这本书一方面引起了读者极大的兴趣（需要再版），另一方面又受到博物学家一致谴责。由此可见，进化思想的声誉在博物学家中间，被《痕迹》作者这样的维护者败坏了。使人以为，要真正成为“演变论者”，即成为物种变化、进化的拥护者，就要沉湎于荒诞怪离的空想，任何关于形态进化的思想都是不严肃的。同詹博斯搞在一起是不可能愉快的。达尔文当时应该提防学者们对他的学说进行最严厉的批评。他“怀着恐惧和颤抖的心情”读了几位学者的评论，例如象地质学家塞治威克对詹博斯这本书的评论，虽然他不认为塞治威克的评论是高水平的。所有这一切使他不再忙于写他的关于物种的书，并且推迟了最后付排和出版的准备工作。正如他给虎克信中所写的那样，“当时他正处于思维清醒的博物学家的舆论中，弄不好会声誉扫地”。况且，当时他的主要注意力放在新的著作上。
达尔文写完南美地质学以后，正如给虎克写的信中说的那样，“出版一些动物学，以后就欢呼胜利！再出版关于物种的书。”当年在智利海岸时，他找到了一个非常值得注意的蔓足目类型的蟹，它钻进另一个蔓足目蟹的甲壳里。后来达尔文为这个被他称作Concholepas的新形态专门立了一个亚目，这个形态是很独特的。
蔓足类，或蔓足目蟹，是极为特殊的。这些大海生形态的幼虫，对于低级的甲壳纲来说，是所谓无节幼虫典型的六条腿浮游形态。这个无节幼虫后面长了很多小腿，后来变为蔓足目更为复杂的幼虫，幼虫增加了两片鳞，好象一个介形目的小蟹（“腺介”幼虫），这个幼虫用它的触须固定在任何一个培养基上，并再次蜕变为成年的“固定”动物，也就是牢牢地固定在培养基上的动物。躯体上的小腿长成触须一般（该类的名称“蔓足目”就是由此而来），并用这些小腿的划动把食物送进口里。鳞上覆盖几块甲壳，而有的类型则好象被小塔一般的石灰质薄片围绕起来。在激浪地带，被大量胶状物质固定在陡峭的海岸上的海中橡实就是这样。为了弄清他所发现的新蔓足动物的构造，为了作出比较，达尔文开始解剖和研究其它常见的蔓足目形态，这不知不觉地使他有必要重新去研究整个的一类。这部著作花费的时间不是预计的几个月，而是八年细致而顽强的劳动。
达尔文的孩子们当时习惯把父亲看作忙于制造海生橡实的人，以致有一个孩子问庄园的一位邻居：“您在哪里制造您的海生橡实呢？”因为他天真地认为，不仅他父亲，而且任何其他人都要研究这一类。
这部著作的结果表明，这是一部有充分根据的著作，达尔文占有许多详细的资料。两卷蔓足目著作，单是正文部分，用排得很密的铅字印刷就有一千多页，还没把关于蔓足目各种古生形态的补卷计算在内。在二十个表上都附有插图，每个表都有大量图象。索引有十四页。校对同物异名这一工作使达尔文有时感到苦恼，这一工作使他同动物学家司却克兰（为确立“命名规则”他作出了很多贡献，并主张“优先权法则”）进行了有趣的通信①。
①在上面引证的遗嘱中提到的司却克兰几乎是达尔文的同龄人（比达尔文小两岁）。在三十年代，他同汉密顿作为地质学家曾做了穿过欧洲到东方的环行，并在小亚细亚过冬。他的名声是同动物的命名问题相联系的，他竭力制定了命名规则和法则，他是雷伊学会的创始人之一，该学会曾出版过达尔文关于蔓足目的专题研究。
达尔文给司却克兰写道：“我发现，蔓足目的每个属有六个名称，任何一个种，一个属都没有被人着意描写过”。达尔文认为，分类学家的虚荣心导致了这种结果，他们关心的只是自己的名字能随着新的名称而流芳百世。“只有在完美而又仔细对一个物种进行描述的情况下，才应该提到名字，可优先权规则（根据这个规则，把第一个描述者所给的名称固定于动物，再把这个作者的姓也加到该名称的后面）会使好虚荣的人，关心的只是能把自己的名字，同两行没有价值的，其中只有两点引人注目的外部性状的文字一起披露出来”。
达尔文指出，得到新物质的化学家，或者描述新矿物的矿物学家，不象生物学家那样，把自己的名字放在新名称后面。诚然，最后他也不再鼓动人们起来反对在起新名称时加上作者名字这一作法和优先权规则了，也许，这是部分相信了司却克兰提出的理由的原故。司却克兰并不否认达尔文意见是合理的，加上作者的名字往往会鼓励虚荣心，助长浮在表面上的工作作风。但是，他认为，必须采取其它手段——通过对这样的著作的批评来进行斗争。司却克兰给达尔文的信中写道：“把一个人的名字附加在物种名称上，目的并不是要满足那个人的虚荣心，而是要更准确地指出这个物种。有时，两个人凑巧会把同一个名称给予（互不相让）同一个属的两个物种。更常见的是，后来的作者误用了以前作者的种名”。他在举出这种情况的例子后作结论说：“所以，如果不提第一个作者的名字，我怕（至少是最终解决我们的命名法以前）以合乎科学的准确方式来指明物种是不可能的”。
不管怎样，从事蔓足目的写作使达尔文觉得非常疲倦，虽然这部著作也使他感到特殊的高兴。例如，他在致虎克的一封信中写道：“正如您说的一样，观察的本身就含有一种不寻常的巨大的愉快。但是，我把什么当作愉快呢？这就是我们在自己的头脑中把相近的事实进行对比。当我长期从事我以前所做的地质考察的写作之后，再度使用我的眼睛和手指，却是一件令人愉快的事”。但是，对物种的描写，确是一件比他的想象还要厌烦得多、困难得多的事情。有时为了找到两个特征之间是否有过渡形态，换句话说，在他面前是否有两个不同的物种或两个变种，不得不花费一个星期或两个星期的时间。他特别抱怨，为了给物种命名，就要寻找有无前人已优先命名，因而浪费了时间。他给虎克写道：“我刚刚整理好了两个物种，它们有七个属名和二十四个种名”。
除了几乎是重新加以整理的一大批有趣的蔓足目动物外，还弄清了蔓足目动物异常复杂的饶有兴趣的多型性。
蔓足目中的绝大多数是真正的两性动物，也就是说，同一种动物既有雌性生殖器官，又有雄性生殖器官，而这些动物可以一会儿发挥雄性的作用，一会儿发挥雌性的作用。但是，象显花植物那样的自花受粉只是一种例外，而经常观察到的是靠昆虫把花粉从一朵花传到另一朵花的异花受粉，或者靠风力传粉，动物雌雄同体也经常是异体受精。蔓足目的固定形态异体受精之所以容易，是由于浮动的幼虫固定在培养基上，一个挨着一个，这样，由固定的幼虫形成的成年形态，例如海生橡实，象一层厚厚的白色覆盖物一样，也用自身覆盖着岩石，而所谓“海鸭”则是成群地坐在飘浮的木片或其他东西的上面。
当达尔文发现一些微小的生物体，它们位于套膜腔里，经常固定在成年动物上因而很容易把它们看作寄生物，原来就是退化了的雄体时，他感到多么惊奇。有些蔓足目已长成动物，其中那些异常矮小的雄体，却原来是雌体，也就是经常出现具有严重退化的雄体的两性异形现象。其它物种的固定形态（其中有矮小的雄体），仍然是雌雄同体（达尔文第一个发现动物界中的这种现象）。他称这些形态具有的矮小的雄体，是“附加的”雄体，因为这样的物种，象其他雌雄同体物种一样，也可以通过异体受精（没有雄体参加）而得到繁殖，而雄体的作用，显然在于使雌雄同体形态，在正常的异体受精时，由于某种原因而遇到困难，才用来受精。
原来，蔓足目其他形态和雄性退化，在程度上也是不同的。但是，不管雄性如何退化，可还是有雄性，几乎常常可以看到同一物种的雌性，或同一物种的雌雄同体动物的个体，有相似的特征。例如，达尔文发现同一种“蛹（他称蔓足目幼虫的最后的”腺介“阶段为”蛹“）的触角，不管雌的和雄的，全都一个样，而不象其他种的触角。此外，易勃拉（Ibla）属的”寄生虫“的嘴，很象雌的易勃拉的嘴，所以雄体属于这个属是毫无疑问的。其次，长有软毛的Icalpellum，无论是雄体还是雌体，都没有该属其他种所具有的典型的尾垂体，而且两性的身体象供观赏的襄荷介一样，都被鬃毛厚厚地覆盖着，无论是雄体还是雌体，全都非常光滑。最后，达尔文对蔓足动物的雄体和雌体，从卵到蛹以及长成动物在相同阶段的情况下进行了研究。
达尔文在列举上述事实和其他大量的事实时说道：“……是否有人会相信，在蔓足目的寄生虫和蔓足目（寄生虫固定在它们身上的蔓足目）之间各种各样类似的差别是偶然的，并且已失去了意义呢？但是，要是我对寄生虫的看法就象对雄体的看法一样不被人接受的话，那么这一点就应当允许”。
当然，一个物种内部同一性的形态如此强烈的变异，自然能作为一个机体发生巨大变异的证明。如果把近缘形态的性发生各种变异的事实加以对比的话，也可以指出这些形态所完成的“进化”，虽然在这些形态中被达尔文发现的关系尚未确定下来，当然，这一点对于确立他的物种起源学说是极端重要的。
在这里，我要引用达尔文在分析各属的性的关系时在他论蔓足目专著中所作的结论：“可见，在易勃拉（Ibla）和蘘荷介（Scalpellum）两个属内观察到的性关系两重性这一简单事实是非常有趣的；我们有：一、一个雌体同一个（很少有两个）雄体在一起，该雄体一直固定在该雌体上，并用由该雌体保护和用掉进该雌体的套膜腔中的小动物来养活；二、雌体同一前一后的、成双成对的、生命短暂的一些雄体在一起，这些雄体失去了嘴和胃，并居住在由雌体最下边的鳞片构成的两个囊里；三、雌雄同体同类似的生命短暂的雄体在一起，雄体的数目从一两个到五六个，它们都固定在头上的孔洞每个边上一定的地方；四、雌雄同体有时候同一个，或者两个，或者三个雄体在一起，这些雄体能够用蔓足目通常用的办法捕捉和吞掉猎获物。这些雄体固定在头的两个不同的部分，并且这些在两个不同部分的雄体，都被胸部用封闭方式保护起来。
在给这里描写的特殊现象作总结时，我想谈谈在四价易卜拉的套膜腔里观察到的生物惊人的会聚情况；第一，这里有老的雄体和幼小的雄体，两者都是很小的、拟软体动物的、失去头状花序的雄体，都长着一个大嘴，一个发育不全的乳头和一些腿脚，彼此相互依附并固定在一个在构造和外形方面同它们截然不同的雌雄同体动物上；第二，这里有四五个自由的小船式的、没有嘴巴的幼虫，它们都长有一些奇特的捕捉食物的触角，两个复杂的大眼睛和六只游水用的腿；最后，这里还有处在发展第一阶段的几百个球形的幼虫，这些幼虫都有一些甲壳的角形凸出物，一些单个的小眼睛，一些线状的触角，尖长形的嘴和只有三对游水用的腿；这真是各种各样彼此未必有什么共同之处的然而仍属于同一物种的生物的会聚啊！
此外，正如我们已经指出过的那样，蔓足目的材料向达尔文清楚地证明了，确定各个物种和各个变种之间的差别是多么困难。难怪他后来称变种是“开始发展的变种”，而称物种是“发展完成了的变种”。
例如，他在一八五三年九月二十五日给虎克的信中写道：“……对我本人来说，唯一的疑问就是，类型究竟是今天正在变异呢，还是昨天已变异了……在把一定数量的类型作为不同物种而加以描述以后，我撕毁了手稿，并把这些类型合为一个物种；然后又撕毁了手稿，把这些类型又分成为一些单个的物种；然后再把它们合为一个物种（这种事经常发生）。我于是把牙齿咬得咯吱咯吱地响，诅咒物种，并且问自己：为什么我要受到这样的惩罚呢……”
关于蔓足目的著作曾被分散为几部分出版。例如，在一八五一年，曾出版了关于现代海鸭的专题研究和关于古生海鸭的专题研究；在一八五四年出版了关于现代海橡实的专题研究和关于古生海橡实的专题研究。
专心致力于蔓足目的研究，其意义首先在于它证实了达尔文的进化观点。这部著作对达尔文有莫大的好处，正如赫胥黎当时指出的那样，给他提供了深刻的实践知识，对于研究解剖学和动物发展史同动物的分类法的联系，提供了一处极好的场所。这使达尔文后来无论是在细节上，还是在批判地利用各种材料作理论结论方面，避免犯大错误。
一八五三年十一月，达尔文荣获伦敦皇家学会的皇家奖章。他的许多朋友，包括虎克在内，赶忙向他祝贺。在贺信中，达尔文最先拆开了撒宾上校寄来的一封亲切的信，可他起初对这一荣誉很冷淡。但是虎克就奖章一事所写的信对他的影响却不一样。达尔文在给虎克的回信中写道：“被人们喜爱的那个人所表现出来的温暖、友谊和美意，具有非常巨大的作用，所以同一个事实，如果象您那样说出来，就使我充满了异常喜悦的感情，使我心跳起来。请您相信，我不会很快忘记您的信给我带来的愉快。这种诚挚的、充满友爱的同情，比已颁发的和将要颁发的一切奖章更有价值”。
他仍然在患病。疾病给他带来了极大的痛苦。一八四五年他在给虎克的信中写道：“我的健康几乎总是老样子，时好时坏。我想，在最近三年内，我没有一天或者一夜不感到胃疼，而且在大多数日子里，我的体力也无时不在急剧下降”。
在他病情加剧的时候，因为学术争论，而要付出力气，并引起激动，因为即将出外旅行而感到不安，只要有这些因素，他就感到身体不适，就使得他一连要躺几个小时，有�