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朗缪尔则在公开发表的文章中，以及在私下的场合，捍卫林奇的观点。他与林奇合作论文，带她和哈克参加会议——从鲍林本人的学生那里获得支持具有特别的意义——并劝说莫斯基，变性过程可能以接近环醇理论预言的步骤进行。在朗缪尔的帮助下，环醇理论起死回生了。
对于一种他相信是错误的理论给予如此多的关注，这令鲍林感到非常困惑和生气。这不仅偏离了对蛋白质真正问题的探索，而且是对鲍林氢键理论的攻击，对他作为蛋白质权威学者声誉的诋毁，对他自然观的挑战。他觉得是坚决给予还击并使之寿终正寝的时候了。
1939年初春，鲍林和尼曼合作了一篇论文，逐点对环醇结构的主要论据进行考证和反驳。他们用了好几个星期完成了这篇题为“蛋白质结构”的论文，发表在7月份的《美国化学学会学报》上。在鲍林对不同理论的攻击中，这篇论文的措辞是最激烈的。他们运用的主要武器是化学，特别是键能数据。鲍林认为这些数据清楚地表明环醇结构没有多肽链稳定，因而存在的可能性很小。单纯从能量角度出发，鲍林和尼曼写道：“我们经过严密的论证得出的结论是，环醇不可能是蛋白质的主要结构，即便存在这一结构（这种可能性不大，因为与多肽链相比，其能量处于劣势），在氨基酸残余物中具有这一结构的比例也不会超过百分之三。”（原文用不同字体强调了这一结论。）在讨论了他们认为林奇和朗缪尔在其他方面的主要矛盾和错误之后，鲍林和尼曼就蛋白质结构提出了他们自己的思想。与三年前莫斯基和鲍林发表关于蛋白质变性的论文相比，并没有太多新的内容：蛋白质是一条多肽链，由一些已知的环节联结成一定的形状，氢键、硫一疏键以及“类似的原了间的相互作用”夹杂在一起。一定的形状到底是怎样的，没有人知晓。唯一肯定能够排除的似乎就是环醇结构。
“蛋白质结构”一文具有毁灭性和立竿见影的效果。托德在读后写道：“我必须承认，读到鲍林和尼曼‘揭穿林奇真面目’的文章之后十分欣喜！是到了对环醇理论下定论的时候了，我相信至少这儿的所有化学家都会欢迎这一举动。就我看来，这一结论是无可辩驳的，我对林奇是否会作出某种反应怀有相当的兴趣。”
颇具讽刺意义的是，在鲍林和尼曼提交这篇论文前的几个星期，林奇决定放弃蛋白质的研究。由于伯纳尔和剑桥大学研究组的敌意所造成的伤害，她在1939年春天逃离英国，来到美国。她对韦弗说，她在胰岛素研究中得到的数据不够成熟，因而放弃了进一步的工作。鲍林和尼曼的论文发表的时机再糟糕不过了。林奇正在给自己谋求一个教职，给女儿寻找一个住所；为了保住自己的颜面以获得一份差事，她不得不奋起还击。她冲进《美国化学学会学报》编辑阿瑟·兰姆在哈佛的办公室，要求发表自己的反驳意见。兰姆解释说，他可以发表任何对事实的修正或是相关研究的新进展，然而刊物将不考虑发表陈词滥调。几个星期后，林奇送上了一篇长达21页的应战文章，一点一点地反驳了鲍林和尼曼的观点，最后的结论是：“对环醇假设持反对意见的人将论据建立在（由逻辑错误造成的）似是而非的事实基础上，他们的实验也是风马牛不相及的……或者是无足轻重的。”按照一般的程序，兰姆将林奇的手稿送给鲍林和尼曼，并要求他们对此作出评论，以供评阅的人参考。
鲍林和厄曼又逐段逐段地反驳了林奇的观点，言辞更为激烈：“……怎么也不能容忍这一幽灵在有机化学的文献中继续游荡，”“毫无理由让这一臆想老调重弹，”“我们看见的只是更多的希望，而不是事实。”兰姆将这些硝烟弥漫的文章送交两个仲裁人，然而他们的结论却大相径庭，兰姆只得把全部文章再送交给另外两个仲裁人。每一位读过这些文章的人都被论辩双方的尖刻措辞吓坏了；每个人的解决方案都各不相同。兰姆和一位仲裁人认为，在双方对最后一稿审阅之后，同时发表林奇的文章及鲍林和尼曼的回复；另一位仲裁人建议马上单独发表林奇的文章，然后结束这场论战；还有一位把这场论战比作是世界大战开战的信号弹，建议延缓这一过程以“给双方一个冷静下来的机会”。
接着，林奇发现鲍林和尼曼在对蛋白质形成所需能量的计算中有误差；纠正这一误差可以把链状结构和环醇结构之间的能量差异减少约三分之一。她在给鲍林的一封信中指出了这一点，然而鲍林回答说，这一变化微不足道，不会影响他们的结论，因此“我们认为不值得以书面形式改正这一错误”。
然后，林奇又试图从另一个角度来打击鲍林。她在约翰·霍普金斯大学获得了一份临时性职位，与在那里工作的大卫·哈克进行了交谈。哈克在学生时代就与鲍林有过摩擦。林奇向他诉说鲍林如何对自己进行攻击，如何不让她发表自己的反对文章，哈克深表同情。同时哈克也向林奇谈了自己对鲍林的看法，他觉得鲍林用共振来解释化学键的一切现象，有些随心所欲，不着边际。最终两人合作在1940年春天的《化学物理学杂志》上发表了一封短信，提出了一种不用共振理论来研究化学键的新方法。尽管信中只在脚注中提到了鲍林，但是显然对鲍林最基本的科学手段提出了挑战。
鲍林以一个受到背叛的父亲的口气给哈克回了一封信。“我刚刚注意到你和多萝西·林奇又一次合作的那封信……我认为这表明你需要接受一些忠告。信中总的语气是对此间研究工作的批评。即便这一批评有一定的根据，学院对你的培育之恩也应该使你对自己的行为三思而行。”在作出一些具体的批评之后，鲍林最后说：“尽管粗心的读者可能会错误地认为你们的信是对科学认识的小小的贡献，我不觉得有必要作出答复以纠正这一认识的错误
……我认为你应该有更好的事干，有更好的搭档。“接着他写信给刊物的编辑，说在发表哈克一林奇的信之前先将稿件送给他过目是更为明智的做法。
鲍林四处耀武扬威，而哈克憎恶的正是这一点。他回信说：“我不时听到传言，有关您对待林奇博士和阻止她发表自己理论的不公正的态度。我一贯认为——并宣称——您不可能采取这样的举动。……如果我不得不相信这种传言的话，将万分遗憾。”
在鲍林和尼曼最初的论文发表19个月后，经过删节的林奇的反驳文章终于在《美国化学学会学报》上发表了。不过此时环醇理论和林奇的学术生涯都已经结束了。韦弗通知她说，洛克菲勒基金将停止向她提供资助，五年的时间用来说服她的同事们接受环醇理论已经够长了。她失去了经济来源，也无法发表对鲍林的进一步的批评意见。在1940年末给朋友的一封信中，她写道：“我彻底绝望了，因为我所处的环境是一个强权体制，就像希特勒统治的德国，只有有权有势的人才能生存……这个新的鲍林体系打败了我。他是一个危险不过的家伙。……连正直的人也不敢对他提出异议。他聪明、敏捷，在反击时毫不留情，我觉得所有的人都惧怕他。只有可怜的我指出了他的错误：实际上没有别的人敢于这样做。
林奇将在默默无闻的科学生涯中度过下半生。她仍旧不屈不挠，直言不讳，仍旧坚信自己的环醇理论。她对每一个有兴趣的人谈论自己美丽的蛋白质结构，控诉鲍林和同伙们如何压制自己。林奇事件使每一个当事人都脸上无光。它毁灭了林奇的事业，使她在广泛的学科领域里具有的学术能力终结于一个失败的研究项目。它加深了鲍林和哈克的龃龉，使其多年后也难以调和。这助长了谣传，说鲍林是一个恶霸，会无情地将持不同意见者打翻在地。这场半公开化的科学论战也使一个谁也不愿意疏远的人感到困惑：韦弗。在1939年末的一封信中，这位洛克菲勒基金会经理不动声色地表露了自己的不悦，显然是针对鲍林的：“我觉得到目前为止，在对蛋白质问题的理论研究上十分活跃甚至有些激烈的争论，都是为了一个有用的目的；现在更为重要的是获得一个更为广泛、更为可靠的事实体系。任何高谈阔论都比不上无言的事实更有说服力。”
林奇后来将她的遭遇归结为性别歧视。她对朋友们说：“噢，是Y染色体在作怪。如果我拥有Y染色体，人们就不会在公共刊物上用这种语气对我说话了。”性别歧视无疑是祸根之——当时的科学界普遍存在这种现象，在加州理工学院更是司空见惯的事。但是对鲍林而言，这一影响并不大。在爱娃·海伦的影响下，鲍林在时代允许的范围内是最为“开放”的；他敬重本领域内其他几位女科学家的研究成果，如多萝西·克罗夫特·霍奇金。他对朗缪尔的攻击也同样激烈。然而朗缪尔根基牢固，没有受到什么影响，而林奇则不堪一击。
实际上，每一个和林奇有过接触的蛋白质学者早已有类似的想法，而跑林只不过是以书面形式更为完整和强烈地把这种思想表达了出来罢了。Y染色体也不能使环醇理论变得正确。
但是，林奇事件也揭示了鲍林性格中阴暗的一面。辩论双方的事实依据都不充分——正如林奇指出的，不可能断言环醇结构不存在。事实上，在50年代，另一位学者在某些麦角生物碱中发现了与环醇类似的蛋白质结构——林奇试图利用这一发现争取赞助以对所有别的蛋白质构造进行重新考察，但是没有成功。鲍林扮演了一个大声喝止吵闹孩子的科学父亲的角色，以不容质疑的口气结束了这场争论。
这场论战显示了鲍林此时拥有的新权力。在赢得加州理工学院化学和化学工程系主任之后的几年中，鲍林就已经成为化学界权力结构中的一个成名的主角。和前任诺伊斯一样，他兼任一些期刊的编委会成员，对各个职位的入选提名，挑选获奖者，提供建议，四处演讲。他受到邀请，接受咨询，授予荣誉称号，备受人们的尊重。他畅饮成功的美酒。然而声望和赞誉也使他性格中的一些负面因素得以抬头，随着权势的增加，这种倾向愈演愈烈：他自以为是，对形势和论辩拥有绝对的控制，对那些有奇思怪想的人毫不手软地加以制止。
血清学者
与林奇的论战坚定了鲍林对于他和莫斯基提出的蛋白质氢键链模型的信念——这一信念使他进入了全新的而又完全出乎自己意料的研究领域。
1936年春天，在洛克菲勒医学研究院作完一个关于血红蛋白的报告之后，鲍林收到一张纸条：你能否在离开纽约之前花一两个小时探讨一些双方都感兴趣的研究课题？署名为卡尔·兰德施泰纳①。
①兰德施泰纳（Karl Landsteiner，1868—1943），美籍奥地利免疫学家、病理学家，发现A、B、O、AB血型及MN血型系统、RH因子，获1930年诺贝尔医学奖。
鲍林知道这个名字。兰德施泰纳是一个具有国际声誉、备受尊崇的奥地利医学研究者。五年前，他因发现了ABO血型而获得诺贝尔奖，使人类第一次能够安全地输血，从而拯救了无数的生命。兰德施泰纳在晚年来到美国继续从事对血液的研究，特别是对组成免疫系统的血清中介质的研究。鲍林对这一邀请和这个人怀有强烈的兴趣。第二天，他来到兰德施泰纳的实验室，受到了一位貌似贵族的科学家的欢迎：兰德施泰纳相貌出众，一头灰色的短发，身材高大挺拔，留着唇髭，身上保留着一股早年在维也纳养成的优雅和自信的风度。他用微带口音的英语邀请客人坐下，接着向鲍林谈起他试图解决的一桩疑案。
兰德施泰纳解释说，这与抗体，一种特殊的帮助肌体抵御感染的蛋白质分子有关。鲍林对血红蛋白的报告使他认识到，也许鲍林可以帮助他解释一些观察得到的结果。比如说，身体可以制造出具有上万种，甚至上百万种不同特异性的抗体，每一种抗体能够识别并锁住一种目标分子，或称之为抗原。例如，肺炎球菌的抗体只能够辨别并吸附具有特定构造的抗原，而不会理会链球菌特有的抗原，反之亦然。兰德施泰纳用一些人造化学物质充当抗原进行了一些实验，证明这一特异性非常精确：在某些情况下，一些只在几个原子上存在差异的抗原对某一抗体的反应是截然不同的。
当然，尚无人了解这一特异性；例如，酶对其作用物目标分子的作用就是相当专一的。但是一种酶只有一种对应的作用物。对应于成千上万种目标物，可以制造出各种特定的抗体，包括人造化学物质。兰德施泰纳说，有些事情困扰着他。比方说，抗体获得特异性的化学机制是什么？诸如抗体这样的蛋白质分子是如何区别不同抗原之间的差异的？是什么力量使抗体和抗原互相结合的？肌体如何能够这么精确地制造出那么多抗体？对于那些从未接触过的合成目标物，肌体是怎样知道该如何塑造抗体蛋白质的？
鲍林对于这些问题一窍不通——不过他第一个反应是，答案肯定与分子的构造形式有关。但是他喜欢兰德施泰纳，觉得他是一个令人着迷、兴趣广泛的思想家（“一个了不起的人，”他不久之后就对人这么说）。他被兰德施泰纳的研究工作深深吸引了。兰德施泰纳所从事的免疫化学这一新的领域可能为研究蛋白质结构和特异性提供有效的工具。在两人见面结束时，鲍林向兰德施泰纳表示他会思考这些问题，并将再次和他见面。
但是，他首先得在这方面接受一点速成教育。他当即买了一本兰德施泰纳最新的关于免疫学的书，在回帕萨迪纳的火车上阅读。书的第一页就引起了他的兴趣。兰德施泰纳写道：“动植物物种的形态学特征构成了描述性自然科学的主题，同时它们也是物种分类的标准。但是直到最近人们才意识到，如在晶体范畴中一样，在生物体中，化学性质的差异对应于结构上�