上，他传达了毛泽东的重要指示：“永远不要骄傲自满，一定要将苏联的一切先进经验都学到手，改变我军的落后状态，建设我军为世界上第二支最优良的现代化的军队，以利于在将来有把握地战胜帝国主义军队的侵略。”还对学习苏军经验中的种种错误认识，进行了分析和批判。
另一次是在一年以后，1954年1月，他在全国军事系统党的高级干部会议总结中，进一步讲解学习苏联军事科学的重要性，明确提出四条学习要求：一、就是要学，向苏联顾问学习；二、要亲自去摸，到实践中去下一番苦功夫；三、要发展，把苏联军事科学与自己的经验结合起来，使其条理化，变成自己的东西，提高干部军事理论水平；四、要克服骄傲自满、墨守成规和防止机械搬运。
总的来说，在1955年以前，彭德怀所侧重的主要方面，是动员大家积极学习，批判那些不愿学习的思想。在强调这个方面的同时，他也经常嘱咐大家，在运用苏军经验解决我军实际问题当中，不要机械搬运。他说：“我们不回避原则性的争端，他们（按：指苏联顾问）不了解的情况，一定要说通；他们从愿望出发对我们不满的意见，要解释通。”“在政治上，谁不拥护苏联，那是错误的。在战术、诸兵种合成战斗战术方面，都要百分之百的学习。但有些问题是可以争论的。这样的争论，不是反苏。”
这个时期，在他处理的事务中，就有不少没有采纳苏联顾问意见。遇到下边有些事情盲目听从顾问建议的，他便予以批评。
1952年10月15日，他主持第一次军委例会，把部队训练时间的分配确定为，军事训练占60％，政治教育占20％，文化教育占20％。事后苏联顾问提意见说，文化教育时间占的太多，没有必要。彭德怀对顾问解释说，旧中国文化教育落后，文盲多，战士入伍以后才能学文化，学了文化才能掌握军事技术，将来复员回家也便于参加社会主义建设。苏联和一些发达的国家，征来的新兵不仅多数人有文化，有的还会开汽车、拖拉机。中国现在则相反，是军队把战士培训成司机或坦克手，然后复员到地方上才能开汽车和拖拉机。这是中国的实际。1953年初，在军委例会上讨论国防工程建筑，业务部门依据苏联顾问的意见，为了国防保密，要求把内伶仃岛上的居民全部迁走。彭德怀当即批评说：“迁移居民一定要慎重，要积极动员。岛上的（居民），有证明的留下，重大嫌疑的迁走，但这是极少数。内伶仃的居民全部迁走，要不得，这是单纯军事观点。”对于当时按照顾问意见构筑的一批海岸炮阵地，彭德怀每次看到都要发脾气，从山东一直批评到海南岛，还把具体情况报告给中共中央和毛泽东。这批海岸炮，是抗美援朝开始以后，为加强沿海防务，从苏联进口的几十个连的火炮，按顾问的设计构筑了阵地。彭德怀在报告里说：“所有这些阵地都出于一个公式，战术缺点很多而且严重：阵地完全是露天的，对空毫无遮蔽；火炮位置放在最前沿，胸墙很薄（30——50公分水泥，仅能防弹片）；炮和炮之间距离很近（每门炮相隔40公尺，中间安放弹药库），而且等距离排列在一条直线土，只要有一枚凝固汽油弹或重磅炸弹落入阵地，全连火炮和弹药都有被毁的危险。到了战时，在敌人飞机轰炸和舰炮射击的情况下，不待发挥作用就可能被敌火力摧毁。”这些炮阵地的设计，在苏联有强大空军掩护，有大、中型口径火炮的海岸防御火力配系，或许是适用的，但照搬过来，就是完全脱离中国实际的战术思想。
彭德怀对待顾问提供的建议和经验，绝不盲目采纳，绝不机械照搬。但是在有的问题上，他的看法和做法也不是没有矛盾的。对于军队是否学习苏军实行“一长制”的问题，就是一例。1953年上半年，他曾一度设想和准备在军队中实行“一长制”。在一次军委例会上，他提出军队团以上的政治部（处）可以不设政治部（处）主任一职，其职务由该级政治委员兼任，以便抽出一批政治工作干部培养为军事指挥员。并且将这个建议作为军委决定通知全军实施。他的这一建议，当时有些人认为这是降低了政治委员的地位，削弱了政治工作，受到明显的抵制。就在这个期间，总政治部起草的《军队政治工作条例》（草案），送交军委讨论，军队是否应当实行“一长制”的问题，又发生了争论。在这场争论中，彭德怀认为主张“一长制”的那种意见“是有道理的”。同年4月中旬，军委审查《内务条令》修改稿时，彭德怀把有关营教导员和连指导员的职责全部删去，也表现出他准备首先在营、连两级试行“一长制”的想法。到5月间，他在同总顾问的一次谈话中，更直截了当地说“准备十年之后实行‘一长制’”。
50年代，在军队中实行“一长制”的主张，是遭受多数干部反对的，特别遭到政治工作干部的强烈抵制。在这种情况下，彭德怀曾找过不少干部交换意见，最后他终于改变了原来准备实行“一长制”的主张。在同年10月准备全国军事系统党的高级干部会议报告时，提出军队必须实行的是“党委集体（统一）领导下的首长分工负责制”，而不是“一长制”在报告中曾列为专题详细阐述。以后的几年中，他对“一长制”的思想，甚至还作过不止一次的批判。
学习苏联经验，军队和全国一样，到1956年有一个明显的变化。在这以前，领导上强调的主要方面，是要把苏联的一切先进经验都学到手；在这以后，强调的则是要有分析有批判地学习。彭德怀在1957年2月到南京军事学院，批评该院学习工作中“教条主义相当严重”，就是在这种背景下提出的。
在1956年3月17日的一次军委会议（有各大军区的首长参加），黄克诚传达说，毛主席和邓小平同志对于军队如何保持优良传统的问题曾有指示，即在实行军衔等一系列正规制度之后，担心我们军队的优良传统不能很好保持，如官兵关系、军民关系、政治工作、群众路线、党委领导等，应该引起严重警惕。让各军区、各院校、各部门加以检查。很明显，这些问题是和如何学习苏军经验有着密切关系的。
同年4月，毛泽东在《论十大关系》一文中，着重提出要“有分析有批判”地学习外国经验，“不能盲口的学，不能一切照抄，机械搬运”。同年，《人民日报》编辑部在苏共第20次代表大会以后，发表《关于无产阶级专政的历史经验》，明确提出反教条主义的问题。随后，在同年6月，中共中央发出《关于学习（改造我们的学习）等五个文件的通知》，进一步提出“克服实际工作中的主观主义即教条主义和经验主义，特别是克服学习马克思列宁主义和外国经验中的教条主义倾向，克服学术研究、报刊宣传、教学工作中的教条主义、宗派主义和党八股”。
当时军队在有组织地深入学习这些文章和文件中，许多干部的思想认识起了变化，学术研究空气活跃起来。特别是军事训练系统中，在如何学习苏军经验问题上发生了激烈争论。这种争论当时在南京军事学院更加公开化，在全院学习中央关于5个文件的通知中，暴露出对教学工作看法的很大分歧，直到学习5个多月以后，准备进行学习总结时，有些看法还没有取得一致，一时难于作出定论，以致学院党委不得不宣布暂时不作文字总结。军事学院有一个战役系，在这里学习的有52名将军，他们多数是红军老干部，参加过国内战争和朝鲜战争，具有实战经验。他们之中有些人在学习过战役法之后，认为苏军经验有些是先进的，有些虽然先进但对我军并不适用，还有些其本身就是不先进的，囚此必须批判地学习。同时，迫切要求学院做出改革措施。 1956年8月25日，一位战役系的学员写信给彭德怀，提出“几年以前，我们在‘把苏联的一切先进经验都学到手，的口号下，从教材、教法和许多教育制度方面全盘学苏联，这是完全对的。但是我们感觉在向苏联学习中也产生了教条主义倾向。这主要表现在：教材方面，教学方法方面，对待我们的经验的态度方面以及其他方面”。他建议：“基于以上看法，学院提出的’反对经验主义，防止教条主义‘的这一带方针性的口号，似应请领导上加以考虑。”彭德怀对这封信没有作任何批示，但开始引起他对南京军事学院一些问题的重视。
同年11月30日，彭德怀又看到一封信，是从另一个方面反映学习苏军经验问题的。信是直接写给中共中央总书记邓小平的，经过中央办公厅转给了彭德怀。写信的人是军事学院的战史系教授会主任，不久前曾担任军委训练总监部军事科学和条令部的处长蔡铁根。
信的开头写道：“邓小平同志：我是最近离开军委训练总监部的，我在那里曾经工作了4年多。在我离开之前，深深感到北京存在着严重的军事思想上的混乱，急需提请中央和军委领导上的注意。为此，我写了《关于向苏军学习的问题》，请您看看，并把它转给中央负责同志和军委负责首长。”由于作者直接把问题反映给中共中央，彭德怀自然不能不给予特别的重视。
信中对于学习苏军经验的方法写道：“为了确实了解苏联军事科学的全部内容，在步骤上，第一步应该是全部学会、学通。只有真正地全部融会贯通之后，才谈得到批判。几年来，我们深深体会到苏联军事科学的系统性，它虽然不是天衣无缝，确实漏洞很少。小自对一个日常生活小节的规定，大至军事原则的规定，都是互相结合、互相为用、互相保障着的一整套。但我们在学习和运用苏军这一整套的时候，却往往是割裂开来，随意取舍。采用了这一套，丢掉了那一套；吸收了这一规定，抛弃了那一规定，结果弄得四分五裂，驴唇不对马嘴，八方不对头。还美其名日‘批判地接受’，最后只好都执行不通。不说自己学习上有问题，还说苏军的东西不适合我军的情况。”
写信的人最后恳切表示：“这不是一个小问题，而是一个不容忽视的重大问题，是一个关系着建军思想和军事路线的问题，是直接关系着我国社会主义建设的安危问题。”“作为一个共产党员，基于自己为党为国的热诚，我不敢隐讳自己的愚见，并大胆地把它提出来。
彭德怀看过这封信，立即批示：“蔡铁根同志给邓小平同志的信，应发给军委主席、委员及总参谋长、副总参谋长、各部首长、国防部各副部长阅。”看来，他已感到学习苏军经验这个问题，到了迫切需要解决的时候了。
与此同时，主管全军院校工作的副总参谋长张宗逊，率领一个工作组到了南京，在军事学院和总高级步兵学校举行一系列座谈会，写出一份调查报告。在报告中肯定了几年来院校学习苏军经验的成绩，同时指出学习中的片面性，把许多不适用于中国军队的东西也学来了。彭德怀看过这份调查，感到南京军事学院的问题，很有必要亲自前去进行了解，以便着手解决。
1957年2月21日，彭德怀写信给毛泽东，专门报告他准备同副总参谋长陈赓、总政治部主任谭政等 10余人，到南京军区检查国防工事和勘察地形，另外了解一下学院工作、军事训练、军内关系、军民关系等。毛泽东于25日批复“同意”并附注：“请注意军中思想动态，政治教育情况。”
彭德怀一行于27日到达南京，住西康路33号。第二天即开始了解军事学院的教学情况。他和陈赓、谭政一起，上午听取高级速成系和战役系部分学员的汇报，下午听取学院政治部两个领导干部的汇报。3月1日，同学院训练部门和其他机关干部交谈，听取他们对教学中一些问题的看法。每日听完汇报，在吃饭时间和晚土，彭、陈、谭3人交换意见。3月2日听取学院领导干部集体汇报，刘伯承院长由于在上海休养，没有参加。彭德怀在听取汇报后，谈了自己对学院教学工作的意见。这次讲话，便是后来引起很大争论的那篇《在听取军事学院汇报中的谈话》。
在这篇讲话的前一部分，他肯定了学院的成绩，并详细列举了学院的各种成果。接着他具体指出学院教学工作中的缺点说：“根据汇报的情况来看，在学院教学中，不是有教条主义的问题，而是教条主义相当严重。最主要的表现是教学内容和我国我军实际情况不相适应。”“当然就军事学院的历史和客观情况来看，就现在的事实来看，产生了现在这种相当严重的教条主义现象，也不是意外的，不能把责任归咎于哪一个人。要论责任，我也是有责任的。”
彭德怀讲话的后半部分，主要是阐述学院的教学方针应当是“以我军现实装备技术情况为主，照顾将来可能发展的情况作为依据”。
关于学习苏军经验的问题，他认为“学习苏联先进军事经验，我们是坚定不移的，但应坚决贯彻‘批判地学习’方针。在这个方针之下，就全军范围来说，应当以学习苏联的军事技术和合同战术为重点，对于苏军的战役、战术，应当从我军的现实情况出发，在以我军经验为主的基础上加以学习和参考”。
彭德怀回到北京，对这篇讲话记录加以斟酌修改，于4月24日送给毛泽东，并附信说：“这次我在南京着重了解了军事学院的情况，同他们的教职学员分别座谈了3天，感到该院在教学工作中教条主义倾向相当严重。因为这个学院是训练我军高级干部的学校，对于全军的学校和部队影响很大，所以我特别向该院党委讲了一次话，着重提出该院应当展开反教条主义的工作”。毛泽东在25日批复：“退彭。此件已阅，同意。”
彭德怀还把这篇讲话稿送给了邓小平，邓阅后转送周恩来。后来对这篇讲话，他又稍加整理（把其中“工作是有成绩的”改为“成绩是显著的”） ，作为《视察南京军区工作向党中央和军委的汇报》中的一个部分，分送中央政治局和军委