众将先是一惊，随即大喜，若是南北明军同时进攻大顺，则大顺必无胜理，可如今南京竟然自立，则与辽东吴三桂所拥立的北明必然是势同水火，而中国自古以来，向来更善于窝里斗，反而对外敌却可百般容忍。只要南北两个明庭动起手来，自己便可偏居一隅，休养生息，只等他们两败俱伤时，便可坐收渔翁这利。李自成忙将这个天大的好消息传于山西、陕西、河南众大顺军将领，以鼓舞士气，说明大顺还是天望所归，并未到了绝路。再说远在京城的吴三桂也早已得到此密报，毕竟吴三桂在辽东苦心经营多年。情报系统远比李自成健全得多，虽然路途比李自成还要远上几百里，却比李自成还要早半日得到此信，得知大明旧臣竟然在南京拥立福王朱由菘为帝，吴三桂气恼不已，本以为自己占了先机，拥立朱慈炯即位，南京有大明旧臣便可传檄而定。没想到他们还是立了福王为帝，与自己作对，只得召集众辽东将领商议对策。
本来这等军国大事应该在金銮殿上商议，可此时京城以北已全是辽东的天下。北京城中的大明朝根本就是辽东的传声筒而已，吴三桂等辽东将领都是军人出身，无人受得了那班大明朽臣在朝堂上的推诿扯皮，那只能是白白耽误时间罢了。而且这些大明朽臣竟还有一个奇怪的习惯，他们竟以能被在金銮殿上被皇帝杖毙为荣，所以一旦升朝，这些大明朽臣谏起言来，当真是不知死为何物。一次早朝，有大臣提出皇宫因遭大顺贼军蹂躏，应尽快修茸，以显大明皇帝之权威，可粗略算下来，仅仅是修茸皇宫、增添应有器物、召齐宫中太监宫女几件事下来，便得费银五百万两。如今南方大顺军尚未平息，南京一些大明旧臣也未上降表，京中百姓尚处于饥寒交迫之际，如真有银两或是用于军中，或是赈济百姓岂不更胜于维修这个只有小皇帝一人居住地皇城？可就是修茸皇宫这件小事，竟接连有三四位言官在大殿上跪气。小皇帝朱慈炯年纪尚小，朝中大小事务全是吴三桂一人说得算。而这些言官也全是由吴三桂在年轻的大明臣子中一手提拔上来，本来只是让他们在朝堂上充充场面，可谁曾想他们竟真拿自己当回事了。吴三桂开始还耐着性子对他们好言相劝，可没想到越劝这些人却越来劲了，跪气之人竟是越来越多，最后除却新升的辽东将领外，其余大明旧臣中竟有一半要求尽快修茸皇宫。
吴三桂这时真的生气了，一怒之下，将为首的三名言官拉下去杖责三十，没想到这三人被杖责后，竟拖着重伤之身，死不肯下殿休养，一身鲜血的赖在宫门前哭天喊地，指责吴三桂的不是。吴三桂见这些人如此不知好歹，盛怒之下，命人将他三人拉回来，就在宫门前将其杖毙。十几杖下去，本就重伤的三名言官已气绝身亡，吴三桂以为这次总该消停了吧，可朝中剩余的大明旧臣见三人被杖毙后，虽有些人退了回去，却依旧有十余人跪倒在金銮殿上，苦苦哀求吴三桂。吴三桂当时地脸色可以说是复杂之极，一会儿血红，一会儿铁青，一会儿苍白，最后指着这些谏臣咬牙道：“好、好、好，你们不就是想在史书上留个姓名吗？我成全你们！来人，将这些死谏之人都给我拉下去，杖毙！”这一天共计有十四名言官大臣在宫前被杖毙，可这些人的鲜血竟未能叫其他人引以为戒，反而依旧不断有明臣在朝堂之上死谏，只求速死。吴三桂对这些所谓的忠臣十分清楚，他们决非是真为了大明朝着想，不然也不会在当初大顺军入京时苟且偷生，这些读书已经读得傻了的人也知道当时就是死了，也是白死，一旦大顺得势，在史书上也只会说他们是一班愚臣，为大明愚忠，可现在却是不同了，如今这天下依旧是大明朝的天下，自己因谏言而被杖毙在宫门外，史官便得给自己在大明史上记上重重的一笔，自己便可以流芳百世。以吴三桂的性格当然不会饶过这些人，凡是死谏的，全部满足了他们，不过几次之后，吴三桂便已厌烦了，如今在金銮殿上根本无法商议国事，一件小事这些人都能争上几日之久，只是白白浪费了时间。
所以此次得知南京众明臣竟然胆敢自立，吴三桂只是在宫外自己的摄政王府中召集了辽东相关将领商议此事，却并不惊动那般大明朽臣。如今距辽东大军入关已是一月有余，而辽东现在各处都是平安无事，所以除了在南蒙、西蒙留下必要的边防军，辽东军大部分将领都已赶至北京城，以应对今后的战事。众将围坐室中，吴三桂将南明新皇登基的诏书让众人传阅一圈后，才道：“如今南明自立，咱们原本的打算已经落空，看来这仗是不打不行了，大家都说说，这仗该怎么打？”
坐在堂中的辽东众将看过南明的诏书后，七嘴八舌的议论起来，有人认为应该先将大顺军彻底消灭，以除后患之忧，再集结辽东优势兵力，与南明决一死战，定要将那些南明的那些遗老遗少一网打尽。也有人认为李自成和他的大顺军现在已经是穷图末路，无法再与辽东争锋，反而是南明却一直未曾参战，现在在江南屯兵达几十万之多。而且江南历代便是大明经济中心，银粮富足，正是辽东的心腹大患，应趁其建国不久，江南各地百姓对其尚未归心之际发兵征讨。众人议论了大毕日，吴三桂见众将商议的也差不多了，轻咳了一声，众将闻声后全都正襟危坐，等吴三桂开口。吴三桂这才道：“眼下南明自立。固然是对咱们一统中国十分不利，可他们实力有限。虽说有几十万大军，但江南军卒向来不是北方军的对手，反倒是咱们，正可趁此时机将南明的那班旧明朽臣一一清除，为咱们将来在中国实施新政打下基础。再说李自成那班贼寇更是不堪，据探马回报，李自成此时正坐阵太原，派出几路大军赶赴大同、固关以防咱们入侵山西，可就凭他现在地那点兵力那里防得住咱们。咱们正可驱赶着李自成一路向南逃窜。让他与南明火拼，咱们才好坐收渔翁之利。”众将听后，都是深以为然，辽东军的实力摆在那里，那里是大顺和南明所能抗衡的，对吴三桂的驱狼吞虎之计也十分赞成。
吴三桂坐在堂上高声道：“众将听令！”
下面众将齐声应道：“在！”“吴智，你马上起草征敌诏书，他南明此时再立新皇本就是名不正言不顺，南方各省定会有许多人想要投靠咱们。你定要作好接洽工作，等咱们与南明交手时，这些人便是最好的内应。吴襄、祖泽远，你二人率骑兵一团、二团赶往大同，取下大同后，一路北下。许立、许有利、祖大寿、何可刚随我一同赶赴固关一带，咱们就来会会这大顺的精锐，咱们两军在太原会合。再图陕西。同时命驻守台湾岛的吴三辅、吴安、吴本三个步兵团及水军各团作好在南方登陆的准备，一旦大顺军逃入河南，与南明交上手，待他们两败俱伤时。咱们从南北同时进攻，争取尽快结束这场大明内乱！”
吴三桂准备挥兵南下，而南明却是内乱不已。自崇祯帝殉国的噩耗传到了江南，明致任大吏如江督吕大器、御史史可法、总督马士英、总兵黄得功、副总兵高杰、进士黄淳耀、巡抚祁渊、大学士高宏图、都给谏刘宗周一班故臣，都齐集魏国公徐宏基府第，共谋继立。马士英和诚意伯刘孔昭，以福王朱由崧是光宗帝嫡侄，伦序当立。史可法力争，谓不应乱立福王，应寻到万岁朱由检亲子立其为帝才是名正言顺，可众故臣不听，都急着想要成为新皇登基地功臣，他们那里有时间去寻早已不知所踪的太子。可就在他们未立新皇之时，突听到辽东吴三桂竟先寻到了朱由检亲子朱慈炯，并在北京城为其举行了登基仪式。此消息一传到南京，众大明故吏顿时分为两派，一派以进士黄淳耀、都给谏刘宗周为首，认为朱慈炯登基名正言顺，自己这方应尽快响应，挥军北上，与辽东军南北夹击之下，平定大顺贼军，还大明一个朗朗乾坤。可以马士英等人为首地一派却依旧要在南京立福王为帝，而最令人想不到的却是史可法，他本来是反对立福王为帝最坚决的人，可当他听说吴三桂已寻到朱慈炯，立其为帝后，竟一反常态，转头支持马士英等人。
说起来，史可法之所以会有如此变化，却是受他的先师袁崇焕所托。当年史可法年青时进京赶考，半路上行囊却被强人掠走，孤身一人饥寒交迫，夜宿在一间破庙之中。正巧当时已出仕的袁崇焕回京述职，途经破庙，见其可怜，便邀其一同上路。一路上见史可法言谈举止都颇有大家风范，十分赞赏，待到了京城时，两人已是师徒相称。后来史可法在袁崇焕的资助下，才能顺利参加当年科考。为官后史可法更是袁崇焕相交莫逆。不过很快袁崇焕便主动请缨，远赴关外，驻守宁远，而刚为进士的史可法当时却尚未为官，两人只能就此分别。待到袁崇焕遇难时，史可法也不过只是一小吏而已，根本无法营救袁崇焕。在当时，大明朝中众臣都对袁崇焕避之不及，生怕被其牵涉其中，唯有史可法念及当年大恩，不但主动进京，并变卖家产，只为见恩师一面。两人在狱中相见时，不胜唏嘘，感叹这些年的际遇。史可法知道自己人言势微，无法改变袁崇焕之命运，两人狱中抱头痛哭一番后，史可法问袁崇焕可有何遗愿，他史可法宁可豁出一条性命，也定要为其完成。
没想到袁崇焕在被冤入狱，即将被处死的时刻，心中牵挂的依旧是国家大事，而非家人安危。在当时袁崇焕便已看出吴三桂决非池中之物，因此反复叮嘱史可法，定要防备吴三桂，如将来吴三桂真的造了反，定要不惜一切代价，剿灭吴三桂，不然亡大明者，定是吴三桂。史可法对袁崇焕的遗愿一直放在心上，前些日子听说吴三桂应山海关总兵田立之邀入关平乱，便知不好，吴三桂的狼子野心可以说是路人皆知。又有先师叮嘱，史可法对袁崇焕无比敬仰，对袁崇焕所言更是从未怀疑，所以他才会突然转变态度，拥立福王登基。有了众多明臣故吏的支持，在北京新皇登基不过半月之后，这些人便以福王告庙，建号嗣统，是为宏光帝，并在南京修茸旧殿，以马士英为大学士，史可法为体仁阁大学士，吕大器为兵部尚书，高宏图为文渊阁大学士，刘宗周为吏部尚书，与北京的大明朝唱起了对台戏。朝仪初定，马士英擅权，遇事独断，与史可法意见不合，马士英集结了一班弄臣向宏光帝进了谗言。把史可法调了外任，令督师江北。史可法临行的时候、俯伏午门，痛哭叩头而出。
马士英自史可法去后，益发专横，不断为新皇朱由菘在民间选秀女，而朱由菘本就是个草包，若非朱由检煤山自尽，他顶多就是个没落王爷，可如今却一下子草鸡变凤凰。成了南明之君，他那里会理什么朝政。每日在后宫中乐不思蜀，所有朝政大事全部交与马士英。马士英利用这个机会开始打击异己，短短半月时间，马士英便先后将朝中与自己意见不和的大半朝臣罢免，整个南明已成了他马士英的私物。此时南宁侯左良玉尚在，奉命驻守湖广武昌府。当年左良玉征剿李自成时，虽然鲜有胜绩，更因要保存实力，而惧战不前。导致李自成转战山西、陕西，最后坐大，竟攻陷京城，逼死了万岁。不过此时整个南明也算是山中无老虎，猴子称代王，全国上下，竟再找不出一人比左良玉资历更高，实力更强。崇祯活着的时候，左良玉桀骜不驯。常常不听调遣，只是因他手握重兵权，崇祯才不能将他治罪。崇祯又恨他又得依靠他，不得已封他为平贼将军，封他为宁南伯，封他为宁南侯。可是崇祯死了以后，左良玉却很自然地产生了一种怀念故君的感情。他曾经按礼制为大行皇帝服孝二十七天，跪在崇祉的灵位前放声痛哭。哀动三军，俨然是一个少有的忠臣。左良玉闻得马士英在朝中胡作非为，不禁义愤填鹰。近日又听说皇太子已辗转来到南京，左良玉心中更是激动不已。自己要不要赶快率领大军往南京去除掉马、阮等人，整顿朝纲，废掉福王，扶新近来到南京的“皇太子”登极？其实真皇太子已经死在北京，南京这个是假冒地，真实姓名叫王之明，但左良玉并不知道。
左良玉虽然有心兵发南京，可又有些顾忌湖南的大顺军和远在京城的辽东军，如今辽东虽立了新皇登基，而且这新皇又是宗祯帝的新子，可如今北明是君弱臣强，吴三桂的野心更是路人皆知，若是他们趁自己东上南京之机，挥兵南下破了武昌，大明恐怕离灭亡可就不远了，自己如何对得起崇祯帝对自己的爱护？左良玉自己下不了决心，只好召集几个亲信商议大局。有人问道：“辽东会不会进兵江南？”
又有人问道：“辽东与大顺贼争战不休，而李自成无路可逃之下，会不会一路南下？”议论之后，竟然没有一个人相信辽东会马上进兵江南，在他们看来，辽东虽在北京另立新皇，可南京也打着大明的旗帜，本是同根而生，相信吴三桂也不敢轻易向南明开战，不然天下士子的口水也会淹死他们。而且辽东如今刚刚占领了北京城，李自成虽然大败，可在山西、陕西、河南一带尚有几十万大军，吴三桂就算有心南下，恐怕也得将李自成消灭后才能成行，不然以大顺军实力，随时有可能抄了南下辽东军的后路。左良玉一直沉默不语，后来才说道：“我看辽东未必会立即下江南，要紧地是我们要着手快一点，不能够等江南弄得不可收拾，我们再去收拾，那时后悔就晚了。”
左良玉最为看重的谋士黄澍道：“侯帅所言极是。今日之南京虽有君却似无君，我们不去收拾，更待何人？”左良玉地儿子、平贼将军左梦庚也道：“父帅想得很是。目前我们先不要担心辽东会不会下江南，我们所担心的是朝廷这样乱下去，皇上如此荒淫，不理朝政，任着马、阮等一班小人摆布，如何是好？”
左良玉心中明白，黄澍去了一次南京，在朝廷上当面攻击马士英等人。马士英知道黄澍是依靠他宁南侯的力量，所