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元丰改制后，太医局隶太常礼部，学生限额300人，设大方脉（120）人、风科（80）人、小方脉（20）人、眼科〔20）人、疮肿兼折伤（20人）、产科（10人）、口齿兼咽喉科（10人）、针灸科（10人）、金镞兼书禁科〔10人），神宗死后，王安石新法天折，医学教育一度实行的“三舍升试法”也被废止。
崇宁二年（1103）微宗诏令另在国子监设立“医学”，吸收儒生学医，造就有文化素养的医学人才，以改变医学的社会地位，医学教育恢复“三舍升试法”。由于徽宗的倡导，当时五运六气之说盛行。运气也成为学习重点之一，列为各科必试科目。
公试合格后，选取医疗技术精良者充当药局医师以下职务，其余各以其等第补官，或派为本学博士、正录，或委为外州医学教授。
（二）地方医学教育
宋代地方医学教育也较发达和普及，嘉祐六年（1061），各道、州、府仿照太医局的教学方式，设立地方医学，吸收本地学生习医，选官管勾，由医学博士教习医书，学满一年时，委官进行考试，合格者补充为地方医官。学生名额大郡以10人为限，小郡以7人为限，其中小方脉专业各为3人。
政和五年（1115），州、县医学隶属于当地提举学事司，学生分斋教养，设科及课程均仿太医局。
两宋时期校正书局与医书大量刊行
一、政府编纂、校正、颁行的医书
宋王朝对医学事业较历代为重视，政府多次组织官员学者集体编纂医书，更建立专门机构校勘、刊行，医书得以广泛流传。
（一）政府组织编纂的医药学著作：
在药物学书籍方面宋政府曾7次组织人力、物力对大型药物学著作进行修订、校正。在方书和方剂学著作方面政府也曾4次组织医官集体编纂大型方书，并组织官铸针灸铜人，编纂针灸图经。最值得一提的是校正医书局的成立。
宋以前医籍多赖辗转手抄，流传，以致讹误、衍脱很多。宋政府在开国不久即诏令征集收购医书，进行整理、修订。嘉祐二年（1057）仁宗采纳了枢密使韩琦的建议，设置校正医书局于编集院，集中了一批著名医家，对历代重要医籍进行校正工作，并命直集贤院掌禹锡、林亿校理、张洞校勘、苏颂等为校正，后又增命孙奇、高保衡、孙兆为校正。这是我国出版史上首次由政府设立的医书校正专门机构。校正医书局设立后，搜求佚书，征集众本，进行严肃认真地校正，“正其讹谬，补其遗佚，文之重复者削之，事之不伦者缉之”（见高保衡等《新校备急千金要方序》），几乎一言去取必有稽考。每完一书则作序陈述校正崖略并予以评价。随即奉请皇帝，亲览，然后交由国子监刻版刊行。经过校正的医书大部在熙宁间（1068～1077）陆续印行。宋代对医籍的校正和刊行对促进中国医学的发展，作出了重大贡献，使许多濒临亡佚的重要医籍得以保存；又得力当时的印刷术和造纸术的革新，改变了手工抄写的落后局面，使这些古代医籍能够刊行流传至今，在中国医学发展史上，其历史作用不可低估。
经校正医书局重修、刊行的医药书籍，现在可知的有：
1、王冰注《黄帝内经素问》，校正后改名为《重广补注黄帝内经素问》；2、皇甫谧《针灸甲乙经》；3、张仲景《伤寒论》；4、张仲景《金匮要略方论》；5、王叔和《脉经》；6、孙思邈《备急千金要方》、《千金翼方》；7、王焘《外台秘要》；8、掌禹锡等《补注神农本草》；9、苏颂《图经本草》宋代刻书，可分为官刻本、家刻本和仿本三大系统，官刻本指的是政府机关刻书。官刻本又有中央和地方所刻的区别，中央所刻之书以秘书省国子监最为著名。当时国子监除镂刻经史外，也很注意校刻医药书籍，印行书籍还可公开售卖，并允许读者付款续印。中央官刻本以北宋时为多，地方官刻本则多见于南宋，南宋地方政府各司用公库钱刻印的书总称“公使库本”。此外，各州、军学、部学、府学、县学、宫以及书院也都有刻书。宋代印本书籍已大为普及，官刻的医书种类最多，数量最大。
北宋初中央官刻医书有；《开宝新详定本草》、《开宝重定本草》、《太平圣惠方》、《黄帝内经素问》；《难经》、《诸病源候论》、《铜人腧穴针灸图经》、《简要济众方》。校正医书局所刻刊行的医书计有《补注神农本草》等10部，已如上文所述。
南宋偏安江南后，国势衰弱、财力日础，因而中央官刻医书种数极少，仅三、四种。
北宋时期，地方官刻医书种类很少，主要有：熙宁二（1069）两浙东路茶盐司本《外台秘要方》40卷。南宋时期地方官刻医书种类和数量都比北宋时为多，主要有：司库副本9种，郡斋本8种、书院刊本10种。
此外，地方官也有医书刊刻，如《魏氏家藏方》、《医说》和《小儿痘疹论》等多种。
二、书商与医家个人列刻的医书
（一）书商刊本
书商所刻之书统称为坊刻本。宋代书坊有很大发展，有的刻书馆历史悠久，刻书流传广泛。宋代坊刻较多，以浙江杭州印的浙本为上、四川刻印的蜀本次之，福建刻印的闽本又称建本或麻沙本最下。
闽刻本主要有：《新编类要图注本草》等4种，麻沙刻本主要有《本草衍义》等4种。浙刻本及其他坊刻本主要有《增广太平惠民和剂局方》等4种。
（二）医家私人刊本
宋代医家多有私人出资命工刊刻自著或其他医书，以广流传。主要有史堪的《史载之方》；庞安时门生魏炳刊刻的《伤寒总病论）；朱肱曾校刊《金匮要略方》、又刊刻自著《伤寒百问》及《南阳活人书》、《重校正南阳活人书》；阎季忠刊刻《小儿药证直诀）；寇约刊刻《本草衍义》；严用和刊刻自著《严氏济生方》。
两宋时期卫生保健与养生
两宋时期，在清洁环境、灭蚊除害、推广火葬、开办商业性浴室、饮用开水、制定卫生法规等方面都有明显的进步，宋儒养生流派的形成，使中国传统养生学内容更加丰富和充实。
一、卫生保健
古代都市街道多为土路，通风尘埃飞扬，极不卫生。宋代采用洒水或在地面上铺砖的办法来减少或防止尘土的污染。南宋时，临安（今抗州）还有专门处理粪便和治水等秽污物的职业。如吴自牧《梦梁录》，卷13载：每年春天政府令“淘渠人”疏浚河道阴沟。“遇新春，街道巷陌，官府差顾淘渠人沿门通渠；道路污泥，差顾船只搬载乡落空闲处，”宋代人们采用更多的驱杀蚊虫方法，如北宋刘延世《孙公谈圃》卷上载有艾熏驱蚊法；储泳《祛疑》则载有香药驱蚊，南宋民间有从事制作和销售驱蚊药的行业。
此时火葬在民间较前代更多地采用，尤其是没有土地的贫民，因不能安葬在漏泽园内，只得用火葬。也有死于他乡逆旅者，火化后携骨灰而归的。当时已有专门火化的设备。如吴县城外通济寺内，设有“化人亭”。
宋代的一些城镇中，出现了商业性浴室，对普通人开放。宋。吴曾《能改斋漫笔》卷1记载这类浴室门上以挂壶为标志，这大大方便了普通民众的洗浴，于个人卫生大有益处。人们在沐浴的同时，还培养了剪指（趾）甲等卫生习惯。
饮食卫生方面较为突出的是宋人提倡饮用开水，庄绰《鸡肋编》说：“纵细民在道路，亦必饮煎水。”可见在家中饮开水就更为平常了，北宋欧阳修《憎苍蝇赋》说：“一有玷污，人皆不食”，较好地反映了当时人们讲究卫生，不食被苍蝇玷污的食物。
二、养生
宋代政府比较重视医学和养生学，在《圣济总录》中，就有两卷专论导引，如卷199辑录了晋唐以来常用的导引、按摩方法，如鼓腹淘气、导引按跷、摩手熨目、下摩生门等14种。其中，运动水土”有“转手摩肾堂令热”，即是后世擦肾俞穴法。这些健身方法多为后世气功养生著作所引用。卷200“神仙服气”为介绍吐纳法的专篇。八段锦是由八节动作编成的一套有保健作用的动功锻炼方法，据载，至迟在北宋末年就已有八段锦之功法，如后世的“武八段、坐式八段锦、十二段锦、十六段锦均在八段锦（立式）的基础上发展而来。
两宋时期，养生类著作时有问世。养生专著蒲虔贯《保生要录》，根据华佗“人体欲得劳动，但不当使极尔”的原理创编了一套“小劳术”，包括挽弓、拓石、筑拳、摆臂、顾首、转腰、洗手、摩面等导引按摩法，简便易行，颇有特色。陈直《养考荤亲书》着重论述了老人的食治及四时养生。后经元代邹铉增益，改称《寿亲养老新书》。该书以老年人的生理特点出**述养生之道，十分强调保养元气，还强调精神心理卫生的意义。
两宋时期，出现了一批主张四时摄生与季节导引的养生家。他们多以《素问。四气调神论》等医经为依据，结合民间与作者的养生经验，阐述或推衍经旨。此类书中较引人注目的是《陈希夷二十四气坐功法》，书中载有按二十四节气制定相应的二十四种功法，并分治二十四类病症。这套功法常被明清之后的养生著作所引载，流传很广。
宋代，儒而知医成为一种时尚。不少文人如欧阳修、苏轼、黄庭坚、陆游等皆通医学及养生之道，其中尤以苏拭最为突出。在《东坡志林》、《仇池笔记》、《苏沈良方》、《道枢》、《类说》等著作中，都有苏氏养生之论，如认为“养生者必以胎息为本”，详尽生动地叙述了胎息的具体练法，即想象呼吸之气“如熏炉之烟，烹鼎之气”，而且“心不起于念”，强调入静与存想，不同于晋唐时期强闭呼吸之练法，已有较大的进步，《苏沈良方》载“上张安道养生诀”，介绍了他“闭息内观，纳心丹田，调息漱津”的锻炼方法，并说自己平生“颇留意养生”，“其初效不甚觉，但积累百余日，功不可量，比之服药，其效百倍。”在养生史上有一定影响。
两宋时期基础医学的进展
一、解剖学
北宋在中国古代解剖学史上有重要成就。此期间前后曾进行过两次人体解剖活动，并由此产生了两部人体解剖学图谱——《欧希范五脏图》和《存真图》。
宋仁宗庆历年间（1041～1048），广西地方官府处死欧希范等五十六名反叛者，并解剖死者的胸腹，宜州推官吴简（一作灵简）与医生和画工较仔细地观察了这些尸体的内脏器官，并由画工宋景描绘成图，这便是《欧项范五脏图》。这一史实在当时及稍后的许多史志及笔记文集中部有记载（范缜《东斋纪事》卷一，沈括《梦溪笔谈》卷二十六，叶梦得《岩下放言》卷下、赵与时《宾退录》卷四、李攸《宋朝史实》卷十六、杨仲良的《通鉴长编纪事本末》卷四十九、郑景壁的《剧谈录》等都或详或略地记载了其始末），该图早已佚失，难以知其详情，从《史记标注》转引杨介《存真图》中所载吴简的一段话中可以窥其大略，《存真图》云：
“宜贼欧希范被刑时，州吏吴简令画工就图之以记，详得其证。吴简云：‘凡二日剖欧希范等五十有六腹，皆详视之，喉中有窍三：一食、一水、一气，互令人吹之，各不相戾，肺之下，则有心肝胆脾；胃之下，有小肠；小肠下有大肠。小肠皆莹洁无物，大肠则为滓秽。大肠之旁则有膀胱。若心有大者、小者、方者、长者、斜者、直者、有窍者、无窍者了无相类，唯希范之心，……，如所绘焉。肝则有独片者、有二片者、育三片者，肾则有一在肝之右微下，一在脾之左微上。脾则有在心之左。至右蒙干多病嗽，则肺且胆黑；欧诠少得目疾，肝有白点，此又别内外之应。其中黄漫者脂也。’”
就已知中医文献来看，吴简对人体胸腹脏器间的位置及相互关系的描述，较之前人详明而准确得多，实际上他已注意到右肾比左肾的位置略低，这是了不起的发现，他明确指出脾在心之左（不言而喻，肝则在右侧），从形态学上纠正了左肝右脾的错误认识。不过，吴简的论述中仍有一些错误。由于时代条件的同限性，我们不能求全责备。《欧希范五脏图》不仅在生理解剖方面取得一定成就，在病理解剖方面也有可贵发现。吴简所云：“蒙干多病嗽，则肺且胆黑。”久病咳嗽而致肺颜色发黑的病理解剖现象是完全可能的。这一解剖发现不仅以事实说明中医学“有诸内必形诸外”，脏腑相关理论，而且首开了中国医学史上从人体内脏形态的改变寻找体表病症产生原因的先例。
《欧希范五脏图》是已知最早的人体解剖学图谱。不过，就其在历史上的影响而言，实不及其后问世的杨介《存真图》。《存真图》是宋徽宗崇宁年间（1102～1106）由医家杨介和画工根据他们所观察到的被宋廷处决剖刳的反叛者的胸腹内脏绘制而成的解剖图谱。《存真图》至清代初期尚存，《文渊阁书目》和《汲古阁毛氏藏书目录。医家类》均有著录。元、明时期的一些医书还转录了其解剖图谱及其说明性文字，《存真图》现在虽已佚失，但其部分内容却由这些医书而得以保存下来。从中可知，《存真图》的绘制十分简细具体，它不仅有人体胸腹内脏的正面、背面和侧面全图，而且还有分系统、分部位的分图，如：《肺侧图》、胸部内脏的右侧图形；《心气图》为有侧胸、胸腔的主要血管关系之图；《气海横膜图》，为横膈膜正在其上穿过的血管、食管等形态图；《脾目包系图》，为消化系统图；《分水阑图》，绘出了泌尿系统；《命门、大小肠膀胱之系图》，绘出了泌尿生殖系统。所绘诸图及其文字说明大致正确。
《存真图》比《欧希�