在他病情加剧的时候，因为学术争论，而要付出力气，并引起激动，因为即将出外旅行而感到不安，只要有这些因素，他就感到身体不适，就使得他一连要躺几个小时，有时要躺上几天。他在这个时期的工作每星期只限两天，而一天仅工作一两个小时。
只是到了一八四九年，才有人劝他去进行水疗。在这一年，他在莫尔文的一个水疗机关度过了十六个星期（从四月至七月），并在那里持续了一段时间的水疗。毫无疑问，水疗有一定的效果。例如，他在一八四九年给虎克的信中写道：“这种疗法有很大的健身作用，在这个月中，我连续不生病的天数比以前任何一个月都增多了。现在我被准许每天工作两个半小时……”
在这个时期，达尔文有时去参加英国科学协会会议。例如，在一八四六年，他偕同妻子到了当时在召开协会会议的索斯安普敦，他认为这次旅行十分成功。虽然宣读的一切报告全都枯燥无味，但达尔文在这里见到了不少老朋友，并且又结识了许多博物学家，特别是一些爱尔兰博物学家。他还同法更纳①以及其他熟人一起到温切斯特作了一次旅行。
①休·法更纳与达尔文同岁，他主要是以一个古生物学家而著名。在他的发现中，特别值得指出的是在印度锡瓦利克山脉发现的上新世的哺乳动物。
在一八四九年，他到伯明翰去参加英国科学协会会议是非常不成功的。他由于身体不适没有去沃里克旅行，在会议上，“由于长时间的朗诵而精疲力竭”。
在这几年里，达尔文遭到了两件家庭不幸的事。一八四九年，他衷心爱戴的老父亲去世了。但是对他来说，更大的不幸是在一八五一年他最心爱的年仅十岁的女儿安妮死了。他的其余子女（共有七个：五个儿子和两个女儿）都比父亲活得久。达尔文向青年时代的朋友、表兄弟福克司倾诉了自己的不幸。
子女以及子女的志向和教育常使达尔文非常操心。他向福克司承认，尽管他强烈憎恨刻板式的古典教育，但他没有勇气在家里教育孩子，仍然把他的大儿子送进一所古典学校，虽然也是一所最好的学校（在鲁格比）。他为几个年幼的孩子寻找这样的学校：学校里要有很多不同的课程，古典主义不能比其它课程太占优势。
总之，唐恩开始了达尔文一生的第二个时期，在这个时期内，时间象钟表一样有节奏地过去，使他（尽管长期患病）创作了许多有价值的、重要的、有时是天才的博物学方面的著作。我们看到，在唐恩生活的最初十二年内，他已经写完了《‘贝格尔’号动物学》，出版了非常重要的最后两卷《‘贝格尔’号地质学》，修改了《考察日记》，并出版了它的第二版。在这个时期，他通过《一八四四年概要》这部有条理的手稿，形成了自己的理论，并且终于出版了关于甲壳纲蔓足目的专著，这部著作占用了他很多时间，为他提供了不少有利于他的理论的实际材料。
第十二章 以后的四年。关于物种一书的准备工作。
同华莱士的事件。《物种起源》的创作
以后几年，达尔文集中精力开始写物种一书。他把任何一种新出版的著作看成他的进化结论的材料。例如，他在一封信中，分析华拉斯登的《马德拉群岛的昆虫》一书，向虎克指出，该书中所写的事实是非常有趣的，但是，作者论述的都是“一堆假设”。他补充说，他对岛上的昆虫无翼现象有他自己的解释。
在这之前，他对鸽子这样的家禽特别感兴趣，因为爱好养鸽的人已培育出各种不同的品种。他再次求助于福克司，不过这一次有着奇特的理由，并且很俏皮。他写道：“我写信的直接目的是请您作一次观察，因为我知道您是一个忙人，而要做的事又是那样多，我完全估计到，您一定会做到我需要的事情，因为这事请求一个无所事事的人①是毫无希望的。因为您有一叶诺亚方舟②，我不怀疑，您也会有鸽子（我希望它们是扇尾鸽）。我要知道的是，雏鸽的尾羽在什么年龄才充分长到可以计数的程度。我并不奢望我将来什么时候能看到一只雏鸽……”达尔文接着向福克司说明，他要搜集有关支持和反对物种不变性的事实来写一本书。目前，他感兴趣的问题是，人培育的品种在什么年龄会出现差异。他继续写道：“我必须或者自己培育鸽子（这对于我来说决不是娱乐，而是一种可怕的折磨人的事），或者购买雏鸽；不过在我去找一个卖鸽子的人以前……我很需要知道某些有关鸽子发育的情况，以便使我不致于过分无知，上当受骗”。即使给他寄来一窝普通的鸽子，这也会使他高兴的，因为他正打算制作鸽子的骨骼，并对不同品种的骨骼进行比较。信的下文很明显，他已经把野的形态同他从野的形态中培育出的家养的形态作了比较；例如，家鸭的翅膀比野鸭小，而脚却比野鸭大。
①达尔文的意见看来是反常的，但在心理上却是正确而又含蓄的。
②《圣经》中说：世界发生大洪水时，诺亚为了救他的一家和许多动物而造的大木船。这里指大群动物——译者注。
从后来的通信中十分清楚，福克司给他送来了一些刚出生一个星期的，两个星期的小鸽，此外，还送来了供研究用的老鸽。
但是，这并未使达尔文满意，因为同年五月，他获得了第一批良种鸽，后来他又成了两个养鸽学会的会员，结识了如他给自己长子信中所写的那样“一伙非常古怪的人”。我们已经说过，在鸽子的身上特别鲜明地表现出亚种和变种的多样性，而它们的繁殖则是非常迅速的。他在这方面的实践使他更加相信选配供杂交用的种畜的意义，几乎完全忽视了通过各种类型的杂交来培育新品种的意义，而这一点他准备在自己最初的《理论概要》中作一定的阐述。他在给赫胥黎的信中写道：“有一次晚上，当有人说，贝尔先生用自己的球胸鸽同罗马鸽进行了杂交，我正坐在一家小饭馆里，处于一些鸽子爱好者之中。要是你听到这种不堪入耳的新闻，看到郑重其事的、神秘的和可怕的摇头，那么你会了解，杂交与改善品种关系不大”。
鸽子爱好者使达尔文很感兴趣，他经常乐意引证养鸽专家伊顿著作中那些在赞扬鸽子的一个品种时作出如下结论的地方：如果你了解了鸽子的一切奥妙，那么“恐怕没有一个精明而有教养的人缺少了这一品种还能活得下去！！”。
后来在一八五六年十月，他在给福克司的信中写道：“在我看来，我对鸽子进行详细的研究工作是非常宝贵的，因为它向我说明了在家养状况下变异方面的很多问题。他研究了有关鸽子方面的”大量旧著作“，以便彻底研究它们各种群中的渐变。他还研究了家兔和鸭，不过比起研究鸽子来要少得多。
达尔文同著名的家禽专家捷格特迈耶尔就很多细小问题和琐事进行了大量通信。凡是使他怀疑的各种各样的问题，他都跟懂行的专家商量，这是达尔文一贯的工作方法之一，因此他的著作经常援引这个或那个专家、权威在这个或那个问题上的意见。
例如，他认为虎克是植物地理分布问题上的专家，虽然在这些问题上，他并不完全同意虎克的意见。他把自己关于生物地理分布的手稿送给虎克审查，并且在得悉虎克总的好评后才“松了一口气”。有趣的是，鉴于虎克的批评，达尔文在给虎克的信中强调指出，他越来越深信，外部条件的直接作用对进化的意义是极其微小的。他认为，外部条件引起的最大的意义是变化的能力和变异性，但是，新品种或变种的形成不是由它们决定的，而是由于选择的作用，而且不能因此就把这种形成称为偶然。
根据这种理解，他开始认为，那些以为动物的毛发越往南就越稀，越往北就越密，深水的贝壳比浅水的贝壳白，山上的昆虫体小色暗，而山上的植物绒毛多，并开出较大而且鲜艳的花的人是不对的。达尔文开始认为，上述差别早已属于变种，因为物种只是外形变化极为显著的变种（他这样给虎克写道），那也就属于物种了。换句话说，他在这里也看到了不是外部条件的直接作用，而是选择作用的结果。
看来，虎克在回信中反驳了达尔文提出的高山上的花一定绒毛多、朵儿大这样一个论点。根据达尔文的说法，虎克给高山上的植物“剃了发”。达尔文非常珍视虎克这些实际的修改，这些修改有时驳倒了达尔文从某个权威那里得到的观念。他给虎克写道：“我有时鄙弃自己做了一个编纂者，虽然我不鄙弃自己的全部工作”。
达尔文还在两小块土地上对植物进行统计：一种是长期种植的，另一种是在十五年内自然生长的。正如他在给虎克的信中所写的那样，知道什么样的植物增加了，而什么样的植物绝灭了，这使他感到非常“愉快”。他对这块有六平方英尺的小小的土地，即“种子植物园”，进行仔细的观察，他在这里注视每一根从种子中生出来的幼芽的命运。大量的幼苗对他产生了强烈的印象，而更强烈的印象是大量死亡的幼苗。他感到惊奇的还有，幼芽之死与其说是一部分幼芽压倒了另一部幼芽，不如说是被蜗牛弄死了。他在后来给虎克的一封信中更加明确了这些材料：三百五十七棵植物死了二百七十七棵，主要是由蜗牛弄死的：他同虎克还详细谈了他在慕尔公园（他在这里疗养了一个月）所作的惊人的观察，并且后来在《物种起源》中作为生存斗争复杂性最好的例证列举出来。他在慕尔公园观察了长有老松的山丘那些被围起来的和未被围起来的地段之间的差别。在被围起来的放牧地段上，在一群松树周围，长出了很多小树，它们好象是被人有意栽到这儿的。而在未被围起来的地段上，什么都没有，找不到一棵小树。但是，当他走到跟前时，他在那里找到了几千棵全都比帚石南要矮的松树，因为牲畜经常把这些树尖啃光。研究它们以后，他深信，这些三英寸高的小松，树干不高于一根火漆棍，根据年轮来判断却在二十五年以上。“确定一平方码草地上的植物的样子及其数量的捉弄力量有多大啊！……不过，要是某一种老虎或某一种植物要绝灭的话，我们却经常感到惊讶”。
他专心致志地研究他所搜集的大量事实，并说明这些事实，其中每个说明都要经过检验。
他在一八五七年六月五日给虎克的信的末尾说：“最近，我把我的思想统统告诉了您，您是一个最好的朋友和哲学家”。可是二十天之后，他告诉虎克，黄尝木的叶子随着子叶的出现，在形态上几乎是三叶草式的，他问虎克，“在这里是否可以同幼狮花纹这样的特征（看来是从祖先那里传下来的）相提并论呢？
虎克还给他寄来了他所需要的植物学书籍。达尔文深信，在占有广大分布区的很多属中，变种和物种应当最多，他想根据各国的“植物志”的资料来检验这一点。虎克还给他寄来了波鲁的《法国中部的植物志》和菲恩罗尔的《拉底斯本的植物志》。达尔文非常认真地检验了某些论点，拿出了他在一八五七年八月检验过的一个“植物志”的统计表。在英国的植物志方面有巴秉顿、汉斯罗、华生的；在法国的植物志方面有波鲁的，在荷兰的植物志方面有米吉尔的，在美国的植物志方面有爱沙·葛雷的，在新西兰和印度的一部分植物志方面有虎克的。此外，在马德拉群岛的昆虫方面有华拉斯登的。但是，他对此还不满足，并且在同一封信中还要虎克给他弄到“好的德国的植物志”、“大俄罗斯的植物志”，而且还要那些“把物种分得很细和很粗”的作者的植物志著作。
看来，这部关于在大小属内部物种的分布和变化情况的著作，需要他非常细心而又要花费很大力气去工作，因此占用了他九个月的时间，以致他在一八五九年五月才把自己关于这个课题的手稿寄给虎克审阅。达尔文当时给自己明确提出的任务是，“事实要充分而且有条理”。他把自己所写的这本书告诉福克司时写道，他愈来愈感到兴趣的是，怎样使事实更有条理。他接着写道：“我象克雷兹①一样，有过多的丰富的事实，而且我想使该书尽可能臻于完善”。
①大财主，古代吕底亚国王。——译者注但是，虽然达尔文拥有大量的事实，但他仍然积极地搜集事实，向与自己有通讯联系的人提出很多问题。例如，他在思考细小生物身上表现的返祖特征时，请福克司在搜集各种品种的马、波尼马、驴等背上的黑条纹和肩上的横向条纹的事实方面给予帮助。
他在关于大陆在以前的地质时期是联结在一起的问题上，同虎克发生了深刻的分歧。这种思想，特别是似乎曾一度把美洲同旧大陆联结起来的大西洲的存在这一思想（为了说明马德拉群岛的昆虫分布），在达尔文看来，是幻想的，而主要的是为时过早的。在研究这种很少有真实性的假说以前，还要解决大海是不是使动植物分迁的真正不可克服的障碍。为了弄清楚这个问题，达尔文决定研究植物的种子和动物的卵在海水里是否会飘流，它们在盐水里能活多长时间。他认为，海流和海浪可以把种子和卵带到很远的地方去。在接受大陆是联结起来的假说，以便说明在被大海隔开的一些地方上有某些相同的植物存在以前，还必须证明在这些地方不可能发生一般的迁移。
一八五五年五月，达尔文请福克司为他那所学校的学生提出奖励，使他们去寻找蜥蜴蛋或蛇蛋，并给他往唐恩寄去两、三打这种蛋。因为蜥蜴住在每个岛上，达尔文想在自己住处作试验，确定蜥蜴蛋是否真能抵抗海水的作用，它们在地窖的海水里放一两个月是否仍然保持生命力，还要弄清楚，它们在海水里是飘浮的还是下沉的。
达尔文在瓶子装的盐水里保存莴苣、萝卜、白菜、山莴苣、胡萝卜、芹菜和洋葱的种子。尽管水发臭了，可是所有这些种子，除了某些品种的白