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但袁世凯的压迫并没有使唐绍仪完全屈服。例如，在政府用人问题上，他仍旧主张“贵新不贵旧”，非万不得已，“决不可以延用旧人”。有时和袁世凯争得太厉害以至于使袁气急败坏地说出“我们没几天好做的，这个位置早晚要让给你们地。”将唐绍仪划入到同盟会一边，唐这才大吃一惊，知道袁世凯对自己起了猜疑。
插手众议院议长的任命，让袁世凯最终确定了唐绍仪跟自己非是一路人，尤其是看到他竟然联合同盟会众议院在参议院驳回了自己的任命。他任命的内阁次长张元奇的离职更是令他感觉到自己似乎被唐绍仪扇了一巴掌，让他感觉这个大总统的威严荡然无存。
袁、唐之间的冲突终于以借款问题为导火线而公开爆了。早在袁世凯就任大总统之前，他便通过朱尔典的关系联系上了四国银行团，商议借款的事情了。后来先后又有国家加入，因为他的地位不断的稳固，从洋人手中他先后的接到了数百万的借款，只不过大都用于编练他的北洋新军，只有极少数最后到了财政部，又从财政部中挤出来一部分给唐绍仪使用。而这些钱对于一个迫切想要有所作为的内阁总理来说实在是太少了！
于是唐绍仪最终绕开了袁世凯，自己亲自拜会了‘华比银行’北京分行，最后通过这家比利时银行借款100万英镑，年息5厘，以京张铁路余利作为担保，用于改善内阁财政，同时有所作为。
6月14日，借款敲定，消息这才产出之后引起轩然大波。
京张铁路乃是袁世凯跟列强银行团大借款的抵达之一，无论是袁世凯还是列强银行团在合约签订后都是大怒，一致向袁世凯抗议唐绍仪的借款所为，同时联手打压华比银行。同时各国公使联手往外交部递交抗议书，要求内阁取消比利时借款，更是无理要求凡大借款应与各国公使直接交涉；拖到6月27日，内阁终于抵挡不住压力正式复函列强各国，同意取消比利时借款，并答应今后不以从列强银行团借得之款偿付比利时之款。三天后，唐绍仪被逼得没有办法，不得不与四国银行团代表商谈，日、俄也有代表参加，唐绍仪鉴于财政困难，请银行团即日交付3500万两，以解燃眉之急，自本月起到12月止，每月交付1000万两。银行团先以唐曾向比利时华比银行借款，逼他“谢罪”，后又声明，需中国政府先将每期所交付借款之额数和用途指明，并担保以盐、茶税以及改良后收入增加地实数，详详细细编制一张预算表，交付银行团。
消息传出，全国舆论哗然。待正式照会到国务院后，唐绍仪大怒，说这是列强企图控制我国财政的条件，万万不能答应，断然拒绝了银行团的要求。这样一来，银行团大为不满。《泰晤士报》攻击唐绍仪“不愿借款告成”，“以致中国各界各国政见，竟有排外举动”。这个举动也使唐、袁之间矛盾计划激烈的冲突，袁世凯认为唐绍仪损害了他和帝国主义列强之间的关系，便改派财政总长熊希龄与银行团交涉。
至此，袁世凯跟唐绍仪之间的矛盾已经完全不可调和，于是开始准备更换自己的心腹代替其就任内阁总理。7月6日，陆军部、工商部、内务部等数个内阁部门总长联手向参议院递出弹劾，大有非推唐下台不可之势。而此时的参议院毕竟还是同盟会的席位占了多数，有唐绍仪在任内阁总理之时，袁世凯的权力多少受到限制，若是他不在了势必袁世凯将无所顾忌。于是孙中山携宋教仁亲赴北京说服各省同盟会籍议员，最后以微弱的差距导致第一次弹劾唐绍仪不成。
投票结果令孙、宋二人大惊，同盟会籍议员占了参议两院多数席位，但是他们却完全没想到这种情况下，竟然还有不少自己亲自拜会过的议员将选票投向了‘倒唐’一方，当真是令他感觉到了震惊！两人随后召集抵达北京多日的谭人凤、林森了解情况才知道，竟然有那么多的以前同志都因为权势跟金钱倒向了袁世凯，顿时心中大怒。于此同时，早就对同盟会内迅速腐化十分不满的宋教仁趁机提出了他准备了几个月的‘毁党造党’计划，最终得到了孙中山等同盟会大佬的点头，同盟会终于要有大动作了！
再说另一边，唐绍仪得知内阁诸部往参议院联名弹劾自己的事情顿时大惊，参与弹劾他的人都是袁世凯的心腹，这件事情若是没有他点头自然不可能的！
几次要求跟袁世凯见面都遭到了推辞跟婉拒之后，唐绍仪已经明白了袁世凯已经下定决心要除掉他，稍息了一日之后，往袁世凯府上亲自拜见，下人推说不在他只是等待却也不走，直到待了一个白天之后，晚上十点终于见到了‘姗姗来迟’的袁世凯，两人虚伪的寒暄了一阵之后，已经完全理顺了这其中的头道的唐绍仪只是淡淡的将自己这几个月来的工作一一交代了一番，末了道：“大总统，内阁总理掌握责任内阁，如今看各部弹劾少川，想来也是少川这几个月来碌碌无为，引起各部有才之人心中不满。少川非是恋权之人，我民国新立什么都要新气象，我这个内阁总理做得不尽责任自然也要下台，为万民做个表率。不过民国如今还应以稳为先。少川准备明日往参议院递交辞职书，不过这内阁总理的位子，我希望少川能够说一句话，推荐一个人！”
袁世凯装作大惊，劝道：“少川怎可有这种想法，你这总理自打上任以来尽心尽责，不可，不可。”虽说如此，眼中却是有了笑意。
唐绍仪看得清楚明白，知道袁世凯已经彻底对他失望了，当下起身恭敬行了一礼道：“国事维艰，还应能力上佳之人待我才行。少川无能自然要退位让贤，如今西藏风波未平、外蒙还在交涉、列强未承认我民国，财政也是紧张，诸事加在一起，我看还需要一位善于外交之人方可接过这‘内阁总理’的担子，依我看不如就推选‘陆子欣’吧！”
陆徵祥最近虽说跟袁世凯走近，但是才学跟能力都是上佳，而且也是个有作为之辈。唐绍仪心中的第一人选自然是孙中山跟宋教仁，只是这两人都是同盟会巨头，而袁世凯对同盟会的敌意举国皆知，他也只能选择陆徵祥来代替自己继续执掌内阁，这样自己心中才能放心离开！
袁世凯本就有意要推陆徵祥上位，自然心中大喜。不过还是跟他客套了一番，‘见’他主意已定不好‘相劝’之后，方才叹息作罢。
唐绍仪跟他聊了一阵，很快便要起身离开了。他站起身来，恭敬的向袁世凯行了一礼，袁世凯本还有些笑容的脸上顿时明白了一些什么，在他身子将走出屋子的时候突然来了一句，“少川，你我认识了这么多年，这里到底是你的家，在外面受了委屈就回来吧，莫要跟那些党人混得太近，不好！”
唐绍仪的身子一顿，旋即大步离开了！
……
7月12日，入藏平乱军北路攻破坎囊宗（今那曲），占领了这座土蕃历代王朝主要的军事粮草和马匹供应基地，兵锋直指萨拉！两日后，南路军因沿途僧兵挡路形成受到耽搁许久才攻陷江达宗，距离拉萨也不过仅有不足半月的行程了！
7月12日，内阁总理唐绍仪向参议院正式递交辞呈，以能力不足致国体不兴、国势遭辱为借口宣布辞去内阁总理之职，并推荐外交部长陆征祥为新任临时内阁总理（唐绍仪也是临时，正式需要等到正式国会召开之后）。消息传出举国震惊，从南至北皆是挽留之声。然而参议院却在第二日便批准了他的辞呈，当天下午大总统袁世凯任陆征祥为内阁总理！
同盟会还没真正认识到，袁世凯把持权力早已堵塞了通往责任内阁制的大门，而只是从内阁的组织形式，探寻唐内阁倒台的原因。同盟会本部致上海机关部电中，即把袁世凯剥夺副署权和熊希龄的“独断专行”、混合内阁不能保持阁议一致的“弊端”，不加区分地相提并论，最后归结为：“此次内阁，本非政党，政见既不同，猜疑嫌忌，难以和衷共济”，遂使责任内阁“徒托空言”。7月13日，张耀曾、李肇甫、熊成章、刘彦等四人代表同盟会见袁世凯，更明确说：“唐内阁成立以来，一切政务不能着手进行，实因党派混杂，意见不一之故。盖非纯粹政党内阁，当然有此弊病。”因此，“此后欲图政治之进行，非采完全政党内阁不可”。即使抨击袁世凯最猛烈的戴季陶，也认为“唐内阁之倒，则倒于党见混同；假使唐内阁而纯为同盟会之内阁，则必不能有今日之怪剧”，并提出“欲救中国危亡，定政府之内讧，以唯一之政策收健全之效果者，舍完全之政党内阁而外无他策”。为此，7月14日，同盟会本部召开全体职员会，正式议决“绝对主张政党内阁”，同时作出同盟会员不得自由加入“混合内阁”等规定。
就在举国都在为失去了一位有能力的内阁总理而恍惚的时候，北京袁世凯在失去了唐绍仪的掣肘之后开始全力清除同盟会在北方的影响力！
王芝祥任直隶都督，原是唐绍仪南下组阁时与同盟会达成的协议，并得到了袁世凯的同意。当时，顺直谘议局也发电要求以王芝祥督直，反对袁世凯任命张锡銮。但袁的许诺，如前所述，不过是权宜之计，目的是为了骗取同盟会放弃陆军总长一职，而由其亲信段祺瑞充任。因为李汉的蝴蝶影响，袁世凯的损失要比历史上多得多，于是在5月王芝祥到京之后，袁世凯因为唐绍仪的反对，加上不愿意在当时跟同盟会彻底闹僵了，而让其他人得了好处，于是明面上委任他为直隶都督，暗地里却下令王占元等几部驻扎直隶的将领不要与之配合，同时大肆收买王芝祥的直隶军政府麾下官员。
随着几个月的恢复，又搬到了已经开始跟他不是一心的唐绍仪之后。14日，唐绍仪离职的第二日，袁世凯便示意下面有所动作。于是当天晚上，冯国璋、王占元等十余人联名上书袁世凯，声称直隶各路军队对都督王芝祥督直以来的无所作为十分不满，并表示治理位置十分特殊非有“声威兼著，在直隶有年，感情甚孚，及军界素所仰望者，难资镇慑”。
第二天，袁世凯便以军队反对为借口，改委王芝祥为南方军队宣慰使，协助黄兴遣散南方军队。并针对直隶各团体纷纷通电拥护王芝祥，令内阁致电署理都督张锡銮，不准各界“随意迎拒”。
上海、南京、广州、南昌等南方各城市一片谴责声，更有人将唐绍仪辞职跟这件事情联系到一起，于是在报纸上公开揭露袁世凯摧毁内阁，欲实行“拿破仑之目的”。
王芝祥改委事件发生之前的‘唐绍仪辞职事件’便已经让同盟会籍出身的内阁成员感觉到不满而打算辞职了。
7月18日，同盟会总部再次召开会议，强调“此次既系超然内阁，凡本会会员皆不得自由加入，务使本会主张先后一致”。同盟会这一行动，打乱了袁世凯企图利用同盟会为他继续装点门面的如意算盘。因此，当蔡元培、宋教仁、王宠惠、王正廷等同盟会阁员，遵照党议到总统府向袁提出辞职时，他并没有立即同意，甚至说“我代表四万万人民留君”。蔡等当然坚辞，蔡并针锋相对回答说：“元培亦对于四万万人之代表而辞职。”7月19日，他们又联名致函陆，声明从即日起概不到院，从19日起概不到部办事。袁无奈，只好批准蔡等四人辞职，但仍继续物色同盟会员入阁。
袁世凯认为孙毓筠、胡瑛、沈秉堃三人有同盟会籍，打算拉他们分别担任教育、农林和工商总长。同盟会听说后极为愤慨。宋教仁发表谈话说：“袁世凯此举，系一种逼奸政策。”同盟会本部一面派魏宸组劝袁打消此念，一面于7月20日召开会议，作出孙、胡、沈三人不得参加内阁的决定。然而，袁世凯除将胡瑛换成王人文外，仍执意拉孙毓筠、沈秉堃入阁，而且不出袁所料，还得到了共和党的支持。该党表示“以大总统信任之人组织内阁，各党不必干涉”。为保证参议院顺利通过袁世凯所信任的人选，共和党还极力拉拢统一共和党，许诺将支持位置该党的参议员为国务员。在共和党的引诱下，统一共和党为使殷汝骊、谷钟秀、吴景濂等人进入内阁，遂与共和党采取了完全一致的态度。这样就给同盟会限制袁世凯的正义斗争蒙上了一层党争的色彩。
7月21日，袁世凯派陆到参议院要求通过所拟阁员补充人选。他们是财政周自齐，交通胡惟德，司法章宗祥，农林王人文，工商沈秉堃，教育孙毓筠。同盟会本来不同意混合内阁，自然反对。统一共和党原抱入阁希望，现竟无一人，自知受了共和党愚弄，同样愤愤不平。而共和党部分议员也认为陆演说“言词猥琐”，不配做总理。于是，陆演说后，同盟会、统一共和党当即于投票前“先提出不信任总理问题”。袁世凯闻讯，急忙致函参议院，提议暂缓投票。次日，参议院讨论投票与否，同盟会、统一共和党以袁函非正式咨文，不予承认，坚持投票。结果，袁所提六阁员，一律被否决，并演成全国性的政治风潮。
在陆征祥组阁风潮中，同盟会抵制陆征祥的超然总理混合内阁，袁世凯指使军警威胁临时参议院，于7月24日强行通过第二次阁员人选，同盟会抵制混合内阁的行动受挫。对于袁世凯北洋集团破坏民主政治的行径，南京军界主要将领在第一军军长柏文蔚主导下，以王芝祥领衔，联名致电袁世凯提出严正抗议。同盟会领导人为了民国政局的稳定，尽量保持克制，没有发出多少声音。
反倒是袁世凯一直担心的川鄂最近一直十分安静，甚至袁世凯吩咐收买的同盟会成员以同盟会分部的名义往武昌探他口风的时候，李汉只是推辞之说，根本没有反对的意思。7月26日晚，李汉亲自致电北京，言到感谢大总统的信任，任命其为西南经略使，同时外交部在同英国人交涉的过程中为