双方又在大门边展开了激烈争夺。冯立正碰上了敬君弘，一枪将他戳死，吕世衡也死于乱兵之中。
这时，有一骑飞马向冯立报告：“芳林门又有一支军队向这边杀过来了！”
却是高士廉率领由囚徒组成的新军从芳林门方向冲杀过来，要与秦府将士会合。
冯立既然已经杀死了敬君弘，便对身边人说：“这样也可以稍稍回报太子了！”他带着几十名亲信退出了战场。但是身穿铠甲的魏征等人仍然坚持着战斗。
听到外面的杀声不停，李世民不禁皱起了眉头。这时尉迟敬德已回到他的身边，左边还站着长孙无忌。
“敌人怎么还不退，是不是想攻进来劫持皇上？”李世民对两人说道。
“有可能！”长孙无忌应道。
“你一人进宫去，”李世民对尉迟敬德说，“好好保卫皇上！”
“是！”尉迟敬德跨上战马，向后宫驰去。
皇帝李渊一大早便和先到的大臣裴寂、萧蠫、陈叔达在海池划船，隐隐听到了外面的厮杀声，便令侍卫将船划向岸边；还没靠岸，尉迟敬德便纵马驰来，到了近旁，他跳下马，一身铠甲在阳光下闪着银光，手中长矛幽暗而雪亮，直接跑到了李渊的船边。
李渊大惊，问道：“今日作乱的是谁？你来这里做什么？”
“是太子和齐王作乱，”敬德躬身答道，“秦王率军将他们杀掉了，他担心外面的战斗惊动了陛下，特派臣前来护驾。”
李渊坐在船上，对裴寂等人说：“想不到今日竟然出了这事，该怎么办呢？”
裴寂沉吟不语。萧蠫对李渊说：“建成、元吉本来就不是太原起义的主谋，又无功于天下，他们长期嫉妒秦王的功高望重，想方设法谋害秦王。现在他们既然已经死了，也是罪有应得！”
“是啊，皇上！”陈叔达接着说，“秦王功盖宇宙，四海归心，陛下您如果让他来继承你，把国务交给他管理，不会有什么事。”
李渊看了一眼敬德的长矛，说道：“好！这是我长久以来的心愿。”
长矛的亮光令他十分厌恶，仿佛有巨物堵在嗓子眼。
敬德上前将李渊扶下船，然后请李渊当场写下诏书，令各军都受秦王指挥，李渊答应了。随侍宦官飞跑进屋拿来了笔墨，李渊草草将诏令写好，派在岸上等候的大臣宇文士及从东上阁门出去向交战双方宣读。敬德跟着宇文士及骑马走了。
敬德的长矛一走，李渊浑身轻松，这时他才确证儿子并没要伤害他的意思。他又派黄门侍郎裴矩到东宫向太子手下将士宣传皇上的旨意，要他们停止交战，等候朝廷处理此事。
玄武门外，战斗着的双方离大门越来越远。李世民正带着一帮人，在宫前宿卫府库里给秦府将士和监狱囚犯们分批发放铠甲，突然王妃长孙氏出现了，后面跟着身穿道士服装的房玄龄、杜如晦。
“王妃来啦！王妃来啦！”众将士一阵欢呼，“哎呀，还在打仗呢，王妃干嘛来这么危险的地方呢！”
长孙氏微笑着向将士们招手慰问，然后来到李世民身边，一道为将士们分发铠甲。将士们心中感激，套上铠甲便向外跑。
当宇文士及和尉迟敬德赶到后，李世民令两人前往交战地带，向两府兵宣读诏令。两府兵这才死了心，转身四散奔逃。不久裴矩也赶到东宫，颤巍巍地向众人传达皇帝的旨意。已经逃到东宫的魏征眼见将士们纷纷放下兵器逃走，绝望地仰天长叹，他立在空地上，像一根穿着铠甲的树桩。
李世民正要带将士们前去接管两府，忽然有中使前来，说皇帝召他进宫。李世民便委派长孙无忌、房玄龄和尉迟敬德负责一应事务，自己纵马向后宫赶去。
李世民进宫见了父皇，一路上恍生物境全非之感。似乎所有人都用异样的眼光看着他，又都不敢仰视。
父皇变得苍老、凄凉，面庞像塌陷了一层，但仍高傲地昂着头，茫然直视前方，脖子处露出瘦削而平滑的褶皱。
待李世民走到近前，李渊开口说道：“儿啊，这几天，为父的差点犯了‘投杼典出《史记·樗里子甘茂列传》：”昔曾参之处费，鲁人有与告曾参同姓名者杀人，人告其母曰：“曾参杀人。’其母织自若也。顷之，一人又告曰：”曾参杀人。‘其母尚织自若也。顷又一人告之曰：“曾参杀人。’其母投杼下机，窬墙而走。”‘的错失啊。“他的话里带着重重的鼻音，嘴唇哆嗦着，仿佛有蓝色的凉风不断灌进他的身子，使他不时地打着冷颤。
李世民扑通一声跪在父皇的面前，“爹爹啊——”他惨闷地叫了一声，哀嚎起来。“爹爹，我是出于无奈才……这么多年，他们好几次都谋害我啊，我一忍再忍……呜呜……”他哀痛得说不下去。
李渊也哭得涕泪泗流，双手紧紧把住儿子的肩膀，以防自己支持不住。“儿啊，别说啦，都怨为父的优柔寡断……”他的心在崩碎。
“爹爹啊……”李世民仿佛婴儿，拼命朝父皇怀里扎，“妈哟……我哟……”他哭得几乎喘不过气，头颅拱进父皇的龙袍，抵住父皇的胸膛，在父皇肥大的乳头上吮吸个不停，一边近乎失控地嘶嚎着。
爹爹啊，我不是有意要杀哥哥，我让了再让，直到最后，直到最后啊，天日可鉴，我实在无路可走！爹爹，你知道我的能耐，我如果早起心要杀他们，还要等到现在吗？爹爹，你该知道我内心的伤痛是何等的深。妈妈，好惨啊，你的儿被我杀了，你在天上会原谅我吗？我并不想杀他们，可不杀他们，他们便要杀我，儿不愿窝囊地死去，成为万代嘲笑的对象。妈妈！你可要原谅我，我是最爱你的！爹爹，你从小爱我，可你为何不保护我呢，儿好委屈呀！儿为你打天下，九死一生，你知道儿这几年过的多么艰难！爹爹，爹爹！我实在是迫不得已！
儿啊，爹爹老糊涂了，没有早日决断，致使事情弄到了这等地步。儿啊，你别怨我，好丑啊，今天的事，我这个为父的，以后还有脸面见人么。我本想将你们兄弟几个的富贵一齐保下，却没料到会有今天。我好短视啊。你们的妈妈要是一直活着，哪会让今天的事发生，是我无能啊。儿，为父的丑啊，丑啊！
父子俩抱头哭了很久，才在裴寂、萧蠫、陈叔达等大臣的劝说下，勉强止住悲伤。众人早在一旁陪着流下了酸楚的泪。连远处站着的带刀侍卫都不断地用衣袖揩泪。
东宫。
秦琼和程咬金率军队将东宫人员全部赶到空地上，女子和老弱一片哀哭，壮年男子都被用绳索绑了起来。
“奶奶的，害了老子们多少年！”程咬金恶狠狠地骂道，晃着手中的长刀对秦琼说道，“我们干脆把他们全部杀掉算！”
侯君集表示赞成，用刀做出来回切割人头的动作。秦琼神色间有些犹豫。尉迟敬德远远听见了，急忙赶过来制止：“不行，杀不得！首恶是二王，现在二王已经杀掉，杀这些胁从者做什么？”
“胁从者！”程咬金浓眉一挑，猛地吐了一口唾沫。“刚才二王死了，他们怎么还不投降，还死打硬拼了这多时！如果我们落到他们手上，他们难道不会把我们赶尽杀绝？”
“就算他们要把我们赶尽杀绝，我们也不能把他们赶尽杀绝！”尉迟敬德劝道。“你一定要把他们赶尽杀绝，把他们逼急了，反过来拼命报复，只会给我们带来不安全！”
“敬德说的有道理！”房玄龄过来了，“我们不能像他们那样做事，天下现在属于大王的了，我们得为天下做个榜样，能够不杀，便尽量不杀！”
房玄龄说话很有分量。秦琼也对尉迟敬德的意见表示附和，于是一场屠杀得以避免。
当天中午，李世民由皇宫来到东宫，与众人商议后，下令将李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义和李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度全部斩杀，建成死时年三十八，元吉死时年二十四。他们的孩子最小的不到两岁。
当儿子们从母亲的怀里被拖走，儿子们凄惨地哀哭，母亲们有的昏厥，有的发了疯，乱跑乱喊，被军士们拉住。不少军士偷偷流下了眼泪。
可将军们却一脸的冷酷。
在后宫，尹德妃和张婕姝被抓捕起来，在阴暗的房间里秘密地用丝巾扼死。两人的老家都被抄没。宫中其余建成党徒则一概不究。
当天下午，在李世民的请求下，皇帝李渊下诏大赦天下，反叛之罪只追及建成、元吉，其余党徒则全部赦免。第二天，太子旧将冯立、谢叔方出来自首，被免于追罪。
李渊感到再也无脸见朝廷大臣，便把全部权力交给了李世民。六月七日，李渊正式册立李世民为皇太子，又下诏说：“从今军国事务，无论大小，都先由太子处理，再行奏报。”
太子李世民对发动玄武门政变的参与者论功行赏，以尉迟敬德与长孙无忌为第一，每人奖给绸缎一万匹；齐王府所有金银财宝和家具器物，全部封存起来，赏赐给敬德一人。其余房玄龄、秦琼等人都得到了十分丰厚的奖赏。王緻和常何两人再一次被赏赐了大量的金银财宝，王緻被封为礼部侍郎，常何被升为左监门中郎将。
薛万彻与数十骑躲藏在终南山中，过着风餐露宿的日子。李世民一连三次派人去向他们宣布赦免，薛万彻才放下武器回到长安。“这是忠于主人的义士啊。”李世民对人感叹道，安慰薛万彻几句，便把他放了。
那次喝酒被下毒的事得到了追究，但当事人、太子府典膳监任璨坚决不承认曾参与这事。真相便永远得不到证实。任璨被判流放交趾，他的哥哥任瑰受到牵连，由邢州都督降职为通州都督。
魏征是李世民和秦府上下最痛恨的人士之一。多少狠辣的计谋都出自他的策划。在六月四日的战斗中他一直拒绝后退，最后又在东宫束手就擒。李世民一连几天都没有见魏征，一个奇妙的方案正在他的考虑中，他要让古代的传奇在今日复活。
马上就要登极了。我面临新的使命，把自己打下的江山治好。手指在大唐地图上掠动，李世民的思绪在飞翔。从河北至河内，大半个中原，我都用马步量过。古人啊，江山过去是你们的，现在是我的，我不会落后于你们，让我们比试比试吧。过往我以武力定天下，今后我将施以文治。我最需要什么？良将如云，贤臣如雨——魏征，这个老奸巨滑的家伙，坏得巴牙，却不无可爱之处。他是一把锋利的宝剑，就看你如何使用他。当初，我们擦肩而过，让他落到了建成手上，令建成如虎添翼。靠他的计谋，建成才把刘黑闼平定了，从此威信冉冉上升。魏征的赦免思路当时对我启发很大，我怎么没想到用这一招去对付刘黑闼呢？其实我本该想到的。在对付薛仁杲、宋金刚时，我都竭力控制着不去乱杀人。连薛仁杲投降后，我都不斩，但父皇一定要为死难的唐军复仇。父皇的杀性比我要重，他受到了隋文帝和隋后主的感染，把杀人当作一劳永逸解决难题的办法，杀了刘文静，又杀了刘世让、李仲文和盛彦师，连这些大唐的英雄豪杰他都要杀，更何况是敌人呢。在父皇的影响下，我也渐渐沾染上了杀性。虎牢一战俘虏了窦建德五万士卒，我全都放了。但占领洛阳后，那十几人可不可以不杀呢？到了长安，如果父皇不杀窦建德，不流放窦建德旧将，完全可以避免刘黑闼两次叛乱的发生，天下也会少死掉几十万人。事实证明，不仅士卒，连将领也不能乱杀，因为他们有能力将没有出路的士卒们组织起来。咳，是我们父子把人家逼反了。第一次平定刘黑闼，我依旧不给他的将士谋个出路，当时压根就想不到这一层啊。好个魏征，你启发了我，令我反省了好几年。的确，靠杀人是解决不了问题的，二十年来，中国人已经死得够多了。得靠仁爱！正如孟子所言，不嗜杀者得天下。事实正是如此。魏征，你有王者之师的才干，你的思路让我的心灵上升到更高境界：能够不杀，尽量不杀，这才是真正的帝王胸怀。魏征，尽管你是我的敌人，可我依然感谢你。可惜你所投非人，你是不是怕被埋没，太性急了点？我年轻，今年才二十八岁，心比天高，恨不能将天下英雄全囊括到我的府中。你当初如果到了我这里，十八学士中怎会没有你的位置？我这里就需要像你这样见过四海风浪的智者。多年来，我一直关注着你的举动，我和房玄龄等人嘲笑过你，痛骂过你，同时又公开欣赏你的阴谋诡计，哈哈！好了，现在你失败后，该服气了吧？对你我是十分认真的，我已向冯立、薛万彻他们调查过你的情况，你做事还是有分寸的，总希望把我调到边疆控制起来，下毒的事也没你的份。你并非大奸大恶之徒。后来双方斗得上火，你开始怂恿建成率先下手将我抓捕。看来你真的很懂王者的韬略，幸亏建成没有听你的！不过，即使你再坏一点，像管仲那样射中了我一箭，我也要起用你。我是在做作地模仿古人，以表现自己的大度么？当然不是，我岂是蓬间雀，我要像鲲鹏一样翱翔于九天，乘坐六匹战马，跃上伟业的顶峰！欲创伟业，需要英雄，英雄岂止是解渴的水，更是我的膀臂，没有他们，便没有我的一切。魏征，我需要你的智慧，非常需要。我会像对待敬德一样对待你，也希望你能和敬德一样，成为推心置腹的好朋友。哈哈，还没见面，我便全面考核过你了，你已经过了第一关。下面，我还要看看你在危境下究竟如何表现，可不要令我失望啊。
上午，魏征被带进来。他被软禁了几日，脸色有些苍白。他的相貌如此平凡，可谁想得到，那胸中竟蕴藏着龙虎风云？你千万不要小看了他的眼睛，要经过多少风浪，才能练就如此的深邃和干练，它在平淡中孕育的道行，可以穿透泰山！
见了李世民，魏征无言地拱了拱手。好一个长揖不拜！
“先生请坐。”坐下了，沉默。“先生应该知道皇上已经颁布了大赦诏令？”