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“贝格尔”号在继续前进的航程中越过了赤道，当时按习惯举行了迎海神的仪式，达尔文在《日记》中对此作了如下的描述：“我们越过了赤道。我受到了一次使人厌恶的剃面手术。今天早晨，快到九点钟时，我们这些可怜的新手，共有三十二人，一起被集合在下甲板上。舱口被关着，因此我们大家都处在黑暗之中，感到非常闷热。后来，有四个海神的将军向我们走来。他们把我们逐个地带到甲板上去。我是第一个被带上去的，因此容易敷衍过去。但我毕竟认为这种水上的仪式是令人极不愉快的。在走上去以前，有一个海将扎住我的双眼，把我带了上去。接着他们用一桶桶水从四面八方哗哗地倒在我的身上，然后就把我放在一块木板上面。这块木板可以很容易地被翻转到一个盛满了水的大浴盆里。在这里，他们用柏油和颜料抹在我的脸上和嘴上，并且用一个粗糙的铁环刮去我脸上的一部分涂料。在听到规定的信号以后，他们就把我来个倒栽葱翻进水里。接着有两个人按住了我的身体，把我浸在水里。最后，谢天谢地，他们把我放开。在其他的人当中，有许多人受到的对待要比我难堪得多：往他们脸上涂的那些脏东西也塞进了他们的嘴里。这时候，整个军舰全都变成了澡堂，水象小河一样向四面八方流开来。当然，舰上的所有人员，甚至连我的舰长在内，全身都湿透了”。
美术家埃尔描绘“贝格尔”号上这一情景的一幅图画至今还保存着。我想，站在右边的那位青年，即是人们用水桶从后面向他浇水的那个青年。可能就是达尔文。当然，也可能是年轻的海军练习生中的某个人。
在到巴西之前，“贝格尔”号最后停泊在巴西人流放犯人的费尔南多迪诺罗尼亚小岛旁。这是一个火山岛，有一些大约一千英尺高的山。岛上覆盖着一片几乎无法通行的密林，林中长有木兰、月桂树以及其他各种树木。使达尔文特别感到惊讶的是，这里所有的树木不是果实累累，便是百花争艳。
查理在给父亲的信中，谈到他们到过的那些岛屿上的热带植物给他留下的一般印象时写道：“热带中最使人惊异的是植物的新奇形态。椰子树很可以根据图画中的画想象出来，不过这里的椰子树极其轻巧，这是任何一种欧洲树所不能比拟的。香蕉树和芭蕉树同暖房中的完全一样，金合欢和罗望子以其蓝色叶子而使人惊异；关于那壮丽的柑桔树，无论是用语言描绘，还是用画笔画下来，都不能给人以任何正确的概念。我们那些温室中的植物具有一种不健康的绿色，而本地的树木则比葡萄牙月桂树的颜色还要深，同时在姿态美上远远超过了月桂树。那些较富裕的居住区的周围，一般都种植着椰子树、番瓜树、浅绿色的香蕉树以及柑桔树，这些树上都果实累累。当你看到这样的情景时，你会确信，要较真实地描写出这样情景是不可能的，而要把这种情况报道一下则是可能的”。
天气热得很厉害，夜间，达尔文躺在吊床上，觉得就象躺在热气腾腾的澡盆里一样，因此他不得不起来躺在桌子上，尽管桌子很硬，但他却睡得特别香。
“贝格尔”号停在巴西的第一站，是巴伊亚市，或者叫做圣萨尔瓦多市。达尔文对展现在面前的风暴感到兴高采烈。这座古城的房舍是白色的，高大的，狭长的窗户使房舍显得很整齐。古城位于海湾之上，海湾里停泊了许多大船，古城的四周为热带植物森林所环抱。达尔文漫游在具有热带风光的花木之间，下雨时空气特别新鲜，风景特别优美，这时达尔文感到洪保德的描写一点也不夸张。他在《航海日记》中写道：“不过城市的这些美景无法与植物相媲美；根据我所见到的，我认为，洪保德的那些绝妙的描写不仅现在，而且将来也是无与伦比的。他描写了蔚蓝色的天空，把诗篇和科学罕见地结合起来，有力地描绘了热带的风光。但是，即使如此，他也远远没有把真实情况表现出来，此时此刻你所感受到的那种心旷神怡的感觉真使你神魂颠倒：如果你的眼睛想注视某一只花蝴蝶的飞舞，可它却落到一棵树上或一个果子上。如果你在观看某一只昆虫，那你马上就会把它忘掉，因为昆虫正在爬着的那朵不平常的花会把你迷住。如果你想要赞美各种壮丽的景色，你就要把注意力集中在独特的前景上。心里充满了混乱的赞美感情，这种感情又形成了一种未来的、更加悠闲的喜悦心情。我只有现在才认清了洪保德：对于我来说，他是照耀我接受一切知识的第二个太阳”。
除了欣赏这些风景和自然史的客观事物之外，达尔文认为新的、令人惬意的是“认识到我的任务就是要成为一名博物学家，如果我轻视这一任务，那就是轻视这些年来给了我极大愉快的那些知识。”
达尔文在巴伊亚停留了将近二十天。他游览了热带森林，收集了蜥蜴、昆虫和植物，观察了绝大部分是黑奴构成的当地居民的生活，狂欢节时漫游了各条街道。一群快活的人们把一个蜡黄色的水球互相投掷，而另外一些人则用大杓互相泼水，以此取乐。他结识了几位当地商人和一艘美国大军舰上的几位军官。他从派真舰长那里听到了有关美洲奴隶制度的令人愤懑的各种事实。原来贩卖奴隶的活动在大规模地进行。使他感到惊讶的是，那些热衷于贩卖奴隶活动的所谓“正人君子”竟以野蛮手段来保护这种活动。
大概就在这时发生了达尔文在自传中所提到的他与菲茨·罗伊的那次冲突。菲茨·罗伊是个典型的托利党人，而达尔文则是个辉格党人。菲茨·罗伊想要维护和夸耀奴隶制度。他告诉达尔文说，他曾经拜访了一个大奴隶主，这个大奴隶主当着他的面把自己的奴隶们叫在一起，问他们对自己的处境是否满意，他们是否愿意获得自由，奴隶们一致回答说：“不”。达尔文带着嘲笑的口气问他，难道能够认为那些奴隶当着主人的面所说的话有什么意义吗？菲茨·罗伊是一个脾气暴躁的人。他勃然大怒，对达尔文说，既然你对我说的话是否真实表示怀疑，那我们就不要再在一起生活了。达尔文离开他后心想，由于发生了这场争执，他将不得不离开这只舰了。菲茨·罗伊把大副叫了去，当着他的面发泄对达尔文的怒气。但是，看来军官们都站在达尔文这一边。这时他们邀请达尔文同他们一起吃饭。不过菲茨·罗伊也是一个容易息怒的人。过了几个小时，他派一名军官去向达尔文道歉，并且请达尔文仍和已往一样同他一起生活。
达尔文与菲茨·罗伊一起在舰长室吃饭这件事，无意之中使达尔文在旅伴们中间的地位突出了，于是年青的海军练习生们都开始称他为“先生”，不过这种表面礼貌并没有妨碍他很快就同青年们成为朋友。他那坦率的讨人喜欢的性格，和蔼的笑容，有趣的交谈，他的才华，他在工作中表现出来的充沛的精力和热情，所有这一切都不知不觉地赢得了人们对他的尊敬，使他很快就同军官们接近起来。人们开始称他为“亲爱的老哲学家”，有时干脆称他为“我们的捕蝇人”。一个中尉，即后来成为海军上将的谢利万，过许多年后回忆这段时期时说，在一只舰上关了五年的人们，彼此之间是很容易吵架的。可达尔文在“贝格尔”号上航行的五年当中，从来没有发过脾气，从来没有向任何人说过一句伤和气的话，从来没有责备过任何人，从来没有对任何人发表过于匆忙的议论。诚然，他们大家都忙得很，没有时间去争吵。但是谢利万坚信，如果发生了这样的争吵，达尔文也会有成效地“设法排解的”。
在舰长室里用的饭菜都很简单。大家都很忙，所以“一切礼貌都免掉；不互相等候，一吃完饭马上就跑去工作……”。舰上有条不紊的工作气氛，使达尔文在工作中也养成了有条不紊的工作习惯。每逢大海风平浪静的时候，斯托克斯就坐在大桌子的一边绘图，而达尔文则坐在另一边用显微镜研究公海的动物。
在巴伊亚，达尔文参观了大型美国军舰“三宝垅舰”。达尔文对这艘军舰上的海军练习生（达尔文晚上的大部分时间都是同他们一起度过的）作了可怕的评价。他说：“这些年青的正人君子是一伙没有处以绞刑的骗子，这样一伙人足以使沿岸的人们感到吃惊”。
在演习中，“贝格尔”号这只进行测量的小舰成绩卓著，战胜了其它所有的船只，并表明了这个齐心协力的集体，在一位精力充沛的舰长指挥下，能够作出成绩。“贝格尔”号上的演习组织得非常准确而又迅速，竟然把军舰“三宝垅”号都战胜了。这是舰队司令也不得不承认的。达尔文已对“贝格尔”号有了深厚的感情，因此他在给姐姐和父亲写的家书中自豪地描述了这一事件。
“贝格尔”号从巴伊亚开往里约热内卢。途中达尔文捕捉鲨鱼。起风浪时，他就整理自己的蒐集品。每天夜晚，他总是以赞美的心情观赏那南极的星光、灿烂的夜景以及天空中的南十字星座、麦哲伦海峡的云彩和大南冕星座。“贝格尔”号在阿尔布罗斯群岛附近进行了测量、而达尔文却怀着两队人上岸，考察岩石，收集昆虫和植物。
四月一日，“贝格尔”号上所有的人都在开愚人节的玩笑。午夜时分，人们开始把所有穿着睡衣的人从下面叫到甲板上：叫来木匠是为了修理炉子，叫来后甲板上的工匠，其借口是桅杆咔嚓直响，叫来海军练习生是要他们把风帆降低一些。大家在回到各自的吊床上时，有的骂，有的笑。对于达尔文，人们想出了一个合适的诱惑物。谢利万喊道：“达尔文，您看见过逆戟鲸吗？现在出现这种动物了，您快点来看”。满腔热情的达尔文马上跑出去，想看一看这个南方的海豚，但是迎接他的却是值班人员们发出来的哈哈大笑声。
四月四日，“贝格尔”号驶进了里约热内卢港湾。在这里，即在里约，第一次收到英国的来信。
“贝格尔”号打算在里约热内卢长期停留。因此，达尔文同美术家埃尔一起在里约的近郊，即在离市区有一小时路程的博托福戈租了一座漂亮的房子。
此外，达尔文打算到巴西国内作一次旅行。因此，他加入了一个成分特别复杂的团体。该团体的成员有：眼镜商和温度表商帕特里克·连农（他在国内拥有一块不直接经营的森林，八年来第一次决定视察自己的领地）；连农的侄子洛里（他是一个狡猾的奴隶贩子和骗子，到他哥哥那里去，他哥哥娶了当地一个财主的女儿为妻）；洛里的朋友戈兹林格；还有一个药铺学徒和一个黑人小向导。他们是骑马进行这次旅行的。
道路有时穿过热带森林（在热带森林中，使达尔文感到惊讶的是“那些寄生植物、特别是兰科植物开放出来的奇花异卉，那些鲜绿色的树状羊齿及其弯曲得很精巧的叶子，那些同别的树交叉长着的棕榈树，特别是西印度椰子树，它那枝干纤细得用巴掌就可以握住，它那优美的树冠在十二——十四米的高空中摇曳着”）；有时蜿蜒在险峻的花岗岩旁，这里躲藏着一些逃亡的黑人，至今士兵也没有把他们灭绝；有时穿过被沼泽地、浅海湾和无数湖泊切断的荒无人迹的地区。沿途的客栈非常简陋：客栈里常常找不到吃的东西，甚至连面包也没有。他们访问过的那些处在偏僻地方的庄园里，有很多牲畜，农作物的收成很好，森林里有很多野兽。
奴隶主对待奴隶的态度使达尔文极为气愤，他们可以随随便便地卖掉自己奴隶的妻子儿女。有这样一件事使他特别吃惊：达尔文在《考察日记》中叙述到：“一个非常笨的黑人渡我过河。为了向他说清楚我要干什么，我就大声地说起话来，并且在做手势的时候，把手挥动得离他的面孔很近。大概他以为我在发怒，想要打他，因此他突然大惊失色，半闭眼睛，挺直身体，垂手而立。一个体格非常强壮的成年人，在他以为自己的脸上就要挨打的时候，却不敢起来自卫。看到这种情形、惊奇、厌恶和羞愧的感觉交织在我的心中，这是我永远也忘记不了的。这个人已经被弄到如此屈辱的地步，甚至连最没有自卫能力的动物都不如‘”
在回来的路上，达尔文在这些庄园中的一个叫作索谢戈的地方度过了两天，他利用这两天的时间到森林里去采集昆虫标本。他从里约给同学弗·沃特金斯的信中写道：“我住在一个庄园里，这里是有人烟地区的边缘，后面是一片无法穿过的大森林。这种安静的生活几乎是无法想象的，在好几里之内找不到一个人来同你作伴。在这种阴暗的森林中坐在一个枯烂的树干上想一想家，这件乐事是要化一些劳动和费一些麻烦来换取的”。在森林的某些地方，含羞草象几英寸厚的地毯一样覆盖着地面。达尔文从上面走过去，就留下了一行脚印；这是由于含羞草敏感的小叶闭合下降和色彩变化而形成的。
在巴西内地的旅行，一共用了将近两个星期的时间。达尔文回到里约后，便把自己的东西从“贝格尔”号上运往博托福戈。在靠岸时，海浪由小船的头上冲了过去，在达尔文的眼前，浮现着他的书籍、仪器、枪壳和其它必需品，全都漂了起来。不过他只是受了点惊：什么东西也没有失掉，但大部分东西下面都浸湿了，他用了整整一天的时间才把这些东西晒干。整理在巴西内地旅行时所采集的东西和补写日记，象往常一样占用了几天的时间。
达尔文在博托福戈住了两个半月。在这里，他研究了里约四郊的自然界。他的房子位于科尔科瓦多山麓。科尔科瓦多山海拔在六百八十多米�