音，而且自身的声纳也无法正常工作。如此一来，在执行反潜任务的时候，大型攻击潜艇往往会在敌艇经常出没的海域埋伏下来。
这种反潜战术，让防御一方首次拥有了主动权。
可以说，正是大型攻击潜艇的加入，准确的说，是潜艇成为反潜作战的主要力量，使得反潜作战行动与以往的战争有很大的区别。最为显著的特点就是，作为防御的一方获得了主动进攻的能力。从战术上讲，如果共和国海军能够投入足够多的大型攻击潜艇，甚至不需要部署护航舰队，所有反潜护航战舰都得“失业”。
当然，在2060年底之前，共和国海军没法在印度洋上部署足够多的大型攻击潜艇。
整个2060年，反潜护航作战仍然以水面舰艇、以及反潜巡逻机为主，而且大部分时候都是以伴随式护航来对付神出鬼没的美军潜艇。为了削弱美军潜艇的活动强度，共和国海军不定期的搞了几次重点反潜活动，其中最为卓著的一次行动发生在2060年7月份，共和国海军出动了18艘反潜驱逐舰、54艘反潜护卫舰、300多架反潜巡逻机与数量不明的大型攻击潜艇，以巽他海峡为中心，设置了半径在300到800公里之间的反潜区域，在不到20天的时间内击沉了60多艘美军小