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达尔文作出了这一“自然的”解释之后，转而谈到理论的难点。难点之一是摆在反复思考想要解决物种起源问题的生物学家面前的一个根本问题：变种如何成为物种？为什么通常在各个物种之间没有过渡？没有过渡这一点也是物种“创造论”的拥护者的主要论据之一。达尔文在他最早的几本《概要》中还没有解决这个问题。在《物种起源》一书中，他提出了并深入地研究了“中间类型的性状的分歧和绝灭”的原理。达尔文认为，近似类型之间的生存斗争特别激烈。竞争者的生活方式和特性越相似，竞争就越激烈。反之，随着新的不同的特性的获得，竞争也逐渐减弱，我们以达尔文在《物种起源》一书中引用的例子为例。
如果某个地方的狼靠食鹿和绵羊为生，它就要追捕鹿和羊。如果说，要想捉住鹿，就要跑得特别快，而要想咬死羊，就要有特别大的力气，那么跑得特别快的狼和力气特别大的狼就能在生存斗争中获胜。狼跑得越快，它就越能专门捕获鹿，力气越是大于其它狼的狼，它就更能专门捕获羊。而一切中间类型的狼，即既不能跑得特别快，又没有特别大的力气的狼，在生存斗争中就不能被保存下来，就将绝灭。而在生存下来的两种极端类型的狼之间，即在跑得最快的狼和力气最大的狼之间，竞争则减弱下来，因为这两类狼中每一类都将转变为吃专门食物的狼。这两种极端类型的狼之间的区别越显著，它们竞争的激烈程度就越小。达尔文就是这样先设想变种的起源，后设想物种的起源的。达尔文把自己理论的这一结论叫做中间类型的性状的分歧和绝灭的原理。
在进行人工选择时，我们也看到了同样的情况：如果得出了某一个新品种，它就会把自己的先辈排挤掉。用达尔文的话来说，在英国，黑牛被长角牛所代替，而长角牛又被短角牛所代替。同时，据一个农业主说，头两个品种好象是被瘟疫毁灭掉了。马的情况也完全一样：如果追求的是速度，那么跑得快的优良品种的马一定排挤掉跑得不太快的品种的马，如果追求的是力气，那么优良品种的重驮马将排挤掉劣等品种的重驮马；最后所获得的将是越来越明显的极端类型：跑得快的那些品种的马将和重驮马具有越来越大的区别。达尔文认为，自然界发生的情况也是这样：如果一个类型内部生存斗争很激烈，那么中间类型总是处在不利的情况下，于是被保存下来的只能是在某个方面有专长的极端类型，从而使生存斗争中的竞争有所减弱。任何一个物种的后代越不同，这些后代彼此之间在习性和构造方面的区别越大，那么它们在自然界中就将争得更多的地位。
接着达尔文谈到了这一理论的其他一些难点。
他用为数不多的几个例子表明，即使是在这里也能够而且也需要承认，由比较简单的器官发展为比较复杂的器官，由比较简单的本能发展为比较复杂的本能，都是逐渐进行的。达尔文证明，即使是现在也还能找到一些生物，它们的器官是现代另一些动物身上存在着的向更完善的器官过渡型的器官。例如，飞栗鼠和具有降落伞式的膜的皮翼，这难道不就是真正的善飞鸟——蝙蝠的过渡形状吗？达尔文举了三个例子来说明复杂本能的发展情况：把蛋下在别的鸟巢里的杜鹃的本能，蚂蚁的奴隶本能和蜜蜂营造非常精美的蜂房的本能。并且达尔文善于在自然界中找到一些过渡形状来说明所有这些复杂本能的发展情况。
要解释各变种之间杂交时如何由通常的能育性转变为物种彼此之间杂交时发生的不育性，那就更难了。这个障碍有很大的意义，因为达尔文反复证明，变种是“初期的物种”，而物种则是“强化了的变种”。达尔文指出，变种的能育性也和物种的不育性一样，绝不是经常存在的，可以发现这两种状态之间的过渡情况，这就缓和了这种异议。最后一个难点是当时没有现在各种类型的祖先在古生物学方面的直接连续，在古生物学的发现方面存在着一些很大的空白点。达尔文证明，这些空白点是不可避免的，原先那些动物的残迹随着时间的推移总是在逐渐消失，总之，我们任何时候也不能妄想得到一份比较完整的“地质记录”。
对自己的理论提出批评，并且是长达几章的批评，这是这本书的一个特点。达尔文非常诚恳地不仅不隐瞒上述理论方面的难点，不仅不象许多坚持自己观点的作者那样，不去注意这些难点，而且还让自己的对手找出自己在理论和结论方面的弱点，仿佛他在寻找这些难点，并预见到一切可能提出的异议。是的，他并未使这些异议悬而未决，他总是对这些异议加以分析，并竭力使那些难点与自己理论的论点一致起来，后来，达尔文认为，他这本书之所以成功，是由于多年来他遵循着一条金科玉律，他在自传中说：“每当我在报刊上遇到同我的一般结论相反的新的视察或思想时，我都立刻如实地摘要记下来；因为我从经验中确信，这一类事实和思想远比那些适合心意的事实和思想会更容易被遗忘。由于这种习惯，我才很少遇到以前未曾注意到的或者不曾企图答复的反对我的观点的异议”。一个科学者越是诚实，越是对自己要求严格，那么别人要想反对他的思想就越困难，华莱士正确地指出，达尔文从来没有得到过暂时性的成功，但是成功本身却总是跟随着他。
接着，达尔文谈到通过选择来得到足以说明进化理论的证据。不论“地质记录”是多么不完整，但是“各种生物在出现时间方面的连续”这一众所周知的事实，在达尔文看来是和他的理论相符合的。而生物的地理分布，特别是生物在难点方面的不同进化情况，而且难点起作用的时间越长，其进化情况就越不同，这些都证明他的理论是正确的。最后，生物的分类，生物的体系，以“性状分歧”原则的观点来解释的“系谱表”，证明属于同一类别的各种类型所具有的一般古代性状、有时是不适宜的性状（痕迹器官）的比较解剖学和胚胎学等，所有这一切都证实了他的理论。该书总的结论是，物种通过自然选择而起源的理论要比创造论者的理论优越得多。
这样，这本书的基础就仍然是一八四二年和一八四四年的《概要》中的那些基本思想。而且书的总的结构几乎也是一样的，但全部材料则进行了彻底的加工。《概要》中有几章在这里作了进一步的发展，并且由于增加了一些新的材料而使内容更加丰富了，从另外几章中选取了最有意义的材料，而其余部分则省略了（关于本能的一章）；还有几章重新作了修改。对原来的《概要》来说，有两处较大的增补：一处是关于鸽子的起源，另一处是关于中间类型的性状分歧和绝灭的原理。
但是决定这本书的风格的不仅是全书的大纲和思想的逻辑发展，而且还有更详尽的叙述方法。达尔文一时一刻也没有忘记书的基本目的是要使读者相信，各种类型的物种借助于自然选择而进化的观点，优越于每个物种是由创造而产生的旧观点。自然选择理论是一种复杂的理论，它包括达尔文指出的几个前提以及由此得出的几个逻辑结论。每一个前提和结论，达尔文都必须极其严肃认真地和最有说服力地加以论证，并且一些实例来证实。还必须对理论中的困难之处加以阐述和分析，驳倒对这一理论的一切异议或使人们对这些异议产生怀疑，也必须对这一理论的那些最重要的结论加以论证。所有这一切都要求对大量复杂的材料作出长篇论述，因为不然的话，读者很容易被这样的材料搞糊涂，很容易忘记某个例子在总概念中放在什么地方，某个论断在总概念中又起着什么作用，总之，由于大量的细节，很容易使读者感到疲倦，为了使读者能够比较容易地抓住本书的基本思路，达尔文在该书绪论中扼要地叙述了这一思路，并指出他是如何将该书划分为若干章的；每一章结束时他都对本章的内容写出一个提要并重复其主要结论，全书结束时，他写了个《复述和结论》，再一次阐述了人工选择和自然选择理论的基本原理，他还接连不断地检查了分散在全书各处的所有对理论的异议，并且再一次集中地审查了所有的论证，这些论证看来要比那些异议的说服力大得多，因此，读者自然而然就能得出结论来。但这还是不够的。
在每一提要的最后，几乎在每一章的最后，都有一句看来是达尔文特别精心编写的结束语，在这句话里他再一次对有关选择和进化的思想加以强调。为了使读者更加注意这些结尾部分，他常常在结尾处用大写字母写某个要素的名称，如“变异”，“选择”等等。我们撇开第五章、第九章、第十一章和第十四章的结尾部分不谈，而来引用其它各章的结尾。
请看《结论》的结尾：“而且，我相信‘自然选择’是最重要的因素，但不是独一无二的变异因素”。
第一章《在家养下的变异》的结尾是：“‘选择’的累积作用，无论是有计划地和迅速地进行的，或者是无意识地和缓慢地但更有效地进行的，都超出这些引起‘变化’的原因之上，它似乎是最重要的‘力量’”。
第三章《生存斗争》的结尾是：“当我们想到此种斗争的时候，我们可以用如下的信念来引以自慰，即自然界的战争是有间断的，而且不会感觉到任何恐惧，死亡一般是迅速的，而强壮、健康和幸福的生物则得到生存和繁殖”。
第四章——《自然选择》是最重要的篇章这一，它的结尾部分是一段很长的比喻。有关达尔文理论的通俗著作经常引用这个比喻：“同一纲中一切生物的亲缘关系有时用一株大树来表示。我认为这种比喻是很符合实际情况的。绿色的，发芽的小枝可以代表现存的物种；数年前生长出来的枝条相当于长期连续的绝灭物种。在每一生长的时期中，一切生长着的小枝都向各方生出嫩枝，而且试图遮盖并弄死邻近的嫩枝和枝条，物种和物种群在巨大的生活斗争中，随时都在战胜其他物种。巨枝先分为大枝，再逐步分为更小的枝，当树幼小时，它们都曾一度是生芽的嫩枝；这种旧芽和新芽由分枝来相连结的情形，很可以代表在群又分群的分类中的一切现存物种和绝种物种。当这株树还仅仅是一株矮树时，在许多茂盛的小枝中，也许只有两个或三个小枝被保留下来，成长为现在的大枝，并且负荷着其他的枝条；生存在久远的地质时代的物种也是这样，它们之中只有少数物种遗留下现在还活着的变异了的后代。从树开始生长的时候起，许多巨枝和大枝都已经枯萎而且脱落了；这些枯落了的、大小不等的枝条，可以代表那些没有现存代表的、已成为化石状态的全目、全科及全属。正如我们在某些地方看到的，一个细少的枝条从旧树枝的废墟上生出来，并且由于某种偶然机会，至今还在顶端生长着那样，有时我们看到如鸭嘴兽或肺鱼之类的动物，它们在某种程度上由亲缘关系把生命的两条大枝连络起来，并由于生活在有荫庇的地点，便从致命的竞争里得到幸免，如果由于生长而生出新芽，这些新芽如果健壮，就会分出枝条遮盖和压倒四周许多较弱的枝条。所以我认为，这巨大的‘生命之树’在其传代中也是这样的，这株大树用它的枯落的枝条填充了地壳，并且用它的分生不止的美丽枝条遮盖了地面”。
第六章是《学说的难点》，这一章的结尾部分也是值得特别注意的。这里达尔文极其巧妙地把居维叶以模式统一法则和生存条件法则所表达的神学论原则和唯心论原则变为自己理论中的话，变为因果关系的话。他把模式统一看作是遗传作用和自然选择的结果，因为自然选择使生物变异。使生物无论过去或现在都适应“生存条件”。
这一章的结尾是这样写的：“人们都承认，一切生物是依照两个大法则即‘模式统一’法则和‘生存条件’法则形成的。模式统一是指我们在同纲生物里看到的，与生活方式毫无关系的构造上的基本相似这种情况而言。按照我的理论来看，模式的统一可以用起源的统一来解释。有名的居维叶所经常坚持的‘生存条件’的说法，完全包括在自然选择的原因之内。因为自然选择或者是依据现在使各生物的变异部分适应于有机的和无机的生存条件而发生作用，或者是依据它们在过去的时代的适应情况而发生作用，而且在许多情况下器官是否经常使用也对适应产生影响。而器官本身又受到外界生活条件的直接影响，并且在任何情形下都受到生长和变异的各种法则的支配，因此，‘生存条件法则’实际上是比较高级的法则；因为通过以前的变异和适应的遗传，它把‘模式统一法则’包括在内了”。
第八章本能——被达尔文缩减了一半，他删去了①许多复杂本能的例子，这些复杂本能的发展情况早就引起了他的兴趣，所以他尽量将其收入《概要》里，这里只举了三个例子。这一章的结尾是这样写的：“最后，最能满足我的想象的是（虽然这从逻辑角度来看可能并不是特别令人信服的），不把这样一些本能，如一只小杜鹃把义兄弟逐出巢外的本能、蚁养奴隶的本能、姬蜂科幼虫寄生在活的毛虫体内的本能等，看作是被特别赋与的或被特别创造的本能，而只看作是决定一切生物进化（即繁生、变异、最强者生存、最弱者死亡）的一个一般法则的一些不大的结果”。
①删掉的这一部分内容刊登在《达尔文全集》1939年苏联科学院版第3卷。
第十章——《论地质纪录的不完全》——的结尾部分出色地利用了赖尔首次使用过的一个比喻。“至于我自己，则遵循着赖尔的比喻，把地质的纪录看作是一部已经散失不全的、并且是用变化了的语言写成的一部世界历史；在这部历史中，我们只有最后的一卷，而且只涉及到两三个国家。在这一卷中，又只是在某些