打算到深山密林里去苦熬，而要这在这里进行最后的顽抗，尽可能长时间地阻止美国人入城，哪怕把这座“东方的珍珠橄榄”在战火完全中毁掉也在所不惜。
他手里的部队主要是两个大队的海军陆战队员，还有一些舰艇沉没的海军水兵，驻马尼拉的陆军部队4000余人也主动归到他的麾下，在美国人逼近马尼拉时，全城的倭国守军大约有2万人。
为了与美军决一死战，岩渊下令毁掉马尼拉城的建筑，派工兵和炮兵把雄伟的圣奥古斯塔教堂、马尼拉大教堂、邮电大楼、繁华的圣克鲁兹商店街、穷困的托恩多贫民区、邮电大楼等，统统夷为平地，把巴石河上的所有桥梁，包括中国式的木桥、西班牙式的石桥、美国式的水泥桥和钢桥，全部炸毁。他把部队部署在城内各处的永备工事和地下室里，在每一个主要路口都设置了障碍，街道上埋满了地雷，数以千计的建筑物里安设了饵雷，船上的大炮也被拖到岸上的工事里。一场残酷的血腥大战已经不可避免了。
麦克阿瑟一度以为艾克尔伯格将军能出奇制胜，迅速夺取马尼拉，现在他彻底失望了。克鲁格将军的第6集团军重新进入他的视线。第6集团军这次派出了战斗力最强的两个师：第1骑兵师和第37师。8000多辆卡车和吉普车分别从林加延湾和克拉克机场附近出发，沿着5号公路和3号公路向马尼拉开进，行军速度远比仅靠双条腿的第11空降师快多了。麦克阿瑟还专门找到第1骑兵师师长马奇，告诉他：“开进马尼拉。我不管你怎么开进去，只要开进去就行，而且要快。要避免人员伤亡。你可以绕过倭国鬼子，超越倭国鬼子，但一定要开进马尼拉，救出圣托马斯集中营的战俘，占领马拉卡南宫和议会大厦。”
精明强悍的马奇组织了一支800人的“飞虎队”。他们乘坐吉普车、卡车和轻型坦克不分白天黑夜地朝马尼拉进军，速度之快令敌人来不及引爆事先埋好炸药的桥梁，在短短的6个小时之内前进了120公里，于2月4日黄昏前冲进了马尼拉市区。第37师也沿着3号公路紧赶慢赶，于第二天凌晨进入马尼拉。
2月6日，麦克阿瑟听到第1骑兵师和第37师大举进入马尼拉的消息时兴奋异常，他从距前线几十公里的司令部发出胜利公报，宣称美军正在迅速清扫马尼拉的敌人！
麦克阿瑟总是喜欢在公众面前抢3头，这个过早发表的胜利公报也是他作秀心理的产物。即使那些对麦克阿瑟一惯夸大其辞的毛病心知肚明的人，也不能不承认这次表演确实有些过分，麦克阿瑟的胜利公报与接下来美军在市区的残酷战斗形成了强烈的反差。
最初，美军轻型坦克冲入马尼拉城时并没有遇到多少抵抗，成群的菲律宾人涌上街头，流着热泪，诉说着日军的暴行：几天前，凶残的日军围捕了几万名市民，不分青红皂白将他们全部屠杀。
但是，当美军冲到巴石河岸时，数不清的日军就像幽灵似的从地缝里钻了出来，从残存的建筑物内，从瓦砾堆后面向美国人开火。依托12米厚、8米高的马尼拉老城城墙和哥特式塔楼顽抗的日军也给美国人带来不小的杀伤。
肯尼怒不可遏，要求派轰炸机朝那些地方丢汽油燃烧弹，用强烈的气浪和熊熊烈焰熏死、烧死那些躲在坚固城墙和塔楼里的倭国人。麦克阿瑟不同意。他觉得轰炸机轰炸太不精确，特别是凝固汽油弹会把市内几百年的古建筑付之一炬。不过他同意使用重炮。于是美军运用155毫米、105毫米口径榴炮营以及配属给陆军团队的75毫米炮，对马尼拉市内各个顽抗到底的日军据点进行毁灭性炮击。
155毫米榴弹炮是当时美国陆军最具威力的火炮，在欧洲战场已经威名远扬，为诺曼底登陆战、安特卫普进攻战屡立战功。它进行直瞄射击时，一发炮弹就可以把一栋混凝土大楼齐根切断。155毫米火炮的参战，加速了日军灭亡的进程，同时也使马尼拉的巷战变得更加残酷。马尼拉的大部市区陷入一片火海之中，绝大多数公共建筑被彻底摧毁。一位乘坐飞机从几千米高空观察战场的美国将军后来描述说：“火焰有1000英尺高，而它喷冒出来的大片大片的黑色浓烟则高达2000英尺。”
2月12日，日军残部收缩到南滨海区码头一带，隐蔽在医院、政府大厦、陆海军俱乐部、拉萨尔大学、马尼拉饭店及圣地亚哥堡要塞之中，企图依靠事先储备好的大量武器、弹药、食物和水，进行最后的顽抗。
21日，美军夺取马尼拉饭店的战斗打响了。这个饭店是麦克阿瑟几年前在菲律宾的住处，由于当时走的匆忙，他的许多东西，例如茶具、烛灯架、银器和图书，都没来得及带走，麦克阿瑟也急于回去看看，家里到底怎么样了？可是当他第二天在冲锋枪手的簇拥下来到饭店时，发现饭店的西墙已完全坍塌，他居住过的顶楼住宅除了灰烬外，一切都荡然无存。
26日，眼看突围无望，日军指挥官岩渊三次海军少将自杀。
27日，马尼拉的3周激烈战斗宣告结束。1。7万名日军被击毙，美军伤亡6575人，其中死亡1010人。但损失最大的还是手无寸铁的平民百姓，死亡人数多达10万人，整座城市只有4栋公共建筑侥幸保存下来，不过已被浓烟熏得发黑了。
在马尼拉的枪炮声尚未停息下来的时候，麦克阿瑟已经把注意力转向巴丹半岛和科雷希多岛。巴丹半岛上修筑有坚固的防御阵地，美军估计那里大约有6000~8000人防守。科雷希多岛控制着马尼拉海湾，不夺取它就无法使用马尼拉湾锚地及甲米地和马尼拉的港口。况且，这两个地方也是几年前美军在菲律宾最后坚守的阵地，直到美国国旗插上巴丹半岛和科雷希多岛上之前，吕宋岛的战斗就远远谈不上结束，麦克阿瑟心中的死结就永远打不开。
1月29日，收复巴丹半岛的战斗打响了。艾克尔伯格麾下的第38师配属第34团战斗群在吕宋岛西海岸登陆。这支部队从巴丹半岛的根部切断了它与吕宋本岛的联系，另一个团级战斗群，则在巴丹半岛西南海岸登陆，合击位于半岛中心的日军。
后来的事实证明，美军的情报官对巴丹半岛守敌的实力估计过高了，那里并没有爆发大规模的战斗。
相反，美军指挥官们以为科雷希多岛上只有900多人，因此尝试用空降部队和两栖部队联合作战，一举占领这个战略要点。等到战斗打起来以后，才发觉完全不是那么回事儿。
自从1942年日军夺取科雷希多以来，这个封锁着马尼拉湾入口的要塞长时间没有启用。1944年9月，随着菲律宾防务形势的日益紧张，倭国海军匆忙编成了以板垣昂海军上校为司令官的马尼拉湾口部队，其兵力约为5400人。在美军登陆吕宋岛前夕，大本营寄予重望的自杀性水面进攻利器——“震洋队”的40余艘特攻艇，也被编入这支部队。1945年1月下旬，为了配合对马尼拉的进攻，美国航空兵开始对科雷希多实施轰炸。十多天后，美国第7舰队也加入到攻击该岛的行动中，用大口径舰炮向岛上倾泻了上千发炮弹。板垣昂用以回击的手段就是对美军舰艇发动“海上特攻”，阻止美国人使用马尼拉港。
2月28日，随着最后一只特攻艇在猛烈的爆炸声中化为灰烬，结束了“震洋队”的垂死挣扎。
几天后，美军运输船队顺利停靠码头，开始全面启用马尼拉港口。
鉴于科雷希多要塞是卡在马尼拉湾咽喉的一根大刺，麦克阿瑟决心不惜代价拿下该岛。其具体的计划是：派第503伞兵团在岛上实施空降，另外派两栖部队在海岸登陆。由于科雷希多岛海滩狭长，上岸后就面临高耸的悬崖，对登陆部队极为不利，美军决定把空降部队作为一支奇兵。但岛上缺少合适的空降场，只有该岛东端还有一块稍为平坦的地面，另一个地方就是托普锡德阅兵场附近的一个双洞高尔夫球场，不过它周围都是悬崖硝壁。指挥科雷希多战斗的克鲁格将军做出了一个大胆的决定：在高尔夫球场空降。这样做的惟一理由是倭国人做梦都不会想到那里会有伞兵从天而降。
2月16日，2000名伞兵在高尔夫球场绿茵茵的*地上降落，同时1000多名步兵从悬崖底部的狭长海滩上了岸。
这次进攻完全出乎倭国人的意料。
出乎意料的还有美国士兵。他们发现自己面对的敌人根本不是几百人的小股部队，而是躲在坚固隧道和岩洞里的近5000人的死士，他们抱着鱼死网破的决心，准备与美军同归于尽。
克鲁格急忙又向岛上增援了1000名伞兵，并派重型轰炸机用凝固汽油弹几乎炸平了科雷希多的大部分地区，海军驱逐舰也尽量驶近小岛，对岛上的岩洞和隧道入口处进行直瞄射击。麦克阿瑟最担心的是倭国人过于狂热自信，死守在隧道中不出来，那样战斗就会长期拖延下去，几个月也结束不了。好在几天后，洞内的日军指挥官决定猛冲出来，并过早地点燃了数吨TNT炸药，炸死了上千名日军。另一处弹药堆的爆炸则炸塌了部分隧道，迫使剩余的日军从洞中走出来，进行分散的敢死队式的进攻。红了眼的倭国人不惜点燃炸药与美国人同归与尽。激烈的战斗持续了一个多星期，直到最后一名日军战死，美军付出的代价是1000多人伤亡，其中大部分是空降部队的官兵。
3月2日，科雷希多岛上的战斗基本结束，麦克阿瑟乘坐鱼雷艇象征性地来到岛上。不知道是不是有意安排，他乘坐的交通工具竟然与当年离开时一模一样。麦克阿瑟自称在岛上渡过一个“戏剧性和浪漫的时刻”。他查看了面目全非的隧道和其他熟悉的标志物，回忆了昔日在岛上坚守的难忘日子，最后走到饱受炮火摧残的兵营大楼前。一根孤零零的旗杆依然树立在那里，同3年前离开时一模一样。
麦克阿瑟激动了，他大声命令跟随身后的第503伞兵团团长琼斯上校：
“让你的士兵把军旗升到顶，再也不要让敌人把它扯下来！”
麦克阿瑟之所以在进军马尼拉的过程中，坚持采用奇袭而不用大兵压境的强大攻势，甚至在第6和第8集团军之间安排一场以菲律宾首都马尼拉为终点的速度竞赛。这中间的一个重要原因，就是要趁倭国人被打得晕头转向之际，让部队迅速入城，解救被关押在市内和周边的数千名盟军战俘。就是担心美军一旦陷入血腥的围城攻坚战，会促使日军狗急跳墙，在战斗无望之时大规模屠杀战俘。
事实上，自菲律宾战役开始以来，当地的一些日军指挥官已经在屠杀盟军战俘了。
1944年12月24日，菲律宾巴拉沦岛战俘营突然响起了空袭警报。奇怪的是，天上并没有出现美国轰炸机的影子，而集中营铁丝网外那些荷枪实弹的日军士兵也没有丝毫紧张的样子。但150余名美军战俘还是被拳打脚踢地赶进狭小的防空洞。日军士兵把一桶桶汽油泼向铁门紧锁的防空洞，接着又把火把扔进洞里。那些冲开铁门逃生的人，有的被日军用刺刀扎死，有的被乱棍打伤，有的满身是火在地上翻*。日军用机枪向洞口扫射，把企图继续往外冲的战俘统统打了回去。原来，这是一场精心策划的蓄意屠杀，丧心病狂的日军以此报复美军飞机的轰炸。但其中还是有几十名战俘侥幸从铁丝网内冲了出来，有的从悬崖上跳进深不可测的海里，有的跳到沙滩上。即使如此，日军也没有放过他们。一艘巡逻艇开过来，荷枪实弹的士兵，对浮在水面的的战俘练习起了“打野鸭子”。对于从悬崖跳到沙滩上而摔伤的战俘，日军残忍地把他们活埋，甚至把汽油泼在战俘的身上、头上、脚上，再点上火，看着他们被火烧得痛苦挣扎而哈哈大笑。整个战俘营只有5名战俘逃进原始森林，算是保住了一条命。
两个月后，美军占领了巴拉沦岛。他们来到这座战俘营。在挖开的防空洞内，人们看到大量叠压在一起的尸体，其中不少尸体仍保留着死去时的姿势：两只手向前伸着，手指深深地扒住洞壁。当时战俘们是多么渴望能够出去啊！
麦克阿瑟当时并不知道自己的旧部在巴拉沦岛的悲惨遭遇，但自1942年3月11日晚离开科雷希多岛以来，菲律宾集中营里那些度日如年的老部下始终令他牵肠挂肚，他力主发动菲律宾之战也是为了给这些人一个交代。
在进军马尼拉的行动中，麦克阿瑟曾暗示第8集团军司令艾克尔伯格指挥第11空降师直接降落在尼科尔斯机场的跑道上，那里距马尼拉市区中心不足5公里，具有尽快解救战俘的条件。可艾克尔伯格没有勇气实施这个胆大包天的奇袭计划。他又指示第6集团军第1骑兵师的马奇少将完成这个任务。马奇不负所望，他组织的“飞虎队”乘坐吉普车、卡车和轻型坦克不顾一切阻碍疯狂进军，最终于2月4日黄昏赶到马尼拉城外，第二天一早就插入北部郊区并向托马斯大学进发，日军在那里关押着3000名战俘，其中大部分是美军官兵。第37师也不逊色。它拥有4000多辆吉普车和卡车，还有一个轻型坦克营，大多数官兵都不用两条腿在地上步行。靠着这一优势，其车队沿着3号公路于25日凌晨赶到马尼拉，并立即前往比利比德监狱。日军曾想炸掉通往监狱的一座桥梁，但疾驶的美军车队还是比他们快了一步，桥梁被占领了，没有费一枪一弹便占领了监狱并救出狱中的800名战俘。
2月7日，正是马尼拉城内巷战最激烈的时候，麦克阿瑟迫不及待地表示要前往被解放的集中营看望当年的老部下。他与参谋人员分乘几辆吉普车径直来到比利比德监狱。一名战俘走出来迎接他，其人介绍自己是威尔逊少校、陆军军医，负责狱中战俘的医疗事务。麦克阿瑟一看，这个人瘦得皮包骨头，活像一具骷髅，3一吹就会倒在地上，心里想：其他战俘的状况也可想而知了。果然，麦克阿瑟进入监狱后，发觉大多数战俘都如同一具具死尸直挺挺地躺在污秽不堪的床上，除了用无神的大眼睛看看他，裂开嘴向他微笑以外，什么也做不了。望着这些昔日的部下，麦克阿瑟努