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19日下午5时40分，关东军以本庄繁名义给陆相和参谋总长拍发了要求增兵的电报。下午6时左右，关东军收到陆相与参谋总长的回电训令。陆相电文：“帝国政府已决定实施不使事态扩大的方针。关东军的行动希据此精神妥善处理。”参谋总长电文：“对关东军此次行动虽予肯定，但以后行动应本政府方针，希注意不使扩大。”原本准备前来支援的驻朝鲜日军司令官也来电称：“本职虽再三上报提出建议，但参谋总长禁止派遣增援部队。”当时，驻朝日军飞机已经起飞，地面部队被限令停止在朝鲜新义州以南地区，准备待命。中央“不扩大”方针的训令和对已经出动的驻朝日军所下的停止行动的命令，使本庄繁及幕僚的情绪大为沮丧。
20日下午，驻朝日军参谋金子中佐秘密前来联络，表示：“若吉林、间岛（延吉）方面形势不稳，朝鲜军则有所借口，不待中央训令即可越境。所以，今后朝鲜军的动向，完全取决于吉林方面的形势。”石原莞尔当即主张出兵吉林，已不知如何是好的本庄繁采纳了石原莞尔的建议，决定出兵吉林，并立即向驻朝日军司令部发了关东军将出兵吉林的电报。3个小时后，才向陆相和参谋总长发了报告电。很明显，这是先斩后奏。
21日中午12时2分，关东军收到朝鲜军司令官电报，称：“我军已独断决定出动混成第三十九旅团。”石原莞尔得知这一消息后，更加坚定了侵略决心，急不可待地渴望进攻吉林的多门师团的战况。
多门师团轻易就开进了吉林城。当时，吉林省主席张作相在家乡锦州服丧未归，参谋长熙洽代理省长职务，在多门师团长的威逼利诱之下，熙洽宣布吉林省“独立”，与南京政府脱离关系。继9月24日吉林宣布“独立”之后，哈尔滨的张景惠在日本特务机关的策动下，于29日发表了哈尔滨特区的“独立”宣言，哈尔滨也成为日寇的控制地。
九一八事变后，东北军退守锦州，重组东北政府，准备以锦州为基地，抗击关东军的进攻，锦州因此成为关东军的“眼中之钉”。由于日本中央军部限制事态范围的命令，关东军无法立即向锦州进攻。不过，石原莞尔一向知道怎样制造借口。10月8日中午，他亲自命令航空参谋冢田少佐，率航空队轰炸了锦州郊区铁路西侧的兵营。当一位参谋吃惊地问他，竟然轰炸了锦州，他却不屑地说：“没有向锦州扔炸弹，是郊外的兵营。”随后又说：“无论怎样软弱的锦州政府，用六七十颗20公斤重的炸弹，也是炸不垮的。我的想法只不过是借此扫除政府的不扩大方针及国际联盟的干预！”石原莞尔企图扩大侵略，“一举拿下东北”的野心是多么明显！日本政府企图通过外交手段迫使张学良的东北军撤出关外。但是，日本政府的无理要求被中国政府拒绝。同时关东军在东北不断地扩张，致使两国外交谈判最终破裂，后继内阁因而被迫总辞职。
对此，石原不以为忧，反倒对后继内阁寄予希望。犬养毅就任首相出面组成新内阁，森恪任内阁书记官长，荒木贞夫任陆相。
关东军幕僚们一致认为，不扫除占据锦州的东北军，就不能完全夺取东北。新内阁成立后，石原莞尔等人立即给参谋总长和陆相发电报，提出进攻锦州的重要性。12月15日，被软禁的原奉天省省长臧式毅在石原莞尔、板垣征四郎的威逼利诱之下，宣告奉天省“独立”，并就任“省长”。
12月17日，关东军致电陆相和参谋总长，报告进攻锦州计划。当天傍晚，收到了参谋总长的回电，军部将为攻取锦州增援一个混成旅团、一个坦克队、一个榴弹炮大队，于26日至28日在大连登陆。另外，天津驻屯军也将增派两个大队兵力支援。
12月21日，关东军对锦州发起攻势。但是，在东北军的坚决反击下，直至1932年1月，仍未攻下锦州。石原莞尔等人不得不调整作战部署，让刚从朝鲜派来的装备精良的第二十师团接替多门师团。日军在优良装备和兵力之下，于1月3日上午10时，攻进锦州城。1月下旬，关东军发动对哈尔滨的进攻，2月5日凌晨，攻入哈尔滨。至此，日军基本上控制了奉天、吉林、黑龙江三省。为了巩固日本对东三省的殖民统治，又减轻中国人民的抵抗，石原莞尔等人开始筹划炮制一个傀儡政权。
奉天、吉林、黑龙江三省的“省长”在关东军的支持和威迫下，于1932年2月16日在沈阳召开了所谓的“建国会议”。翌日，宣布成立“东北行政委员会”，并发表所谓的《独立宣言》，公开筹建“满洲国”。日本侵略者攻入锦州后的得意情形石原莞尔一面在东北炮制“满洲国”政权，一面就“满洲”事宜，专程返回东京，汇报情况，声称：一、“满蒙”问题的解决，不应只顾眼前的利益，必须考虑到世界形势的演变和东亚的未来而加以妥善处理。二、为使苏联放弃进攻远东的企图，确立不败之国防，必须从中国开始实现东亚各民族间的真正的大同团结。
三、作为第一步，必须使“满洲国”成为理想之乡。新建立的“满洲国”，既非中国之失地，也不是日本的领土，而是日中两国共同的独立国家，同时也是各民族协和的理想之乡。四、为获取区区权益，想以权势压迫汉民族的做法，等于重蹈招致三千万民众怒恨而崩溃的张学良之覆辙。
五、在满洲的日本人，应该白手起家，与各民族共处，通过公开的竞争来确立自己的生存权。“满洲国”成立的同时，必须立即废除治外法权、满铁附属地行政权等特权。用法律保护日本人的特权，将会助长日本人的优越感，造成与其他民族间的不和，且导致日本人的堕落。石原莞尔的意见，暴露出他长期占领我东三省的阴谋。石原将这些意见向军部和政府作了说明，获得了日本国内军政高层的一致赞赏和支持。
3月1日，“满洲国”《建国宣言》发表。9日，在长春举行“建国”仪式，溥仪就任“执政”。“满洲国”的建立，标志着石原莞尔谋划已久的侵略东北、以战养战的图谋的实现。同时，他被论“功”行赏，1932年8月，石原莞尔被晋升为大佐军衔。
刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，1932年8月8日奉调回国，担任兵器本厂厂附。1933年8月1日，石原莞尔转任第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓吹他的“南进”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提出具体的侵略策略：“以迅速巧妙之手段使中国本部归我支配、以日、‘满’、华三国为基本范围实行自给经济”，为“日美大战”做好准备。
1935年8月1日，石原莞尔出任参谋本部作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提出了“扩充日满经济力量，加强扶植‘满洲国’，增强大陆兵力，建设无敌空军”的具体计划，为扩充日本侵略实力出谋划策。
1936年6月上旬，参谋本部新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。6月30日，以石原莞尔为首，参谋本部形成了一份《国防国策大纲》。7月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。8月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和具体计划，勾勒出了日本侵略行动的“蓝图”。1937年3月1日，石原莞尔晋升为陆军少将。
七七事变后，日本帝国主义发动全面侵华战争。
1937年9月27日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，鄙视东条英机是靠关系网而步步高升的，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
预备役时的石原莞尔1938年12月5日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。1939年8月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
1940年7月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。3月1日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。3月31日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅速扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来干脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于1942年9月返回鹤冈家乡闲居。
1945年日本战败投降后，石原莞尔乘机将自己装扮成受东条英机迫害的“和平战士”，以逃避被当作发动侵略战争的罪犯而受审，并出任东久迩内阁的内阁特别顾问。因为这个身份，刘建业和他的部下也就无法像对待其他战犯嫌疑人一样，直接将其逮捕。石原莞尔借机接连发表了《我们的世界观笔记》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什么“放弃战争”，建设“不要战争的文明”的主张，企图投美国人之所好。石原莞尔还专门给驻日盟军总司令麦克阿瑟写了一封建议书，提出所谓“超阶级的政治”，胡说什么“过去的政治是为阶级利益的政治”，而“超阶级政治”只是“为了理想”。
盟军开始逮捕战犯以后，石原莞尔为了争取主动，在盟军最高司令部尚未对其发出逮捕令之时，就主动前往盟军司令部自首，然后被收押进巢鸭监狱。
为了指证土肥原，刘建业和中国检察组不得不在美国人的协助下，以与石原莞尔达成司法协议的方式，说服其出庭指证土肥原和东条英机等其他战犯，换取不将其送上法庭受审。
“石原将军，尽管我很想把你送上军事法庭，让你受到正义的审判，但是，为了指控土肥原和东条英机等人，我只能控制住我的愤怒，与你达成这个协议。我现在只要求你遵守这个协议，做你必须做到的，不然，我想你应该知道，仅仅是你在东北所作的那些事情，就已经足够把你送上绞刑架的。”见证了司法协议达成以后的刘建业，对石原莞尔说道。
“这个自然，我一定严格遵守协议。”达成司法协议，基本保证了自己性命的石原莞尔说道。
“我听说石原将军的身体最近不太好，还是要注意一下，最好免得遇到给我国的吴大帅和谭贵人治病的日本医生那样的大夫，否则，事情恐怕不太好。”刘建业说道。
“将军放心，我一定说到做到。”听到刘建业的话，石原莞尔的头上开始冒出了冷汗。这个号称日本陆军“大脑”的人，怎么可能不清楚那两个人是怎么死的呢？现在在日本，占领军是说话最有用的，想要让一个已经无权无势的旧军人死得不明不白，那简直就是易如反掌。
随着石原莞尔的出庭作证，土肥原对于在东北的所作所为，更加无法抵赖了。原因很简单，从皇姑屯到九一八，再到建立伪满洲国，最主要的策划和实施人就是板垣征四郎，土肥原贤二和石原莞尔。对于两位旧日同僚在这几件事情上的所作所为，作为同谋和共犯的石原莞尔自然是比其他人更加清楚和了解的。
如果说其他的人证，土肥原还能找到办法狡辩推托，对于石原莞尔，土肥原就没有办法了。石原有着很好的记忆，对于他们三个人在那段时间里的所作所为，回忆得相当清楚，而且连他们所策划实施的计划的细节，都交待的非常清楚。
在此之后，中国检察官向哲浚登台揭发了土肥原在中国贩卖鸦片的罪行，指出土肥原鼓吹日本用刺刀、鸦片、特务三件“法宝”灭亡中国的邪恶企图。他义愤填膺地控诉道：“土肥原将鸦片和其他麻醉品作为征服中国的工具使用，这显然违背了日本已签署的《禁止麻醉品国际公约》要求签约国所承担的责任与义务。土肥原从日本在“满洲”建立新“政权”时期开始，后来在华北、华中和华南，都曾建立起鸦片专卖机构。土肥原之所以在中国大肆贩卖鸦片，其险恶目的十分明显，那就是既可以破坏中国人民的坚韧精神和抵抗意志，同时也可以敛取大笔收入供日本进行军事与经济侵略使用。”
中国检察官在此基础上，继续揭露了在板垣征四郎担任陆军大臣时，土肥原曾来华妄图促使吴（佩孚）唐（绍仪）合作，建立傀儡政权，以及血腥屠杀中国、马来亚、印尼等国无辜百姓，虐待残害战俘等罪行。
面对确凿的事实，土肥原理屈词穷，原先的嚣张气焰一扫而光，而且狼狈不堪。他自知难以抵赖，同时也怕狡辩时被迫说出更多的情况、暴露更多的罪行，所以索性放弃了申辩权。
“干杯，我们一定要好好的庆祝一下。”向哲浚在酒馆里举起了自己的酒杯，对与自己一起共事的检察官和中国军官们说道。
“是要好好的庆祝一下，土肥原这个老狐狸和板垣征四郎在法庭上被他们的老朋友石原亲口指证的时候，那个脸色简直就和猪肝一样了。我看着他的脸色，别提有多高�