4月13日，彭德怀和杨尚昆就红军目前行动问题向中革军委提出建议：北盘江两岸石山耸立，居民多为苗族，地形和环境对我作战不利，应乘敌未到，迅速渡过北盘江，向滇急进，扩大机动区域，以便争取主动。这个建议旨在使中央红军跳出敌军重兵包围，迅速渡过北盘江入滇，实现北渡金沙江的意图。
军委接受了彭、杨建议。4月17日，中央红军跨过北盘江，突进云南，连取数城，直逼昆明。而这时，滇军刚被东调入黔，到贵阳为蒋介石保驾，昆明几乎是座空城。云南省主席龙云，深怕红军抄了他的老家，一面向蒋介石呼救求援，要滇军返回，一面急调各地民团前来增援。然而中央红军只在其附近虚晃一枪，跳出重兵包围，即向西北迅速前进。
中央红军分路向金沙江急进。红三军团为右纵队，先抢占了洪门渡口，因水流湍急，无法架桥，未能渡江。此时，中路纵队先遣队干部团在皎平渡偷渡成功，控制了渡口。5月5日，彭德怀率红三军团赶往皎平渡。9日，红军全部渡过金沙江。至此，中央红军终于摆脱了国民党蒋介石几十万敌军的围追堵截，把敌人抛在金沙江以南，取得了红军长征战略转移中具有决定意义的胜利。
抢渡金沙江成功后，为扼阻追敌，争取红军在长期行军作战后，得到必要的休养和补充，中革军委决定红三军团和干部团主攻会理城。会理城有内外两城，城墙高厚，红军没有足够炮火，子弹每人也只有几发，攻城的唯一办法仍是坑道爆破。彭德怀和战士一起奋战五昼夜，于14日晚起爆，却因炸药不足只将城东北角炸塌，城内守军以几挺机枪交叉射击，红军冲不进城，会理未能打下。
红三军团继续围会理，守军龟缩在城内不敢出击，红军主力得以在城外休整。
这时，在红军领导层中出现了一场风波。遵义会议后，毛泽东为摆脱敌人的重重包围，指挥中央红军与敌人进行了频繁的战斗和大踏步的回旋转移。红军一些指战员极端疲惫，又对中央战略意图不明，产生了埋怨情绪。红一军团军团长林彪基于这种情绪，给中革军委写了一封信，要求改换中央军事领导人。
5月12日，中央政治局在会理城外铁厂举行扩大会议，各军团主要负责人也参加了会议。
会议批评了林彪，又指责了彭德怀，说林彪的信是彭德怀“鼓动起来的”。林彪信的大意是：毛泽东指挥军队作战是不行的，应当解除其指挥权，让彭德怀指挥中央红军北进，与四方面军会合。
此事，毛泽东认为彭德怀的责任重大。毛泽东批评林彪说：“你懂得什么？你不过是个娃娃。”又严厉批评彭德怀说：“林彪的信就是你鼓动起来的！”红三军团政委杨尚昆当时正发高烧，是用担架抬着去出席会议的，可见气氛之紧张。
事情的原委是：一段时间内，林彪对红军在川、黔、滇实行灵活机动的战略战术不满意，说是“走弓背路”、“造成疲劳”、“拖垮部队”等。一次，林彪在电话中对彭德怀说：“蒋介石和龙云的追兵现在虽然暂时摆脱了，但他们是不会停止追击的。我们前有川军阻截，后面追兵又要赶上，只在这一块狭小地区，是很不利的。我看该由你来指挥，赶紧北进吧！”①
“我怎能指挥北进，这是中央的事。”②彭德怀便回绝了林彪。
会理会议还根据刘少奇与杨尚昆共同署名给中央的一封电报中所反映的意见，批评彭德怀是“对失去中央苏区不满和右倾情绪的反映”。③指责他不在这封由刘少奇起草的电报上署名，是有意向中央隐瞒情况。刘、杨给中央的电报，反映了彭德怀同刘少奇谈到的关于部队指战员因连续作战而产生的一些思想负担，和过度疲劳的情况，以及不同意进行鲁班场和习水战斗的意见。
对于会议的批评，彭德怀觉得突如其来，且与实际情况有出入，但大敌当前，他感到应以团结为重，当时在红三军团指战员中也确实存在着一些怀疑、埋怨情绪，遂承担责任，做了自我批评，还表示：“坚决拥护新领导，继续北上，与四方面军靠近。”他批评林彪说：“遵义会议才改变领导，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的，提出我更不适当。”同时声明：“这封信，事先我不知道。”④
1959年庐山会议上，毛泽东重提此事，以说明彭德怀在历史上长期和他有七分不合作。这时，林彪当场声明说，那封信与彭德怀无关，他写信彭德怀并不知道。历史真相方得到澄清。
就当时形势而言，会理会议通过批判林彪的信，通过批判刘、杨的电报所反映的问题，纠正了当时在红军中存在的消极情绪，统一了全军的思想和行动，是具有积极意义的。
中央红军渡过大渡河后，继续北进，击溃在天全河堵截的川军杨森部，攻占了天全、宝兴、芦花。继而，翻越长征途上的第一座大雪山——夹金山。
夹金山又名甲金山，横亘于宝兴与懋功之间，只有翻过夹金山才能进入川西北。夹金山地形陡险，主峰海拔5000多米，终年积雪，空气稀薄，行人呼吸困难。山上气候变化无常，时而大雾迷漫，风雪交加；时而烈日当头，骄阳似火。中央红军长途跋涉，辗转苦战，给养困难，体力虚弱，要翻越大雪山着实困难。为了革命，红军指战员互相鼓励，扶持前进。
红三军团进至雪山脚下，彭德怀下令暂憩，亲自检查部队过山准备。大家吃着各自携带的干粮，彭德怀忽然发现军团教导队队长孙毅没有东西吃，马上把孙毅叫过来，从自己的干粮袋里倒出一半给他。孙毅不肯要，彭德怀笑笑说：“有福同享，有难同当，见面分一半嘛！”孙毅后来回忆说：“这件事我终身难忘，彭总那颗朴实和善良的心，清澈可见。”⑤
红三军团警卫通讯班班长邱荣辉回忆说：我拖着沉重的步履往山上爬，每走一步都要使出全身的力气，当走到半山腰时，两眼一黑倒了下去。这时，军团长彭德怀和战士们一样，面色苍白，喘着气大声喊：“快，骑上骡子走！”我站起来说：“能走。”可没走几步，又摔倒了。这个疲劳得奄奄一息的战士死活不肯骑上驮着文件的军团长的骡子，彭德怀急叫饲养员把骡子牵过来，又大声喊：“抓住尾巴！”邱荣辉就紧紧抓住骡子尾巴过了雪山。
红军终于以炽热的革命理想和顽强的意志征服了自然界冷傲的雪山。6月18日，中共中央、中革军委和中央红军主力到达懋功（今小金地区），与红四方面军胜利会师。
两大红军会师后，总兵力达十多万。毛泽东主张继续北上，建立川、陕、甘根据地，促进抗日民主运动的发展。张国焘反对向北发展，认为川北一带地形、给养不利于大部队行动，主张集中兵力西进青海、新疆或南下。
为决定红军的战略行动，中共中央政治局于6月26日在两河口开会，决定一、四方面军会合后，集中主力向北进攻，在运动战中消灭敌人，首先取得甘肃南部，以建立川陕甘苏区根据地。会议否定了张国焘提出的向川康发展的主张。张国焘接受了会议的决定。
中共中央为维护一、四方面军的团结，任命张国焘为红军总政委。其后，一方面军的一、三、五军团改为一、三、五军，九军团改为三十二军。
8月3日，红军总部制订进军甘南的“夏（河）洮（河）战役”计划，决定一、四方面军混合编成左右两路军北上。左路军（由四方面军的九军、三十一军、三十三军和一方面军五军、三十二军组成）从马塘、卓克基出发，向阿坝地区开进。右路军（由一方面军的一军、三军和四方面军的四军、三十军组成）从毛儿盖地区出发，进入草地，向班佑、巴西前进。
这时周恩来完全病倒了。他随彭德怀率领的红三军团殿后，由于连续发高烧，转为肝脓肿，身体非常虚弱。莫说过草地，就是在平坦的道路上行军也不行了。大家焦急万分，彭德怀苦思一阵，断然说：“抬！”当时，中央三人军事领导小组的成员王稼祥也在重病中，彭德怀深知在那么困难的情况下，“抬”并不是容易的。他把上任不久的红三军团参谋长萧劲光找来，交代说：你具体负责，组织担架队，实在不行，宁可把装备丢掉一些，也要把中央领导同志抬出草地。萧劲光从迫击炮连抽出几十人组成担架队，干部团团长陈赓自告奋勇来当队长。陈赓把担架队编成几个组，轮流抬着重病中的周恩来、王稼祥向草地进发，还常常亲自抬着担架，走得又稳又快。
川西北草原，位于青藏高原同四川盆地的连接段，气候恶劣，变化无常。夏秋雨季，草地泥泞滞水，行人止步，许多地区渺无人烟。红军部队进入草地后，几乎天天下雨，连向导都难以寻找旧路的痕迹。谁一不小心陷入淤泥，就为沼泽所吞噬。彭德怀和战士一样地在队伍中行进，遇到危险路段，他还要赶在队伍前头，指挥排除险情。一次他同几个干部把陷入淤泥中的战士用绳子捆住腰部往外拉，连续救出七八个人。
过草地，红军指战员不仅与大自然作殊死搏斗，还要同饥饿作斗争。过草地前，各部队虽尽力筹备干粮，可行程太艰难，走不到一半，便告断炊。茫茫草原，渺无人烟，到哪里去补充呢？前卫部队还可靠野菜、树皮充饥。后卫部队连野菜、树皮都吃不上。饥饿严重地威胁着红军的生命。
彭德怀把饲养员叫来问：“还有几匹牲口？”
“连军团长那头黑骡子在内，还有6匹。”
彭德怀下令：“全部杀掉。”
老饲养员急了，坚决不让杀掉大黑骡子。
彭德怀心平气和地说：我也舍不得咯，现在连野菜都没有吃的，只有杀了牲口，才能出草地。只要人在，牲口，敌人会给送来的。
牲口杀了，军团部只留一点杂碎，肉全部分给部队了。就是这点肉，救活了许多红军战士。
在茫茫草地上，整整行军7昼夜，历尽了千辛万苦，红军终于看到了草地的边际，到达班佑、巴西地区。右路军停在巴西一带等待左路军的到来。
这时，三军政治委员杨尚昆调到军委任职，李富春接任三军政治委员。
1935年9月3日，张国焘致电中共中央，说葛曲河涨水，左路军不能北渡，已分3路返回阿坝，要求右路军南下松潘。
9月8日，张国焘又致电红军前敌总指挥部政委陈昌浩、总指挥徐向前，命令右路军做好准备南下。
当日，彭德怀恰在前敌总指挥部，觉察到陈昌浩说话的语气与前不同，如说阿坝地区比通（江）、南（江）、巴（中）还好得多等。旋即得知叶剑英已看到张国焘背着中央令右路军南下的电报，并将此事报告了毛泽东。①彭德怀觉得事态极其严重。这时，前卫部队一军已进到俄界地区，只有三军几个团的兵力驻扎在阿西、巴西地区。而中央领导人又都住在前敌总指挥部那里，彭德怀想，如果张国焘有变，毛泽东等人的安全将无法保证。即到毛泽东处请示应急办法。问道：
“如果四方面军用武力解散我们，或挟持中央南进，怎么办？从防御出发，我们可不可以扣押人质，以避免武装冲突？”①
毛泽东沉思片刻说：“不可。”
毛泽东到陈昌浩住处对陈说：军队即要行动，中央是否召开一次会议，做些部署？毛泽东又以周恩来、王稼祥均在病中为由，约陈到彭德怀的三军司令部开会。彭德怀才放下心来。
9月8日、9日，中共中央两次电令张国焘北上，张国焘复电继续坚持其南下主张。
中央考虑张国焘率部北上已无可能，决定率三军先行北上，向俄界进发，彭德怀和毛泽东在后和十团一起行军，彭德怀问毛泽东：“如果他们扣留我们怎么办？”
“那就只好一起跟他们南进吧！我想他们总会觉悟的。”②毛泽东表现出的乐观气概，使彭德怀深为敬佩。
途中，陈昌浩给彭德怀送信，希望三军停止北进。彭德怀把此事报告了毛泽东。毛泽东说，打个收条给他，后会有期。
中央率三军达到俄界后，再次致电张国焘，指令其率左路军向班佑、巴西前进，“不得有误”，张国焘再次拒绝中共中央的命令，并直接电令一、三军领导人“速归来”，说中共中央率红一方面军主力北上是“无止境逃跑”。
为解决张国焘分裂红军所造成的危机，9月12日中共中央在川甘边俄界召开政治局扩大会议。会议决定将一方面军和军委纵队整编为中国工农红军陕甘支队，彭德怀任司令员，毛泽东任政治委员。支队辖3个纵队。同时成立五人团进行军事领导，成员为：毛泽东、周恩来、王稼祥、彭德怀、林彪。并作出《关于张国焘同志的错误的决定》。
俄界会议后，中共中央、中革军委率中央红军继续北上，渡过白龙江，在沿江残缺危险的栈道上前进。
9月17日，一军先头部队奋勇夺占天险腊子口，中央红军顺利翻过岷山，9月18日到达甘南岷县哈达铺。长征途中，红军所过皆偏僻之地，与外界不通邮，连报纸也看不到。到了哈达铺，从报纸上得知陕北有刘志丹率领的红军和苏区根据地，决定继续北上，前往陕北。彭德怀和李富春为继续争取左路军北上，致电左路军负责人说：右路军在中央正确路线指引下，连日击溃了敌鲁大昌部，缴获甚多，此地物产丰富，汉回族各半，对红军十分热情。希望左路军能消灭敌人北上，创建陕甘根据地，实现中央的战略方针。
9月22日，彭德怀和毛泽东率红军从哈达铺出发，26日突破敌人在渭河设置的封锁线，进抵榜罗镇。中共中央政治局在这里开会，正式决定红军前去陕北，以陕北为基地，促进全国的抗日救亡运动。
会后，毛泽东、彭德怀率陕甘支队先行出发，继续北上，攻占通渭城，在敌人尾追下，连续突破西（安）、兰（州）大路和会宁、静宁间公路及平凉、固原间公路的封锁线，翻越长征中最后一座高山——六盘山，进到环县。10月19日，毛泽东随一�