五月二十日，唐王李渊即皇帝位于太极殿，下诏大赦天下，改隋义宁二年为唐武德元年。无论官人、百姓，一概赐爵一级。过去一年义师所到之处，免征税收三年。停用“郡”的称号，改称为“州”，“太守”改成称“剌史”。按五运推演，本朝天运为土德，因此以黄色为最尊贵。
随后，大唐皇帝李渊任命李世民为尚书令，裴寂为尚书右仆射尚书令为尚书省长官，尚书左右仆射乃尚书令的副职，为尚书省实际负责政务者，掌统理六官、纲纪庶务，地位与中书、门下两省正职等，而实权尤重。唐初，尚书左仆射实为第一宰相，尚书右仆射实为第二宰相。纳言为门下省长官（又称侍中），内史令为中书省长官（又称中书令）。，刘文静为纳言，萧蠫、窦威同为内史令，屈突通为兵部尚书。数日后，又立李建成为唐太子，封李世民为秦王，李元吉为齐王，另封十几位宗亲为王。其余文武百官各有封赏。
当先帝杨广遇难的噩耗传到东都，越王杨侗哭得昏厥过去，将军王世充也哭得几次以头撞地，满面是血。多少日，东都到处都是泪水。五月二十四日，东都留守官员奉越王杨侗即皇帝位，大赦天下，改本年为皇泰元年。追谥先帝杨广为“明皇帝”，庙号世祖，以段达为纳言、陈国公，王世充为纳言、郑国公，元文都为内史令、鲁国公，皇甫无逸为兵部尚书、杞国公，又以卢楚为内史令，郭文懿为内史侍郎，赵长文为黄门侍郎，共掌朝政，时人号“七贵”。皇泰主杨侗眉目如画，风姿端庄，为人温厚仁爱，东都的人们都说他有帝皇之风。
六月，宇文化及率领叛军走在通往东郡的大路上，数万铁骑卷起漫天的烟尘，铁骑之后却是几千辆吱吱呀呀的牛车，载着货物和红红绿绿的宫女在土路上颠簸，后面押阵的是庞大的步兵队伍。
现在宇文化及像皇帝一样占有着六宫的美女，对他的奉养奢华得同暴君杨广一样。每到宿营地，他在军门中向南坐着，如果有人向他汇报事情，他就沉默着，不说一句。回到住处的帐篷，他才把奏事的人交上来的文状打开，与唐奉义、牛方裕、薛世良、张恺等人一道商议，商定解决的方案，令文书记下作为指令发出去。
从江都出发时，叛军步兵走的是水路，骑兵沿江而上。到了彭城，水路不通，步兵上岸，又抢夺了百姓的牛车二千辆，用来装载宫人和珍宝。其余的戈甲器械，都交由军士们背上，路走得越久越让人感到沉重，军士们开始埋怨新的执事者。
司马德戡凭借杀帝之功获得了礼部尚书的职位，仍感到不满足，密谋着发动新的政变，取宇文化及而代之。事先他派人前去和盗贼孟海公接头，想引对方为外援。只等孟海公的军队一到，他就立即动手解决宇文化及。消息走露后，宇文化及派了三弟宇文士及假装游猎路过司马德戡的军中，司马德戡还不知道事情业已败露，便出营迎接，结果被抓了起来，用绳索扼死，同党十几人随后都遭到处决。孟海公来后，见到的却是意想不到的情景，这支军队的强悍令他十分害怕，他眨眼间换了另一副面孔，拿出了很多牛酒犒劳叛军，叛军当仁不让地享用了。
叛军继续向前行进，在巩洛一带被李密的守军据险挡住了去路。宇文化及无法从这里向西走，只好率军折向东郡，东郡通守王轨率领整座城随后向叛军投降。
东郡的粮食肯定是经不起这支庞大军队消耗的，但是离这里数百里之外的黎阳仓粮食却是多得很。于是宇文化及将叛军的辎重留在滑台，任命王轨为刑部尚书，负责看守它们，字文化及亲自带兵北趋黎阳。
瓦岗军在黎阳的守将是徐世，为了躲避叛军咄咄逼人的锋芒，他主动放弃了黎阳城，将兵力全部集中起来保卫仓城。宇文化及迅速进占黎阳城，然后分兵包围了仓城。徐世一边加强防守，一边飞章向李密告急。
正在东都前线的李密接到消息，急忙率精锐步骑二万前来救援，他没有直接到黎阳向徐世靠近，而是停在滑台的西部清淇，在那里营造壁垒，与徐世举烽火相互呼应，他令队伍在军营前挖上三道很深的壕沟，将壁垒夯得又高又结实，就是不与宇文化及的叛军进行野战。宇文化及每次进攻仓城，李密都率军攻击他的后背。
宇文化及大怒，写下战书要与李密正面交战。李密与宇文化及隔着卫水对话。“你们宇文家人本是匈奴贵人的家奴，姓‘破野头’，”李密数落道，“你们父兄子弟，都深受隋朝的恩典，世代富贵，满朝找不到第二家。主上大德有亏，你们不能牺牲生命匡正，反而发起叛乱谋杀君王，还想篡夺皇位，真是天地不容，还想朝哪儿跑！如果赶快过来归附于我，还可以保全你的后代子孙。”
宇文化及被骂得张口结舌，低着头瞅着地面很久，又猛地抬起头来。“我要和你说的是战场厮杀的事，少跟我来这套书本上的话！”他眼睛瞪得像铜铃，凶狠地大吼道。
李密对身边人说道：“宇文化及蠢笨到这种地步，还异想天开要做帝王，我折根木棍就可以驱赶他！”
双方隔河对峙，谁也不愿主动渡河进攻，到了傍晚，各自引兵归营。
宇文化及一面向西设立营栅阻击李密的骚扰，一面造了许多攻城器械，向仓城逼近。徐世在城外挖掘壕沟，将宇文化及的军队和攻城器械阻在壕沟前，城上又拼命射箭，用发石机抛下大石头，将叛军击退，使得他们根本无法接近城下。徐世又从壕沟底下挖了一条地道，乘黑派出敢死队对叛军发动突袭，叛军在夜幕中不知来了多少敌人，吓得几乎丧失了斗志，第一线的队伍全部溃了营，辛苦多时营造的攻城器械全被瓦岗军烧掉了。两军形成胶着状态。
东都方面听说宇文化及率十几万叛军西来，上下震恐，生怕叛军攻击黎阳仓城不下，改走洛阳一线，甚至干脆围攻洛阳，洛阳实在脆弱，经不起两线夹击了。有一位小官名叫盖琮的上书皇泰主杨侗说，可以派人游说李密，和他联手抗拒宇文化及。执掌实权的大臣元文都赞成他的意见。“现在大仇不能雪，兵力又不足，”元文都对卢楚等说，“不如赦免李密的罪行，让他一心一意地攻打宇文化及，两贼相斗，我们坐等双方累垮。等宇文化及被打败，李密的军队也精疲力尽了；再说他的将士贪图我们的厚赏，就容易被离间了，说不定到时候连李密都可以逮住。”卢楚等认为这个分析在理，于是说服皇泰主杨侗便任命盖琮为通直散骑常侍，令他带着诏书前往游说李密。
这时李密正在为陷入两线作战境地而苦恼，西边与东都相持了很久，东边又与宇文化及进行着残酷的战斗，令他常常担心东都的军队对他的后背和老巢发起突然袭击。见了杨侗的特使盖琮，他非常高兴，同样抱着离间东都内部的想法，答应和东都联手，于是上表请求归降，并愿担当讨灭宇文化及的使命。皇泰主大喜，正式下诏任命李密为大隋太尉、尚书令、东南道大行台行军元帅、魏国公，命令他扫平宇文化及，然后入朝辅政。另封徐世为右武候大将军。同时还下诏称赞李密的忠勇表现，强调说：“将来的用兵机略，一律接受魏公的指挥。”
元文都等人对于双方的和解大感满意，他们以为危险已经消除了。李密历来不杀降的记录，给了他们很大的安全感。至少从今往后，他们可以不再担心掉脑袋了，李密的军力是多么强大啊，无论将来形势再怎么演变，都少不了自己的一份儿，可不是么！于是东都的文武官员在皇宫东门摆下酒宴，欢庆和解的达成，连将军段达都带着众人端着酒杯，跳起了舞蹈。
但是在欢乐之中，有一只鹰阴鸷地盯着众人，他就是身穿战袍的王世充将军。他的脸色非常难看，就像被人用刀剑砍了几记后的脸色。“朝廷的官爵，居然送给贼人，”他用不屑的眼光看着元文都等人狂欢的场面，低沉而恶声恶气地对起居侍郎崔长文说，“他们到底想干什么！”他的心里在冷笑：你们也不问一问我王某的想法，未免高兴得早了些！
段达喝了一大口烈酒，举臂一伸一缩旋转了一圈，目光无意中与那只鹰寒冷的眼神相接，顿时打了个冷噤，像抽了骨头似的，舞蹈的动作慢慢疡了下来。
元文都等人也觉察到王世充近来的怪异表现，他们怀疑王世充可能暗中勾结宇文化及，将东都城献给叛军，于是暗中加强戒备。双方你防着我，我防着你，然而却在外表上加以掩饰，互相作出很亲善的样子。
秋七月，皇泰主杨侗派人前往李密的军营，册封李密为太尉，李密向北跪拜，恭敬接下了诏书。既然西边已经没有了忧患，他就将东都北郊的瓦岗军精锐部队全部调到东线，在童山设立了新的军营，与清淇、黎阳仓城互为犄角，对叛军作三面围攻状，他运筹着，要给宇文化及以致命的打击。
李密侦知宇文化及的军粮快吃完了，就假意和他讲和；宇文化及大喜，让队伍放开吃米饭，也不加以节制，希望能用牛车上的珍宝换取李密的粮食。正好李密手下有人违背军规犯了罪，逃亡到宇文化及的军营，把真实情况讲了，宇文化及非常愤怒：既然粮食快吃完了，就和李密决一死战吧！
于是宇文化及率军渡过永济渠，天还没亮，便向李密设在童山的军营发动了突然袭击。
“魏公！魏公！”李密在睡梦中被程咬金叫醒，“敌人偷袭我们啦！”
李密火速穿好衣服，程咬金帮他飞快披好盔甲，这时，只听见无数辟辟啪啪的脚步密得像洪水从军帐外漫过，伴随着杂乱而恐慌的叫喊。
李密钻出军帐，“锵”的一声，抽出宝剑，一道光华划入朦胧的晨光中，侍卫已经把战马牵到了门口。“你赶快把左右营的内军抓住，抓住多少是多少，”他翻身上马，冲程咬金喊道，“立即赶上来反击！”
“是！”程咬金的声音从几丈之外传来。
李密带着蔡建德和五六名侍卫向前方驰去，一路上溃兵继续像流水一样从身旁漫过，前面是第五道营栅，也是军营最后一道防线。李密刚赶来到这里，又退下来一群溃兵，他们边跑边喊：“骑兵来啦，骑兵来啦！”
一阵密集的马蹄声传来，伴着“啊——啊——”的尖啸，是叛军的精锐骁果营攻上来了！必须挡住他们的势头，否则整个军营转眼就要崩溃！
李密纵马跨过栅栏，“我是魏公！”他举剑高呼，“跟我冲啊，把骑兵打回去！”
这时，一股溃兵拥挤着奔过来，有十几人被挤倒在李密的马蹄下，李密的座骑一个失蹄，竟把他从马背上摔了下来，身后的蔡建德飞速跳下马，把他从人群中拉出。
李密大怒，挥剑砍倒了一名溃兵，“不准跑，给我回去！”他怒吼道，又挥剑砍向第二个，蔡建德率领五六名侍卫跟着向溃兵边吼边砍，“砍死你，快回去！”吓得溃兵朝后直退，逃跑的河水渐渐停歇。
李密看见一位大个儿倒拖着一面战旗楞在当场不知所措，便上前一把将战旗夺了过来，朝上一举，“我是魏公！”他大喝道，“大家跟我攻上去，把敌人骑兵拦住，每人找一根长枪，二十人一组，专蹩马腿，把骑兵蹩倒！”他回身向栅栏处一望，士卒们正从栅栏上翻过来向这里聚集。“我再说一遍，每人找根长枪，二十人一组，专蹩马腿，把敌人的马蹩倒——大家听清楚没有？”
“听清楚了！”在场的几百人大吼道。
“好！跟我走！”李密高举战旗，拨开众人向前奔跑。“大家跟我喊——找长枪，蹩马腿！”
“找长枪，蹩马腿！”几百人高喊着，忽拉拉地跟着李密向前冲去。
越来越多的溃兵加入了反击的队伍。
骁果铁骑冲过来了，远远可见那些像星光一样闪亮的战刀。在李密的率领下，大家齐声高喊着“蹩马腿哟——”，把旗帜、长枪、长稍和栅栏杆朝飞驰而来的铁骑前蹄绊过去，铁骑来不及躲避，“哗啦”倒下了一片。
“蹩马腿哟——”瓦岗军愤怒而欢快地叫喊道，一片一片的骁果铁骑倒下了，未被绊倒的骑兵也被冲散，在空地、帐篷和障碍物之间与瓦岗军的步骑展开了厮杀。
“冲啊，把敌人赶回去！”李密一手举着战旗，一手斜刺着宝剑喊道，溃兵几乎全部转身跟着他向敌军冲去。骁果铁骑密集的冲锋队形全部被打散了，只好朝回退却。
突然，一阵凶狠的叫骂声逼近过来，却是叛军的步兵敢死队上来了。李密身边的瓦岗军人数只有一两千，被几千名敢死队逼得步步后退，一路退到刚刚出发时的栅栏处。
“就退到这里！”李密大喝道，“援军马上就来！顶住它！”
话音刚落，身后传来暴风骤雨般的马蹄声，瓦岗军欢呼起来：“内军上来，杀啊！”
一匹匹战马从头顶的栅栏上飞过，杀向叛军敢死队的军阵中。敢死队鬼哭狼嚎，转身没命地逃跑。
李密长长地吁了口气，这时天已大亮，他浑身像浸了水似地湿透了。
当数千名骑兵冲过后，又有上万名步兵紧跟着杀了上来，为首的是裴仁基。他见了李密，高兴地喊道：“原来是魏公把敌人挡住了！”
李密把手中的战旗一掷。“快，跟上骑兵，把敌人一直赶出军营！”李密命令道。
“好啊，”裴仁基伸手一举刚刚接过的战旗，“您等着好消息吧！”
当裴仁基率领步兵配合内军骑兵把敌人赶出第一道栅栏，数万名叛军步骑又黑压压地盖了过来。
这时，李密和王伯当带着上万步兵上前增援，瓦岗军一齐出营冲杀，叛军败退了下去。
三张满是鲜血的脸向李密迎来，却是内军骠骑秦琼、高猛、程咬金。裴仁基从他们中间钻出，把手中的军旗朝地下一插。“魏公，您这是从哪儿找来的旗帜？”他用手一指。
李密一看，却是一面二百人队旗！
众人哈哈大笑。
瓦岗军十几万大军的营寨竟差点被叛军攻破，可见叛军已是倾巢出动了。李密判断，宇文化及在吃过早餐后